Orca

Z KdmWiki
Wersja z dnia 14:19, 19 mar 2014 autorstwa Ask (dyskusja | edycje) (+v3.0.1)
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
The printable version is no longer supported and may have rendering errors. Please update your browser bookmarks and please use the default browser print function instead.

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca

Orca
Serwer Wersja
Supernova 3.0.1
2.9.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.

Licencja

Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

Informacje o wykorzystaniu

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:

> sub-orca plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

Gdzie:

  • Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
  • Domyślne wartości:
    • kolejka = normal
    • NCPUS = 1
    • pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie
  • Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.

Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:

> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1)
> sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB] 

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -q short6h 

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1 
> module load orca/3.0.1

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):

> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Zadania równoległe

Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. Dla wersji 2.9.1. są to:

SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-­‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-­‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
     end 

Wstawiając zadanie skryptem sub-orca należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:

> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT ustawianą przez moduł:

> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

Dokumentacja