KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Macierz zadań

2020-05-19T08:23:46Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Macierz zadań

== Czym jest macierz zadań ==
Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć macierz zadań? ==
W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status macierzy zadań ==
Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach:
~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

== Przykład użycia ==
Poniższy skrypt pozwala na jednoczesne uruchomienie kilku zadań w programie Gaussian2016. Skrypt można wywołać w katalogu zawierającym pliki inputowe programu Gaussian2016. Wywołanie skryptu spowoduje utworzenie macierzy zadań, której elementami będą zadania powiązane z poszczególnymi plikami inputowymi.

#!/bin/bash

# tworzenie listy, której elementami są pliki inputowe znajdujące się w bieżącym katalogu
list=(`ls *.inp`)
# liczba plików inputowych pomniejszona o 1
number=$(( ${#list[*]} - 1 ))

cat <<EOF | qsub
#!/bin/bash
# deklaracja liczby zadań macierzy równej liczbie plików inputowych
#PBS -J 0-${number}
# parametry zadania
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=2000MB
#PBS -N Zadanie
#PBS -l software=Gaussian_2016-C01
#PBS -l walltime=1:00:00
# deklaracja nazwy plików ze standardowym wyjściem i standardowym wyjściem błędów
# pliki stdout i stderr zostaną zapisane w katalogu Job^array_index^
#PBS -o Job^array_index^/stdout
#PBS -e Job^array_index^/stderr

list=(`ls *.inp`)
cd `pwd`
# utworzenie katalogów Job0, Job1, ..., w których zapisane zostaną pliki stdout i stderr
mkdir Job\$PBS_ARRAY_INDEX

module load gaussian/g16.C.01

# uruchomienie zadań zapisanych na liście
g16 \${list[\$PBS_ARRAY_INDEX]}

EOF

W celu odwołania się do indeksu podzadania macierzy w dyrektywie PBS (#PBS) należy użyć składni: ^array_index^, a nie zmiennej BASH: PBS_ARRAY_INDEX.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-19T08:13:26Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Macierz zadań

== Czym jest macierz zadań ==
Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć macierz zadań? ==
W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status macierzy zadań ==
Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach:
~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

== Przykład użycia ==
Poniższy skrypt pozwala na jednoczesne uruchomienie kilku zadań w programie Gaussian2016. Skrypt można wywołać w katalogu zawierającym pliki inputowe programu Gaussian2016. Wywołanie skryptu spowoduje utworzenie macierzy zadań, której elementami będą zadania powiązane z poszczególnymi plikami inputowymi.

#!/bin/bash

# tworzenie listy, której elementami są pliki inputowe znajdujące się w bieżącym katalogu
list=(`ls *.inp`)
# liczba plików inputowych pomniejszona o 1
number=$(( ${#list[*]} - 1 ))

cat <<EOF | qsub
#!/bin/bash
# deklaracja liczby zadań macierzy równej liczbie plików inputowych
#PBS -J 0-${number}
# parametry zadania
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=2000MB
#PBS -N Zadanie
#PBS -l software=Gaussian_2016-C01
#PBS -l walltime=1:00:00
# deklaracja nazwy plików ze standardowym wyjściem i standardowym wyjściem błędów
# pliki stdout i stderr zostaną zapisane w katalogu Job^array_index^
#PBS -o Job^array_index^/stdout
#PBS -e Job^array_index^/stderr

list=(`ls *.inp`)
cd `pwd`
# utworzenie katalogów Job0, Job1, ..., w których zapisane zostaną pliki stdout i stderr
mkdir Job\$PBS_ARRAY_INDEX

module load gaussian/g16.C.01

# uruchomienie zadań zapisanych na liście
g16 \${list[\$PBS_ARRAY_INDEX]}

EOF

W celu odwołania się do indeksu podzadania macierzy w dyrektywie PBS (#PBS) należy użyć składni: ^array_index^, a nie zmiennej BASH: PBS_ARRAY_INDEX.

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-18T12:32:05Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Macierz zadań

== Czym jest macierz zadań ==
Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć macierz zadań? ==
W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status macierzy zadań ==
Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach:
~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

== Przykład użycia ==
Poniższy skrypt pozwala na jednoczesne uruchomienie kilku zadań w programie Gaussian2016. Skrypt można wywołać w katalogu zawierającym pliki inputowe programu Gaussian2016. Wywołanie skryptu spowoduje utworzenie macierzy zadań, której elementami będą zadania powiązane z poszczególnymi plikami inputowymi.

#!/bin/bash

# tworzenie listy, której elementami są pliki inputowe znajdujące się w bieżącym katalogu
list=(`ls *.inp`)
# liczba plików inputowych pomniejszona o 1
number=$(( ${#list[*]} - 1 ))

cat <<EOF | qsub
#!/bin/bash
# deklaracja liczby zadań macierzy równej liczbie plików inputowych
#PBS -J 0-${number}
# parametry zadania
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=2000MB
#PBS -N Zadanie
#PBS -l software=Gaussian_2016-C01
#PBS -l walltime=1:00:00

list=(`ls *.inp`)
cd `pwd`
module load gaussian/g16.C.01

# uruchomienie zadań zapisanych na liście
g16 \${list[\$PBS_ARRAY_INDEX]}

EOF

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-18T12:30:24Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Macierz zadań

== Czym jest macierz zadań ==
Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć macierz zadań? ==
W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status macierzy zadań ==
Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach:
~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

== Przykład użycia ==
Poniższy skrypt pozwala na jednoczesne uruchomienie kilku zadań w programie Gaussian2016. Skrypt można wywołać w katalogu zawierającym pliki inputowe programu Gaussian2016. Wywołanie skryptu spowoduje utworzenie macierzy zadań, której elementami będą zadania powiązane z poszczególnymi plikami inputowymi.

#!/bin/bash

# tworzenie listy, której elementami są pliki inputowe znajdujące się w bieżącym katalogu
list=(`ls *.inp`)
# liczba plików inputowych pomniejszona o 1
number=$(( ${#list[*]} - 1 ))

cat <<EOF | qsub
#!/bin/bash
# deklaracja liczby zadań macierzy równej liczbie plików inputowych
#PBS -J 0-${number}
# parametry zadania
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=2000MB
#PBS -N Zadanie
#PBS -l software=Gaussian_2016-C01
#PBS -l walltime=1:00:00

list=(`ls *.inp`)

cd `pwd`
module load gaussian/g16.C.01

# uruchomienie zadań zapisanych na liście
g16 \${list[\$PBS_ARRAY_INDEX]}

EOF

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Podręcznik użytkownika KDM

2020-05-05T16:05:11Z

Martach:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Korzystanie z VPN]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Przekierowanie portów]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Pomoc|Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Bem|Klaster Bem]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Serwery wycofane z eksploatacji]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
## [[Serwer FTP]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Macierz zadań]]
## [[Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania]]
##[[Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Macierz zadań

2020-05-05T16:03:54Z

Martach:

Tablica zadań

2020-05-05T16:03:07Z

Martach: Martach przeniósł stronę Tablica zadań do Macierz zadań

#PATRZ [[Macierz zadań]]

Macierz zadań

2020-05-05T16:03:07Z

Martach: Martach przeniósł stronę Tablica zadań do Macierz zadań

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Tablica zadań

== Czym jest macierz zadań ==
Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć macierz zadań? ==
W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status macierzy zadań ==
Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

== Przykład użycia ==

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-05T16:02:27Z

Martach:

Podręcznik użytkownika KDM

2020-05-05T15:59:06Z

Martach:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
Jednym z obszarów działania Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego ([[WCSS]]) jest udostępnianie serwerów obliczeniowych do badań naukowych. Serwery te określane są mianem [[Komputery Dużej Mocy|Komputerów Dużej Mocy]] (KDM). Ze względu na charakter prowadzonych na nich obliczeń, wymagana jest wysoka jakość i niezawodność sprzętu, systemów i oprogramowania. Jednym z warunków zapewnienia tych własności jest sprawne i bezpieczne administrowanie i użytkowanie zasobów KDM.

Podręcznik w postaci KDMWiki ma służyć użytkownikom KDM, zarówno początkującym, jak i zaawansowanym, dostarczając opisy środowiska pracy i podpowiedzi ułatwiające korzystanie z zasobów KDM. Znajdują się tu informacje o konfiguracji kont, dostępnym [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniu]] oraz podstawowych zasadach współpracy z systemem (procedury [[Logowanie|logowania]], [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowania wyświetlania]] (display), korzystanie z [[Jak korzystać z kolejek PBS|kolejek]], itp.).

Dokumentacja obejmuje zagadnienia dotyczące użytkowania [[maszyny obliczeniowe|Komputerów Dużej Mocy]]. Niniejsza dokumentacja tworzona jest na bieżąco przez [[Administrator KDM|administratorów KDM]], po każdej istotnej zmianie w obszarach objętych dokumentacją. Zmiany mogą być także wprowadzane przez użytkowników, jeżeli uznają, że mogą podzielić się z innymi użytkownikami swoim doświadczeniem. Zmiana istotna w odniesieniu do użytkowników to taka, która wpływa na sposób korzystania z kont, aplikacji użytkowych lub zmienia zasady współpracy z systemem. Dotyczy to konfiguracji sprzętowej, systemowej lub aplikacyjnej serwerów KDM. Informacje o tego typu wydarzeniach będą także rozsyłane do użytkowników za pomocą [[Lista dyskusyjna|listy dyskusyjnej]].

==== Szczegółowy spis treści ====
# [[Jak zostać użytkownikiem KDM]]?
## [[Regulamin użytkownika KDM]]
## [[Rozliczanie grantów]]
# [[Dostęp do KDM]]
## [[Nazwy serwerów]]
## [[Logowanie]]
## [[Kopiowanie danych]]
## [[Korzystanie z VPN]]
## [[Przekierowanie wyświetlania]]
## [[Przekierowanie portów]]
## [[Dostępna przestrzeń dyskowa]]
## [[Archiwizacja danych]]
## [[.snapshot | Odzyskiwanie danych]]
## [[Pomoc|Znajdowanie pomocy]]
# [[Bezpieczeństwo]]
##[[Bezpieczeństwo#Hasła|Hasła]]
##[[Bezpieczeństwo#Uprawnienia do katalogów i plików użytkownika|Uprawnienia]]
# [[Maszyny obliczeniowe]]
## [[Bem|Klaster Bem]]
## [[Klaster kampusowy]]
## [[Serwery wycofane z eksploatacji]]
## [[Galeria zdjęć KDM]]
# [[Oprogramowanie KDM]]
## [[Oprogramowanie naukowe]]
## [[Oprogramowanie systemowe i narzędziowe]]
## [[Programy użytkowników]]
## [[Serwer FTP]]
# [[System kolejkowy]]
## [[PBSPro]]
## [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
## [[Tablica zadań]]
## [[Monitorowanie wydajności wykorzystania zasobów przez zadania]]
##[[Narzędzia monitorujące wykorzystanie zasobów na klastrze Bem]]
# [[Korzystanie z modułów]]
# [[Kompilacja aplikacji na klastrze]]
## [[Kompilacja aplikacji równoległych]]
## [[Linkowanie z bibliotekami numerycznymi]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika| ]]

Macierz zadań

2020-05-05T15:57:47Z

Martach:

Macierz zadań

2020-05-05T11:51:48Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Tablica zadań

== Czym jest tablica zadań ==
Tablica zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w tablicy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć tablicę zadań? ==
W celu utworzenia tablicy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów tablicy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia tablicy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia tablicy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status tablicy zadań ==
Tablica zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu tablicy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w tablicy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w tablicy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o tablicy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z tablicy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

== Przykład użycia ==

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-05T11:48:20Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Tablica zadań

== Czym jest tablica zadań ==
Tablica zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w tablicy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak utworzyć tablicę zadań? ==
W celu utworzenia tablicy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów tablicy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia tablicy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia tablicy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status tablicy zadań ==
Tablica zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu tablicy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w tablicy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w tablicy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o tablicy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z tablicy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-05T11:44:15Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Tablica zadań

== Czym jest tablica zadań ==
Tablica zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w tablicy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.
== Jak utworzyć tablicę zadań? ==
W celu utworzenia tablicy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów tablicy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia tablicy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia tablicy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status tablicy zadań ==
Tablica zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu tablicy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w tablicy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w tablicy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o tablicy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z tablicy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-05T11:37:51Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z tablicy zadań

== Czym jest tablica zadań ==
Tablica zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w tablicy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.
== Jak utworzyć tablicę zadań? ==
W celu utworzenia tablicy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów tablicy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia tablicy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia tablicy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status tablicy zadań ==
Tablica zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu tablicy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w tablicy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w tablicy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o tablicy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z tablicy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-05T11:35:46Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z tablicy zadań
== Czym jest tablica zadań ==
Tablica zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w tablicy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.
== Jak utworzyć tablicę zadań? ==
W celu utworzenia tablicy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów tablicy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia tablicy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia tablicy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status tablicy zadań ==
Tablica zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu tablicy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w tablicy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w tablicy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o tablicy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z tablicy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]

{{systemy kolejkowe}}

[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Macierz zadań

2020-05-05T11:33:40Z

Martach: Utworzono nową stronę "< Podręcznik użytkownika KDM < System kolejkowy < Jak korzystać z tablicy zadań == Czym jest tablica zadań == Tablica zadań (job array) stan..."

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z tablicy zadań
== Czym jest tablica zadań ==
Tablica zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.

Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.

Każde zadanie w tablicy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.
== Jak utworzyć tablicę zadań? ==
W celu utworzenia tablicy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów tablicy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.

W celu utworzenia tablicy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:

#PBS -J 1-10

W celu utworzenia tablicy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:

qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.

== Jak sprawdzić status tablicy zadań ==
Tablica zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu tablicy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w tablicy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]

[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[]
Job id Name User Time Use S Queue
--------------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort
1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort
1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort

W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w tablicy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o tablicy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z tablicy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0

Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.

Virtualenv

2018-03-02T12:26:47Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Virtualenv

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowane oprogramowanie cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

== Jak użyć oprogramowanie zainstalowane w środowisku wirtualnym - zadanie wsadowe ==

Oprogramowanie, które zostało zainstalowane w środowisku wirtualnym można uruchomić w zadaniu wsadowym.

W tym celu należy umieścić w skrypcie następujące polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

== Virtualenv w sieci ==
* [https://virtualenv.pypa.io/en/stable/ Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Python]]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Virtualenv

2018-03-02T12:11:18Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Virtualenv

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowane oprogramowanie cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

== Virtualenv w sieci ==
* [https://virtualenv.pypa.io/en/stable/ Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Python]]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Virtualenv

2018-03-02T11:37:10Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Virtualenv

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

== Virtualenv w sieci ==
* [https://virtualenv.pypa.io/en/stable/ Dokumentacja]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Python]]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Virtualenv

2018-03-02T11:30:58Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Virtualenv

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Python]]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Python

2018-03-02T11:29:57Z

Martach:

'''Python''' - język programowania wysokiego poziomu o rozbudowanym pakiecie bibliotek standardowych, którego ideą przewodnią jest czytelność i klarowność kodu źródłowego. Jego składnia cechuje się przejrzystością i zwięzłością.

== Licencja ==

Python rozwijany jest jako projekt Open Source zarządzany przez Python Software Foundation

== Uruchamianie Python ==

Z języka programowania Python można korzystać po uruchomieniu zadania interaktywnego i załadowaniu pożądanej wersji modułu:

* Wersja 2.7.x
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python
> module load python/2.7.13-gcc6.2.0
> python
* Wersja 3.x
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python
> module load python/3.6.2-gcc6.2.0
> python3
Komendę ładującą moduł można umieścić również w skrypcie uruchamiającym zadanie obliczeniowe wsadowo.

== Środowisko wirtualne virtualenv ==

[[Virtualenv]] jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Python w sieci ==
* [https://www.python.org/ Oficjalna strona Pythona]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] [[Virtualenv]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Python

2018-03-02T11:28:51Z

Martach:

== Python ==
''Python'' - język programowania wysokiego poziomu o rozbudowanym pakiecie bibliotek standardowych, którego ideą przewodnią jest czytelność i klarowność kodu źródłowego. Jego składnia cechuje się przejrzystością i zwięzłością.

== Licencja ==

Python rozwijany jest jako projekt Open Source zarządzany przez Python Software Foundation

== Uruchamianie Python ==

Z języka programowania Python można korzystać po uruchomieniu zadania interaktywnego i załadowaniu pożądanej wersji modułu:

* Wersja 2.7.x
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python
> module load python/2.7.13-gcc6.2.0
> python
* Wersja 3.x
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python
> module load python/3.6.2-gcc6.2.0
> python3
Komendę ładującą moduł można umieścić również w skrypcie uruchamiającym zadanie obliczeniowe wsadowo.

== Środowisko wirtualne virtualenv ==

[[Virtualenv]] jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Python w sieci ==
* [https://www.python.org/ Oficjalna strona Pythona]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] [[Virtualenv]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Python

2018-03-02T11:28:08Z

Martach:

== Python ==
''Python'' - język programowania wysokiego poziomu o rozbudowanym pakiecie bibliotek standardowych, którego ideą przewodnią jest czytelność i klarowność kodu źródłowego. Jego składnia cechuje się przejrzystością i zwięzłością.

== Licencja ==

Python rozwijany jest jako projekt Open Source zarządzany przez Python Software Foundation

== Uruchamianie Python ==

Z języka programowania Python można korzystać po uruchomieniu zadania interaktywnego i załadowaniu pożądanej wersji modułu:

* Wersja 2.7.x
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python
> module load python/2.7.13-gcc6.2.0
> python
* Wersja 3.x
> qsub -I -l walltime=3:00:00 -l software=python
> module load python/3.6.2-gcc6.2.0
> python3
Komendę ładującą moduł można umieścić również w skrypcie uruchamiającym zadanie obliczeniowe wsadowo.

== Środowisko wirtualne virtualenv ==

[[Virtualenv]] jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== VMD w sieci ==
* [https://www.python.org/ Oficjalna strona Pythona]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] [[Virtualenv]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Virtualenv

2018-03-02T11:26:20Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Virtualenv

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Python]]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Virtualenv

2018-03-02T11:25:01Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Virtualenv

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Virtualenv

2018-03-02T11:23:25Z

Martach:

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/projekt/bin/activate

== Jak wyłączyć środowisko wirtualne ==

Użyj polecenia

deactivate

== Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

Virtualenv

2018-03-02T11:14:28Z

Martach:

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

== Jak używać ==

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

source $HOME/cif2cell/bin/activate

Pobierz odpowiedni moduł (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest moduł PyCIFRW)

pip install PyCIFRW

Zainstaluj pakiet cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki pakietu cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

$HOME/cif2cell/bin/cif2cell

Virtualenv

2018-03-02T10:55:56Z

Martach:

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona.

== Jak używać ==

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł pythona

qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
module load python

Virtualenv

2018-03-02T10:54:28Z

Martach:

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona.

== Jak używać ==

Virtualenv

2018-03-02T10:53:42Z

Martach: Utworzono nową stronę "'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona."

'''Virtualenv''' jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona.

Orca

2018-02-13T12:32:50Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.0.1|wersja2=4.0.0|wersja3=3.0.3}}
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.

== Licencja ==
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.cec.mpg.de/), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''

=== Informacje o wykorzystaniu ===
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy: '''''"Neese, F.“The ORCA program system” Wiley interdisciplinary Reviews - Computational Molecular Science, 2012, Vol 2., Issue 1, Pages 73–78"'''''

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

{{Podziękowanie WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-orca
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)
> module load orca/3.0.3

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Zadania równoległe ===
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
* Dla wersji 3.0.3 są to:
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
end

Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:
> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf
* [https://orcaforum.cec.mpg.de/ Strona domowa programu]
* [https://orcaforum.cec.mpg.de/OrcaManual.pdf Manual do najnowszej wersji]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Jak zostać użytkownikiem KDM

2017-10-18T11:00:52Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Jak zostać użytkownikiem KDM

Systemy komputerowe działające w [[WCSS]] wraz z zainstalowanym na nich [[Oprogramowanie KDM|oprogramowaniem]] są przeznaczone do realizacji obliczeń naukowych wymagających dużej mocy obliczeniowej, użycia specjalizowanego oprogramowania oraz stosowania mechanizmów obliczeń skalarnych i równoległych.

Dostęp do zasobów przeznaczonych do pracy ciągłej i długotrwałych obliczeń ([[Bem]]) jest możliwy po uzyskaniu grantu obliczeniowego WCSS i zobowiązaniu się do przestrzegania [[Regulamin użytkownika KDM|Regulaminu użytkownika komputerów WCSS]].

WCSS udostępnia także [[klaster kampusowy]] (w ramach projektu PLATON-U3) przeznaczony do krótkotrwałych obliczeń oraz pracy interaktywnej z oprogramowaniem naukowym i użytkowym. Procedura uzyskania dostępu do zasobów tego klastra jest uproszczona.

__TOC__
== Kto może zostać użytkownikiem? ==
;Granty obliczeniowe na klastrze Bem
O grant obliczeniowy WCSS mogą ubiegać się:
* kierownicy projektów badawczych,
* samodzielni pracownicy naukowi,
* młodsi pracownicy naukowi, przy poparciu bezpośredniego opiekuna naukowego lub dyrektora instytucji.

Następnie kierownik grantu obliczeniowego może wnioskować o założenie kont dla członków swojego zespołu, w skład którego mogą wchodzić także studenci.

;Klaster kampusowy PLATON-U3
O dostęp do klastra kampusowego mogą wnioskować pracownicy uczelni i instytutów naukowych mających siedzibę w województwie dolnośląskim, studenci rekomendowani przez tych pracowników oraz użytkownicy zasobów KDM w WCSS.

== Jakie dokumenty należy złożyć? ==
;Granty obliczeniowe na klastrze Bem
Osoba ubiegająca się o grant dostarcza do WCSS następujące dokumenty:
* wypełniony i wydrukowany wniosek o przyznanie grantu obliczeniowego ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Wniosek_o_grant.pdf pdf], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Wniosek_o_grant.odt odt], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Wniosek_o_grant.docx docx]),
* opis projektu (jedna strona A4), w tym sposób jego rozliczenia, w szczególności informacja w jakich pismach będą opublikowane wyniki. Lista akceptowanych czasopism znajduje się na stronie Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
* dla każdego członka zespołu badawczego wypełnioną i podpisaną przez kierownika grantu kartę rejestracyjną użytkownika ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Karta_uzytkownika.pdf pdf], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Karta_uzytkownika.odt odt], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Karta_uzytkownika.docx docx]), w celu założenia kont na [[maszyny obliczeniowe|maszynach obliczeniowych]].
* inne informacje na życzenie organu opiniodawczego.

Granty obliczeniowe przyznawane są na okres 1 roku lub wnioskowany przez wnioskodawcę z określeniem wielkości zasobów komputerowych niezbędnych do realizacji przyznanego grantu. Tymczasowe hasło otrzymane od administratora należy zmienić w terminie podanym w mailu (najczęściej 7 dni). Dlatego proszę nie składać karty użytkownika zbyt wcześnie.

Wnioski opiniuje organ wskazany przez Radę Naukową WASK.

;Klaster kampusowy PLATON-U3
Osoba ubiegająca się o dostęp do klastra kampusowego składa wniosek o zarejestrowanie w portalu usługi: [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=register https://wcss.cloud.pionier.net.pl].

== Gdzie dostarczyć wniosek ==
Wnioski można dostarczyć na dwa sposoby:
# wysłać pocztą na adres:
#::Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe
#::ul. Wybrzeże Wyspiańskiego 27
#::50-370 Wrocław
# dostarczyć do siedziby:
#::Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe
#::Plac Grunwaldzki 9 bud. D-2 PWr, pok.101
#::50-377 Wrocław

Dodatkowe informacje można uzyskać:
* Tel.: (71) 320 23 55, Fax: 71 322 57 97
* e-mail: granty @ kdm.wcss.wroc.pl

== Jakie są zobowiązania użytkowników? ==
# Zobowiązania użytkowników KDM WCSS wynikają z zaakceptowanego regulaminu:
#* [[Regulamin użytkownika KDM]]
# Kopie publikacji należy dostarczyć do [[Kontakt|Kierownika Zespołu Usług Obliczeniowych]] w celu zdokumentowania. W normalnym trybie - w styczniu, za poprzedni rok, natomiast prace dyplomowe - po ich ukończeniu.
# Realizatorzy grantu mogą zostać poproszeni o prezentację rezultatów uzyskanych w ramach realizacji projektu na seminariach naukowych WCSS.

