SCIGRESS

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SCIGRESS

SCIGRESS
Scigress logo.jpg
Serwer Wersja
Supernova 3.1.4
Kontakt
kdm@wcss.pl

SCIGRESS jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych: organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.

Licencja

WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:

moduł Local SCF ZINDO Fast Dock Mechanics CONFLEX MO-G Dynamics MD-ME DGauss EHT Phase MO-S Tabulator
procesy 8 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze Supernova. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z administratorami KDM. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z politechnicznego serwera VPN. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez administratorów KDM. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.

Instalacja klienta dla systemu Linux

1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator SCIGRESS_Linux64_version.bin lub SCIGRESS_Linux32_version.bin oraz instrukcję instalacji SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf.

2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora:

chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin

i uruchomić instalator:

sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin

Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji (license.lic) do katalogu /opt/SCIGRESS Suite/flexlm/. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku /etc/hosts istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.

4) Klienta uruchamia się poleceniem ./Workspace.sh w katalogu głównym klienta (domyślnie: /opt/SCIGRESS Suite).

Instalacja klienta dla systemu Windows

1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.

2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji (license.lic).

licencemanager.png

Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.

3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.

Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie

W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.

csf.png

W menu Experiment należy wybrać Run i w karcie, która się pojawi kliknąć Select Server.

newsite.png

Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego scigress.wcss.pl. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze Supernova przekazane przez administratorów KDM WCSS (nie jest to to samo hasło co do Supernova, należy o nie poprosić poprzez wiadomość na adres kdm@wcss.pl). W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć Make the server default i kliknąć OK.

Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze Supernova.

licencje.png

W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.

W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z administratorami KDM.

Dokumentacja