Orca: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (+v3.0.1)
m (Zadania równoległe)
Linia 48: Linia 48:
  
 
=== Zadania równoległe ===
 
=== Zadania równoległe ===
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to:
+
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.  
 +
* Dla wersji 2.9.1. są to:
 
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
 
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
 +
* Dla wersji 3.0.1 są to:
 +
:SCF, SCFGRAD, SCFHESS, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Canonical-, PNO-, DLPNO-Methods), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient),  EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
  
 
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):
 
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

Wersja z 13:15, 20 mar 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
Serwer Wersja
Supernova 3.0.1
2.9.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:

> sub-orca plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = normal
    • NCPUS = 1
    • pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie
  • Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.

Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:

> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1)
> sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB] 

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h 

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1 
> module load orca/3.0.1

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):

> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Zadania równoległe

Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.

  • Dla wersji 2.9.1. są to:
SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
  • Dla wersji 3.0.1 są to:
SCF, SCFGRAD, SCFHESS, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Canonical-, PNO-, DLPNO-Methods), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
     end 

Wstawiając zadanie skryptem sub-orca należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:

> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT ustawianą przez moduł:

> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Dokumentacja