KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Octave

2019-02-18T08:55:54Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GNU Octave
{{aplikacja|nazwa=Octave|logo=[[Plik:octave-logo.png|text]]GNU Octave|serwer=[[Bem]]|wersja='''4.4.1'''}}

'''GNU Octave''' - Scientific Programming Language.

== Licencja ==
GNU General Public License (GPL) as published by the Free Software Foundation.

== Korzystanie w WCSS ==
Octave jest dostępny na klastrze [[Bem]] w wersji '''CLI''' (Command Line Interface).

Znajduje się w katalogu ''/usr/local/octave/''.

=== Jak korzystać ===
W [[jak korzystać z kolejek PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego | trybie interaktywnym ]]:

[wcss] user@wn0101 ~ > module load octave/4.4.1-gcc7.4.0

octave/4.4.1-gcc7.4.0 load complete.

[wcss] user@wn0101 ~ > octave-cli

GNU Octave, version 4.4.1
Copyright (C) 2018 John W. Eaton and others.
This is free software; see the source code for copying conditions.
There is ABSOLUTELY NO WARRANTY; not even for MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. For details, type 'warranty'.
Octave was configured for "x86_64-pc-linux-gnu".
Additional information about Octave is available at https:&frasl;&frasl;www.octave.org.
Please contribute if you find this software useful.
For more information, visit https:&frasl;&frasl;www.octave.org/get-involved.html
Read https:&frasl;&frasl;www.octave.org/bugs.html to learn how to submit bug reports.
For information about changes from previous versions, type 'news'.

octave:1>


== Więcej informacji ==
* [https://www.gnu.org/software/octave/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Octave

2019-02-18T08:46:43Z

Adamprz: /* Jak korzystać */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GNU Octave
{{aplikacja|nazwa=Octave|logo=[[Plik:octave-logo.png|text]]GNU Octave|serwer=[[Bem]]|wersja='''4.4.1'''}}

'''GNU Octave''' - Scientific Programming Language.

== Licencja ==
Free software.

== Korzystanie w WCSS ==
Octave jest dostępny na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/octave/'' w wersji '''CLI''' (Command Line Interface).

=== Jak korzystać ===
W [[jak korzystać z kolejek PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego | trybie interaktywnym ]]:

[wcss] user@wn0101 ~ > module load octave/4.4.1-gcc7.4.0

octave/4.4.1-gcc7.4.0 load complete.

[wcss] user@wn0101 ~ > octave-cli

GNU Octave, version 4.4.1
Copyright (C) 2018 John W. Eaton and others.
This is free software; see the source code for copying conditions.
There is ABSOLUTELY NO WARRANTY; not even for MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. For details, type 'warranty'.
Octave was configured for "x86_64-pc-linux-gnu".
Additional information about Octave is available at https:&frasl;&frasl;www.octave.org.
Please contribute if you find this software useful.
For more information, visit https:&frasl;&frasl;www.octave.org/get-involved.html
Read https:&frasl;&frasl;www.octave.org/bugs.html to learn how to submit bug reports.
For information about changes from previous versions, type 'news'.

octave:1>


== Więcej informacji ==
* [https://www.gnu.org/software/octave/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Octave

2019-02-18T08:44:44Z

Adamprz: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GNU Octave {{aplikacja|nazwa=Octave|logo=Plik:octave-logo.png..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GNU Octave
{{aplikacja|nazwa=Octave|logo=[[Plik:octave-logo.png|text]]GNU Octave|serwer=[[Bem]]|wersja='''4.4.1'''}}

'''GNU Octave''' - Scientific Programming Language.

== Licencja ==
Free software.

== Korzystanie w WCSS ==
Octave jest dostępny na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/octave/'' w wersji '''CLI''' (Command Line Interface).

=== Jak korzystać ===
W [[jak korzystać z kolejek PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego | trybie interaktywnym ]]:

[wcss] user@wn0101 ~ > module load octave/4.4.1-gcc7.4.0

octave/4.4.1-gcc7.4.0 load complete.

[wcss] user@wn0101 ~ > octave

GNU Octave, version 4.4.1
Copyright (C) 2018 John W. Eaton and others.
This is free software; see the source code for copying conditions.
There is ABSOLUTELY NO WARRANTY; not even for MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. For details, type 'warranty'.
Octave was configured for "x86_64-pc-linux-gnu".
Additional information about Octave is available at https:&frasl;&frasl;www.octave.org.
Please contribute if you find this software useful.
For more information, visit https:&frasl;&frasl;www.octave.org/get-involved.html
Read https:&frasl;&frasl;www.octave.org/bugs.html to learn how to submit bug reports.
For information about changes from previous versions, type 'news'.

octave:1>


== Więcej informacji ==
* [https://www.gnu.org/software/octave/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Plik:octave-logo.png

2019-02-18T08:28:35Z

Adamprz: Adamprz przesłano nową wersję pliku „Plik:octave-logo.png“

Plik:octave-logo.png

2019-02-18T08:25:47Z

Adamprz:

Plik:octave-logo.svg

2019-02-18T08:21:03Z

Adamprz: Octave Logo

Octave Logo

DIRAC

2019-02-12T10:37:25Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja='''18.0'''|wersja2=17.0|wersja3=16.0}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.

Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* '''Program use''': Academic

Dla wersji '''18.0''' nie jest to wymagane.

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/dirac/'' w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)
* 18.0 (wersja równoległa)
=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
> module load dirac/wybrana_wersja

=== Jak korzystać ===
Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:
> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

Lista dostępnych opcji:
> pam-dirac --help

=== Przykładowy skrypt PBS ===

<pre>
#!/bin/bash
#PBS -q main
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
#PBS -l software=DIRAC_18
#PBS -m be
#PBS -N HF_HI

module load dirac/18.0-gcc7.4.0
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt
</pre>
Po wykonaniu polecenia ''qsub ./skrypt.sh'' wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:
* HF_HI_sorep.out
* HF_HI_sorep.tgz
* HF_HI...achilles.txt

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].
== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-18/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

OpenBLAS

2019-02-08T10:22:14Z

Adamprz:

OpenBLAS jest zoptymalizowaną bibllioteką procedur numerycznych, jest implementacją BLAS z bibliotekami LAPACK.

OpenBLAS jest licencjonowany na 3-klauzulowej licencja BSD, licencja ta jest kompatybilna z GPL.

Skorzystanie z najnowszej wersji biblioteki na klastrze [[Bem]] umożliwia polecenie:
> module load openblas/0.2.20-gcc7.4.0

Aby skompilować swój program z użyciem OpenBLAS należy dołączyć do kompilatora gfortran flagę:
<pre>-L$OPENBLASLIBDIR -lopenblas</pre>

OpenBLAS

2019-02-08T10:21:46Z

Adamprz: Utworzono nową stronę "OpenBLAS jest zoptymalizowaną bibllioteką procedur numerycznych, jest implementacją BLAS z bibliotekami LAPACK. OpenBLAS jest licencjonowany na 3-klauzulowej licencj..."

Oprogramowanie systemowe i narzędziowe

2019-02-08T10:10:57Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < Oprogramowanie systemowe i narzędziowe

Oprogramowanie narzędziowe, kompilatory i biblioteki udostępniane przez [[WCSS]] użytkownikom [[KDM|Komputerów Dużej Mocy]].

;Kompilatory
*[[GNU GCC]]
*[[Kompilatory Intel|Intel]]
*[[PGI Server|PGI]]

;Biblioteki
*[[Global Arrays toolkit|Global Arrays]]
*[[Boost]]
Numeryczne:
*[[ATLAS]]
*[[MKL]]
*[[LAPACK]]
*[[SCSL]]
*[[OpenBLAS]]

;Środowiska równoległe
*[[MPI]]
**[[MPICH]]
**[[MVICH]]
**[[MVAPICH1]]
**[[MVAPICH2]]
**[[LAM/MPI]]
**[[OpenMPI]]
*[[OpenMP]]
*[[PVM]]

;Narzędzia
*[[Allinea DDT]]

'''Zobacz też:''' [[mpiexec]], [[oprogramowanie KDM]]

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Linkowanie z bibliotekami numerycznymi

2019-02-08T10:09:45Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]] < Linkowanie z bibliotekami numerycznymi 

Część aplikacji wymaga linkowania z bibliotekami numerycznymi. W tabelce poniżej zestawiono najpopularniejsze, dostępne dla użytkowników [[WCSS]].

{| class="wikitable" style="text-align:right"
|+ Nazwy i dostawcy bibliotek matematycznych
!Nazwa
!Vendor
|-
| [[MKL]]
| Intel
|-
| BLAS,BLACS,LAPACK,SCALAPACK
| opensource
|-
| GotoBLAS
| opensource
|-
|[[OpenBLAS]]
| opensource
|-
|[[ATLAS]]
| opensource
|-
|}

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Linkowanie z bibliotekami numerycznymi

2019-02-08T09:42:09Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Kompilacja aplikacji na klastrze]] < Linkowanie z bibliotekami numerycznymi 

Część aplikacji wymaga linkowania z bibliotekami numerycznymi. W tabelce poniżej zestawiono najpopularniejsze, dostępne dla użytkowników [[WCSS]].

{| class="wikitable" style="text-align:right"
|+ Nazwy i dostawcy bibliotek matematycznych
!Nazwa
!Vendor
|-
| [[MKL]]
| Intel
|-
| BLAS,BLACS,LAPACK,SCALAPACK
| opensource
|-
| GotoBLAS
| opensource
|-
| OpenBLAS
| opensource
|-
|[[ATLAS]]
| opensource
|-
|}

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2019-02-01T09:52:22Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=8.10.2 |wersja2='''8.4.4'''|wersja3=8.2.2|wersja4=8.0.7|wersja5=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2019-01-08T11:30:57Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=8.8.3 |wersja2='''8.4.4'''|wersja3=8.2.2|wersja4=8.0.7|wersja5=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2019-01-08T11:30:04Z

Adamprz: /* Uwagi */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=8.10.1 (sprawdź [[#Uwagi|Uwagi]])|wersja2='''8.4.4'''|wersja3=8.2.2|wersja4=8.0.7|wersja5=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2018-12-13T13:51:06Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=8.10.1 (sprawdź [[#Uwagi|Uwagi]])|wersja2='''8.4.4'''|wersja3=8.2.2|wersja4=8.0.7|wersja5=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

; Wersja 8.10.1
: Zainstalowana na [[Bem|klastrze Bem]] wersja 8.10.1 nie ma wsparcia DFT.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2018-12-13T12:54:44Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''8.4.4'''|wersja2=8.2.2|wersja3=8.0.7|wersja4=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

; Wersja 8.10.1
: Zainstalowana na [[Bem|klastrze Bem]] wersja 8.10.1 nie ma wsparcia DFT.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Boost

2018-11-21T10:01:55Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
{{aplikacja|nazwa=Boost|logo=[[Plik:boost.png|text]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.41.0(EPEL Release)|wersja2=1.59.0|wersja3=1.62.0|wersja4='''1.68.0'''(default)}}

'''Boost''' - kolekcja bibliotek programistycznych poszerzających możliwości języka C++.

;Korzystanie
Boost 1.68.0 jest dostępny w katalogu:
<pre>
/usr/local/boost/gcc-6.2.0/1.68.0/
|-- include
| `-- boost-1_68
| `-- boost
| |-- accumulators
| |-- algorithm
| |-- align
| |-- archive
| |-- asio
| |-- assign
| |-- ...
| |-- ...
| |-- iterator
| |-- lambda
| |-- ...
| |-- ...
| |-- uuid
| |-- variant
| |-- vmd
| |-- wave
| |-- winapi
| |-- xpressive
| `-- yap
`-- lib
</pre>

Użycie:

> module avail boost

> module load boost/wybrana_wersja

;Przykład dla wersji 1.68.0

Przykładowy program ''example.cpp'':
<pre>
#include <boost/lambda/lambda.hpp>
#include <iostream>
#include <iterator>
#include <algorithm>

int main()
{
using namespace boost::lambda;
typedef std::istream_iterator<int> in;

std::for_each(
in(std::cin), in(), std::cout << (_1 * 3) << " " );
std::cout << "\n";
}
</pre>

Kompilacja programu ''example.cpp'':
> g++ -I$BOOST_INCLUDE example.cpp -o example

Testowanie wyniku:
<pre>
> echo 1 2 3 4 5 | ./example
3 6 9 12 15
</pre>

;Licencja

Biblioteki są rozpowszechniane na licencji [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/LICENSE_1_0.txt ''Boost Software License''].

;Linki zewnętrzne
* [https://www.boost.org/ Strona domowa Boost]
* [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/doc/html/about.html Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]], [[maszyny obliczeniowe]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Oprogramowanie narzędziowe]]

Gromacs

2018-11-20T10:56:03Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:gromacs-logo.gif|240px]]|serwer=[[Bem]]| wersja4=2018.4 |wersja3=5.1.1 |wersja2='''5.0.4''' |wersja=4.6.7 }}
'''Gromacs''' (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Gromacs w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:

> '''sub-gromacs''' plik.tpr [parametry]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.
* plik.tpr - plik z danymi wejściowymi
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
** -q kolejka (domyślnie normal)
** -n liczba_węzłów (domyślnie 1)
** -n liczba_rdzeni_na_węzeł (domyślnie 4)
** -m ilosc_pamieci_na_węzeł_w_MB (domyślnie 7200)
** -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
** -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję <code>-cpi plik_checkpoint</code>, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)

Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:
> '''sub-gromacs4.5.3''' plik_wejsciowy.tpr [parametry]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.
* plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi
* Parametry w nawiasie [ ] są opcjonalne.
** -q kolejka (domyślnie normal)
** -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)
** -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)
** -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
** -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję <code>-cpi plik_checkpoint</code>, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)

Skrypty do obliczeń, przygotowane przez administratorów, są dostępne dla wersji 4.0.7 (single), 4.5.3 (single), 4.5.5 (single, double), 4.6.3 (single) oraz 5.0.2 (single).

;Uwaga: Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "<code>-ntomp <liczba wątków></code>". Zatem aby wykonać obliczenia z ustaloną liczbą wątków należy uruchmić zadanie interaktywne
> qsub -I -l select=1:ncpus=N
:i skorzystać z polecenia
> mdrun -ntomp N -ntmpi 1 -deffnm plik
:gdzie plik to nazwa pliku z rozszerzeniem .tpr

==== Środowisko aplikacji ====
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.

