Orca: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m
 
(Nie pokazano 22 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small>
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8.0.2}}
+
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.1.1|wersja2=4.0.1|wersja3=4.0.0|wersja4=3.0.3}}
 
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.
 
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.
  
=== Licencja ===
+
== Licencja ==
WCSS udostępnia program do wykorzystania w celach naukowych, nie komercyjnych.
+
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.
  
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):<br/> '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."'''''
+
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''
  
=== Korzystanie ===
+
=== Informacje o wykorzystaniu ===
; Środowisko aplikacji
+
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu [[korzystanie z modułów|modułów]]:
+
  
  supernova> module load orca
+
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
 +
 
 +
{{Podziękowanie WCSS}}
 +
 
 +
== Korzystanie w WCSS ==
 +
 
 +
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
 +
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
 +
 
 +
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)
 +
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
 
 +
>sub-orca
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
 
 +
Na przykład
 +
 
 +
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 
 +
 
 +
'''Uwaga'''
 +
 
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
 +
 
 +
=== Środowisko i praca interaktywna ===
 +
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
 +
 
 +
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3
 +
 
 +
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
 +
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)
 +
  > module load orca/3.0.3
  
 
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
 
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
  
=== Dokumentacja ===
+
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
* [http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/ Strona domowa programu]
+
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
* [http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/index.php?option=com_docman&task=doc_download&gid=49&Itemid=26 Manual v. 2.8.0]
+
 
 +
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 +
 
 +
=== Zadania równoległe ===
 +
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
 +
* Dla wersji 3.0.3 są to:
 +
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient),  EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
 +
 
 +
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):
 +
 
 +
! PAL4
 +
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)
 +
 
 +
lub
 +
 
 +
%pal nprocs 4
 +
      end
 +
 
 +
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
 +
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200
 +
 
 +
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:
 +
> module load orca
 +
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
 +
 
 +
== Dokumentacja ==
 +
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]
 +
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ]  
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 11:23, 20 mar 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
noframe
Serwer Wersja
Bem 4.1.1
4.0.1
4.0.0
3.0.3
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz treść licencji) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:
Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-orca 
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej)
> module load orca/3.0.3

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):

> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Zadania równoległe

Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.

  • Dla wersji 3.0.3 są to:
SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
     end 

Wstawiając zadanie skryptem sub-orca należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:

> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT ustawianą przez moduł:

> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Dokumentacja