TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
Linia 28: Linia 28:
 
* liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
 
* liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
  
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code>
+
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TM_<nazwa_katalogu>.o*</code>
  
 
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1.}}
 
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1.}}

Wersja z 08:59, 9 paź 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbommole

Turbomole
Serwer Wersja
Supernova 6.6
6.5
6.4
6.3
5.10
Kontakt
kdm@wcss.pl

TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

Korzystanie z Turbomole w WCSS

Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Supernova.

Sposób użycia

Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:

sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]

Gdzie:

  • <nazwa_programu> to jeden paremetr z listy:
aoforce     eigerf      moloch      ricc2_mpi   sdg         
atbandbta   escf        mpgrad      riccprep    statpt
bsseenergy  freeh       mpgrad_mpi  ridft       tm2molden
cosmoprep   frog        mpshift     ridft_mpi   uff
define      grad        rdgrad      rimp2       vibration
dscf        grad_mpi    rdgrad_mpi  rimp2prep   jobex
dscf_mpi    intense     relax       ruecker     
egrad       mdprep      ricc2       sammler     
  • kolejka - to np. normal
  • liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu

Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie TM_<nazwa_katalogu>.o*

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM