KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Rosetta

2014-08-05T09:37:03Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Rosetta
{{aplikacja|nazwa=Rosetta|logo=[[Plik:rosetta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.2.1}}
=== Rosetta ===

Program Rosetta służy do modelowania struktóry białek.
Zaawansowany algorytm umożliwia tworzenie białek, enzymów de novo, łączenie ligandów oraz przewidywanie struktury złożonych kompleksów.

=== Licencja ===

Program Rosetta jest dostepny dla komercyjnych i niekomercyjnych użytkownikóœ za darmo. Licencje można uzyskać na stronie [https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download Licencja ]

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
> qsub -I -q short6h

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load rosetta/3.2.1 (dla wersji domyślnej - najnowszej)

=== Rosetta w sieci ===
*[https://www.rosettacommons.org/software Strona domowa]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Rosetta

2014-08-05T09:34:29Z

Mkowalska:

Plik:rosetta.png

2014-07-22T08:03:59Z

Mkowalska:

VMD

2014-07-22T07:09:11Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < VMD 
{{aplikacja|nazwa=VMD|logo=[[Plik:vmd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.9.1|}}
== VMD ==

''VMD'' (Visual Molecular Dynamics) – oprogramowanie do modelowania, wizualizacji i analizy systemów biologicznych (m.in. białek, kwasów nukleinowych, lipidów).

== Licencja ==

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:800px-Screenvmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

== Uruchamianie na klastrze ==

* Należy przekierować wyświetlanie wg. [[Przekierowanie wyświetlania | instrukcji ]]
* Załadować moduł poleceniem :
module load vmd
* Uruchomić program poleceniem :
vmd

== VMD w sieci ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_vmd.html Strona domowa VMD]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd-index.html Tutoriale]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:vmd.gif

2014-07-22T07:08:02Z

Mkowalska:

Tinker

2014-07-21T13:22:23Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tinker
{{aplikacja|nazwa=Tinker|logo=[[Plik:tinker.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja= 5.1.09}}
'''Tinker''' - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, działający na licencji U.S. Copyright Law. Użytkownicy korzystający z Tinker zobowiązani są do podpisania licencji (http://dasher.wustl.edu/ffe/downloads/license.pdf) oraz przesłania jej na adres:
:Dr. Jay W. Ponder
:Department of Chemistry, Box 1134
:Washington University in Saint Louis
:One Brookings Drive
:Saint Louis, MO 63 130 U.S.A

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następujących prac:

:P. Ren, C. Wu and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 7, 3143-3161 (2011)
:M. J. Schnieders and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 3, 2083-2097 (2007)
:P. Ren and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 107, 5933-5947 (2003)
:R. V. Pappu, R. K. Hart and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 102, 9725-9742 (1998)
:M. E. Hodsdon, J. W. Ponder and D. P. Cistola, J. Mol. Biol., 264, 585-602 (1996)
:C. E. Kundrot, J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402-409 (1991)
:J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 8, 1016-1024 (1987)

== Korzystanie w WCSS ==
Program skompilowany jest kompilatorem gfortran. Tinkera 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.8.

;Uruchamianie
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:
> qsub -I -l software=Tinker_5.1.09
> module load molcas/molcas78
> cd /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example/
> /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example $ analyze water.xyz -k water.key e>$HOME/woda.out

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* http://dasher.wustl.edu/ffe/

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:tinker.gif

2014-07-21T13:21:23Z

Mkowalska:

Tinker

2014-07-21T13:19:35Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tinker
{{aplikacja|nazwa=Tinker|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja= 5.1.09}}
'''Tinker''' - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, działający na licencji U.S. Copyright Law. Użytkownicy korzystający z Tinker zobowiązani są do podpisania licencji (http://dasher.wustl.edu/ffe/downloads/license.pdf) oraz przesłania jej na adres:
:Dr. Jay W. Ponder
:Department of Chemistry, Box 1134
:Washington University in Saint Louis
:One Brookings Drive
:Saint Louis, MO 63 130 U.S.A

W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następujących prac:

:P. Ren, C. Wu and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 7, 3143-3161 (2011)
:M. J. Schnieders and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 3, 2083-2097 (2007)
:P. Ren and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 107, 5933-5947 (2003)
:R. V. Pappu, R. K. Hart and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 102, 9725-9742 (1998)
:M. E. Hodsdon, J. W. Ponder and D. P. Cistola, J. Mol. Biol., 264, 585-602 (1996)
:C. E. Kundrot, J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402-409 (1991)
:J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 8, 1016-1024 (1987)

== Korzystanie w WCSS ==
Program skompilowany jest kompilatorem gfortran. Tinkera 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.8.

;Uruchamianie
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:
> qsub -I -l software=Tinker_5.1.09
> module load molcas/molcas78
> cd /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example/
> /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example $ analyze water.xyz -k water.key e>$HOME/woda.out

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* http://dasher.wustl.edu/ffe/

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Siesta

2014-07-21T13:17:58Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Siesta
{{aplikacja|nazwa=SIESTA|logo=[[Plik:siesta.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0-rc2|wersja2=3.2}}
'''SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)'''

Wydajna aplikacja do przeprowadzania obliczeń DFT. Implementacją autorskiej metody pozwala na licznie b.dużych układów w
rozsądnym czasie. Stosowana tam, gdzie kosztowne, liczące funkcje falowe wszystkich elektronów, metody byłyby nieefektywne.

Algorytm SIESTY liczy tylko walencyjne gęstości elektronowe, reszta(rdzeń) przybliżany jest psudopotencjałem.
Ze względu na użyte metody SIESTA daje wiarygodne wyniki w przypadku stanów podstawowych, np: szukanie optymalnej
geometrii, ścieżka reakcji, MD. Nie radzi sobie natomiast ze stanami wzbudzonymi oraz, ponieważ korzysta z aproksymacji
pseudopotencjałami, z właściwości wynikających ze stanów elektronów rdzenia atomowego (np. gradient elektronowy).

Szybkość SIESTY bierze się z zastosowanych przybliżeń (pseudopotencjały) oraz z alternatywnego algorytmu liczenia, który
skaluje się liniowo (N-order method). SIESTA może przełączać się między standardowym i alternatywny algorytmem (domyślnie
przełączenie ustawione jest na 100 atomów), aby zapewnić maksymalną efektywność.

Wg. "SIESTA cominando" A.Postnikov

=== Licencja ===
WCSS posiada licencję dla centrum obliczeniowego ([http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/academic-licence.html]). Niezależnie od tego, każdy użytkownik, który chce prowadzić obliczania musi wystąpić do autorów i uzyskać [http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/computer-center-licence.html ]licencję indywidualną. WCSS nie może wykonać tego kroku w imieniu użytkownika.

W celu uzyskania dostępu do systemowej instalacji Siesty, prosimy o zgłoszenie takiego zapotrzebowania do [[kontakt|administratorów]], pamiętając o wcześniejszym uzyskaniu licencji indywidualnej. Tylko posiadaczom takiej licencji WCSS może umożliwić dostęp.

=== Korzystanie w WCSS ===
Siesta oraz Transiesta w ver.3.0-rc2 dostępne są w WCSS na klastrze [[Supernova]].

/usr/local/bin/sub-siesta-3.0-rc2
Sposob uzycia: sub-siesta-3.0-rc2 plik_danych.fdf kolejka liczba_procesorow_per_wezel
pamiec_w_MB_per_wezel liczba_wezlow

=== Dokumentacja ===
* [http://www.icmab.es/siesta Strona domowa pakietu]

{{Oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Plik:siesta.png

2014-07-21T13:17:52Z

Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:siesta.png“

Plik:siesta.png

2014-07-21T13:16:51Z

Mkowalska:

R

2014-07-21T13:14:09Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R
{{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.1.0|wersja2=3.0.2|wersja3=2.14}}

'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

=== R w WCSS ===
;Wstawianie zadań do kolejki:
dla R 3.1.0:

'''sub-R''' plik.r [kolejka] [liczba_rdzeni] [ilosc_pamieci_w_MB] [opcjonalne_parametry]

Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.

Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.

==== Zainstalowane pakiety ====
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
<pre>
installed.packages()
</pre>
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== R w sieci ===
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]

{{Oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:Rlogo.jpg

2014-07-21T13:12:26Z

Mkowalska: Mkowalska przesłał Plik:Rlogo.jpg

Logo R

Plik:orca.jpg

2014-07-21T13:11:17Z

Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:orca.jpg“

Orca

2014-07-21T13:08:39Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja2=2.9.1 |wersja=3.0.1}}
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.

== Licencja ==
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz [http://cec.mpg.de/forum/license.html treść licencji]). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji): '''''"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."'''''

Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.

{{Podziękowanie WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==

=== Uruchamianie zadań ===
Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:

> '''sub-orca''' plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

Gdzie:
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
* Domyślne wartości:
** kolejka = normal
** NCPUS = 1
** pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie
* Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.

Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:
> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1)
> sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]

=== Środowisko i praca interaktywna ===
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> '''qsub -I''' -q short6h

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load orca/2.9.1
> module load orca/3.0.1

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

=== Zadania równoległe ===
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
* Dla wersji 2.9.1. są to:
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
* Dla wersji 3.0.1 są to:
:SCF, SCFGRAD, SCFHESS, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Canonical-, PNO-, DLPNO-Methods), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.

Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):

! PAL4
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)

lub

%pal nprocs 4
end

Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200

Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:
> module load orca
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf
* [http://cec.mpg.de/forum/ Strona domowa programu]
* [http://cec.mpg.de/forum/OrcaManual.pdf Manual do najnowszej wersji] (dostępny także w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf)

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:orca.jpg

2014-07-21T13:07:56Z

Mkowalska:

OpenFOAM

2014-07-21T13:05:16Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < OpenFOAM
{{aplikacja|nazwa=OpenFOAM|logo=[[Plik:OpenfoamLogo.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.7.1|wersja2=2.1.0|wersja3=2.3.0}}
'''OpenFOAM''' (''Open Field Operation and Manipulation'') - pakiet oprogramowania przeznaczony do symulacji dynamiki płynów (CFD).

Na klastrze [[Nova]] dostępna jest wersja OpenFOAM 1.7.1; 2.1.0; 2.3.0.

Znajdują się w katalogach:
> /usr/local/OpenFOAM/OpenFOAM-1.7.1
> /usr/local/OpenFOAM/OpenFOAM-2.1.0
> /usr/local/OpenFOAM/OpenFOAM-2.3.0

Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Załadowanie modułu w powłoce (w zależności od wersji):
> module load OpenFOAM-1.7.1
> module load OpenFOAM-2.1.0
> module load OpenFOAM-2.3.0

;Informacje o wykorzystaniu
{{Podziękowanie_WCSS}}

;OpenFOAM w sieci
*[http://www.opencfd.co.uk/openfoam/ Strona domowa pakietu OpenFOAM]
*[http://www.opencfd.co.uk/openfoam/doc/index.html Dokumentacja on-line]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NWChem

2014-07-21T12:51:03Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem
{{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=[[Plik:nwchem.png|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''6.3'''|wersja2=6.1.1}}
'''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

== Korzystanie z pakietu w WCSS ==
Obecnie zainstalowane są wersje '''6.1.1''' oraz '''6.3'''.

Obliczenia uruchamia się poleceniem:

> sub-nwchem plik_danych.nw pamięc-w-MB kolejka liczba_procesorow

gdzie:
* <code>pamiec-w-MB</code> - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.
* <code>plik_danych.nw</code> - plik z danymi programu
* <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
* <code>liczba_procesorow</code> - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4.

Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe):

> sub-nwchem test.nw 7000 parallel 4

;Plik wejściowy
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).
<pre>
start feco5
# Fe(CO)5

geometry units au
symmetry group d3h

fe 0.0 0.0 0.0

c 0.0 0.0 3.414358
o 0.0 0.0 5.591323

c 2.4417087 2.4417087 0.0
o 3.9810552 3.9810552 0.0
end

basis
fe library 3-21g
o library 3-21g
c library 3-21g
end

basis "cd basis"
o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
end

dft
xc becke88 lyp
end

task dft
</pre>
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''feco5.nw''', obliczenia zleci się poleceniem:
> sub-nwchem feco5.nw 2000 parallel 4

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/capabilities/nwchem_capab.html Strona domowa pakietu NWChem]
* [http://www.emsl.pnl.gov/capabilities/computing/nwchem/docs/usermanual.pdf Podręcznik użytkownika NWChem]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:nwchem.png

2014-07-21T12:50:03Z

Mkowalska:

NBO

2014-07-21T12:39:12Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NBO
{{aplikacja|nazwa=NBO|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.0}}
=== NBO ===

Program NBO analizuje wieloelektronową funkcję falową pod względem lokalizacji par elektronowych cząsteczki. Wykorzystuje rozkład gęstości elektronowej, w celu określenia najbardziej trafnej struktury Lewisa.

Program determinuje:
* Naturalny orbital atomowy (NAOs)
* Naturalny orbital hybrydowy (NHOs)
* Naturalny orbital wiążący (NBOs)
* Naturalnie zlokalizowany orbital molekularny (NLMOs)

=== Wstawianie zadań ===

* użycie NBO wymaga załadowania modułu w skrypcie zadania lub z linii poleceń w trakcie zadania interaktywnego:
module load nbo/6.0

* użycie NBO wraz z Gaussianem 2009 D.01 wymaga załadowania innego modułu i następnie uruchomienie g09. Zalecane jest użycie zadania interaktywnego. Jeśli zadanie g09 wymaga podania liczby procesorów lub wielkości pamięci innych niż domyślne, to należy dodać odpowiednie karty %nproc i %mem do pliku danych g09.
module load nbo/6.0-g09
g09 plik_danych.inp plik_wynikow.log

* użycie NBO wraz z GAMESS'em 2013 możliwe jest poprzez zlecenie zadania przy użyciu jednego z następujących skryptów:
sub-gamess lub sub-gamess-2013.05.01-R1

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== NBO w sieci ===
* [https://www.chem.wisc.edu/~nbo5/ Strona domowa NBO]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NAMD

2014-07-21T12:38:06Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=[[Plik:namd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}

== NAMD ==

NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.

== Korzystanie w WCSS ==

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
/usr/local/namd2

== Licencja ==

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).

* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

* oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
* Informacje o wykorzystaniu:
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:namd.gif

2014-07-21T12:37:24Z

Mkowalska:

NAMD

2014-07-21T12:35:42Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}

== NAMD ==

NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.

== Korzystanie w WCSS ==

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
/usr/local/namd2

== Licencja ==

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).

* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

* oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
* Informacje o wykorzystaniu:
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NAMD

2014-07-21T12:34:25Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}

== NAMD ==

NAMD (''NAnoscale Molecular Dynamics'') - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.

== Korzystanie w WCSS ==

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
/usr/local/namd2

== Licencja ==

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).

* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

* oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.

== Dokumentacja ==
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

MPB

2014-07-21T12:29:11Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] MPB
{{aplikacja|nazwa=MPB|logo=[[Plik:Mpb.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.4.2}}
'''MPB''' - program MIT Photonic Bands (MPB) bazujący na algorytmie rozwinięcia fali płaskiej PWE (ang. ''Plane Wave Expansion''), który należy do grupy metod spektralnych z bazową falą płaską. Pakiet MPB jest zestawem programów służących do obliczeń struktury pasmowej i stanu polaryzacji fal elektromagnetycznych w periodycznych strukturach dielektrycznych. W ogólności metoda ta jest przeznaczona do symulacji struktur o periodycznej dystrybucji współczynnika załamania. W przypadku symulacji struktur nie okresowych, algorytm PWE wprowadza do obliczeń sztuczną okresowość.

Program MPB charakteryzuje się następującymi cechami:
* wyznacza z równań Maxwella zdefiniowane częstotliwościowe stany własne dla dowolnych wektorów falowych w dielektrycznej strukturze periodycznej,
* wykorzystuje w pełni wektorowe, trójwymiarowe obliczenia,
* wykorzystuje iteracyjne metody analizy zagadnień własnych,
* nie wprowadza uproszczeń do równań rządzących propagacją,
* opiera się na języku skryptowym Scheme,
* wynikiem obliczeń jest struktura pasmowa badanego kryształu i stany polaryzacji fali EM,
* jest kompatybilny z większością systemów Unixowych,
* wspiera pracę wielowątkową na superkomputerach przy użyciu interfejsu MPI.

=== Licencja ===
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].

=== MPB w WCSS ===
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Załadowanie modułu w powłoce:
> module load mpb

=== MPB w sieci ===
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/MIT_Photonic_Bands Strona domowa MPB]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Plik:Mpb.jpg

2014-07-21T12:28:50Z

Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:Mpb.jpg“

Plik:Mpb.jpg

2014-07-21T12:27:37Z

Mkowalska: Mkowalska przesłano nową wersję pliku „Plik:Mpb.jpg“

Plik:Mpb.jpg

2014-07-21T12:26:01Z

Mkowalska:

MOPAC

2014-07-21T12:24:30Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < MOPAC
{{aplikacja|nazwa=MOPAC|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.1}}
'''MOPAC2009''' - aplikacja, w której zaimplementowano półempiryczne metody chemii obliczeniowej, stosowane w przypadku układów, których liczenie tradycyjnymi metodami ''ab initio'' (HF, CCSD, CI itd.) byłoby zbyt kosztowne obliczeniowo.

=== MOPAC w WCSS ===
Pakiet zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]].

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
qsub -I -l software=Mopac

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:
module load mopac

Program można wywoływać poleceniem:
mopac plik.mop

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
sub-mopac plik.mop [ pamiec ] [ kolejka ]

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki <code>normal</code> z przydziałem 1 rdzenia i 1800MB pamięci.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}
=== MOPAC w sieci ===
* [http://openmopac.net/ Strona domowa pakietu]

{{Oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Molpro

2014-07-21T12:16:12Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2012.1.12|wersja2=2012.1.5|wersja3=2010.1|wersja4=2009.1}}
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

== Informacje ogólne ==
Główne cechy MOLPRO:
* pełny zakres metod ''ab initio''
* moduły <code>direct</code> i <code>local</code> dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
* obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
* możliwość generowania danych wsadowych dla [[Gaussian]]a, [[Molden]]a, formaty XYZ, i inne
* przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

== MOLPRO w WCSS ==

=== Zalecenia ogólne ===

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
qsub -I -l software=Molpro_WERSJA

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:
module load molpro

Program można wywoływać poleceniem:
molpro [opcje] plik.inp

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
'''sub-molpro''' plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka

Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.

Ważne:
* karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
* jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html

=== Molpro 2009.1 ===
* system obliczeniowy: [[Supernova]]

Wstawianie zadań skryptem '''sub-molpro-2009''' -- jako argument wymagany jest tylko plik danych oraz opcjonalnie [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka].

=== Molpro 2010.1 ===
* system obliczeniowy: [[Supernova]]

Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
'''sub-molpro_mppx''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
'''sub-molpro-2010.1''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

=== Molpro 2012.1 ===
* system obliczeniowy: [[Supernova]]

Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
'''sub-molpro-2012.1.5''' plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log

Można korzystać także z polecenia '''sub-molpro''', które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.molpro.net/ Strona główna MOLPRO]
* [http://ccmst.gatech.edu/wiki/index.php?title=Molpro#Parallel_Computations CCMST Wiki]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Molden

2014-07-21T11:58:52Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden 
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

;Główne zastosowania:
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
* Animacja ścieżki reakcji.
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.

;Aby uruchomić Moldena na Supernovej należy:
# zalogować się z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]]
# wstawić graficzne zadanie interaktywne
#:<pre>$ qsub -I -X -l software=Molden</pre>
# załadować moduł molden
#:<pre>$ module load molden</pre>
# uruchomić program poleceniem molden
#:<pre>$ molden</pre>

;Informacje o wykorzystaniu
{{Podziękowanie_WCSS}}

;Molden w sieci
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html

'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Molden

2014-07-21T11:57:49Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden 
{{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Supernova]] |wersja=5.0}}
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

;Główne zastosowania:
* Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
* Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
* Animacja ścieżki reakcji.
* Zaawansowany edytor Z-Matrix.

;Aby uruchomić Moldena na Supernovej należy:
# zalogować się z [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]]
# wstawić graficzne zadanie interaktywne
#:<pre>$ qsub -I -X -l software=Molden</pre>
# załadować moduł molden
#:<pre>$ module load molden</pre>
# uruchomić program poleceniem molden
#:<pre>$ molden</pre>

;Molden w sieci
* http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html

'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

MOLCAS

2014-07-21T11:55:50Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas
{{uwaga|Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję.}}
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6 i 7.8}}
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.

== Korzystanie w WCSS ==
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' i '''7.8'''. Wersja starsza zostanie wycofana, gdyż działa niestabilnie.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

; Instalacja własnej licencji
Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog <code>.Molcas</code> (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji <code>license.dat</code>.
> cd
> mkdir .Molcas
> cp license.dat .Molcas/

; Uruchamianie zadań
Zadanie wstawiamy skryptem '''/usr/local/bin/old/sub-molcas''' (skrypt uruchamia wersję 7.8), aby poznać składnię należy wywołać skrypt bez argumentów:
> /usr/local/bin/old/sub-molcas
Sposob uzycia: /usr/local/bin/old/sub-molcas plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log

;Uwaga:
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.


== Dokumentacja ==
;Molcas w sieci
* http://www.molcas.org/

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Maple

2014-07-21T09:45:23Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Maple
{{aplikacja|nazwa=Maple|logo=[[Plik:maple.png|noframe|center]]|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=15}}
'''Maple''' - program do obliczeń symbolicznych.

*[http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=13 Informacje o licencji]
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

'''Maple w sieci'''
*[http://www.maplesoft.com/ Strona Maplesoft]
*[http://www.sadowski.edu.pl/maple/ M.P. Sadowski, Podstawy programu MAPLE]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:maple.png

2014-07-21T09:44:50Z

Mkowalska:

Meep

2014-07-21T09:32:00Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=MEEP|logo=[[Plik:Meep-logo.png|150px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=1.1.1}}
'''Meep''' (''MIT Electromagnetic Equation Propagation'')

=== Licencja ===
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].

=== Korzystanie w WCSS ===

MEEP 1.1.1 w wersji równoległej. Znajduje się w katalogu <code> /usr/local/meep-1.1.1/</code>

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== Wstawianie zadań do systemu kolejkowego ===

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego został stworzony skrypt <code>sub-meep</code>, sposób użycia:

sub-meep "definicje" "plik(i)_ctl" wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

np:
sub-meep "compute-mode?=true" "holey-wvg-cavity.ctl" 4000 parallel 4

;Zobacz też
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep Strona domowa pakietu]
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep_manual Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Matlab

2014-07-21T09:27:05Z

Mkowalska:

[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]
< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Matlab
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona dla użytkowników WCSS, do celów badawczych.''' Pracownicy i doktoranci PWr mogą korzystać z licencji badawczej Politechniki. Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na PWr powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''' lub Działem Informatyzacji PWr. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}
{{aplikacja|nazwa=Matlab|logo=[[Grafika:Matlab1.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=R2013a|wersja2=R2012a|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja21=R2013a}}
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.

== Informacje ogólne ==
Główne funkcjonalności MATLAB-a:
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników
* grafika do wizualizacji i analizy danych
* interaktywny język i środowisko programistyczne
* narzędzia do budowy własnego GUI
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.

== Licencja udostępniana przez WCSS ==
Aktualnie dostępna wersja to '''R2013a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/

W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:

* '''Matlab''' (30) - pakiet główny
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)
* '''Communications System Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.
* '''Spreadsheet Link EX''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą.
* '''Global Optimization Toolbox''' (1)
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji.
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów
* '''DSP System Toolbox''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.
** '''Simulink Fixed-Point''' (1)
* '''HDL Coder''', dawniej '''Simulink HDL Coder''' (1)
* '''Matlab Coder''' (1)
* '''Matlab Compiler''' (1)
* '''Statistics Toolbox''' (1)
* '''Wavelet Toolbox''' (1)
* '''Parallel Computing Toolbox''' (5)
* '''Distributed Computing Engine''' (32)

Licencje zdezaktualizowane:
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.
* '''Filter Design Toolbox''' (1)
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Uruchamianie na klastrze Supernova ==
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Supernova]] (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-WERSJA).

=== Praca interaktywna na klastrze ===
Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy pamiętać o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]] z klastra na swój komputer. Następnie w celu pracy interaktywnej z aplikacją należy uruchomić zadanie interaktywne w kolejce, z opcją <code>-X</code>, np.:

> '''qsub -I -X -q short6h'''

;Środowisko aplikacji

MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.

Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.

> '''module load matlab'''

Powyższe polecenie wczyta najnowszą wersję. Można też wybrać starszą wersję wydając polecenie:

> '''module load matlab/R2012a'''

Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:

> '''matlab -n'''

Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.

;Uruchamianie aplikacji

Do uruchamiania programu służy polecenie:

> '''matlab'''

=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===

Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejki PBS na klastrze Supernova należy [[kopiowanie|przesłać na klaster]] pliki wejściowe zadania (lub przygotować je na klastrze pracując interaktywnie, jak opisane powyżej), [[logowanie|zalogować się na klaster]] i następnie posłużyć poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać z gotowego skryptu:

> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp>

Więcej o składni polecenia <code>qsub</code> w artykule: [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uruchamianie na infrastrukturze PLATON-U3 ==
Chcąc pracować interaktywnie z MATLAB-em można skorzystać z infrastruktury PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]). Należy w tym celu zarejestrować się w portalu usługi jako użytkownik w WCSS (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć w portalu odpowiednią rezerwację na maszynę wirtualną z zainstalowanym MATLAB-em (szczegółowe instrukcje na stronie usługi).

Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].

== Uruchamianie na własnych komputerach ==
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]].

W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER menkar.wcss.pl 0007e905907d 27002'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@menkar.wcss.pl"</code>:

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@menkar.wcss.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@menkar.wcss.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@menkar.wcss.pl'''

== Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova ==
WCSS umożliwia zlecanie zdalnie zadań obliczeniowych na klaster Supernova. Jest to możliwe na dwa sposoby:
# korzystając ze środowiska MATLAB-a dostępnego na infrastrukturze [[Klaster kampusowy|PLATON-U3]],
# korzystając ze środowiska MATLAB-a zainstalowanego na własnym komputerze.

W obydwu przypadkach, aby zlecić zadanie zdalne korzystając z interfejsu Matlaba należy wcześniej odpowiednio go skonfigurować:
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/matlab_wcss.zip zip]] i rozpakować w lokalizacji przeszukiwanej przez Matlaba (listę tych miejsc można znaleźć klikając przycisk '''Set Path''' w polu '''Environment'''),
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Supernova.zip zip]] i rozpakować w dowolnej lokalizacji (plik '''Supernova.settings''', który jest w archiwum będzie potrzebny w następnym kroku),
* w polu '''Environment''' kliknąć na przycisk '''Parallel''' i wybrać pozycję '''Manage Cluster Profiles''',
* w oknie które się pojawi kliknąć na przycisk '''Add''' i wybrać pozycję '''Import''',
* wskazać lokalizację pliku '''Supernova.settings''' wypakowanego z archiwum,
* zaznaczyć pozycję '''Supernova''' na liście '''Cluster Profile''' i kliknąć przycisk '''Edit''',
* w części SubmitFunctions należy zmienić 3. parametr funkcji ('''/home/tyciu'''), tak aby wskazywał lokalizację '''własnego katalogu domowego''' na klastrze,
* po kliknięciu przycisku '''Done''' można już korzystać ze zdalnego zlecania zadań.

=== Uruchamianie zdalne z infrastruktury PLATON-U3 ===
Chcąc korzystać z MATLAB-a na Supernovej poprzez infrastrukturę PLATON-U3, należy zarejestrować się jako użytkownik PLATON-U3 w WCSS i założyć odpowiednią rezerwację. Po uzyskaniu dostępu do aplikacji należy ją skonfigurować (jak opisane powyżej) i zweryfikować, czy aplikacja działa poprawnie.

==== Weryfikacja poprawności konfiguracji ====
W celu przeprowadzenia weryfikacji trzeba wykonać kilka, wymienionych poniżej, kroków:
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Set Path</code> sprawdzić listę ścieżek. Ścieżka rozpoczynająca się od <code>\\wcss-sts</code> znajduje się na dysku Z.
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane ze zleceniami.
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code> wybrać profil <code>Supernova</code>.
# W profilu <code>Supernova</code> wybrać zakładkę <code>Validation Results</code>, a następnie przeprowadzić weryfikację poprawności działania za pomocą przycisku <code>Validate</code>.

==== Tworzenie nowego skryptu ====
Nowy skrypt Matlaba tworzy się za pomocą przycisku <code>New Script</code>:
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane z obliczeniami.
# W menu, w zakładce <code>HOME</code> użyć przycisku <code>New Script</code>.
# Po podaniu programowi poleceń w postaci skryptu, należy ów skrypt zapisać w katalogu wybranym w podpunkcie 1.
# W celu uruchomienia skryptu należy kliknąć na niego (powinien być widoczny w polu <code>Current Folder</code>) prawym przyciskiem myszy (PPM), a następnie użyć polecenia <code>Run</code>.

==== Testowanie poprawności zlecania zadań ====
W celu przetestowania poprawności działania własnych skryptów do zlecania zadań należy:
# Otworzyć nowy skrypt przyciskiem <code>New Script</code>.
# Wkleić poniższy kod (*).
# Zapisać skrypt pod dowolną nazwą w wybranym katalogu znajdującym się w ścieżkach Matlaba.
# Zlecić zadanie za pomocą <code>PPM > Run</code>.
(*)
'''c = parcluster('Supernova');'''
'''job1 = createJob(c);'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''
'''submit(job1);'''
'''wait(job1);'''
'''results = fetchOutputs(job1);'''
'''results{1:5};'''

Kod zleca wygenerowanie 5 macierzy 3 na 3 zawierających losowe liczby zmiennoprzecinkowe o wartościach zawierających się między 0 a 1 - każda macierz generowana jest w osobnym tasku.
Polecenie <code>'parcluster'</code> służy do wyboru profilu z listy znajdującej się w <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code>.
Polecenie <code>'createJob'</code> tworzy zadanie, a polecenie <code>'createTask'</code> - podzadanie. Polecenie <code>'submit'</code> zleca zadanie do systemu kolejkowego (PBS) na klastrze zdefiniowanym w profilu,
a polecenie <code>'wait'</code> wymusza oczekiwanie na zakończenie zadania przed kontynuowaniem postępowania zawartego w skrypcie.

W celu sprawdzenia wyników należy w oknie <code>Command Window</code> wprowadzić kolejno następujące komendy:

'''c = parcluster('Supernova')'''
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished')'''

Wyświetli się lista zakończonych zadań na profilu <code>Supernova</code>. Należy wybrać zadanie, którego wyniki chcemy przejrzeć (np. 5.) i postępować według poniższych kroków:

'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished', 'ID', 5)'''
'''results = fetchOutputs(finished_jobs)'''
'''results{1:numel(results)}'''

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00)
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.
*:;Spis treści:
*::Wstęp
*:# Pierwsze kroki w Matlabie
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych
*:# Tworzenie plików funkcyjnych
*:# Wykresy w Matlabie
*:# Interfejs graficzny użytkownika
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji
*:# Analiza statystyczna pomiarów
*:# Analiza harmonicznych
*:# Równania różniczkowe
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi
*:# Wprowadzenie do Simulinka
*:# Modelowanie równania różniczkowego
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych
*:# Grupowanie i maskowanie bloków
*::Literatura

;MATLAB w sieci
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]
* [http://www.mathworks.com/company/newsletters/articles/gpu-programming-in-matlab.html?s_v1=48010423_1-AUVSR GPU Programming in MATLAB]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Mathematica

2014-07-21T09:24:41Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=[[Plik:mathematica.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja=8.0.1|wersja21=8}}
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.

== Licencja ==
*Supernova - Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].
*Klaster kampusowy - dwie licencje dla uczelni Wrocławia [http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=9]
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.

;Praca interaktywna
Logowanie do systemu i uruchamianie programu w trybie graficznym:

1. Logowanie na klaster z przekierowaniem wyświetlania
ssh -X supernova.wcss.wroc.pl
2. Uruchomienia interaktywnego shella w kolejce z przekierowaniem wyświetlania
qsub -I -X -l software=Mathematica_8
3. Ustawienie środowiska programu
module load mathematica
4. Uruchomienie Mathematica w trybie graficznym
Mathematica

;Zadania wsadowe
Do zlecania zadań obliczeniowych należy skorzystać z polecenia:
/usr/local/bin/sub-mathematica plik.txt [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]

== Dokumentacja ==
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Plik:mathematica.jpg

2014-07-21T09:23:29Z

Mkowalska:

Mathcad

2014-07-21T09:13:34Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Mathcad
{{aplikacja|nazwa=Mathcad|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=15.0}}
'''Mathcad''' i '''Mathcad Prime''' - program do obliczeń symbolicznych.

*[http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=6 Informacje o licencji]

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

'''Mathcad w sieci'''
*[http://www.ptc.com/product/mathcad/ Strona producenta]
*[http://www.mathcad.pl/ Mathcad Prome 2.0]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Maple

2014-07-21T09:12:43Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Maple
{{aplikacja|nazwa=Maple|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=15}}
'''Maple''' - program do obliczeń symbolicznych.

*[http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=13 Informacje o licencji]
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

'''Maple w sieci'''
*[http://www.maplesoft.com/ Strona Maplesoft]
*[http://www.sadowski.edu.pl/maple/ M.P. Sadowski, Podstawy programu MAPLE]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Lumerical FDTD

2014-07-21T09:10:19Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]
{{aplikacja|nazwa=Lumerical FDTD|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=8.9.163}}
'''FDTD Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].

== FDTD w WCSS ==
FDTD zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] w wersji 8.9.163, w drzewie '''/usr/local/lumerical/fdtd'''.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Szybki start ==

;Uruchamianie GUI

Z graficznego interfesju aplikacji najlepiej korzystać poprzez usługę [https://wcss.cloud.pionier.net.pl Platon U3 w WCSS].

;Uruchamianie obliczeń w kolejce:

> module load fdtd
> fdtd-run-pbs.sh [-n <procs>] fsp1 [fsp2 ... [fspN]]

Gdzie:
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni dla zadania (domyślnie 8)
* fsp1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych, dla każdego wstawione zostanie nowe zadanie do kolejki PBS.

;Uruchamianie obliczeń lokalnie:
> module load fdtd
> fdtd-run-local.sh [-n <procs>] fsp1 [fsp2 ... [fspN]]

Gdzie:
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni do obliczeń (domyślnie 8)
* fsp1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych.

== Dokumentacja ==
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/fdtd/ Opis produktu na stronie producenta]
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Lumerical MODE

2014-07-21T09:09:59Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]
{{aplikacja|nazwa=Lumerical MODE|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=6.5.0}}
'''MODE Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].

== MODE w WCSS ==
MODE zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] w wersji 6.5.0, w drzewie '''/usr/local/lumerical/mode'''.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Szybki start ==

;Uruchamianie GUI

;Uruchamianie obliczeń w kolejce:
> module load mode
> varfdtd-run-pbs.sh [-n <procs>] lms1 [lms2 ... [lmsN]]

Gdzie:
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni dla zadania (domyślnie 8)
* lms1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy
* [lms2 ... [lmsN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych, dla każdego wstawione zostanie nowe zadanie do kolejki PBS.

;Uruchamianie obliczeń lokalnie:
> module load mode
> varfdtd-run-local.sh [-n <procs>] lms1 [lms2 ... [lmsN]]

Gdzie:
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni do obliczeń
* lms1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych.

== Dokumentacja ==
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/mode/ Opis produktu na stronie producenta]
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Lumerical

2014-07-18T10:28:52Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Lumerical |logo=[[Plik:lumerical.jpg|noframe|center]] |serwery=[[Supernova]] |składowe=Pakiety| lista=[[Lumerical FDTD]] [[Lumerical MODE]]}}
'''Lumerical''' - producent oprogramowania m.in. [[Lumerical FDTD|FDTD]] i [[Lumerical MODE|MODE]].

== Lumerical w WCSS ==
Dwa produkty firmy Lumerical dostępne są w WCSS: [[Lumerical FDTD|FDTD]] i [[Lumerical MODE|MODE]], obydwa zainstalowane na klastrze [[Supernova]] w drzewie '''/usr/local/lumerical'''.
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
* [http://www.lumerical.com Strona domowa producenta]
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Plik:lumerical.jpg

2014-07-18T10:27:58Z

Mkowalska:

Gromacs

2014-07-18T10:25:54Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:Gromacs.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=4.5.3 (single, double, seq, MPI)|wersja2=4.5.5 (single, seq, MPI)}}
'''Gromacs''' (GROningen MAchine for Chemical Simulations) - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy), ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.

== Licencja ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].
=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Gromacs w WCSS ==
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek [[MPI]].

Na klastrze [[Supernova]] dostępny jest
* Gromacs '''4.5.3'''
** skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float i double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.
** Programy znajdują się w katalogach (odpowiednio do wersji):
/usr/local/gromacs/4.5.3-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/4.5.3-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji
/usr/local/gromacs/4.5.3-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/4.5.3-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
* Gromacs '''4.5.5'''
** skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.
** Programy znajdują się w katalogu:
/usr/local/gromacs/4.5.5-single/

==== Środowisko aplikacji ====
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.

Załadowanie modułu w powłoce:
> module load gromacs

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>grompp</code> i <code>mdrun</code> domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.

Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
> module load gromacs/4.5.3-s
> module load gromacs/4.5.3-d
> module load gromacs/4.5.5-s

==== Wstawianie zadań do kolejki ====
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:

> '''sub-gromacs''' plik.tpr [kolejka] [parametry]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.
* plik.tpr - plik z danymi wejściowymi
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
** -q kolejka (domyślnie parallel)
** -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)
** -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)
** -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)
** -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję <code>-cpi plik_checkpoint</code>, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)

Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:
> '''sub-gromacs4.5.3''' plik_wejsciowy.tpr [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.
* plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
* Domyślne wartości:
** kolejka = parallel
** liczba_cpu = 4
** pamiec_per_cpu_w_MB = 1800

;Uwaga: Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "<code>-nt <liczba wątków></code>". Aby wyłączyć wątkowanie należy w wywołaniu programu dodać opcję "<code>-nt 1</code>". Jeżeli wątkowanie jest włączone (domyślnie jest) program próbuje automatycznie podzielić domenę problemu na tyle porcji ile uruchamia wątków - jeżeli mu się to nie uda, program jest przerywany i zadanie kończy się komunikatem:

: -------------------------------------------------------
: Fatal error:
: Domain decomposition does not support simple neighbor searching, use grid searching or use particle decomposition
: For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
: website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
: -------------------------------------------------------

== Dokumentacja ==
* [http://www.gromacs.org/ Strona domowa pakietu Gromacs]
* [http://www.gromacs.org/content/view/13/27/ Dokumentacja on-line]
* [http://www.staff.amu.edu.pl/~chemfiz/pliki/Gromacs.pdf Magda Flader: Wprowadzenie do GROMACS'a]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Gaussian

2014-07-18T10:25:03Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Gaussian
{{aplikacja|nazwa=Gaussian|logo=[[Plik:Gausslogo.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2009 D01, 2009 C01, 2009 B02, 2003 E01}}
'''Gaussian''' jest jednym z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej. Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).

== Informacje ogólne ==
Pakiet Gaussian został pierwotnie opracowany przez zespół J.A. Pople'a. Pierwsza wersja pakietu udostępniona została w 1976 roku pod nazwą Gaussian-76. Kolejne wersje nazywano odpowiednio do roku, w którym były wydawane, Gaussian-80, -82, -86, -88, -90, -92, -94, -98, -03 i wersja -09.

Gaussian 98/03 posiada zdolność prognozowania wielu własności cząsteczek i reakcji, włączając:
* energie i struktury molekularne,
* energie i struktury stanów przejściowych,
* częstości drgań,
* widma IR i Raman'owskie,
* własności termochemiczne,
* energie wiązań i ścieżki reakcji,
* orbitale molekularne,
* ładunki atomowe,
* momenty multipolowe,
* stałe ekranowania i podatności magnetyczne NMR,
* powinowactwo elektronowe i potencjały jonizacyjne,
* polaryzowalności i hiperpolaryzowalności,
* potencjały elektrostatyczne i gęstości elektronowe,
* i wiele innych.

Obliczenia dla danego układu cząsteczek mogą być wykonywane w fazie gazowej lub roztworze, w stanie podstawowym oraz w stanie wzbudzonym.

Nowości Gaussiana 03 to m.in. poszerzona funkcjonalność metody ONIOM czy metody rozwiązywania PCM (ang.''Polarizable Continuum Model'').

Program Gaussian można uruchamiać na większości z dostępnych platform sprzętowych i systemowych, począwszy od komputerów klasy PC/Macintosh z Windows, Linux lub MacOS, poprzez praktycznie wszystkie uniksowe stacje robocze, po superkomputery wszystkich producentów. Gaussian może być wykonywany równolegle w środowiskach SMP (oraz rozproszonych, po zakupieniu dodatkowego pakietu Linda).

== GAUSSIAN w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiet GAUSSIAN jest dostępny na klastrze [[Supernova]].

=== Zalecenia ogólne ===
* Podstawowe aspekty wydajności obliczeń Gaussianem zostały omówione częściowo na stronie producenta: http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm .

* Oszacowanie wymaganej pamięci i wskazówki dot. wydajności obliczeń: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_eff.htm
:W szczególności należy zwrócić uwagę, że alokowanie bardzo dużej pamięci nie wpływa liniowo na wydajność obliczeń. Użycie zbyt dużej pamięci może wręcz spowolnić działanie programu. Do oszacowania pamięci dla obliczeń częstości w HF i DFT można użyć programu ''freqmem'' (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm). Powinno to dawać również rozsądne szacunki dla optymalizacji i metod post-HF.

* Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie wartości całki w takim pliku zajmuje więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy należy używać trybu ''direct:''
SCF=DIRECT
:Dodatkowo, silne obciążenie podsystemu dyskowego komputera stopuje całą maszynę. Oczywiście, zadania, których nie można uruchomić w trybie bezpośrednim, ciągle można liczyć w WCSS. Prosimy jednak pamiętać, że jeśli zagrozi to przepełnieniem dysków <code>/scratch</code> i przerwaniem innych zadań, to zadanie takie zostanie zabite. Użytkownicy wymagający więcej przestrzeni dyskowej proszeni są o [[kontakt]] przed rozpoczęciem obliczeń.

* Gaussian zainstalowany jest na poszczególnych maszynach w podkatalogach <code>/usr/local/gWERSJA/</code> lub <code>/usr/local/gaussian-WERSJA/</code>.

* Jeśli istnieje potrzeba użycia poleceń takich jak ''formchk'', to należy to zrobić w zadaniu interaktywnym (przykładowe uruchomienie poniżej).
qsub -I -q short6h -l software=formchk
module load gaussian/g09.B.01
formchk

* Gaussian nie akceptuje DOS-owego znaku powrotu karetki (znak <code>^M</code>) w plikach danych. Sprawdzenie można wykonać poleceniem:
vim -b plik-danych

* Sposób cytowania zalecany przez producenta znajduje się na stronie:
*:http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_citation.htm

* Informacje o wykonywaniu zadań równoległych: http://www.gaussian.com/

=== Wstawianie zadań ===

* Do wstawiania zadań Gaussiana do systemu kolejkowania [[PBS]] można wykorzystać skrypty:
sub-gaussian sub-gaussian-2009-a02 sub-gaussian-2009-c01-bigmem
sub-gaussian-2003-d01 sub-gaussian-2009-b01 sub-gaussian-2009-d01

/usr/local/bin/sub-gaussian plik_danych.inp kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB

:Jest to metoda zalecana ale nie konieczna - można używać własnych skryptów.

* Dla wersji 2003 zadania są automatycznie konfigurowane do wykorzystania 4 lub 8 procesorów i 7 lub 15 GB pamięci oraz kolejki normal. Jeśli zachodzi potrzeba zmiany tych ustawień, to należy skopiować dany skrypt do własnego katalogu i zmodyfikować go według wskazówek zawartych w treści skryptu. Następnie należy wstawić zadanie do kolejki przy pomocy tak zmienionego skryptu:
/home/USERNAME/moj-katalog/sub-gaussian <parametry>

* Pozostałe parametry konfiguracyjne znajdują się w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g0X/Default.Route

=== Znane problemy ===
* Problemy napotkane w wersji 2009-A do D:
** Gaussian bardzo agresywnie alokuje pamięć w niektórych przypadkach. W efekcie system operacyjny Linux nie nadąża zrzucać buforów dyskowych, aby zwolnić pamięć. Skutkuje to błędami ''"memory allocation failed"''. Jest to wina algorytmów zastosowanych w programie. Autorzy nie reagują na nasze raporty błędów. Wdrożone zostało obejście problemu, ale nie zawsze skuteczne. Zalecamy zmodyfikowane na własne potrzeby skryptu '''sub-gaussian''' i sukcesywne zwiększanie tam wartości zmiennej BUFOR.

* Problemy napotkane w wersji 2009-D01:
** Użycie O3LYP skutkuje komunikatem ''"Different local and non-local exchange scaling not allowed for this functional"''. jest to błąd i należy użyć starszej wersji programu.
** Użycie Add/Mod Redundant:

There was a change in the "ModRedundant/AddRedundant" code in G09 rev.
C.01 and later. We have found that the input of a value to modify an
internal coordinate from that present in the input structure can cause
a number of problems and it is not guaranteed to work, so we have
disabled this function (the online documentation of "Geom" and "Opt"
should reflect the change now). In G09 rev. C.01 and D.01, the syntax
on the "ModRedundant" section is only valid when the value of the
coordinate is not set, so it uses the value that corresponds with the
input geometry, for example:

D 5 1 6 10 S 20 5.000000

If the value of the bond/angle/dihedral coordinate that the user wants
to freeze/scan is not at the desired value in the input geometry, then
one should modify the input geometry and not give different values
here (for example, by opening the input structure with GaussView, then
using the "Bond/Angle/Dihedral" tool and move the slide to get the
exact value of the desired coordinate). If one uses the "Redundant
Coordinate Editor" in GaussView to define the redundant internal
coordinates to freeze or scan, then one should leave as "Don't Set"
the pull down menu in that window. The options "Set" and "Increment"
in such window are no longer available in G09 rev. C.01.

When one uses the "Bond", "Angle" and "Dihedral" tools in GaussView,
one has several modes in which this internal coordinate can be
modified, such as rotating groups, rotating atoms, or keeping one side
frozen but rotating only the other side. The fact that a modification
of one internal coordinate can be done in several different ways
underscores why the "old syntax" of allowing modification of the
coordinate value is problematic. Because of the redundancy of the
"redundant internal coordinates", some internal coordinates could be
strongly coupled with others. Thus, a modification of the value in one
internal coordinate might not be possible without modifying the values
of other redundant internal coordinates, therefore becoming a not
well-defined problem because there could be multiple solutions
depending on how many other (and which) internal coordinates are
allowed to be modified and by how much. This is our motivation for
disabling the "old syntax". We understand that the "old syntax" may
have worked for users in many cases before but we considered that this
was not reliable enough to be of general use.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja Gaussiana 94 i 98 dostępna jest w formie drukowanej:
* E. Frisch, Michael J. Frisch, James B. Foresman, "Gaussian 94 User's Reference", Manual Version: 5.1, February, 1996
* E. Frisch, Michael J. Frisch, "Gaussian 98 User's Reference", Manual Version: 6.1, January, 1999
* E. Frisch, Michael J. Frisch, Alice B. Nielsen, "Gaussian 98 Programmer's Reference", Manual Version: 6.0, August, 1998

=== Gaussian w sieci ===
* [http://www.gaussian.com Strona domowa Gaussiana]
* [http://server.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/gaussian.html Krótki przewodnik dla początkujących]
* [http://www.spectroscopynow.com/Spy/basehtml/SpyH/1,2466,5-0-0-0-0-home-0-0,00.html Baza wiedzy o NMR, IR, RAMAN *]
* [http://arrhenius.rider.edu:16080/nmr/NMR_tutor/dictionary/dict_intro.html słownik on-line pojęć NMR *]
* [http://www.molnet.eu/index.php?option=com_content&view=category&id=34&Itemid=53 Gaussian w praktyce]
* [http://joaquinbarroso.com/category/white-papers/gaussian/ Dr. Joaquin Barroso's blog]
* [http://docs.notur.no/application-support/chemistry-applications/gaussian-1/troubleshooting-gaussian-calculations Troubleshooting Gaussian calculations]
* [http://accelrys.com/products/datasheets/interface-to-gaussian.pdf Materials Studio user interface to Gaussian]
* [http://www.teokem.lu.se/~ulf/Methods/gaussian.html How to start and run a simple calculation with Gaussian]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Obliczenia wibracyjnie rozdzielczych widm elektronowych w Gaussianie 09]]
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

GAMESS

2014-07-18T10:24:03Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.10.01-R1 |wersja2=2012.05.01-R2 |wersja3=2013.05.01-R1}}
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

== Informacje ogólne ==
Niektóre z możliwości programu to:
* wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
* wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
* wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
* wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
* szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

;Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
{|style="border:1px solid #737889; margin-right:2px; margin-left:2px; padding-left:2px;" cellspacing="0"
|'''Typ SCF= '''
|''' RHF '''
|''' ROHF'''
|'''UHf'''
|'''GVB'''
|'''MCSCF'''
|-
|energia
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|gradienty analityczne
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|numeryczny Hessian
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|CDP
|-
|analityczny Hessian
|CDP
|CDP
| -
|CDP
| -
|-
|energia CI
|CDP
|CDP
| -
|CDP
|CDP
|-
|gradient CI
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia MP2
|CDP
|CDP
|CDP
| -
|CP
|-
|gradient MP2
|CDP
| -
|CD
| -
| -
|-
|energia CC
|CD
| -
| -
| -
| -
|-
|energia DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|gradient DFT
|CDP
|CDP
|CDP
| -
| -
|-
|energia MOPAC
|tak
|tak
|tak
|tak
| -
|-
|gradient MOPAC
|tak
|tak
|tak
| -
| -
|}

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)


== GAMESS w WCSS ==
Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Supernova]].