Załadowanie modułu w powłoce:
> module load gromacs

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>grompp</code> i <code>mdrun</code> domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.

Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z odpowiedniego polecenia, np:
> module load gromacs/4.6.7-intel15.0
> module load gromacs/5.0.4-intel15.0
> module load gromacs/5.1.1-intel15.0

W celu sprawdzenia jakie moduły są dostępne należy skorzystać z polecenia
> module avail gromacs

== Dokumentacja ==
* [http://www.gromacs.org/ Strona domowa pakietu Gromacs]
* [http://www.gromacs.org/content/view/13/27/ Dokumentacja on-line]
* [http://www.staff.amu.edu.pl/~chemfiz/pliki/Gromacs.pdf Magda Flader: Wprowadzenie do GROMACS'a]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Lumerical MODE

2018-11-16T12:06:31Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]
{{aplikacja|nazwa=Lumerical MODE|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja=7.5.387 |wersja2=7.7.758 |wersja3='''7.12.1731'''}}
'''MODE Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].

== MODE w WCSS ==
:MODE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w wersjach 7.5.387 oraz 7.7.758, w drzewie '''/usr/local/lumerical/mode'''.
:Dwie licencje, 10 engine.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}



== Dokumentacja ==
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/mode/ Opis produktu na stronie producenta]
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Lumerical FDTD

2018-11-16T12:05:22Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]
{{aplikacja|nazwa=Lumerical FDTD|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja=8.11.387 |wersja2=8.15.758 |wersja3='''8.20.1731'''}}
'''FDTD Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].

== FDTD w WCSS ==
:FDTD zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w wersjach 8.11.387 oraz 8.15.758, w drzewie '''/usr/local/lumerical/fdtd'''.
:Jedna licencja.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Szybki start ==

;Uruchamianie GUI

Z graficznego interfejsu aplikacji najlepiej korzystać poprzez usługę [https://wcss.cloud.pionier.net.pl Platon U3 w WCSS].



== Dokumentacja ==
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/fdtd/ Opis produktu na stronie producenta]
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

ADF

2018-10-25T07:41:07Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo=[[Plik:adf.png|text]] Scientific Computing & Modelling|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2017.110|wersja5=2018.104}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]].
> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [https://www.scm.com/doc/ADF/_downloads/ADF.pdf What’s new in ADF 2018]
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Plik:adf.png

2018-10-25T07:28:55Z

Adamprz: Scientific Computing & Modelling logo.

Scientific Computing & Modelling logo.

ADF

2018-10-25T07:22:23Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]]|wersja=2014.10|wersja2=2016.108|wersja3=2017.105|wersja4=2017.110|wersja5=2018.104}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]].
> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

ADF

2018-10-25T07:14:56Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]]|wersja=2014.01|wersja2=2014.10|wersja3=2016.108|wersja4=2017.105|wersja5=2017.110|wersja6=2018.104}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]].
> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

ADF

2018-10-25T07:04:55Z

Adamprz: /* Uruchamianie GUI ADF-a */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Bem]] |wersja='''2014.10''', 2014.01 }}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

== Licencja ==
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') pozwala wykorzystać 64 rdzenie łącznie dla wszystkich użytkowników i obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):
*ADF
*ADF BAND
*REAXFF
*COSMO-RS
*DFTB
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2014/Background/References/page1.html wersja 2014]
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie <code>/usr/local/adf/</code>.

=== Uruchamianie GUI ADF-a ===
Aby uzyskać dostęp do aplikacji graficznych (adfinput, adfview i in.) należy zalogować się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl.

Służy do tego [[Jak_korzystać_z_NoMachine|klient NoMachine]].
> module load adf/wybrana_wersja
> adfview

=== Uruchamianie zadań w kolejce na klastrze [[Bem]] ===
* liczba licencji: 64 rdzienie,
* '''limit licencji per każdy użytkownik: maks. 32,'''
* możliwe są obliczenia równoległe,
* należy wcześniej przygotować pliki danych np. <code>woda.run</code>, przykładowa struktura pliku:
#! /bin/sh
$ADFBIN/adf << eor
ATOMS
O 0 0 0
H 1 1 0
H -1 1 0
End
Basis
End
Geometry
End
eor

* aby rozpocząć obliczenia należy nadać skryptowi prawa wykonania:
> chmod +x woda.run
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 węzły po 2 rdzenie i 500MB pamięci per węzeł w kolejce main:
> sub-adf woda.run -q main -n 4 -p 2 -m 500 -w 6

* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiając skrypt bez żadnych argumentów:
> sub-adf
Usage: /usr/local//bin/sub-adf input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

'''Uwaga'''

* na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity);

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji modułu. Jeśli z jakiegoś powodu wymagane jest użycie innej wersji, to należy użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.

