R: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 19 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
−
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.0|wersja3=2.14}}
+
{{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=3.5.3|wersja2=3.2.3|wersja3='''3.1.3'''}}
  
 
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
 
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
  
 
=== R w WCSS ===
 
=== R w WCSS ===
−
;Wstawianie zadań do kolejki:
+
==== Uruchamianie zadań ====
−
dla R 3.0.0:
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
−
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)
  
−
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
−
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.
+
  > sub-r
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)
  
−
==== Zainstalowane pakiety ====
+
Na przykład
−
Do wersji 3.0.0 zostały doinstalowane następujące pakiety:
 
−
    polynom 
 
−
    orthopolynom
 
−
    evd
 
−
    ddst
 
−
    RUnit
 
−
    iterators
 
−
    foreach
 
−
    multicore
 
−
    doMC
 
−
    Rmpi
 
−
    doMPI
 
−
    randomForest
 
−
    Boruta
 
−
    SparseM
 
−
    quantreg
 
−
    cobs
 
−
    snow
 
−
    kernlab
 
−
    rtape
 
−
    coda
 
−
    R2OpenBUGS
 
−
    mvtnorm
 
−
    msm
 
−
    plyr
 
−
    reshape
 
−
    zoo
 
−
    xts
 
−
    quadprog
 
−
    tseries
 
−
    timeDate
 
−
    timeSeries
 
−
    car
 
−
    stabledist
 
−
    fBasics
 
−
    fGarch
 
−
    lmtest
 
−
    akima
 
−
    lattice
 
−
    locfit
 
−
    acepack
 
−
    nlts 3
 
−
    leaps
 
−
    TSA
 
−
    Rcpp
 
−
    RSNNS
 
−
    TTR
 
−
    Defaults
 
−
    quantmod
 
−
    FinancialInstrument
 
−
    Hmisc
 
−
    rjags 1 4
 
−
    gumbel
 
−
    segmented
 
−
    mixtools
 
−
    etm
 
−
    geepack
 
−
    PerformanceAnalytics
 
−
    blotter 2
 
−
    quantstrat 2
 
−
    gsl
 
−
    ADGofTest
 
−
    pspline
 
−
    copula
 
−
    scatterplot3d
 
−
    mnormt
 
−
    sn
 
−
    sp
 
−
    rgdal
 
−
    RMySQL
 
−
    igraph
 
−
    gam
 
−
    colorspace
 
−
    vcd
 
−
    pscl
 
−
    RcppArmadillo
 
−
    truncnorm
 
−
    Rsolnp
 
−
    nloptr
 
−
    rgl
 
−
    misc3d
 
−
    ks
 
−
    numDeriv
 
−
    spd
 
−
    chron
 
−
    rugarch
 
  
 +
> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 +
'''Uwaga'''
 +
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
 +
 +
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 +
 +
==== Sprawdzenie zainstalowanych pakietów ====
 +
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
 +
<pre>
 +
installed.packages()
 +
</pre>
 +
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.
 
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
 
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
 +
 +
==== Instalacja pakietów w lokalnym katalogu ====
 +
 +
Należy uruchomić kolejkę interaktywną:
 +
<pre>qsub -I -l walltime=2:00:00</pre>
 +
 +
Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:
 +
<pre>module load r/3.2.3-intel15.0
 +
R</pre>
 +
 +
Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy użyć polecenia '''install.packages''':
 +
 +
<pre>
 +
> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
 +
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
 +
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
 +
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)
 +
</pre>
 +
Zatwierdzić wpisując '''y'''.
 +
<pre>Would you like to create a personal library
 +
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
 +
to install packages into?  (y/n) y
 +
</pre>
 +
Ponownie zatwierdzić wpisując '''y'''.
 +
Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji
 +
<pre>
 +
* installing *source* package ‘lattice’ ...
 +
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
 +
(...)
 +
** testing if installed package can be loaded
 +
* DONE (lattice)
 +
</pre>
 +
 +
Sprawdzenie ścieżek do pakietów
 +
<pre>> .libPaths();
 +
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
 +
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"
 +
</pre>
 +
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
=== R w sieci ===
 
=== R w sieci ===
Linia 108: Linia 87:
 
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
 
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
−
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]
+
* [https://www.osc.edu/resources/getting_started/howto/howto_install_local_r_packages HOWTO: Install Local R Packages]
  
 
{{Oprogramowanie}}
 
{{Oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 07:29, 30 kwi 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R

R
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.5.3
3.2.3
3.1.3
Kontakt
kdm@wcss.pl


GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

R w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

 > sub-r
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)

Na przykład 

> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Sprawdzenie zainstalowanych pakietów

Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem: 

installed.packages()

po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.

Instalacja pakietów w lokalnym katalogu

Należy uruchomić kolejkę interaktywną: 

qsub -I -l walltime=2:00:00

Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program: 

module load r/3.2.3-intel15.0
R

Aby zainstalować pakiet lattice należy użyć polecenia install.packages: 

> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

Zatwierdzić wpisując y. 

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
to install packages into?  (y/n) y

Ponownie zatwierdzić wpisując y. Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji 

* installing *source* package ‘lattice’ ...
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
(...)
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lattice)

Sprawdzenie ścieżek do pakietów 

> .libPaths();
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

R w sieci

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&oldid=5946”