;Wstawianie zadań do kolejki:

sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

== Informacje o wykorzystaniu ==
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Dokumentacja ==
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
* INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
* TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
* REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
* PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
* IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

=== GAMESS w sieci ===
* [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html Strona domowa GAMESSa]

== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

FDS-SMV

2014-07-18T10:20:35Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=FDS-SMV|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.0.0}}
'''Fire Dynamics Simulator''' - to program do symulacji pożaru i rozprzestrzeniania się dymu. '''Smokeview''' jest aplikacją do wizualizacji wyników symulacji FDS.

=== FDS w WCSS ===
Pakiet FDS jest darmowy. Zainstalowany jest na Nova w wersji sekwencyjnej i równoległej.

;Uruchamianie
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu:

> sub-fds6 plik_danych.fds [liczba-rdzeni] [pamiec] [kolejka]

Gdzie:
* <code>liczba-rdzeni</code> - liczba procesorów, na których będzie liczyło się zadanie,
* <code>pamiec</code> - rozmiar pamięci per rdzeń w MB, domyślnie 1800 MB,
* <code>kolejka</code> - jedna z kolejek systemu kolejkowego PBS.

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

=== Dokumentacja ===
;Strona oficjalna FDS w sieci
* http://www.fire.nist.gov/fds/

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Dalton

2014-07-18T10:19:12Z

Mkowalska:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Dalton
{{aplikacja|nazwa=Dalton|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2011, 2013}}
'''Dalton''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych. Pozwala wyznaczać właściwości molekularne, w tym optyczne i elektryczne (np. liniowe i nieliniowe polaryzowalności) oraz magnetyczne (NMR, podatność magnetyczna). Udostępnia metody obliczeniowe: Hartree-Focka (HF), wielokonfiguracyjną metodę pola samouzgodnionego (MCSCF), metody sprzężonych klasterów (CCS, CC2, CCSD, CCSD(T), CC3, jak również MP2) oraz teorię funkcjonału gęstości (DFT). W najnowszej wersji Daltona (2013) zaimplementowane zostały m.in. takie funkcjonalności jak: dekompozycja Choleskiego dla metody sprzężonych klasterów, empiryczne poprawki na dyspersję w metodach DFT (DFT-D2, DFT-D3 and DFT-D3BJ czy też model dyskretnego rozpuszczalnika (Polarizable Embedding).

== Licencja ==
WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2011 oraz Daltona 2013.

* Użytkownicy korzystający z '''Daltona 2011''' zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:

:''"DALTON, a molecular electronic structure program, Release Dalton2011 (2011), see http://daltonprogram.org/"''

* Użytkownicy korzystający z '''Daltona 2013''' zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:

:''K. Aidas, C. Angeli, K. L. Bak, V. Bakken, R. Bast, L. Boman, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, P. Dahle, E. K. Dalskov, U. Ekström, T. Enevoldsen, J. J. Eriksen, P. Ettenhuber, B. Fernández, L. Ferrighi, H. Fliegl, L. Frediani, K. Hald, A. Halkier, C. Hättig, H. Heiberg, T. Helgaker, A. C. Hennum, H. Hettema, E. Hjertenæs, S. Høst, I.-M. Høyvik, M. F. Iozzi, B. Jansik, H. J. Aa. Jensen, D. Jonsson, P. Jørgensen, J. Kauczor, S. Kirpekar, T. Kjærgaard, W. Klopper, S. Knecht, R. Kobayashi, H. Koch, J. Kongsted, A. Krapp, K. Kristensen, A. Ligabue, O. B. Lutnæs, J. I. Melo, K. V. Mikkelsen, R. H. Myhre, C. Neiss, C. B. Nielsen, P. Norman, J. Olsen, J. M. H. Olsen, A. Osted, M. J. Packer, F. Pawlowski, T. B. Pedersen, P. F. Provasi, S. Reine, Z. Rinkevicius, T. A. Ruden, K. Ruud, V. Rybkin, P. Salek, C. C. M. Samson, A. Sánchez de Merás, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. Sneskov, A. H. Steindal, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, A. M. Teale, E. I. Tellgren, D. P. Tew, A. J. Thorvaldsen, L. Thøgersen, O. Vahtras, M. A. Watson, D. J. D. Wilson, M. Ziolkowski, and H. Ågren, "The Dalton quantum chemistry program system", WIREs Comput. Mol. Sci. (doi: 10.1002/wcms.1172)''

oraz

:''"Dalton, a molecular electronic structure program, Release DALTON2013.0 (2013), see http://daltonprogram.org."''

=== Informacje o wykorzystaniu ===
{{Podziękowanie_WCSS}}

== Korzystanie w WCSS ==
Dalton zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]], w wersji sekwencyjnej i równoległej, w katalogu:
/usr/local/dalton

Program skompilowany jest kompilatorem Intela, z użyciem bibliotek MKL. Wersja równoległa jest dodatkowo skompilowana z bibliotekami MVAPICH.

;Uruchamianie
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:
> module load dalton
> dalton

Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik '''.dal''') oraz danych (plik '''.mol'''). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików <code>calc.dal</code> i <code>h2o.mol</code>:
> dalton calc h2o

Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. calc_h2o.dal i calc_h2o.mol, program można uruchomić następująco:
> dalton calc_h2o

; Wstawianie do kolejki
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia:
sub-dalton plik.dal plik.mol [kolejka] [liczba_rdzeni] [pamiec_per_rdzen_w_MB]

Gdzie:
* <code>plik.dal</code> - plik wejściowy z instrukcjami
* <code>plik.mol</code> - plik wejściowy z danymi
* <code>kolejka</code> - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.
* <code>liczba_rdzeni</code> - parametr opcjonalny, liczba rdzeni dla zadania, wartość domyślna: 1 rdzeń.
* <code>pamiec_per_rdzen_w_MB</code> - rozmiar pamięci RAM dla pojedynczego rdzenia. Ponieważ część pamięci zużywana jest przez binaria programu, jako pamięć roboczą (zmienna środowiskowa WRKMEM) skrypt przekazuje do Daltona 90% sumarycznego podanego rozmiaru pamięci.

;Obliczenia równoległe
Dalton w wersji równoległej korzysta z [[MVAPICH]] (procesy MPI komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy <code>mpiexec</code> (a nie <code>mpirun</code>). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: <code>/usr/local/osc_mpiexec/0.85_nodefile/bin/mpiexec</code>.

Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład:
sub-dalton calc.dal h2o.mol short6h 2 1800

Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.

Przykładowy plik .dal
**DALTON INPUT
.OPTIMIZE
'''.PARALLEL'''
**WAVE FUNCTION
.DFT
B3LYP
**END OF INPUT

Przykładowy plik .mol
BASIS
cc-pVTZ
arbitrary text in here
arbitrary text in here
Atomtypes=1
Charge=1.0 Atoms=2
H 0.0 0.0 0.0
H 0.0 0.0 2.0

Warto zauważyć, że implementacja paradygmatu master/slave w Daltonie sprawia, że proces główny (master) wykonuje fragmenty sekwencyjne programu i odpowiada za rozdział zadań między procesy slave, dlatego wykonuje niewiele obliczeń w porównaniu z procesami slave.

== Wyniki testów ==
Program został przetestowany zestawem testów dostarczanych razem ze źródłami. Wszystkie testy wykonały się poprawnie.

== Dokumentacja ==
* [http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html Strona domowa pakietu]
* [http://www.scalalife.eu/content/dalton-1 Porady odnośnie uruchamiania Daltona w ScalaLife Competence center]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]