== Dokumentacja ==
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Boost

2018-10-23T06:47:10Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
{{aplikacja|nazwa=Boost|logo=[[Plik:boost.png|text]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.41.0(EPEL Release)|wersja2=1.59.0|wersja3=1.62.0|wersja4='''1.68.0'''(default)}}

'''Boost''' - kolekcja bibliotek programistycznych poszerzających możliwości języka C++.

;Korzystanie
Boost 1.68.0 jest dostępny w katalogu:
<pre>
/usr/local/boost/gcc-6.2.0/1.68.0/
|-- include
| `-- boost-1_68
| `-- boost
| |-- accumulators
| |-- algorithm
| |-- align
| |-- archive
| |-- asio
| |-- assign
| |-- ...
| |-- ...
| |-- iterator
| |-- lambda
| |-- ...
| |-- ...
| |-- uuid
| |-- variant
| |-- vmd
| |-- wave
| |-- winapi
| |-- xpressive
| `-- yap
`-- lib
</pre>

Użycie:

> module avail boost

> module load boost/wybrana_wersja

;Przykład

Przykładowy program ''example.cpp'':
<pre>
#include <boost/lambda/lambda.hpp>
#include <iostream>
#include <iterator>
#include <algorithm>

int main()
{
using namespace boost::lambda;
typedef std::istream_iterator<int> in;

std::for_each(
in(std::cin), in(), std::cout << (_1 * 3) << " " );
std::cout << "\n";
}
</pre>

Kompilacja programu ''example.cpp'':
> g++ -I$BOOST_INCLUDE example.cpp -o example

Testowanie wyniku:
<pre>
> echo 1 2 3 4 5 | ./example
3 6 9 12 15
</pre>

;Licencja

Biblioteki są rozpowszechniane na licencji [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/LICENSE_1_0.txt ''Boost Software License''].

;Linki zewnętrzne
* [https://www.boost.org/ Strona domowa Boost]
* [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/doc/html/about.html Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]], [[maszyny obliczeniowe]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Oprogramowanie narzędziowe]]

Boost

2018-10-19T06:15:03Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
{{aplikacja|nazwa=Boost|logo=[[Plik:boost.png|text]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.59.0|wersja2=1.62.0|wersja3='''1.68.0'''(default)}}

'''Boost''' - kolekcja bibliotek programistycznych poszerzających możliwości języka C++.

;Korzystanie
Boost 1.68.0 jest dostępny w katalogu:
<pre>
/usr/local/boost/gcc-6.2.0/1.68.0/
|-- include
| `-- boost-1_68
| `-- boost
| |-- accumulators
| |-- algorithm
| |-- align
| |-- archive
| |-- asio
| |-- assign
| |-- ...
| |-- ...
| |-- iterator
| |-- lambda
| |-- ...
| |-- ...
| |-- uuid
| |-- variant
| |-- vmd
| |-- wave
| |-- winapi
| |-- xpressive
| `-- yap
`-- lib
</pre>

Użycie:

> module avail boost

> module load boost/wybrana_wersja

;Przykład

Przykładowy program ''example.cpp'':
<pre>
#include <boost/lambda/lambda.hpp>
#include <iostream>
#include <iterator>
#include <algorithm>

int main()
{
using namespace boost::lambda;
typedef std::istream_iterator<int> in;

std::for_each(
in(std::cin), in(), std::cout << (_1 * 3) << " " );
std::cout << "\n";
}
</pre>

Kompilacja programu ''example.cpp'':
> g++ -I$BOOST_INCLUDE example.cpp -o example

Testowanie wyniku:
<pre>
> echo 1 2 3 4 5 | ./example
3 6 9 12 15
</pre>

;Licencja

Biblioteki są rozpowszechniane na licencji [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/LICENSE_1_0.txt ''Boost Software License''].

;Linki zewnętrzne
* [https://www.boost.org/ Strona domowa Boost]
* [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/doc/html/about.html Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]], [[maszyny obliczeniowe]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Oprogramowanie narzędziowe]]

Boost

2018-10-19T06:13:19Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
{{aplikacja|nazwa=Boost|logo=[[Plik:boost.png|text]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.59.0|wersja2=1.62.0|wersja3='''1.68.0'''(default)}}

'''Boost''' - kolekcja bibliotek programistycznych poszerzających możliwości języka C++.

;Korzystanie
Boost 1.68.0 jest dostępny w katalogu:
<pre>
/usr/local/boost/gcc-6.2.0/1.68.0/
|-- include
| `-- boost-1_68
| `-- boost
| |-- accumulators
| |-- algorithm
| |-- align
| |-- archive
| |-- asio
| |-- assign
| |-- ...
| |-- ...
| |-- iterator
| |-- lambda
| |-- ...
| |-- ...
| |-- uuid
| |-- variant
| |-- vmd
| |-- wave
| |-- winapi
| |-- xpressive
| `-- yap
`-- lib
</pre>

Użycie:

> module avail boost

> module load boost/wybrana_wersja

;Przykład

Przykładowy program ''example.cpp'':
<pre>
#include <boost/lambda/lambda.hpp>
#include <iostream>
#include <iterator>
#include <algorithm>

int main()
{
using namespace boost::lambda;
typedef std::istream_iterator<int> in;

std::for_each(
in(std::cin), in(), std::cout << (_1 * 3) << " " );
std::cout << "\n";
}
</pre>

Kompilacja:
> g++ -I$BOOST_INCLUDE example.cpp -o example

Testowanie wyniku:
<pre>
> echo 1 2 3 4 5 | ./example
3 6 9 12 15
</pre>

;Licencja

Biblioteki są rozpowszechniane na licencji [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/LICENSE_1_0.txt ''Boost Software License''].

;Linki zewnętrzne
* [https://www.boost.org/ Strona domowa Boost]
* [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/doc/html/about.html Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]], [[maszyny obliczeniowe]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Oprogramowanie narzędziowe]]

Boost

2018-10-19T06:12:40Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
{{aplikacja|nazwa=Boost|logo=[[Plik:boost.png|text]]Boost|serwer=[[Bem]]|wersja=1.59.0|wersja2=1.62.0|wersja3='''1.68.0'''(default)}}

'''Boost''' - kolekcja bibliotek programistycznych poszerzających możliwości języka C++.

;Korzystanie
Boost 1.68.0 jest dostępny w katalogu:
<pre>
/usr/local/boost/gcc-6.2.0/1.68.0/
|-- include
| `-- boost-1_68
| `-- boost
| |-- accumulators
| |-- algorithm
| |-- align
| |-- archive
| |-- asio
| |-- assign
| |-- ...
| |-- ...
| |-- iterator
| |-- lambda
| |-- ...
| |-- ...
| |-- uuid
| |-- variant
| |-- vmd
| |-- wave
| |-- winapi
| |-- xpressive
| `-- yap
`-- lib
</pre>

Użycie:

> module avail boost

> module load boost/wybrana_wersja

;Przykład

Przykładowy program ''example.cpp'':
<pre>
#include <boost/lambda/lambda.hpp>
#include <iostream>
#include <iterator>
#include <algorithm>

int main()
{
using namespace boost::lambda;
typedef std::istream_iterator<int> in;

std::for_each(
in(std::cin), in(), std::cout << (_1 * 3) << " " );
std::cout << "\n";
}
</pre>

Kompilacja:
> g++ -I$BOOST_INCLUDE example.cpp -o example

Testowanie wyniku:
<pre>
> echo 1 2 3 4 5 | ./example
3 6 9 12 15
</pre>

;Licencja

Biblioteki są rozpowszechniane na licencji [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/LICENSE_1_0.txt ''Boost Software License''].

;Linki zewnętrzne
* [https://www.boost.org/ Strona domowa Boost]
* [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/doc/html/about.html Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]], [[maszyny obliczeniowe]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Oprogramowanie narzędziowe]]

Plik:boost.png

2018-10-19T06:07:55Z

Adamprz: Official boost logo

Official boost logo

Boost

2018-10-18T09:04:34Z

Adamprz: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie systemowe i narzędziowe '''Boost''' - kolekcja bibliotek programistyczn..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]

'''Boost''' - kolekcja bibliotek programistycznych poszerzających możliwości języka C++.

Dostępne wersje na klastrze [[Bem]]:
* 1.59.0
* 1.62.0
* '''1.68.0'''(default).

'''Licencja'''

Biblioteki są rozpowszechniane na licencji [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/LICENSE_1_0.txt ''Boost Software License''].

;Korzystanie
Boost 1.68.0 jest dostępny w katalogu:
<pre>
/usr/local/boost/gcc-6.2.0/1.68.0/
|-- include
| `-- boost-1_68
| `-- boost
| |-- accumulators
| |-- algorithm
| |-- align
| |-- archive
| |-- asio
| |-- assign
| |-- ...
| |-- ...
| |-- iterator
| |-- lambda
| |-- ...
| |-- ...
| |-- uuid
| |-- variant
| |-- vmd
| |-- wave
| |-- winapi
| |-- xpressive
| `-- yap
`-- lib
</pre>

Użycie:

> module avail boost

> module load boost/wybrana_wersja

;Przykład

Przykładowy program ''example.cpp'':
<pre>
#include <boost/lambda/lambda.hpp>
#include <iostream>
#include <iterator>
#include <algorithm>

int main()
{
using namespace boost::lambda;
typedef std::istream_iterator<int> in;

std::for_each(
in(std::cin), in(), std::cout << (_1 * 3) << " " );
std::cout << "\n";
}
</pre>

Kompilacja:
> g++ -I$BOOST_INCLUDE example.cpp -o example

Testowanie wyniku:
<pre>
> echo 1 2 3 4 5 | ./example
3 6 9 12 15
</pre>

;Linki zewnętrzne
* [https://www.boost.org/ Strona domowa Boost]
* [https://www.boost.org/doc/libs/1_68_0/doc/html/about.html Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]], [[maszyny obliczeniowe]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
[[Kategoria:Oprogramowanie narzędziowe]]

Oprogramowanie systemowe i narzędziowe

2018-10-18T07:43:19Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < Oprogramowanie systemowe i narzędziowe

Oprogramowanie narzędziowe, kompilatory i biblioteki udostępniane przez [[WCSS]] użytkownikom [[KDM|Komputerów Dużej Mocy]].

