Orca: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (+v3.0.1)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small>
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.9.1 |wersja2=2.8.0.2}}
+
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja2=2.9.1 |wersja=3.0.1}}
 
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.
 
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.
  
Linia 25: Linia 25:
 
** kolejka = normal
 
** kolejka = normal
 
** NCPUS = 1
 
** NCPUS = 1
** pamiec_w_MB = 1800
+
** pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie
 
* Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.
 
* Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.
  
Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych (z uproszczoną składnią) oraz dla starszej wersji pakietu:
+
Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:
  > sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB]
+
  > sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1)
  > sub-orca-2.8.0.2 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
+
  > sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]  
  
 
=== Środowisko i praca interaktywna ===
 
=== Środowisko i praca interaktywna ===
Linia 40: Linia 40:
 
  > '''module load orca''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > '''module load orca''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > module load orca/2.9.1  
 
  > module load orca/2.9.1  
  > module load orca/2.8.0.2
+
  > module load orca/3.0.1
  
 
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
 
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
Linia 69: Linia 69:
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 +
* Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf
 
* [http://cec.mpg.de/forum/ Strona domowa programu]
 
* [http://cec.mpg.de/forum/ Strona domowa programu]
* [http://cec.mpg.de/forum/OrcaManual.pdf Manual v. 2.9.1]
+
* [http://cec.mpg.de/forum/OrcaManual.pdf Manual do najnowszej wersji] (dostępny także w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf)
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Wersja z 15:19, 19 mar 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
Serwer Wersja
Supernova 3.0.1
2.9.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:

> sub-orca plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = normal
    • NCPUS = 1
    • pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie
  • Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.

Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:

> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1)
> sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB] 

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h 

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1 
> module load orca/3.0.1

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):

> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Zadania równoległe

Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to:

SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
     end 

Wstawiając zadanie skryptem sub-orca należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:

> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT ustawianą przez moduł:

> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Dokumentacja