ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 8: | Linia 8: | ||
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL. | Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL. | ||
| − | + | ===Nowości w ver 3.0:=== | |
*interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER | *interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER | ||
*wsparcie dla Pythona, CNMA | *wsparcie dla Pythona, CNMA | ||
| − | Cechy głowne | + | ===Cechy głowne:=== |
*zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej | *zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej | ||
*zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji | *zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji | ||
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko | *wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko | ||
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych: | *szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych: | ||
| − | + | * Enwald summation O(N^(3/2)) | |
| − | + | * Particle Mesh EwaldO(N log N) | |
| − | + | * Multi-grid method O(N) | |
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia | *wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia | ||
*liczebność atomów w systemie do 10^6 | *liczebność atomów w systemie do 10^6 | ||
Wersja z 09:46, 4 sie 2010
Protomol
Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.
Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.
Nowości w ver 3.0:
- interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
- wsparcie dla Pythona, CNMA
Cechy głowne:
- zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
- zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
- wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
- szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
- Enwald summation O(N^(3/2))
- Particle Mesh EwaldO(N log N)
- Multi-grid method O(N)
- wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
- liczebność atomów w systemie do 10^6
- wparcie dla platform:
-Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows
opis wg.