TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m
 
(Nie pokazano 20 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Turbomole</small>
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja3=5.10|wersja2=6.2|wersja=6.3}}
+
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=7.3|wersja2=7.1.1|wersja3=7.0|wersja4='''6.6'''|wersja5=6.3|wersja5=5.10}}
'''TURBOMOLE''' - pakiet do obliczeń chemicznych metodami ab initio, implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
+
'''TURBOMOLE''' - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
  
 
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==
 
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Nova]].
+
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/.
  
 
;Sposób użycia:
 
;Sposób użycia:
  
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
  sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)
 +
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
 
 +
  > sub-turbomole
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)
  
 
Gdzie:
 
Gdzie:
* <code><nazwa_programu></code> to coś z:
+
* <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy:
 
<pre>
 
<pre>
 
aoforce    eigerf      moloch      ricc2_mpi  sdg         
 
aoforce    eigerf      moloch      ricc2_mpi  sdg         
Linia 25: Linia 37:
 
</pre>
 
</pre>
  
* kolejka - to np. parallel
+
Na przykład
* liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
+
 
 +
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 
 +
 
 +
'''Uwaga'''
 +
 
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
 +
 
 +
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR }}
  
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code>
 
  
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1.}}
+
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==

Aktualna wersja na dzień 10:25, 5 wrz 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbomole

Turbomole
Serwer Wersja
Bem 7.3
7.1.1
7.0
6.6
5.10
Kontakt
kdm@wcss.pl

TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

Korzystanie z Turbomole w WCSS

Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/turbomole/.

Sposób użycia

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-turbomole
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)

Gdzie:

  • <program_name> to jeden paremetr z listy:
aoforce     eigerf      moloch      ricc2_mpi   sdg         
atbandbta   escf        mpgrad      riccprep    statpt
bsseenergy  freeh       mpgrad_mpi  ridft       tm2molden
cosmoprep   frog        mpshift     ridft_mpi   uff
define      grad        rdgrad      rimp2       vibration
dscf        grad_mpi    rdgrad_mpi  rimp2prep   jobex
dscf_mpi    intense     relax       ruecker     
egrad       mdprep      ricc2       sammler     

Na przykład

> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).


Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM