ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Cechy główne)
Linia 16: Linia 16:
 
* Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (''incremental parallelism'') wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
 
* Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (''incremental parallelism'') wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
 
* Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
 
* Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
** Enwald summation O(N^(3/2)),
+
** ''Enwald summation'', o złożoności obliczeniowej O(N<sup>3/2</sup>),
** Particle Mesh EwaldO(N log N),
+
** ''Particle Mesh Ewald'', o złożoności obliczeniowej O(N log N),
** Multi-grid method O(N);
+
** ''Multi-grid method'', o złożoności obliczeniowej O(N);
 
* Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
 
* Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
* Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 10^6;
+
* Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 10<sup>6</sup>;
 
* Wparcie dla platform:
 
* Wparcie dla platform:
 
** Sun/Solaris,
 
** Sun/Solaris,

Wersja z 10:52, 5 sie 2010

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ProtoMol - zorientowany obiektowo framework do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2, potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych takich jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald) i MultiGrid. W obliczeniach można użyć dłuższych kroków czasowych (timesteps), ponieważ aplikacja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

ProtoMol w wersji 2.0 jest zintegrowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na licencji GPL.

Nowości w v. 3.0

  • Interfejs OpenMM, biblioteki do MD wspierającej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
  • Wsparcie dla Pythona, CNMA.

Cechy główne

  • Zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do symulacji dynamiki molekularnej;
  • Zaprojektowane dla wysokiej elastyczności, łatwej skalowalności i administracji;
  • Posiada wbudowane mechanizmy zrównoleglania (incremental parallelism) wspierające sekwencyjne i równoległe środowiska;
  • Szybkie algorytmy do obliczeń elektrostatycznych:
    • Enwald summation, o złożoności obliczeniowej O(N3/2),
    • Particle Mesh Ewald, o złożoności obliczeniowej O(N log N),
    • Multi-grid method, o złożoności obliczeniowej O(N);
  • Wsparcie dla popularnych formatów wejścia i wyjścia;
  • Liczebność atomów w systemie może dochodzić do 106;
  • Wparcie dla platform:
    • Sun/Solaris,
    • AIX (MPI),
    • HP-UX (MPI),
    • IRIX (MPI),
    • Linux (MPIch lub LAMMPI),
    • Windows.

Dokumentacja

  1. Opis wg strony domowej ProtoMol.
  2. Dokumentacja pakietu on-line.