ProtoMol
Protomol
Protomol jest zorientowanym obiektowo frameworkiem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej. Wspiera pola siłowe CHARMM 19 i 28a2 ,potrafi przetwarzać pliki z rozszerzeniami PDB, PSF, XYZ oraz pliki trajektorii DCD. Korzysta z szybkich algorytmów oceny oddziaływań elektrostatycznych taki jak: algorytm Ewald, PME (Particle Mesh Ewald), MultiGrid. Dłuższych kroków czasowych (timesteps) można użyć, ponieważ aplikakcja stosuje metody takie jak: MOLLY, Langevin Molly oraz pochodne Monte Carlo (hybrydowa), Nose-Hoover i Langevin.
Protomol ver 2.0 jest zintegorowany z silnikiem wizualizacyjnym VMD, natomiast wersja 3.0 współdziała również z Open Source Jave Molecular Viewer.
Aplikacja jest rozpowszechniana na zasadach GPL.
Nowości w ver 3.0:
- interfejs OpenMM, bibliteki do MD wspierajacej GPU NVIDIA oraz ATI. OpenMM wspiera pola siłowe AMBER
- wsparcie dla Pythona, CNMA
Cechy głowne:
- zorientowane obiektowo wysokowydajne środowisko do sumulacji dynamiki molkularnej
- zaprojektowane dla wysokiej elastyczniści, łatwej skalarności i administracji
- wbudowana pralelizacja wspiera sekwencyjne i zrównoleglone środowisko
- szybkie algorytmy do obliczeń elektorstatycznych:
Enwald summation O(N^(3/2))
- Particle Mesh EwaldO(N log N)
- Multi-grid method O(N)
- wsparcie dla popularnych formatów wejscia i wyjscia
- liczebność atomów w systemie do 10^6
- wparcie dla platform:
-Sun/Solaris -AIX(MPI) -HP-UX(MPI) -IRIX(MPI) -Linux(MPIch lub LAMMPI) -Windows
opis wg.