ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Utworzył nową stronę „***Protomol Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przet...”)
 
Linia 14: Linia 14:
  
 
Cechy głowne
 
Cechy głowne
-zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
+
*zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
-zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji  
+
*zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji  
-wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
+
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
-szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
+
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
-Enwald summation O(N^(3/2))
+
*Enwald summation O(N^(3/2))
-Particle Mesh EwaldO(N log N)
+
*Particle Mesh EwaldO(N log N)
-Multi-grid method O(N)
+
*Multi-grid method O(N)
-wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
+
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
-liczebność atomów w systemie do 10^6
+
*liczebność atomów w systemie do 10^6
-wparcie dla platform:
+
*wparcie dla platform:
 
-Sun/Solaris
 
-Sun/Solaris
 
-AIX(MPI)
 
-AIX(MPI)
Linia 30: Linia 30:
 
-Linux(MPIch lub LAMMPI)
 
-Linux(MPIch lub LAMMPI)
 
-Windows
 
-Windows
 +
 +
 +
opis wg.

Wersja z 10:43, 4 sie 2010

      • Protomol

Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.

Cechy (ver 3.0): -interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER -wsparcie dla Pythona, CNMA -

Cechy głowne

  • zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
  • zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
  • wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
  • szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:

*Enwald summation O(N^(3/2)) *Particle Mesh EwaldO(N log N) *Multi-grid method O(N)

  • wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
  • liczebność atomów w systemie do 10^6
  • wparcie dla platform:

-Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows


opis wg.