Tripos Sybyl

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

SYBYL - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.

Licencja

WCSS udostępnia pakiet SYBYL (wersja 8.0) w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).

Sybyl w WCSS

Sybyl jest dostępny na Tezro.

Środowisko aplikacji

SYBYL wymaga kilku zmiennych środowiskowych, które ustawiane są domyślnie dla każdego użytkownika podczas logowania na serwer, np. dla tcsh:

setenv TA_ROOT /usr/local/tripos/sybyl8.0
setenv TA_LICENSE_FILE /usr/local/licenses/tripos.lic

Domyślne ustawienia pakietu można personalizować ustawiając opcje w pliku /home/$USER/.sybylrc.

Uruchamianie aplikacji

Aby uruchomić aplikację na zdalnej stacji graficznej należy:

> ssh -X tezro
  • wywołać program komendą:
> sybyl

Uwaga - prosimy o sprawdzanie, czy po zakończeniu pracy interaktywnej nie został zbędny proces w tle.

Sprawdzanie dostępności modułów

Ponieważ Tripos Sybyl jest udostępniany w ramach licencji krajowej może się zdarzyć, że poszczególne moduły będą w danej chwili w użyciu i trzeba poczekać na zwolnienie się odpowiedniej liczby tokenów. Każdy użytkownik może sprawdzić aktualny stan wykorzystania modułów odpytując serwer licencji:

  • na serwerze wykonać polecenie, np. dla tcsh:
> setenv LM_LICENSE_FILE 1705@krankenschwester.icm.edu.pl
> lmstat -a 
  • dla wygody można wynik polecenia przekierować do pliku
> lmstat -a > sybyl.status.txt
> less sybyl.status.txt

Lista modułów

  • SYBYL BASE
  • CONCORD-SKETCH
  • MOLCAD
  • ADVANCED COMPUTATION
  • RECEPTOR
  • GASP
  • DISCOtech
  • HQSAR
  • QSAR
  • ADVANCED CoMFA
  • BIOPOLYMER
  • COMPOSER
  • GeneFold
  • ProTable
  • MatchMaker
  • LeapFrog
  • Legion
  • Selector
  • DYNAMICS
  • TRIAD
  • MARDIGRAS+
  • Almond
  • Tuplets
  • Fugue
  • Rachel
  • Hint!
  • ZAP
  • OptDesign
  • Molconn-Z
  • UNITY Base
  • UNITY 3D
  • UNITY Extra Search Engine
  • CONCORD-STAND ALONE
  • Power CONCORD
  • StereoPlex
  • Distill
  • SiteID
  • Confort
  • Confort 3D
  • ClogP
  • Diverse Solutions
  • VolSurf
  • Cscore

Nowe moduły

Uwaga - wycofano oprogramowanie FlexX.

Dokumentacja

Dokumentacja on-line dostępna na serwerze usługowym KDM:

Linki zewnętrzne


Zobacz też: Oprogramowanie KDM