KdmWiki - Wkład użytkownika [pl]

Comsol

2012-11-23T12:51:08Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Comsol
{{aplikacja|nazwa=Comsol|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=4.3}}
'''Comsol''' Multiphysics jest pakietem symulacyjnym, rozwiązującym układy nieliniowych równań różniczkowych cząstkowych przy wykorzystaniu metody elementów skończonych w jednym, dwóch lub trzech wymiarach.

'''Comsol''' jest dostępny tylko i wyłącznie w obrębie infrastruktury Platon-U3. '''Nie udostępniamy licencji do instalacji na własnych komputerach.'''

==Posiadane licencje==
* '''Comsol Multiphysics''', licencja akademicka FNL, 4 użytkowników [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=70]
* '''Nonlinear Structural Material Module''', licencja akademicka FNL, 1 użytkownik [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=106]
* '''Particle Tracing Module''', licencja akademicka FNL, 4 użytkowników [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=83]
* '''RF Module''', licencja akademicka FNL, 3 użytkowników [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=85]
* '''Structural Mechanics Module''', licencja akademicka FNL, 1 użytkownik [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=86]
* [http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=14 Informacje o licencji]

'''Comsol w sieci'''
* [http://www.comsol.com/ Strona Comsol]
* [http://www.tobl.com.pl/ModuleView.php?moduleId=2 Strona firmy Technika Obliczeniowa]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Comsol

2012-11-23T12:50:37Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] <Comsol
{{aplikacja|nazwa=Comsol|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]]|wersja=4.3}}
'''Comsol''' Multiphysics jest pakietem symulacyjnym, rozwiązującym układy nieliniowych równań różniczkowych cząstkowych przy wykorzystaniu metody elementów skończonych w jednym, dwóch lub trzech wymiarach.

'''Comsol''' jest dostępny tylko i wyłącznie w obrębie infrastruktury Platon-U3. '''Nie udostępniamy licencji do instalacji na własnych komputerach.'''

==Posiadane licencje==
* '''Comsol Multiphysics''', licencja akademicka FNL, 4 użytkowników [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=70]
* '''Nonlinear Structural Material Module''', licencja akademicka FNL, 1 użytkownik [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=106]
* '''Particle Tracing Module''', licencja akademicka FNL, 4 użytkowników [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=83]
* '''RF Module''', licencja akademicka FNL, 3 użytkowników [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=85]
* '''Structural Mechanics Module''', licencja akademicka FNL, 1 użytkownik [http://www.tobl.com.pl/CategoryView.php?categoryId=86]
* [http://cloud.pionier.net.pl/index.php?page=software&idApp=14 Informacje o licencji]

'''Comsol w sieci'''
* [http://www.comsol.com/ Strona Comsol]
* [http://www.tobl.com.pl/ModuleView.php?moduleId=2 Serwer firmy Technika Obliczeniowa]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Matlab

2012-10-23T10:41:38Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona do celów badawczych.''' Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na Politechnice Wrocławskiej powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''', nie WCSS. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}
{{zasobytab|logo=[[Grafika:matlab1.png]]|serwery=[[Nova]]}}
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.

== Informacje ogólne ==
Główne funkcjonalności MATLAB-a:
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników
* grafika do wizualizacji i analizy danych
* interaktywny język i środowisko programistyczne
* narzędzia do budowy własnego GUI
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.

== Licencja udostępniana przez WCSS ==
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona do celów badawczych.''' Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na Politechnice Wrocławskiej powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''', nie WCSS.}}

Aktualnie dostępna wersja to '''R2012b''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/

W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:

* '''Matlab''' (30) - pakiet główny
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)
* '''Communication Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.
* '''Excel Link''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)
* '''Filter Design Toolbox''' (1)
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)
* '''Fixed-Point Blockset''' (1)
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą.
* '''Genetic Algorithm and Direct Search Toolbox''' (1)
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji.
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów
* '''Signal Processing Blockset''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów z wykorzystaniem przetwarzania ramkowego
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.
* '''HDL Coder''' (1), uprzednio '''Simulink HDL Coder'''
* '''Spline Toolbox''' (1) - zestaw algorytmów do dopasowania, interpolacji, ekstrapolacji i wizualizacji danych.
* '''Statistics Toolbox''' (1)
* '''Wavelet Toolbox''' (1)

== Uruchamianie na maszynach KDM WCSS ==
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Nova]] w wersji R2010b i R2011a (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-R2010b oraz /usr/local/matlab_R2011a).

;Środowisko aplikacji

MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.

Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.

> '''module load matlab'''

wczyta najnowszą wersję (R2011b). Można też wybrać starszą poleceniem:

> '''module load matlab/R2011a'''

Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:

> '''matlab -n'''

Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.

;Uruchamianie aplikacji

W celu przetestowania poprawności danych wejściowych zadania należy je wstawić do kolejki short. Do uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):

> '''matlab'''

Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy pamiętać o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]].

;Wstawianie zadań do kolejki

Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejek [[PBS]] na Nova należy posłużyć się poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać ze skryptu:

> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp>

== Uruchamianie na własnych komputerach ==
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''<code>156.17.0.0/16</code>'''. Inne adresy/klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS.

W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER sol.wcss.wroc.pl 0007e905907d 27002'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@sol.wcss.wroc.pl"</code>:

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@sol.wcss.wroc.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@sol.wcss.wroc.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@sol.wcss.wroc.pl'''

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00)
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.
*:;Spis treści:
*::Wstęp
*:# Pierwsze kroki w Matlabie
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych
*:# Tworzenie plików funkcyjnych
*:# Wykresy w Matlabie
*:# Interfejs graficzny użytkownika
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji
*:# Analiza statystyczna pomiarów
*:# Analiza harmonicznych
*:# Równania różniczkowe
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi
*:# Wprowadzenie do Simulinka
*:# Modelowanie równania różniczkowego
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych
*:# Grupowanie i maskowanie bloków
*::Literatura

;MATLAB w sieci
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]
* [http://www.mathworks.com/company/newsletters/articles/gpu-programming-in-matlab.html?s_v1=48010423_1-AUVSR GPU Programming in MATLAB]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Matlab

2012-03-23T13:06:51Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona do celów badawczych.''' Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na Politechnice Wrocławskiej powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''', nie WCSS. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}
{{zasobytab|logo=[[Grafika:matlab1.png]]|serwery=[[Nova]]}}
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.

