ProtoMol

Protomol

Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.

Nowości w ver 3.0:

• interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
• wsparcie dla Pythona, CNMA

Cechy głowne:

• zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
• zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
• wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
• szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:

Enwald summation O(N^(3/2)) Particle Mesh EwaldO(N log N) Multi-grid method O(N)

• wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
• liczebność atomów w systemie do 10^6
• wparcie dla platform:

-Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows

opis wg.