ProtoMol

Z KdmWiki
Wersja Radek (dyskusja | edycje) z dnia 10:41, 4 sie 2010

(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
      • Protomol

Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.

Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.

Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.

Cechy (ver 3.0): -interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER -wsparcie dla Pythona, CNMA -

Cechy głowne -zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej -zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji -wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko -szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych: -Enwald summation O(N^(3/2)) -Particle Mesh EwaldO(N log N) -Multi-grid method O(N) -wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia -liczebność atomów w systemie do 10^6 -wparcie dla platform: -Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows