SCIGRESS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
m
 
(Nie pokazano 10 wersji utworzonych przez 3 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
WCSS dysponował testową licencją programu '''SCIGRESS'''. Pliki instalacyjne do celów testowych można pobrać z:
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS</small>
* [http://www.fqs.pl/download/Scigress/SCIGRESS_3.1.zip  wersja dla Windows]
+
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}
* [http://www.fqs.pl/download/Scigress/SCIGRESS_V3.1.3_Linux64.tar.gz wersja dla Linuksa]
+
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:
 +
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.
  
Instalacja polega na uruchomieniu pliku wykonywalnego wypakowanego z odpowiedniego (zalinkowanego wyżej) archiwum. Po instalacji należy
+
== Licencja ==
zastąpić pliki license.lic (w podkatalogu flexlm katalogu instalacji aplikacji - dla domyślnej instalacji w sytemie Windows 7 lokalizacja to '''C:\Pliki programów (x86)\Fujitsu\SCIGRESS Suite\flexlm\license.lic''') plikiem dostępnym [[:Plik:license.lic|pod linkiem]].
+
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
 +
{| class=wikitable
 +
|align="center"|'''moduł'''
 +
|align="center"| Local SCF
 +
|align="center"| ZINDO
 +
|align="center"| Fast Dock
 +
|align="center"| Mechanics
 +
|align="center"| CONFLEX
 +
|align="center"| MO-G
 +
|align="center"| Dynamics
 +
|align="center"| MD-ME
 +
|align="center"| DGauss
 +
|align="center"| EHT
 +
|align="center"| Phase
 +
|align="center"| MO-S
 +
|align="center"| Tabulator
 +
|---
 +
|align="center"|'''procesy '''
 +
|align="center"| 8
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|align="center"| 1
 +
|}
  
<!--Podczas zdalnego zlecania zadań należy specyfikować adres '''bespin.wcss.pl'''.-->
+
Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
+
 
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
 +
 
 +
== Korzystanie w WCSS ==
 +
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.
 +
 
 +
==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====
 +
 
 +
1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.
 +
 
 +
2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora:<br>
 +
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
 +
i uruchomić instalator:<br>
 +
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin
 +
 
 +
Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.
 +
 
 +
3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.
 +
 
 +
4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').
 +
 
 +
==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====
 +
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.
 +
 
 +
2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]).
 +
 
 +
[[Plik:licencemanager.png|300px]]
 +
 
 +
Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.
 +
 
 +
3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.
 +
 
 +
==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ====
 +
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.
 +
 
 +
[[Plik:csf.png|500px]]
 +
 
 +
W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.
 +
 
 +
[[Plik:newsite.png|300px]]
 +
 
 +
Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]] (nie jest to to samo hasło co do '''Supernova''', należy o nie poprosić poprzez wiadomość na adres kdm@wcss.pl). W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK.
 +
 
 +
Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].
 +
 
 +
[[Plik:licencje.png|200px]]
 +
 
 +
W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.
 +
 
 +
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].
 +
 
 +
== Dokumentacja ==
 +
* [http://www.scigress.com Strona domowa pakietu]
 +
 
 +
 
 +
{{oprogramowanie}}
 +
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Aktualna wersja na dzień 14:51, 3 gru 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SCIGRESS

SCIGRESS
Scigress logo.jpg
Serwer Wersja
Supernova 3.1.4
Kontakt
kdm@wcss.pl

SCIGRESS jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych: organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

Licencja

WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:

moduł Local SCF ZINDO Fast Dock Mechanics CONFLEX MO-G Dynamics MD-ME DGauss EHT Phase MO-S Tabulator
procesy 8 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze Supernova. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z administratorami KDM. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z politechnicznego serwera VPN. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez administratorów KDM. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

Instalacja klienta dla systemu Linux

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator SCIGRESS_Linux64_version.bin lub SCIGRESS_Linux32_version.bin oraz instrukcję instalacji SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora:

chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin

i uruchomić instalator:

sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji (license.lic) do katalogu /opt/SCIGRESS Suite/flexlm/. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku /etc/hosts istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ./Workspace.sh w katalogu głównym klienta (domyślnie: /opt/SCIGRESS Suite).

Instalacja klienta dla systemu Windows

1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji (license.lic).

licencemanager.png

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie

W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

csf.png

W menu Experiment należy wybrać Run i w karcie, która się pojawi kliknąć Select Server.

newsite.png

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego scigress.wcss.pl. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze Supernova przekazane przez administratorów KDM WCSS (nie jest to to samo hasło co do Supernova, należy o nie poprosić poprzez wiadomość na adres kdm@wcss.pl). W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć Make the server default i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze Supernova.

licencje.png

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z administratorami KDM.

Dokumentacja