;Kompilatory
*[[GNU GCC]]
*[[Kompilatory Intel|Intel]]
*[[PGI Server|PGI]]

;Biblioteki
*[[Global Arrays toolkit|Global Arrays]]
*[[Boost]]
Numeryczne:
*[[ATLAS]]
*[[MKL]]
*[[LAPACK]]
*[[SCSL]]

;Środowiska równoległe
*[[MPI]]
**[[MPICH]]
**[[MVICH]]
**[[MVAPICH1]]
**[[MVAPICH2]]
**[[LAM/MPI]]
**[[OpenMPI]]
*[[OpenMP]]
*[[PVM]]

;Narzędzia
*[[Allinea DDT]]

'''Zobacz też:''' [[mpiexec]], [[oprogramowanie KDM]]

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Beast

2018-10-10T08:34:28Z

Adamprz: /* Jak korzystać */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Beast
{{aplikacja|nazwa=Beast|logo=[[Plik:beast.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2.5.1'''}}

'''Beast''' - program do Bayesowskiej analizy filogenetycznej sekwencji molekularnych, jest opracowywany przez zespół naukowców z całego świata.

== Licencja ==
Program jest udostępniany na licencji ''GNU Lesser General Public License''.

== Korzystanie w WCSS ==
'''Beast''' dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/beast/'' w wersji 2.5.1.

<pre>
/usr/local/beast/
`-- 2.5.1/
`-- with_jre1.8.0_161/
|-- LICENSE.txt
|-- README.txt
|-- VERSION\ HISTORY.txt
|-- bin/
|-- examples/
|-- images/
|-- jre1.8.0_161/
|-- lib/
`-- templates/

</pre>

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
> '''module load beast/2.5.1-with_JRE'''
lub w skrócie:
> module load beast

=== Jak korzystać ===
Lista dostępnych opcji:
> beast -help

Beast2 używa formatu wejściowego XML.

Beast2 jest kompatybilny z bibliotekami ''beagle-lib'', które również są dostępne na klastrze [[Bem]].

Biblioteka ''beagle/3.0.2-gcc6.2.0'' jest dostępna wraz z uruchomieniem środowiska Beast 2.5.1.

Program posiada również graficzny interfejs użytkownika.

'''Zobacz:''' [[jak korzystać z NoMachine]].

== Tutorial ==
* [http://www.beast2.org/tutorials/ Tutorial dla użytkownków Beast2]

== Dokumentacja ==
* [http://www.beast2.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Szablon:Lista aplikacji

2018-09-28T11:06:43Z

Adamprz:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] [ [[ANSYS CFD]]:  [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]] ] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[BAGEL]] '''⋅''' [[Beast]] '''⋅''' [[Biovia]] [ [[Materials Studio]], [[Discovery Studio]] ] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[DIRAC]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[IDL]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NBO]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[OpenMolcas]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tinker]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] <noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Beast

2018-09-28T09:36:23Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Beast
{{aplikacja|nazwa=Beast|logo=[[Plik:beast.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2.5.1'''}}

'''Beast''' - program do Bayesowskiej analizy filogenetycznej sekwencji molekularnych, jest opracowywany przez zespół naukowców z całego świata.

== Licencja ==
Program jest udostępniany na licencji ''GNU Lesser General Public License''.

== Korzystanie w WCSS ==
'''Beast''' dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/beast/'' w wersji 2.5.1.

<pre>
/usr/local/beast/
`-- 2.5.1/
`-- with_jre1.8.0_161/
|-- LICENSE.txt
|-- README.txt
|-- VERSION\ HISTORY.txt
|-- bin/
|-- examples/
|-- images/
|-- jre1.8.0_161/
|-- lib/
`-- templates/

</pre>

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
> '''module load beast/2.5.1-with_JRE'''
lub w skrócie:
> module load beast

=== Jak korzystać ===
Lista dostępnych opcji:
> beast -help

Beast2 używa formatu wejściowego XML.

Beast2 jest kompatybilny z bibliotekami ''beagle-lib'', które również są dostępne na klastrze [[Bem]].

Korzystanie z bibliotek ''beagle-lib'':

> module load beagle/3.0.2-gcc6.2.0

Program posiada również graficzny interfejs użytkownika.

'''Zobacz:''' [[jak korzystać z NoMachine]].