'''Zobacz też:''' [[Rozliczanie grantów]]

[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

LAMMPS

2017-10-13T12:50:10Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20170331|wersja2=LAMMPS 20160514|wersja3='''LAMMPS 20141209'''}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

'''sub-lammps-20141209'''

'''sub-lammps-20160514'''

'''sub-lammps-20170331'''

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00
Wersje programu Lammps, zainstalowane na klastrze Bem, można sprawdzić poprzez wyświetlenie dostępnych modułów:
> module avail lammps
Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

LAMMPS

2017-10-13T12:47:10Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20170331|wersja2=LAMMPS 20160514|wersja3='''LAMMPS 20141209'''}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

'''sub-lammps-20141209'''

'''sub-lammps-20160514'''

'''sub-lammps-20170331'''

>[wcss] user@bem ~ > sub-lammps
> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

LAMMPS

2017-10-13T12:44:13Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20170331|wersja2=LAMMPS 20160514|wersja3='''LAMMPS 20141209'''}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

LAMMPS

2017-10-13T11:02:24Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20170331|wersja2=LAMMPS 20160514|wersja3=LAMMPS 20141209}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

LAMMPS

2017-10-13T11:02:10Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < LAMMPS
{{aplikacja|nazwa=LAMMPS|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=LAMMPS 20170331|wersja=LAMMPS 20160514|wersja=LAMMPS 20141209}}
'''LAMMPS''' (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) - oprogramowanie służące do symulacji dynamiki molekularnej.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== LAMMPS w WCSS ==
==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowych skryptów:

'''sub-lammps''' (uruchamia wersję 20141209)

> Usage: /usr/local/bin/sub-lammps in.file [parameters]
> Parameters:
> -q queue (default - main)
> -n nodes (default - 1)
> -p cores (per node, default - 1)
> -m memory (per node, in MB, default - 2000)
> -w walltime (in hours, default - 504)

=== Praca w trybie interaktywnym ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]]:
> qsub -I -l walltime=2:00:00

Środowisko programu inicjowane jest w powłoce przez polecenie (w zależności od wersji programu):
> module load lammps/20141209
Po ustawieniu środowiska można korzystać z polecenia do uruchamiania programu:
> lmp_wcss <in.plik
lub
> mpirun -np x lmp_wcss <in.plik
gdzie:
* x - liczba zrównoleglanych procesów
* in.plik - plik inputowy

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

GAMESS

2017-10-13T10:48:25Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2017.04.20-R1|wersja2='''2014.12.05-R1'''}}

'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

== Informacje ogólne ==
Niektóre z możliwości programu to:
* wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
* wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
* wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
* wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
* szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

;Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|'''Typ SCF= '''
|''' RHF '''
|''' ROHF'''
|'''UHf'''
|'''GVB'''
|'''MCSCF'''
|-
|energia
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|gradienty analityczne
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|numeryczny Hessian
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|analityczny Hessian
|CDP
|CDP
| -
|CDP
| -
|-
|energia CI
|CDP
|CDP
| -
|CDP
|CDP
|-
|gradient CI
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia MP2
|CDP
|CDP
|CDP
| -
|CP
|-
|gradient MP2
|CDP
| -
|CD
| -
| -
|-
|energia CC
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|gradient DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|energia MOPAC
|tak
|tak
|tak
|tak
| -
|-
|gradient MOPAC
|tak
|tak
|tak
| -
| -
|}

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)


== GAMESS w WCSS ==

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Bem]].

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
* INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
* TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
* REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
* PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
* IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

=== GAMESS w sieci ===
* [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html Strona domowa GAMESSa]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Wydarzenia

2017-06-26T14:17:48Z

Martach:

*[[Spotkanie rozliczeniowe użytkowników 2015]]
[[Plik:Szkolenie platon4.jpg|100px|thumb|right|PLATON 2011]]
[[Plik:Dfn 2006 02.jpg|100px|thumb|right|DFN 2006]]
*[[Warsztaty archiwizacja 2011]]
*[[Warsztaty archiwizacja 2010]]
*Zakończył się [[DFN 2008 w WCSS]]
*[[DFN 2007 w WCSS]]
*[[Warsztaty projektu Positif]], Warszawa, 16 października 2006
*[[DFN 2006 w WCSS]]
*Konferencja [[Aktualności#8 grudnia 2005|Internet - Wrocław 2005]]
*Konferencja [[SGIUG 2005]]
*[[DFN 2005 w WCSS]]
*[[DFN 2004 w WCSS]]
;Top500
* Klaster Bem - miejsce '''274''' na [https://www.top500.org/list/2017/06/?page=3 liście Top500 w czerwcu 2017 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''205''' na [https://www.top500.org/list/2016/11/?page=3 liście Top500 w listopadzie 2016 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''148''' na [https://www.top500.org/list/2016/06/?page=2 liście Top500 w czerwcu 2016 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''128''' na [http://www.top500.org/list/2015/11/200/?page=2 liście Top500 w listopadzie 2015 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''135''' na [http://www.top500.org/list/2015/6/200/?page=2 liście Top500 w czerwcu 2015 r.]
* Klaster SuperNova - miejsce '''360''' na [http://www.top500.org/list/2011/11/400/?page=4 liście Top500 w listopadzie 2011 r.]
* Klaster SuperNova - miejsce '''194''' na [http://www.top500.org/list/2011/06/200/?page=2 liście Top500 w czerwcu 2011 r.]
* Klaster SuperNova - miejsce '''372''' na [http://www.top500.org/list/2010/11/400/?page=4 liście Top500 w listopadzie 2010 r.]
* Klaster Nova - miejsce '''318''' na [http://www.top500.org/list/2008/06/400/?page=5 liście Top500 w czerwcu 2008 r.]
* IBM SP2 - miejsce '''482''' na [http://www.top500.org/list/1995/11/300 liście Top500 w listopadzie 1995 r.]
<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

GAMESS

2017-06-26T08:40:58Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2017.04.20-R1|wersja2=2016.08.18-R1|wersja3='''2014.12.05-R1'''}}

'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

== Informacje ogólne ==
Niektóre z możliwości programu to:
* wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
* wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
* wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
* wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
* szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

;Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|'''Typ SCF= '''
|''' RHF '''
|''' ROHF'''
|'''UHf'''
|'''GVB'''
|'''MCSCF'''
|-
|energia
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|gradienty analityczne
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|numeryczny Hessian
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|analityczny Hessian
|CDP
|CDP
| -
|CDP
| -
|-
|energia CI
|CDP
|CDP
| -
|CDP
|CDP
|-
|gradient CI
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia MP2
|CDP
|CDP
|CDP
| -
|CP
|-
|gradient MP2
|CDP
| -
|CD
| -
| -
|-
|energia CC
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|gradient DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|energia MOPAC
|tak
|tak
|tak
|tak
| -
|-
|gradient MOPAC
|tak
|tak
|tak
| -
| -
|}

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)


== GAMESS w WCSS ==

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Bem]].

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
* INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
* TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
* REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
* PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
* IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

=== GAMESS w sieci ===
* [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html Strona domowa GAMESSa]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2017-04-20T12:48:40Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''8.2.2'''|wersja2=8.0.7|wersja3=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2017-04-20T12:47:43Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABINIT
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=[[Plik:Abinit logo.gif|200px]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''8.2.2'''|wersja2=7.10.4 |kontakt=}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości i struktury elektronowej molekuł oraz ciał stałych o budowie periodycznej, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów oraz baz fal płaskich. ABINIT pozwala także na optymalizację geometrii zgodnie z algorytmem metod DFT, przeprowadzanie symulacji dynamiki molekularnej lub generowanie dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. W przypadku molekuł stan wzbudzony można oszacować korzystając z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Time -Dependent Density Functional Theory'', TD-DFT) lub z wielociałowego ranchunku zaburzeń (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL].

=== Informacje o wykorzystaniu ===
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* 7.10.4 (wersja równoległa)

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-abinit
Usage: /usr/local/bin/sub-abinit input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-l (store temporary files in user's directory on Lustre - require manual cleaning)

Na przykład

> sub-abinit test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software=Abinit/7.10.4

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load abinit''' (dla wersji domyślnej - 7.10.4)
> module load abinit/7.10.4

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

=== Uwagi ===
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Orca

2017-03-29T14:31:24Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.0.0|wersja2=3.0.3}}
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.

== Licencja ==
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.cec.mpg.de/), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''

=== Informacje o wykorzystaniu ===
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy: '''''"Neese, F.“The ORCA program system” Wiley interdisciplinary Reviews - Computational Molecular Science, 2012, Vol 2., Issue 1, Pages 73–78"'''''

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

{{Podziękowanie WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-orca
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)
> module load orca/3.0.3

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Zadania równoległe ===
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
* Dla wersji 3.0.3 są to:
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
end

Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:
> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf
* [https://orcaforum.cec.mpg.de/ Strona domowa programu]
* [https://orcaforum.cec.mpg.de/OrcaManual.pdf Manual do najnowszej wersji]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Orca

2017-03-29T14:08:08Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.0.0|wersja2=3.0.3}}
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.

== Licencja ==
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.cec.mpg.de/), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''

=== Informacje o wykorzystaniu ===
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 5 licencji): '''''"Neese, F. (2012) The ORCA program system, Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci., 2, 73-78."'''''

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

{{Podziękowanie WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==

=== Wstawianie zadań do kolejki ===
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-orca
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)
> module load orca/3.0.3

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

=== Zadania równoległe ===
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
* Dla wersji 3.0.3 są to:
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
end

Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:
> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf
* [https://orcaforum.cec.mpg.de/ Strona domowa programu]
* [https://orcaforum.cec.mpg.de/OrcaManual.pdf Manual do najnowszej wersji]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Wydarzenia

2017-01-05T13:22:05Z

Martach:

*[[Spotkanie rozliczeniowe użytkowników 2015]]
[[Plik:Szkolenie platon4.jpg|100px|thumb|right|PLATON 2011]]
[[Plik:Dfn 2006 02.jpg|100px|thumb|right|DFN 2006]]
*[[Warsztaty archiwizacja 2011]]
*[[Warsztaty archiwizacja 2010]]
*Zakończył się [[DFN 2008 w WCSS]]
*[[DFN 2007 w WCSS]]
*[[Warsztaty projektu Positif]], Warszawa, 16 października 2006
*[[DFN 2006 w WCSS]]
*Konferencja [[Aktualności#8 grudnia 2005|Internet - Wrocław 2005]]
*Konferencja [[SGIUG 2005]]
*[[DFN 2005 w WCSS]]
*[[DFN 2004 w WCSS]]
;Top500
* Klaster Bem - miejsce '''205''' na [https://www.top500.org/list/2016/11/?page=3 liście Top500 w listopadzie 2016 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''148''' na [https://www.top500.org/list/2016/06/?page=2 liście Top500 w czerwcu 2016 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''128''' na [http://www.top500.org/list/2015/11/200/?page=2 liście Top500 w listopadzie 2015 r.]
* Klaster Bem - miejsce '''135''' na [http://www.top500.org/list/2015/6/200/?page=2 liście Top500 w czerwcu 2015 r.]
* Klaster SuperNova - miejsce '''360''' na [http://www.top500.org/list/2011/11/400/?page=4 liście Top500 w listopadzie 2011 r.]
* Klaster SuperNova - miejsce '''194''' na [http://www.top500.org/list/2011/06/200/?page=2 liście Top500 w czerwcu 2011 r.]
* Klaster SuperNova - miejsce '''372''' na [http://www.top500.org/list/2010/11/400/?page=4 liście Top500 w listopadzie 2010 r.]
* Klaster Nova - miejsce '''318''' na [http://www.top500.org/list/2008/06/400/?page=5 liście Top500 w czerwcu 2008 r.]
* IBM SP2 - miejsce '''482''' na [http://www.top500.org/list/1995/11/300 liście Top500 w listopadzie 1995 r.]
<noinclude>
[[Kategoria:Szablony]]
</noinclude>