== Informacje ogólne ==
Główne funkcjonalności MATLAB-a:
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników
* grafika do wizualizacji i analizy danych
* interaktywny język i środowisko programistyczne
* narzędzia do budowy własnego GUI
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.

== Licencja udostępniana przez WCSS ==
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona do celów badawczych.''' Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na Politechnice Wrocławskiej powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''', nie WCSS.}}

Aktualnie dostępna wersja to '''R2012a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/

W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:

* '''Matlab''' (30) - pakiet główny
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)
* '''Communication Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.
* '''Excel Link''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)
* '''Filter Design Toolbox''' (1)
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)
* '''Fixed-Point Blockset''' (1)
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą.
* '''Genetic Algorithm and Direct Search Toolbox''' (1)
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji.
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów
* '''Signal Processing Blockset''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów z wykorzystaniem przetwarzania ramkowego
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.
* '''HDL Coder''' (1), uprzednio '''Simulink HDL Coder'''
* '''Spline Toolbox''' (1) - zestaw algorytmów do dopasowania, interpolacji, ekstrapolacji i wizualizacji danych.
* '''Statistics Toolbox''' (1)
* '''Wavelet Toolbox''' (1)

== Uruchamianie na maszynach KDM WCSS ==
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Nova]] w wersji R2010b i R2011a (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-R2010b oraz /usr/local/matlab_R2011a).

;Środowisko aplikacji

MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.

Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.

> '''module load matlab'''

wczyta najnowszą wersję (R2011b). Można też wybrać starszą poleceniem:

> '''module load matlab/R2011a'''

Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:

> '''matlab -n'''

Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.

;Uruchamianie aplikacji

W celu przetestowania poprawności danych wejściowych zadania należy je wstawić do kolejki short. Do uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):

> '''matlab'''

Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy pamiętać o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]].

;Wstawianie zadań do kolejki

Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejek [[PBS]] na Nova należy posłużyć się poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać ze skryptu:

> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp>

== Uruchamianie na własnych komputerach ==
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''<code>156.17.0.0/16</code>'''. Inne adresy/klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS.

W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER sol.wcss.wroc.pl 0007e905907d 27002'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@sol.wcss.wroc.pl"</code>:

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@sol.wcss.wroc.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@sol.wcss.wroc.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@sol.wcss.wroc.pl'''

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00)
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.
*:;Spis treści:
*::Wstęp
*:# Pierwsze kroki w Matlabie
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych
*:# Tworzenie plików funkcyjnych
*:# Wykresy w Matlabie
*:# Interfejs graficzny użytkownika
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji
*:# Analiza statystyczna pomiarów
*:# Analiza harmonicznych
*:# Równania różniczkowe
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi
*:# Wprowadzenie do Simulinka
*:# Modelowanie równania różniczkowego
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych
*:# Grupowanie i maskowanie bloków
*::Literatura

;MATLAB w sieci
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2012-02-20T12:05:45Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja5=6.4.3-seq|wersja4=6.6.3|wersja3=6.8.1|wersja2=6.10.3|wersja=6.12.1}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.12.1 (wersja równoległa)
* 6.10.3 (wersja równoległa)
* 6.8.1 (wersja równoległa)
* 6.6.3 (wersja równoległa)
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)

==== Wstawianie zadań do kolejki====

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_rdzeni] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję równoległą programu;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
* <code>liczba_rdzeni</code> - liczba rdzeni, na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych (bez MPI) do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję sekwencyjną programu;
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 rdzeniu;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]

Gdzie:
* Polecenie uruchamia wersję 6.6.3 narzędzia optic;
* Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per rdzeń w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

==== Środowisko i praca interaktywna ====
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić zadanie do kolejki interaktywnej, np.:

> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.12.1
> module load abinit/6.10.3
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

== Uwagi ==
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.10/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.10]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Discovery Studio

2012-01-26T10:16:37Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]
{{aplikacja|nazwa=Discovery Studio|serwer=Do samodzielnej instalacji|wersja=3.1.1}}
'''Discovery Studio''' - oprogramowanie firmy [[Accelrys]].

=== Licencja ===
WCSS uczestniczy w [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji krajowej 2011/2012] koordynowanej przez ICM. Pakiet zawiera moduły:
{|
|-valign="top"
|
* DS ADMET
* DS TOPKAT
* DS QSAR+ Bundle
* DS Library Design
* DS NNet Component
* DS Catalyst DB Build
* DS Catalyst DB Search
* DS Catalyst Hypothesis
* DS Catalyst SBP
* DS Catalyst Score
* DS Catalyst Shape
* DS De Novo Ligand Builder
* DS Catalyst Conformation
|
* DS CFF
* DS De Novo Evolution
* DS Flexible Docking
* DS LibDock
* DS LigandFit
* DS LigandScore
* DS Ludi
* DS Analysis
* DS Biopolymer
* DS CHARMm
* DS Protein Refine
* DS MODELER
* DS Protein Families
|
* DS Protein Health
* DS Sequence Analysis
* DS Standalone
* DS Client
* DS Vamp Descriptors Component
* DS DMOL3 Descriptors Component
* DS MMFF
* DS DMOL3 Molecular
* DS Quantum
* DS Protein Docking
* DS MCSS
|}

=== Uruchamianie aplikacji ===
Użytkownicy KDM mają możliwość zainstalowania i korzystania z pakietu na swoim komputerze. Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres admin @ kdm.wcss.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

=== Dokumentacja ===
*[http://accelrys.com/products/discovery-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]

{{accelrys}}
{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Materials Studio

2012-01-26T10:15:35Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]
{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 | serwer3=Do pobrania|wersja31=6.0 }}
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.

== Licencja ==
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1112 licencji w 2011/2012] r. dostępne są moduły:

{|
|-valign="top"
|
* MS Adsorption Locator
* MS Amorphous Cell
* MS Blends
* MS CASTEP Interface
* MS CASTEP Parallel
* MS COMPASS Parallel
* MS Conformers
* MS Discover Parallel
* MS DMol3 Interface
* MS DMol3-Solid State Parallel
* MS Equilibria
* MS Forcite Plus
|
* MS Gaussian Interface
* MS GULP Interface
* MS GULP Parallel
* MS Mesocite
* MS MesoDyn
* MS MesoDyn Interface
* MS Motif
* MS Morphology
* MS NMR CASTEP Parallel
* MS ONETEP
* MS ONETEP Interface
* MS Polymorph Predictor
|
* MS Polymorph Predictor Interface
* MS QMERA
* MS QMERA Interface
* MS QSAR Plus
* MS Reflex Plus
* MS Reflex QPA
* MS Sorption
* MS Synthia
* MS VAMP
* MS VAMP Interface
* MS Visualizer
* MS X-Cell
|}

=== Dodatkowe pola siłowe ===
Dla modułu MS Discover doinstalowane są dodatkowe pola siłowe (Force Fields) pobrane ze strony ich autora dr. Hendrika Heinza ([http://www.poly-eng.uakron.edu/heinz-downloads.php]). Użytkownicy korzystający z tych dodatkowych pól proszeni są o cytowanie publikacji:
''Heinz, H.; Koerner, H.; Anderson, K. L.; Vaia, R. A.; Farmer, B. L. Chem. Mater. 2005, 17, 5658–5669.''

== Uruchamianie aplikacji ==
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

=== Klient i obliczenia lokalne ===
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.

Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

=== Obliczenia zdalne ===
WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Supernova]]. Na klastrze Supernova działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:

adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
port: '''18888'''
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać specjalny login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/

=== Obliczenia wsadowe ===
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

;Gotowe skrypty
W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.

;Polecenia dostępne na klastrze Nova

'''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
'''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
'''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
'''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
'''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
'''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
'''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
'''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
'''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
'''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
'''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
'''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
'''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
'''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

;Przykład
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):

nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>

gdzie:
* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).

'''Zobacz też''': [[CASTEP]]

== Dokumentacja ==
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]

{{accelrys}}

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Abaqus

2012-01-26T10:14:36Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{uwaga2|Licencja na pakiet ABAQUS wygasła z końcem 2011 roku. Trwa procedura pozyskania nowej licencji. Udostępniona jest na ten czas licencja tymczasowa.}}
{{aplikacja|nazwa=Abaqus|logo=[[Plik:Ablogo.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.10-2|serwer2=[[Tezro]]|wersja21=6.4|serwer3=Do pobrania|wersja31=6.11-2}}
'''ABAQUS''' - pakiet komercyjny służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.

== Informacje ogólne ==
ABAQUS jest obecnie własnością firmy SIMULIA, należącej do Dassault Systèmes. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych.

Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto możliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:

*'''ABAQUS/Standard'''
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.
*'''ABAQUS/Explicit'''
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.
*'''ABAQUS/CAE'''
:CAE (ang. ''Complete ABAQUS Environment'') dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.

:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem <code>.inp</code>) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem <code>abaqus</code> do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem <code>.cae</code>) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>) w celu wizualizacji układu.

Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Poniższy schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.

[[Grafika:Image001.gif|center|628px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]

== Licencja ==
WCSS posiada '''25''' tokenów licencyjnych współdzielonych przez pakiety Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSA w WCSS.

Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:

* 5 zadań jednoprocesorowych: 5*5 tokenów = 25 tokenów, 5 CPU
* 3 zadania 4 procesorowe: 3*(5+3) = 24 tokeny, 12 CPU

Innym ograniczeniem jest liczba CAE, w 2010 roku jest to '''4'''.

Liczbę dostępnych tokenów można sprawdzić wykonując na polecenie na serwerze z zainstalowanym pakietem:

> abaqus licensing -ru

== Korzystanie z ABAQUSa w WCSS ==
W [[WCSS]] ABAQUS dostępny jest na [[Tezro]] i [[Supernova]]. Zaleca się, aby obliczenia wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowania [[PBS|PBS]].

;Środowisko aplikacji
Konfiguracja ABAQUSa i jego parametry domyślne zapisane są w plikach z rozszerzeniem .env, które znajdują się w katalogu site/ danej wersji pakietu, np. /usr/local/appl/abaqus_6.4/6.4-1/site/abaqus_v6.env. Użytkownik może zmienić parametry domyślne przez utworzenie własnego pliku abaqus.env w swoim katalogu domowym lub w katalogu bieżącym, z którego będzie uruchamiał ABAQUSa.

Aby uzyskać informacje na temat wersji, lokalizacji i parametrów zainstalowanego pakietu wystarczy posłużyć się opcją info, np.:
> abaqus info=env (informacje o ustawieniach środowiska)
> abaqus info=sys (informacje o systemie)

Zmienna TMPDIR określająca katalog roboczy ABAQUSa ustawiona jest domyślnie na /scratch/$USER lub /lustre/scratch/$USER (odpowiednio do serwera). Tam ABAQUS zakłada katalog tymczasowy zawierający pliki tworzone podczas obliczeń. Po zakończeniu obliczeń pliki wynikowe kopiowane są do katalogu, z którego program został uruchomiony.

===[[Tezro]]===
wersja: 6.4

;Uruchamianie aplikacji

Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki <code>short</code>. Do uruchamiania aplikacji służy następujące polecenie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):

> '''abaqus''' (uruchomi domyślną najnowszą wersję)

Krótki opis opcji i poleceń ABAQUS'a dostępny jest po wydaniu komendy:

> '''abaqus help'''

Pierwszym krokiem w pracy z ABAQUS'em jest wygenerowanie pliku z danymi dla modułu ABAQUS/Standard lub ABAQUS/Explicit. Można wykorzystać do tego preprocesor środowiska CAE (pamiętając o [[przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]]) uruchamianego poleceniem:

> '''abaqus cae'''

Aby utworzyć w CAE plik z danymi dla obliczeń wsadowych wystarczy wykonać następujące kroki:

# załadować/utworzyć model układu (zapisywany w bazie modeli *.cae)
# włączyć Modul->Job z menu wyboru CAE
# uruchomić managera zadań (ikonką w lewym menu modułu lub z poziomu głównego menu Job->Manager)
# utworzyć zadanie z poziomu Managera przyciskiem Create
# z poziomu Managera zapisać plik wejściowy przyciskiem Write Input.

Po utworzeniu pliku z danymi (<code>plik_wej.inp</code>) można uruchomić symulację z poziomu interfejsu CAE (przycisk Submit Managera) lub używając polecenia:

> '''abaqus job='''nazwa '''input='''plik_wej.inp

Parametr job=nazwa ustala nazwę główną dla plików generowanych podczas obliczeń. O zawartości danego pliku świadczy nadane mu rozszerzenie, np.:

.dat - wyniki analizy sformatowane do wydruku,

.msg - informacje o przebiegu zadania,

.sta - informacje o zakończonych krokach,

.odb - wyniki obliczeń z przeznaczeniem do wizualizacji przez CAE,

.fin - wyniki w formacie ASCII.

===[[Supernova]]===
wersja: 6.10-2

Abaqus na Nova umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads).

;Uruchamianie aplikacji

Do uruchamiania aplikacji służą następujące polecenia:

> /usr/local/abaqus/Commands/abaqus
> /usr/local/abaqus/Commands/abq6102

Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUS'a dostępny jest po wydaniu komendy:

> /usr/local/abaqus/Commands/abaqus help

Pierwszym krokiem w pracy z ABAQUS'em jest wygenerowanie pliku z danymi dla modułu ABAQUS/Standard lub ABAQUS/Explicit. Na klastrze nie jest dostępne środowisko CAE.

;Wstawianie zadań do kolejki

Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać w kolejkach PBS w następujący sposób (lokalizacja: /usr/local/bin/):

> '''sub-abaqus''' <plik_wej.inp> <abqs-jobname> <liczba procesorow> [opcjonalne parametry do programu]

Gdzie:
* <code>plik_wej.inp</code> - plik z danymi do obliczeń dla Abaqusa
* <code>abqs-jobname</code> - nazwa zadania Abaqusa
* <code>liczba procesorow</code> - od 1 do 12
* opcjonalne parametry przeznaczone dla programu

Skrypt wstawia zadanie o nazwie abq_<abqs-jobname> do kolejek '''normal''' lub '''parallel''' systemu PBS.

Kolejki dostępne na Supernova opisane są w artykule [[Konfiguracja kolejek PBS]].

== Korzystanie z ABAQUSa na własnym komputerze ==
Możliwe jest także zainstalowanie oprogramowania na własnym komputerze i zdalne korzystanie z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''156.17.0.0/16'''. Inne adresy lub klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS. W celu wypożyczenia płytek instalacyjnych i uzyskania szczegółowych informacji należy kontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER sol.wcss.wroc.pl 0007e905907d 27000'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i wskazać ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Na etapie instalacji nie trzeba konfigurować dostępu do serwera licencji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową LM_LICENSE_FILE na wartość "27000@sol.wcss.wroc.pl":

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27000@sol.wcss.wroc.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27000@sol.wcss.wroc.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/xxx/yyy/lmstat -a -c 27000@sol.wcss.wroc.pl'''

== Dokumentacja ==
Dokumentacja ABAQUSa dostępna jest on-line po zalogowaniu się na serwerze Tezro i wydaniu polecenia:

> '''abaqus doc'''

Dokumentacja ta obejmuje między innymi następujące pozycje:

# ABAQUS/Standard User's Manual
# ABAQUS/Explicit User's Manual
# ABAQUS/CAE User's Manual
# ABAQUS Example Problems Manual
# ABAQUS Input Files
# Getting started with ABAQUS

;ABAQUS w sieci:

* [http://www.simulia.com Strona domowa SIMULIA]
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]

;Publikacje wprowadzające do MES
* Wiesław Śródka, "[http://www.dbc.wroc.pl/Content/970/srodka.pdf Trzy lekcje metody elementów skończonych: materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004.
* E. Rusiński, J. Czmochowski, T. Smolnicki, "[http://www.dbc.wroc.pl/dlibra/docmetadata?id=462 Zaawansowana metoda elementów skończonych w konstrukcjach nośnych]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2000.

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Wnioski

2012-01-13T13:00:26Z

Morganek:

[[Jak zostać użytkownikiem KDM|Jak zostać użytkownikiem KDM?]]
* Granty obliczeniowe
** Wniosek o grant: [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Wniosek_o_grant.pdf pdf], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Wniosek_o_grant.odt odt], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Wniosek_o_grant.docx docx]
** Karta użytkownika: [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Karta_uzytkownika.pdf pdf], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Karta_uzytkownika.odt odt], [http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Karta_uzytkownika.docx docx]
** [[Rozliczanie grantów]]
** [[Regulamin użytkownika KDM]]
* Klaster kampusowy PLATON U3
** Rejestracja w portalu projektu [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=register Platon-U3]

ABINIT

2011-12-19T15:16:13Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja4=6.4.3-seq|wersja3=6.6.3|wersja2=6.8.1|wersja=6.10.3}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.10.3 (wersja równoległa)
* 6.8.1 (wersja równoległa)
* 6.6.3 (wersja równoległa)
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.10.3
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

; Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
* <code>liczba_procesorow</code> - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uwagi ==
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.10/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.10]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2011-11-28T09:24:56Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja4=6.4.3-seq|wersja3=6.6.3|wersja2=6.8.1|wersja=6.10.2}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.10.2 (wersja równoległa)
* 6.8.1 (wersja równoległa)
* 6.6.3 (wersja równoległa)
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.10.2
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.6.3
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

; Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
* <code>liczba_procesorow</code> - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uwagi ==
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.10/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.10]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Mathematica

2011-07-13T13:06:57Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=8.0.1}}
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.

== Licencja ==
Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].

== Korzystanie w WCSS ==
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.

Logowanie do systemu i uruchamianie programu w trybie graficznym:

1. Logowanie na klaster z przekierowaniem wyświetlania
ssh -X nova.wcss.wroc.pl
2. Uruchomienia interaktywnego shella w kolejce z przekierowaniem wyświetlania
qsub -I -v DISPLAY -l select=1:epoch=hp
3. Uruchomienie skryptu ustawiającego wszystkie potrzebne zmienne do przekierowania wyświetlania
prepare_x_job
4. Ustawienie środowiska programu
module load mathematica/current
5. Uruchomienie Mathematica w trybie graficznym
Mathematica

== Dokumentacja ==
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Mathematica

2011-07-13T08:23:07Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=8.0.1}}
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.

== Licencja ==
Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].

== Korzystanie w WCSS ==
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.

Logowanie do systemu i uruchamianie programu w trybie graficznym:

1. Logowanie na klaster z przekierowaniem wyświetlania
ssh -X nova.wcss.wroc.pl
2. Uruchomienia interaktywnego shella w kolejce z przekierowaniem wyświetlania
qsub -I -v DISPLAY -l select=1:epoch=hp
3. Uruchomienie skryptu ustawiającego wszystkie potrzebne zmienne do przekierowania wyświetlania
prepare_x_job
4. Ustawienie środowiska programu
module load mathematica
5. Uruchomienie Mathematica w trybie graficznym
Mathematica

== Dokumentacja ==
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Mathematica

2011-07-12T13:27:22Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=8.0.1}}
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.

== Licencja ==
Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].

== Korzystanie w WCSS ==
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load mathematica (dla wersji domyślnej - najnowszej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego
> Mathematica

== Dokumentacja ==
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Lista aplikacji

2011-07-12T13:24:55Z

Morganek:

[[Abaqus]] '''⋅''' [[ABINIT]] '''⋅''' [[Accelrys]] '''⋅''' [[ADF]] '''⋅''' [[Amber]] '''⋅''' [[ANSYS]] '''⋅''' [[ANSYS Fluent]] '''⋅''' [[APBS]] '''⋅''' [[AutoDock]] '''⋅''' [[CAMFR]] '''⋅''' [[Cfour]] '''⋅''' [[CPMD]] '''⋅''' [[CRYSTAL09]] '''⋅''' [[Dalton]] '''⋅''' [[FDS-SMV]] '''⋅''' [[FreeFEM]] '''⋅''' [[GAMESS]] '''⋅''' [[Gaussian]] '''⋅''' [[Gromacs]] '''⋅''' [[Hmmer]] '''⋅''' [[LAMMPS]] '''⋅''' [[Mathematica]]'''⋅''' [[Matlab]] '''⋅''' [[Meep]] '''⋅''' [[Molcas]] '''⋅''' [[Molden]] '''⋅''' [[Molpro]] '''⋅''' [[MOPAC]] '''⋅''' [[MPB]] '''⋅''' [[NAMD]] '''⋅''' [[NWChem]] '''⋅''' [[OpenFOAM]] '''⋅''' [[Pro/ENGINEER]] '''⋅''' [[ProtoMol]] '''⋅''' [[R]] '''⋅''' [[SIESTA]] '''⋅''' [[Tripos Sybyl]] '''⋅''' [[TURBOMOLE]] '''⋅''' [[Xaim]]

Mathematica

2011-07-12T13:22:26Z

Morganek: Utworzył nową stronę „< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe {{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=|serwer=Nova|wersja=8.0.1...”

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=Mathematica|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=8.0.1}}
'''Mathematica''' - system obliczeń symbolicznych i numerycznych opracowany w 1988 przez Stephena Wolframa.

== Licencja ==
Pakiet dostępny jest dla pracowników Politechniki Wrocławskiej na licencji własnej Wolfram Research, Inc. [http://www.wolfram.com/legal/agreements/wolfram-mathematica.html].

== Korzystanie w WCSS ==
Mathematica dostępna jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/Wolfram/Mathematica/8.0 w wersji 8.0.1.

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load mathematica (dla wersji domyślnej - najnowszej)

== Dokumentacja ==
* [http://www.wolfram.com/ Strona domowa pakietu]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2011-07-08T14:15:07Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.4.3-seq|wersja2=6.6.3|wersja3=6.8.1}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
* 6.6.3 (wersja równoległa)
* 6.8.1 (wersja równoległa)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

; Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
* <code>liczba_procesorow</code> - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uwagi ==
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2011-07-08T14:12:50Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.4.3-seq|wersja2=6.6.3}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
* 6.6.3 (wersja równoległa)
* 6.8.1 (wersja równoległa)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

; Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
* <code>liczba_procesorow</code> - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uwagi ==
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2011-07-08T14:11:30Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{aplikacja|nazwa=ABINIT|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=6.4.3-seq|wersja2=6.6.3}}
'''ABINIT''' - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. ''Density Functional Theory'', DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==
ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
* 6.8.1 (wersja równoległa)

Przed przystąpieniem do korzystania należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie (odpowiednio do wersji):
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load abinit/6.8.1
> module load abinit/6.4.3

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit

; Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit''' plik.files [kolejka] [liczba_procesorow] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>parallel</code>;
* <code>liczba_procesorow</code> - liczba procesorów (właściwie rdzeni), na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z procesorów, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań sekwencyjnych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> '''sub-abinit-seq''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest domyślnie na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> '''sub-optic''' plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per CPU w MB]

Gdzie:
* Program uruchamiany jest na 1 CPU;
* Parametry w nawiasach <nowiki>[]</nowiki> są opcjonalne;
* <code>plik.files</code> - plik z danymi sterującymi dla programu;
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki PBS, domyślnie <code>normal</code>;
* <code>wielkosc pamieci per CPU w MB</code> - wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.

