Siesta: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 21: | Linia 21: | ||
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np: | Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np: | ||
| − | > qsub -I | + | > qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_4.1-b4-intel-2018b |
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: | Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: | ||
Wersja z 12:39, 22 lip 2020
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Siesta
| SIESTA | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 3.2 4.0,4.1-b4 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)
Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.
Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem. Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).
Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.
Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov
Korzystanie w WCSS
Program Siesta zainstalowany jest na klastrze Bem
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np:
> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Siesta_4.1-b4-intel-2018b
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load siesta (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load siesta/3.2-intel15.0 > module load siesta/4.0-intel16.0
> module load Siesta/4.1-b4-intel-2018b
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|