GAMESS

2017-01-05T12:01:59Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2016.08.18-R1|wersja2='''2014.12.05-R1'''}}

'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

== Informacje ogólne ==
Niektóre z możliwości programu to:
* wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
* wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
* wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
* wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
* szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

;Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|'''Typ SCF= '''
|''' RHF '''
|''' ROHF'''
|'''UHf'''
|'''GVB'''
|'''MCSCF'''
|-
|energia
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|gradienty analityczne
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|numeryczny Hessian
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|analityczny Hessian
|CDP
|CDP
| -
|CDP
| -
|-
|energia CI
|CDP
|CDP
| -
|CDP
|CDP
|-
|gradient CI
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia MP2
|CDP
|CDP
|CDP
| -
|CP
|-
|gradient MP2
|CDP
| -
|CD
| -
| -
|-
|energia CC
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|gradient DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|energia MOPAC
|tak
|tak
|tak
|tak
| -
|-
|gradient MOPAC
|tak
|tak
|tak
| -
| -
|}

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)


== GAMESS w WCSS ==

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Bem]].

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
* INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
* TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
* REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
* PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
* IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

=== GAMESS w sieci ===
* [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html Strona domowa GAMESSa]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

TURBOMOLE

2017-01-05T12:01:13Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Turbomole
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=7.1.1|wersja2=7.0|wersja3='''6.6'''|wersja4=6.3|wersja5=5.10}}
'''TURBOMOLE''' - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/.

;Sposób użycia:

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-turbomole
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)

Gdzie:
* <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy:
<pre>
aoforce eigerf moloch ricc2_mpi sdg
atbandbta escf mpgrad riccprep statpt
bsseenergy freeh mpgrad_mpi ridft tm2molden
cosmoprep frog mpshift ridft_mpi uff
define grad rdgrad rimp2 vibration
dscf grad_mpi rdgrad_mpi rimp2prep jobex
dscf_mpi intense relax ruecker
egrad mdprep ricc2 sammler
</pre>

Na przykład

> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR }}

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Dokumentacja ==
* [http://www.turbomole.com/ Strona domowa pakietu TURBOMOLE]
* [http://www.turbo-forum.com/ Forum użytkowników TURBOMOLE]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

GAMESS

2017-01-05T09:45:48Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2016.08.18-R1''', 2014.12.05-R1}}

'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

== Informacje ogólne ==
Niektóre z możliwości programu to:
* wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
* wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
* wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
* wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
* szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

;Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|'''Typ SCF= '''
|''' RHF '''
|''' ROHF'''
|'''UHf'''
|'''GVB'''
|'''MCSCF'''
|-
|energia
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|gradienty analityczne
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|numeryczny Hessian
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|analityczny Hessian
|CDP
|CDP
| -
|CDP
| -
|-
|energia CI
|CDP
|CDP
| -
|CDP
|CDP
|-
|gradient CI
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia MP2
|CDP
|CDP
|CDP
| -
|CP
|-
|gradient MP2
|CDP
| -
|CD
| -
| -
|-
|energia CC
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|gradient DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|energia MOPAC
|tak
|tak
|tak
|tak
| -
|-
|gradient MOPAC
|tak
|tak
|tak
| -
| -
|}

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)


== GAMESS w WCSS ==

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Bem]].

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

'''Uwaga'''

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
* INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
* TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
* REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
* PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
* IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

=== GAMESS w sieci ===
* [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html Strona domowa GAMESSa]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

VMD

2017-01-05T09:05:00Z

Martach:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD 
{{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.9.3|}}
''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

== Uruchamianie VMD ==

* Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine NoMachine]. Aby uruchomić program, należy w terminalu uruchomionym w aplikacji NoMachine użyć komendy:
> vmd
* Z programu VMD można także korzystać po uruchomieniu [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego zadania interaktywnego] i załadowaniu odpowiedniego [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Modu%C5%82y modułu]:
> qsub -X -I -l walltime=6:00:00
> module load vmd/1.9.3-gcc6.2.0
> vmd

== VMD w sieci ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ Strona domowa VMD]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]