Tinker: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
(Licencja)
(Korzystanie w WCSS)
 
(Nie pokazano 4 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tinker</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tinker</small>
{{aplikacja|nazwa=Tinker|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja= 5.1.09}}  
+
{{aplikacja|nazwa=Tinker|logo=[[Plik:tinker.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja= 5.1.09}}  
 
'''Tinker''' - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).
 
'''Tinker''' - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).
  
Linia 22: Linia 22:
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
Program skompilowany jest kompilatorem gfortran. Tinkera 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.8.
+
Program Tinker 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.9 oraz 8.0.
  
 
;Uruchamianie
 
;Uruchamianie
 
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:
 
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:
  > module load molcas/molcas78
+
  > qsub -I -l software=06:00:00 -l software=Tinker_5.1.09
> cd /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example/
+
  > module load molcas/7.9-gcc4.7.4
  > /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example $ analyze water.xyz -k water.key e>$HOME/woda.out
+
 
 +
 
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* http://dasher.wustl.edu/ffe/
 
* http://dasher.wustl.edu/ffe/
 +
 +
 +
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]
 +
 +
{{oprogramowanie}}
 +
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 +
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 15:19, 29 lut 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Tinker

Tinker
noframe
Serwer Wersja
Supernova 5.1.09
Kontakt
kdm@wcss.pl

Tinker - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).

Licencja

Pakiet jest darmowy, działający na licencji U.S. Copyright Law. Użytkownicy korzystający z Tinker zobowiązani są do podpisania licencji (http://dasher.wustl.edu/ffe/downloads/license.pdf) oraz przesłania jej na adres:

Dr. Jay W. Ponder
Department of Chemistry, Box 1134
Washington University in Saint Louis
One Brookings Drive
Saint Louis, MO 63 130 U.S.A

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następujących prac:

P. Ren, C. Wu and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 7, 3143-3161 (2011)
M. J. Schnieders and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 3, 2083-2097 (2007)
P. Ren and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 107, 5933-5947 (2003)
R. V. Pappu, R. K. Hart and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 102, 9725-9742 (1998)
M. E. Hodsdon, J. W. Ponder and D. P. Cistola, J. Mol. Biol., 264, 585-602 (1996)
C. E. Kundrot, J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402-409 (1991)
J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 8, 1016-1024 (1987)

Korzystanie w WCSS

Program Tinker 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.9 oraz 8.0.

Uruchamianie

Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:

> qsub -I -l software=06:00:00 -l software=Tinker_5.1.09
> module load molcas/7.9-gcc4.7.4


Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM