Tripos Sybyl

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Tezro

SYBYL - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.

Uwaga - Sybyl jest dostępny na Tezro.

Uwaga - prosimy o sprawdzanie, czy po zakończeniu pracy interaktywnej nie został zbędny proces w tle.

Spis treści 1 Informacje ogólne 2 Sybyl w WCSS 3 Lista modułów 3.1 Nowe moduły 4 Dokumentacja

Informacje ogólne

Pakiet SYBYL zawiera moduły:

• SYBYL/Basic
• SYBYL/Advanced Computation
• SYBYL/Dynamics
• SYBYL/Biopolymer
• SYBYL/Composer
• SYBYL/QSAR (Quantitive Structure/Activity Relationship)
• CONCORD
• RECEPTOR

Sybyl w WCSS

WCSS udostępnia pakiet SYBYL (wersja 8.0) w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).

Środowisko aplikacji

SYBYL wymaga kilku zmiennych środowiskowych, które ustawiane są domyślnie dla każdego użytkownika podczas logowania na serwer, np. dla tcsh:

setenv TA_ROOT /usr/local/tripos/sybyl8.0
setenv TA_LICENSE_FILE /usr/local/licenses/tripos.lic

Domyślne ustawienia pakietu można personalizować ustawiając opcje w pliku /home/$USER/.sybylrc.

Uruchamianie aplikacji

Aby uruchomić aplikację na zdalnej stacji graficznej należy:

• mieć uruchomione na stacji środowisko graficzne X-Window
• zalogować się na serwer Tezro, pamiętając o przekierowaniu wyświetlania

> ssh -X tezro

• wywołać program komendą:

> sybyl

Sprawdzanie dostępności modułów

Ponieważ Tripos Sybyl jest udostępniany w ramach licencji krajowej może się zdarzyć, że poszczególne moduły będą w danej chwili w użyciu i trzeba poczekać na zwolnienie się odpowiedniej liczby tokenów. Każdy użytkownik może sprawdzić aktualny stan wykorzystania modułów odpytując serwer licencji:

• na serwerze wykonać polecenie, np. dla tcsh:

> setenv LM_LICENSE_FILE 1705@krankenschwester.icm.edu.pl
> lmstat -a 

• dla wygody można wynik polecenia przekierować do pliku

> lmstat -a > sybyl.status.txt
> less sybyl.status.txt

Lista modułów

SYBYL BASE CONCORD-SKETCH MOLCAD ADVANCED COMPUTATION RECEPTOR GASP DISCOtech HQSAR QSAR ADVANCED CoMFA BIOPOLYMER COMPOSER GeneFold ProTable MatchMaker LeapFrog Legion Selector DYNAMICS TRIAD MARDIGRAS+ Almond

Tuplets Fugue Rachel Hint! ZAP OptDesign Molconn-Z UNITY Base UNITY 3D UNITY Extra Search Engine CONCORD-STAND ALONE Power CONCORD StereoPlex Distill SiteID Confort Confort 3D ClogP Diverse Solutions VolSurf Cscore

Nowe moduły

• Surflex-Dock
• GALAHAD
• MM4
• EA-Inventor
• Savol

Uwaga - wycofano oprogramowanie FlexX.

Dokumentacja

Dokumentacja on-line dostępna na serwerze usługowym KDM:

• Tripos Bookshelf (dostępna wyłącznie z komputerów sieci WASK)

Linki zewnętrzne

• Opis produktu

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie naukowe	Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ Accelrys ⋅ ACES2 ⋅ ADF ⋅ ANSYS Fluent ⋅ APBS ⋅ AutoDock ⋅ CAMFR ⋅ CPMD ⋅ Dalton ⋅ FDS-SMV ⋅ FreeFEM ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ Hmmer ⋅ LAMMPS ⋅ Matlab ⋅ Meep ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ MPB ⋅ NAMD ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ Pro/ENGINEER ⋅ ProtoMol ⋅ R ⋅ SIESTA ⋅ Sybyl ⋅ TURBOMOLE