'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?

== Uwagi ==
; Restartowanie obliczeń
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.6]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.4/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika wersji 6.4]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Matlab

2011-05-27T12:44:12Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona do celów badawczych.''' Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na Politechnice Wrocławskiej powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''', nie WCSS. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}
{{zasobytab|logo=[[Grafika:matlab1.png]]|serwery=[[Nova]]}}
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.

== Informacje ogólne ==
Główne funkcjonalności MATLAB-a:
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników
* grafika do wizualizacji i analizy danych
* interaktywny język i środowisko programistyczne
* narzędzia do budowy własnego GUI
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.

== Licencja udostępniana przez WCSS ==
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona do celów badawczych.''' Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na Politechnice Wrocławskiej powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''', nie WCSS.}}

Aktualnie dostępna wersja to '''R2011a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (PPC, Intel), Sun SPARC Solaris i Windows (2000, XP, Vista). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/

W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:

* '''Matlab''' (30) - pakiet główny
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)
* '''Communication Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.
* '''Excel Link''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)
* '''Filter Design Toolbox''' (1)
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)
* '''Fixed-Point Blockset''' (1)
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą.
* '''Genetic Algorithm and Direct Search Toolbox''' (1)
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji.
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów
* '''Signal Processing Blockset''' (5)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów z wykorzystaniem przetwarzania ramkowego
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.
** Simulink Design Optimization (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.
** Simulink HDL Coder (1)
* '''Spline Toolbox''' (1) - zestaw algorytmów do dopasowania, interpolacji, ekstrapolacji i wizualizacji danych.
* '''Statistics Toolbox''' (1)
* '''Wavelet Toolbox''' (1)

== Uruchamianie na maszynach KDM WCSS ==
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Nova]] w wersji R2009b i R2010a (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-R2009b oraz /usr/local/matlab_R2010).

;Środowisko aplikacji

MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.

Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:

> '''matlab -n'''

Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.

;Uruchamianie aplikacji

W celu przetestowania poprawności danych wejściowych zadania należy je wstawić do kolejki short. Do uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):

> '''matlab'''

Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy pamiętać o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]].

;Wstawianie zadań do kolejki

Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejek [[PBS]] na Nova należy posłużyć się poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać ze skryptu:

> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp>

== Uruchamianie na własnych komputerach ==
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''<code>156.17.0.0/16</code>'''. Inne adresy/klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS.

W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.

==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER sol.wcss.wroc.pl 0007e905907d 27002'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@sol.wcss.wroc.pl"</code>:

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@sol.wcss.wroc.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@sol.wcss.wroc.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@sol.wcss.wroc.pl'''

== Dokumentacja ==
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00)
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.
*:;Spis treści:
*::Wstęp
*:# Pierwsze kroki w Matlabie
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych
*:# Tworzenie plików funkcyjnych
*:# Wykresy w Matlabie
*:# Interfejs graficzny użytkownika
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji
*:# Analiza statystyczna pomiarów
*:# Analiza harmonicznych
*:# Równania różniczkowe
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi
*:# Wprowadzenie do Simulinka
*:# Modelowanie równania różniczkowego
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych
*:# Grupowanie i maskowanie bloków
*::Literatura

;MATLAB w sieci
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]
* [http://www.icm.edu.pl/zasoby/programy_n/matlab/matlab.php Strony MATLABa w ICM]
* [http://www.ont.com.pl/matlab.php?disp=kat&id=114 Literatura w języku polskim]
* [http://www.pg.gda.pl/~kmb/polish/skrypt.pdf Podstawy programowania w języku Matlab]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Klaster kampusowy

2011-05-24T15:15:05Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]]
{{serwer|zdjęcie= |admini=platon-u3 @ wcss.pl}}
'''Klaster kampusowy''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]], włączony w struktury projektu PLATON U3.

Elementy klastra:

* 32 węzły usługowe IBM BladeCenter HS22, każdy po 2 CPU Intel E5520 2,26 GHz i 48 GB RAM.
* 16 węzłów usługowych IBM x3550M3 wyposażonych w karty graficzne NVIDIA Quadro FX 580, każdy po 2 CPU Intel E5520 2,26 GHz i 48 GB RAM.
* Współdzielony system dyskowy składający się z:
** serwera IBM x3650M2
** macierzy DS3200 (48 dysków 1TB)
* Komunikacja między węzłami 10GbE

{{maszyny obliczeniowe}}

[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Klaster kampusowy

2011-05-24T15:13:31Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]]
{{serwer|zdjęcie= |admini=platon-u3 @ wcss.pl}}
'''Klaster kampusowy''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]], włączony w struktury projektu PLATON U3.

Elementy klastra:

* 32 węzły usługowe IBM BladeCenter HS22, każdy po 2 CPU Intel E5520 2,26 GHz i 48 GB RAM.
* 16 węzłów usługowych IBM x3550M3 wyposażonych w karty graficzne NVIDIA Quadro FX 580, każdy po 2 CPU Intel E5520 2,26 GHz i 48 GB RAM.
* Współdzielony system dyskowy składający się z:
** serwera IBM x3650M2
** macierzy DS3200 (48 dysków 1TB)
* Całość połączona siecią 10GbE

{{maszyny obliczeniowe}}

[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ADF

2010-11-23T09:24:55Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]]}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT).

== ADF w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na [[Leo]]. Dostępne wersje to '''2010.01''', '''2009.01b''' i '''2008.01''' (wersje archiwalne: '''2007.01''' i '''2006.01'''), wszystkie zainstalowane w drzewie '''/usr/local/'''. Licencja obejmuje także NBO.

