ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami
(Utworzył nową stronę „***Protomol Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przet...”) |
|||
| Linia 14: | Linia 14: | ||
Cechy głowne | Cechy głowne | ||
| − | + | *zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej | |
| − | + | *zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji | |
| − | + | *wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko | |
| − | + | *szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych: | |
| − | + | *Enwald summation O(N^(3/2)) | |
| − | + | *Particle Mesh EwaldO(N log N) | |
| − | + | *Multi-grid method O(N) | |
| − | + | *wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia | |
| − | + | *liczebność atomów w systemie do 10^6 | |
| − | + | *wparcie dla platform: | |
-Sun/Solaris | -Sun/Solaris | ||
-AIX(MPI) | -AIX(MPI) | ||
| Linia 30: | Linia 30: | ||
-Linux(MPIch lub LAMMPI) | -Linux(MPIch lub LAMMPI) | ||
-Windows | -Windows | ||
| + | |||
| + | |||
| + | opis wg. | ||
Wersja z 09:43, 4 sie 2010
- Protomol
Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.
Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.
Cechy (ver 3.0): -interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER -wsparcie dla Pythona, CNMA -
Cechy głowne
- zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
- zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
- wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
- szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
*Enwald summation O(N^(3/2)) *Particle Mesh EwaldO(N log N) *Multi-grid method O(N)
- wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
- liczebność atomów w systemie do 10^6
- wparcie dla platform:
-Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows
opis wg.