Orca: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 4: Linia 4:
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych.
+
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz [http://cec.mpg.de/forum/license.html treść licencji]). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.
  
 
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 
=== Informacje o wykorzystaniu ===

Wersja z 08:20, 26 kwi 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
Serwer Wersja
Supernova 2.9.1
2.8.0.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem:

sub-orca-seq plik_wejsciowy [kolejka] [pamiec_w_MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = normal
    • pamiec_w_MB = 1800

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1 
> module load orca/2.8.0.2

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

> orca 

Dokumentacja