== Szybki start ==

;Uruchamianie GUI ADF-a
(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview

;Uruchamianie w kolejce:
* '''ważne''' - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
* możliwe są obliczenia równoległe,
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
* następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki
* nadać prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run
* wstawić do kolejki [[PBS]]
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

;Uwagi:

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
* jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

==Cytowanie==
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)
== Dokumentacja ==
=== ADF w sieci ===
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
**[http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]

==Materiały dydaktyczne==
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

ADF

2010-11-23T09:24:38Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]]}}
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT).

== ADF w WCSS ==
ADF zainstalowany jest na [[Leo]]. Dostępne wersje to '''2010.01''' ,'''2009.01b''' i '''2008.01''' (wersje archiwalne: '''2007.01''' i '''2006.01'''), wszystkie zainstalowane w drzewie '''/usr/local/'''. Licencja obejmuje także NBO.

== Szybki start ==

;Uruchamianie GUI ADF-a
(adfinput, adfview i innych)

GUI należy używać wyłącznie do tworzenia danych i analizy wyników. Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''. Obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> source /usr/local/adf/env.sh
> /usr/local/adf/bin/adfview

;Uruchamianie w kolejce:
* '''ważne''' - konfiguracja buforów dyskowych - http://www.scm.com/News/iobufmore.html
* możliwe są obliczenia równoległe,
* '''na Leo obliczenia należy startować z dysku /scratch a nie /home,'''
* aby rozpocząć obliczenia należy wygenerować używając GUI ADF-a (adfinput, adfview, ...) plik danych i skrypt, np. woda.adf i woda.run,
* następnie należy stworzyć samodzielnie drugi skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład dla obliczeń równoległych na 4 procesorach na [[Leo]]:
#!/bin/bash
source /usr/local/adf/env.sh
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania
cd /scratch/$USER/katalog-zadania
export NSCM=4
./woda.run >&woda.wyniki
* nadać prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh
> chmod +x woda.run
* wstawić do kolejki [[PBS]]
> qsub -N ADF_WODA -q parallel -l mem=8000MB,ncpus=4 ./woda.sh

;Uwagi:

* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;
* jeśli podczas tworzenia pliku .run podano katalog wyników, to skrypt wstawiany do kolejki należy uzupełnić o wskazanie tego katalogu:
export SCM_RESULTDIR=/scratch/$USER/katalog-zadania

==Cytowanie==
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacji informacji o wykorzystaniu zasobów WCSS oraz cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:
http://www.scm.com/Doc/Doc2009.01/Background/References/page4.html (wersja 2009.01)
== Dokumentacja ==
=== ADF w sieci ===
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]
**[http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]

==Materiały dydaktyczne==
W latach 2006 i 2008 w tajniki ADF wprowadzał nas prof. Artur Michalak z UJ:
* [[Szkolenie ADF]]
* [[Szkolenie ADF 2]]
== Zobacz też ==
* [[Oprogramowanie KDM]]
* system kolejkowania zadań [[PBS]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]

Biovia

2010-10-04T07:43:12Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]]}}
'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

== Pakiety ==
Niektóre z dostępnych pakietów:
*[[Catalyst]]
*[[Cerius2]]
*[[Charmm]] - w bieżacym roku akademickim jest dostępna licencja Charmm w ramach licencji Accelrys. Zespoły badawcze mogą zakupić własne licencje aktualnej wersji Charmm.
*[[Insight II]]
*[[Quanta]]
*[[Materials Studio]]
*[[Discovery Studio]]

== Licencja krajowa ==
=== Zasady korzystania ===
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2009/2010 są dostępne na stronie:
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0910

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie może udostępnić komputer Leo.

=== Obowiązkowa ankieta ===
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia '''[[Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys|ankiety]]''' i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

== Accelrys w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]], [[Leo]] i [[Nova]]. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

# Połączenie sieciowe między Tezro/Leo/Nova a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
# Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu.

;Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].

== Dokumentacja ==
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z [[kontakt|administratorami]].

Accelrys w sieci:
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
* [http://www.accelrys.com/insight/index.html Insight II]
* [http://www.accelrys.com/cerius2/index.html Cerius2]
* [http://www.accelrys.com/quanta/index.html Quanta]
* [http://www.accelrys.com/catalyst/index.html Catalyst]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1011 Informacje o licencji krajowej]
* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{accelrys}}
{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Szablon:Aktualności

2010-09-29T09:20:19Z

Morganek:

'''29 września 2010'''
* Na klastrze [[Nova]] udostępniona została najnowsza wersja '''6.2.3''' pakietu '''[[ABINIT]]'''.

'''2 sierpnia 2010''', Pon
* Od soboty 31 lipca na klastrze [[Nova]] są problemy z [[Lustre]], w wyniku czego wstrzymane zostało uruchamianie zadań obliczeniowych. Trwają prace administracyjne nad usunięciem usterki. Przepraszamy za utrudnienia.

'''17 czerwca 2010''', Czw
* Na klastrze [[Nova]] udostępniona została najnowsza wersja '''6.0.4''' pakietu '''[[ABINIT]]'''.
* Oprogramowanie '''[[APBS]]''' w wersji '''1.2.1''' zostało zainstalowane na klastrze [[Nova]].

Aktualności

2010-09-29T09:17:28Z

Morganek:

'''Godzina''': {{CURRENTTIME}} UTC   |  
'''Data''': {{CURRENTDAY}} {{CURRENTMONTHNAMEGEN}}
{|align="right"
|
__TOC__
|}

== 29 września 2010 ==
* Na klastrze [[Nova]] udostępniona została najnowsza wersja '''6.2.3''' pakietu '''[[ABINIT]]'''.

== 2 sierpnia 2010 ==
* Od soboty 31 lipca na klastrze [[Nova]] są problemy z [[Lustre]], w wyniku czego wstrzymane zostało uruchamianie zadań obliczeniowych. Trwają prace administracyjne nad usunięciem usterki. Przepraszamy za utrudnienia.

== 17 czerwca 2010 ==
* Na klastrze [[Nova]] udostępniona została najnowsza wersja '''6.0.4''' pakietu '''[[ABINIT]]'''.
* Oprogramowanie '''[[APBS]]''' w wersji '''1.2.1''' zostało zainstalowane na klastrze [[Nova]].

