TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
m (1 wersja) |
|||
| Linia 10: | Linia 10: | ||
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie: | Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie: | ||
| − | sub-turbomole | + | sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni] |
| − | |||
| − | |||
| + | Gdzie: | ||
* <code><nazwa_programu></code> to coś z: | * <code><nazwa_programu></code> to coś z: | ||
<pre> | <pre> | ||
| Linia 26: | Linia 25: | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | * | + | * kolejka - to np. parallel |
| − | + | * liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu | |
| − | * | ||
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code> | Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code> | ||
Wersja z 07:05, 21 gru 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
TURBOMOLE - pakiet do obliczeń chemicznych metodami ab initio, implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
Korzystanie z Turbomole w WCSS
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Nova.
- Sposób użycia
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:
sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]
Gdzie:
<nazwa_programu>to coś z:
aoforce eigerf moloch ricc2_mpi sdg atbandbta escf mpgrad riccprep statpt bsseenergy freeh mpgrad_mpi ridft tm2molden cosmoprep frog mpshift ridft_mpi uff define grad rdgrad rimp2 vibration dscf grad_mpi rdgrad_mpi rimp2prep jobex dscf_mpi intense relax ruecker egrad mdprep ricc2 sammler
- kolejka - to np. parallel
- liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie TURBO_<nazwa_programu>.o*
|
Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1. |
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|