Orca: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 16: Linia 16:
  
 
=== Uruchamianie zadań ===
 
=== Uruchamianie zadań ===
Zadanie do kolejki wstawia się poleceniem:
+
Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:
  
  sub-orca-seq plik_wejsciowy [kolejka] [pamiec_w_MB]
+
  > '''sub-orca''' plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
  
 
Gdzie:
 
Gdzie:
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne                                                                
+
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
* Domyślne wartości:                                                                                                
+
* Domyślne wartości:
** kolejka = normal                                                                                    
+
** kolejka = normal
 +
** NCPUS = 1
 
** pamiec_w_MB = 1800
 
** pamiec_w_MB = 1800
 +
* Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.
 +
 +
Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych (z uproszczoną składnią) oraz dla starszej wersji pakietu:
 +
> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB]
 +
> sub-orca-2.8.0.2 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
  
 
=== Środowisko i praca interaktywna ===
 
=== Środowisko i praca interaktywna ===
 
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
 
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
  
  > '''qsub -I''' -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB
+
  > '''qsub -I''' -q short6h  
  
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
Linia 37: Linia 43:
  
 
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
 
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
  > orca  
+
 
 +
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
 +
  > orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
 +
 
 +
=== Zadania równoległe ===
 +
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to:
 +
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
 +
 
 +
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):
 +
 
 +
! PAL4
 +
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)
 +
 
 +
lub
 +
 
 +
%pal nprocs 4
 +
      end
 +
 
 +
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
 +
> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200
 +
 
 +
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:
 +
> module load orca
 +
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==

Wersja z 13:23, 26 kwi 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
Serwer Wersja
Supernova 2.9.1
2.8.0.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:

> sub-orca plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = normal
    • NCPUS = 1
    • pamiec_w_MB = 1800
  • Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.

Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych (z uproszczoną składnią) oraz dla starszej wersji pakietu:

> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB]
> sub-orca-2.8.0.2 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h 

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1 
> module load orca/2.8.0.2

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):

> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Zadania równoległe

Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to:

SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
     end 

Wstawiając zadanie skryptem sub-orca należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:

> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT ustawianą przez moduł:

> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Dokumentacja