ProtoMol: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 8: Linia 8:
 
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.
 
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.
  
Cechy (ver 3.0):
+
===Nowości w ver 3.0:===
 
*interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER  
 
*interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER  
 
*wsparcie dla Pythona, CNMA
 
*wsparcie dla Pythona, CNMA
  
  
Cechy głowne
+
===Cechy głowne:===
 
*zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
 
*zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
 
*zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji  
 
*zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji  
 
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
 
*wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
 
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
 
*szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
*Enwald summation O(N^(3/2))
+
* Enwald summation O(N^(3/2))
*Particle Mesh EwaldO(N log N)
+
* Particle Mesh EwaldO(N log N)
*Multi-grid method O(N)
+
* Multi-grid method O(N)
 
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
 
*wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
 
*liczebność atomów w systemie do 10^6
 
*liczebność atomów w systemie do 10^6

Wersja z 10:46, 4 sie 2010

Protomol

Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.

Nowości w ver 3.0:

  • interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
  • wsparcie dla Pythona, CNMA


Cechy głowne:

  • zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
  • zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
  • wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
  • szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
  • Enwald summation O(N^(3/2))
  • Particle Mesh EwaldO(N log N)
  • Multi-grid method O(N)
  • wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
  • liczebność atomów w systemie do 10^6
  • wparcie dla platform:

-Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows


opis wg.