== Tutorial ==
* [http://www.beast2.org/tutorials/ Tutorial dla użytkownków Beast2]

== Dokumentacja ==
* [http://www.beast2.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Szablon:Lista aplikacji

2018-09-27T11:20:01Z

Adamprz:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[BAGEL]] '''⋅''' [[Beast]] '''⋅''' [[Biovia]] [ [[Materials Studio]], [[Discovery Studio]] ] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] [ [[ANSYS CFD]]:  [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]] ] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[DIRAC]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[IDL]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NBO]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[OpenMolcas]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tinker]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] <noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Beast

2018-09-27T11:03:27Z

Adamprz: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Beast {{aplikacja|nazwa=Beast|logo=Plik:beast.png|serwer=..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Beast
{{aplikacja|nazwa=Beast|logo=[[Plik:beast.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2.5.1'''}}

'''Beast''' - program do Bayesowskiej analizy filogenetycznej sekwencji molekularnych, jest opracowywany przez zespół naukowców z całego świata.

== Licencja ==
Program jest udostępniany na licencji ''GNU Lesser General Public License''.

== Korzystanie w WCSS ==
'''Beast''' dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/beast/'' w wersji 2.5.1.

<pre>
/usr/local/beast/
`-- 2.5.1/
`-- with_jre1.8.0_161/
|-- LICENSE.txt
|-- README.txt
|-- VERSION\ HISTORY.txt
|-- bin/
|-- examples/
|-- images/
|-- jre1.8.0_161/
|-- lib/
`-- templates/

</pre>

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
> '''module load beast/2.5.1-with_JRE'''
lub w skrócie:
> module load beast

=== Jak korzystać ===
Lista dostępnych opcji:
> beast -help

Beast2 używa formatu wejściowego XML.

Program posiada również graficzny interfejs użytkownika.

'''Zobacz:''' [[jak korzystać z NoMachine]].

== Tutorial ==
* [http://www.beast2.org/tutorials/ Tutorial dla użytkownków Beast2]

== Dokumentacja ==
* [http://www.beast2.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Szablon:Lista aplikacji

2018-09-27T11:03:13Z

Adamprz:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[BAGEL]] '''⋅''' [[Beast]] '''⋅'''[[Biovia]] [ [[Materials Studio]], [[Discovery Studio]] ] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] [ [[ANSYS CFD]]:  [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]] ] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[DIRAC]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[IDL]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NBO]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[OpenMolcas]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tinker]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] <noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

Plik:beast.png

2018-09-27T10:00:18Z

Adamprz: The Beast2 Application Image.

The Beast2 Application Image.

DIRAC

2018-09-06T05:54:26Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* '''Program use''': Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/dirac/'' w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równoległej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

Lista dostępnych opcji:
> pam-dirac --help

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

Szablon:Lista aplikacji

2018-09-06T05:43:45Z

Adamprz:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[BAGEL]] '''⋅''' [[Biovia]] [ [[Materials Studio]], [[Discovery Studio]] ] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] [ [[ANSYS CFD]]:  [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]] ] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[Comsol]] '''⋅''' [[CP2K]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[DIRAC]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[IDL]] '''⋅''' [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ] '''⋅''' [[Maple]] '''⋅''' [[Mathcad]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NBO]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[OpenMolcas]] '''⋅''' [[Orca]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[Rosetta]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tinker]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[VMD]] '''⋅''' [[WIEN2k]] <noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

DIRAC

2018-09-05T13:04:47Z

Adamprz: /* Środowisko */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* '''Program use''': Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/dirac/'' w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równoległej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:40:48Z

Adamprz: /* Licencja */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* '''Program use''': Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/dirac/'' w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:39:02Z

Adamprz: /* Korzystanie w WCSS */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* Program use: Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/dirac/'' w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:17:00Z

Adamprz: /* Wyniki testów */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* Program use: Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:16:39Z

Adamprz: /* Wyniki testów */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* Program use: Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed, out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:16:27Z

Adamprz: /* Wyniki testów */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* Program use: Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami.Końcowy wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed, out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:15:49Z

Adamprz: /* Wyniki testów */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* Program use: Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Wynik testów:

100% tests passed, 0 tests failed, out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]

DIRAC

2018-09-05T12:14:03Z

Adamprz:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}

'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

== Licencja ==
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].

Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
* No. of users: more than 20
* Licence type: Site
* Program use: Academic

== Korzystanie w WCSS ==
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
* 16.0 (wersja równoległa)
* 17.0 (wersja szeregowa)

=== Środowisko ===
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> pam-dirac

=== Jak korzystać ===
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
> pam-dirac --help

Przykładowe polecenie:
> pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]

'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].

'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].

== Wyniki testów ==

DIRAC 16 został przetestowany narzędziem, dostarczonym wraz ze źródłami, z wynikiem:

100% tests passed, 0 tests failed, out of 105

Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log

== Dokumentacja ==
Linki zewnętrzne:

=== Tutorial dla początkujących ===
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]

=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]

=== Więcej informacji ===
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

[[#top|Na górę strony]]