== 19 marca 2010 ==
* Na klastrze Nova została zainstalowana najnowsza wersja (5.0) pakietu '''[[Materials Studio]]'''. Instalacja udostępnia więcej modułów niż na [[Leo]]. Istnieje możliwość zdalnego (z klienta) i wsadowego (po zalogowaniu na klaster) zlecania obliczeń.

== 3 marca 2010 ==
* Na klastrze [[Nova]] została zainstalowana miesięczna próbna wersja debuggera [[Allinea DDT]] służącego do wyszukiwania błędów w aplikacjach wielowątkowych i tych korzystających z biblioteki MPI. Program ma spore możliwości i bardzo wygodny graficzny interfejs. Współpracuje z programami w różnych językach. Osoby zainteresowane możliwością przetestowania prosimy o kontakt. [http://www.allinea.com/index.php?page=79 Krótkie demo], [http://www.allinea.com/downloads/userguide.pdf Userguide].

== 23 lutego 2010 ==
* Użytkowników zainteresowanych obliczeniami w pakiecie '''[[Dalton]]''' zapraszamy do skorzystania z klastra [[Nova]]. Pakiet dostępny jest do obliczeń sekwencyjnych i równoległych.

== 11 lutego 2010 ==
* Na klastrze [[Nova]] udostępniony został zestaw narzędzi '''[[OpenBabel]]'''.
* Serwer [[Leo]] uległ awarii i będzie serwisowany we wtorek 16 lutego. Do tego czasu dostępny jest do obliczeń bez użycia systemu kolejkowego.

== 8 lutego 2010 ==
* Na klastrze [[Nova]] dostępny jest pakiet obliczeniowy '''[[ABINIT]]'''. Zapraszamy do testowania możliwości programu głównego i zestawu narzędzi do pre i postprocessingu, dostarczanych w pakiecie.

== 22 stycznia 2010 ==
* Na klastrze [[Nova]] udostępniony został pakiet obliczeniowy '''[[Fluent]]'''. Zachęcamy do zapoznania się z możliwościami tego oprogramowania.
* W nadchodzącym semestrze w ramach studium doktoranckiego Politechniki Wrocławskiej będą prowadzone dwa kursy wprowadzające w tematykę obliczeń gridowych: [http://doktoranci.pwr.wroc.pl/kursy.php?id=2818 Wydajne wykonywanie obliczeń naukowych], [http://doktoranci.pwr.wroc.pl/kursy.php?id=2819 Programowanie równoległe w środowisku gridowym].

== 8 maja 2009 ==
* W poniedziałek 11 maja, od godz. 8 rano, w WCSS będzie wykonywana przebudowa zasilania. W związku z tym serwer [[Leo]] będzie wyłączony, a klaster [[Nova]] będzie działał w ograniczonym stopniu. Po zakończeniu prac usługi obliczeniowe będę udostępniane stopniowo w ciągu kilku dni. Przepraszamy za utrudnienia.
* Na klastrze [[Nova]] udostępniony został pakiet do obliczeń metodą elementów skończonych: '''[[freeFEM]]'''. Zachęcamy do zapoznania się z możliwościami tego pakietu.

== 31 marca 2009 ==

Rozbudowany Klaster [[Nova]] zostaje oddany do użytku.

== 26 marca 2009 ==
* Serwer [[Leo]] musi zostać poddany pracom serwisowym, które potrwają kilka godzin. Przepraszamy użytkowników za utrudnienia.

== 6 marca 2009 ==
* Serwer [[Leo]] uległ awarii. Do momentu przyjazdu serwisu (11 marca 2009) serwer będzie dostępny do obliczeń poza kolejką. W pełni Leo zostanie oddany do użytku do 12 marca 2009.

== 26 stycznia 2009 ==
* Klaster [[Nova]] zostanie wyłączony 29 stycznia na potrzeby rozbudowy. Modernizacja może potrwać do 16 marca. Pliki z <code>/home</code> nie będą dostępne w pewnych okresach, zalecane jest przeniesienie ich zawartości do <code>/archiwum</code>, aby mieć do nich dostęp z innych komputerów.

== 7 listopada 2008 ==
* Klaster [[Nova]] jest naprawiony po awarii sieci IB.

== 30 lipca 2008 ==
* Serwer [[Alpha]] został wycofany z użytku.

== 23 lipca 2008 ==
Serwer [[Leo]] uległ awarii. Trwają prace serwisowe. Przewidywany czas ponownego udostępnienia serwera: po 28 lipca.

== 26 czerwca 2008 ==
* Klaster [[Nova]] znalazł się wśród najszybszych maszyn obliczeniowych świata - na 318 miejscu listy [http://www.top500.org/list/2008/06/400 Top500] z czerwca 2008.

== 12 czerwca 2008 ==
* Klastry [[Gromada]] i [[Clusterix klaster|Clusterix]] zostają wycofane z użytku. Klastry mogą zostać przekazane zainteresowanym jednostkom, prosimy o [[Kontakt|kontakt]].

== 28 maja 2008 ==
* Klaster [[Układ]] zostanie wycofany z użytku z dniem 8 czerwca 2008. Prosimy użytkowników o przeniesienie swoich plików do <code>/archiwum</code>. Pliki pozostawione w katalogach domowych zostaną skasowane.

== 30 kwietnia 2008 ==
* Klastry [[Układ]] i [[Gromada]] będą stopniowo wyłączane. Osoby, które nie mają kont na klastrze [[Nova]], proszone są o zgłaszanie się do administratorów (nova@kdm.wcss.wroc.pl). Prosimy o zainstalowanie indywidualnie wykorzystywanych programów na klastrze Nova lub serwerze [[Leo]]. Ewentualne pytania lub prośby o pomoc należy kierować do właściwych administratorów. Prosimy o kasowanie danych w /home klastra Układ lub przenoszenie tych danych zgodnie z Państwa potrzebami.

== 15 stycznia 2008 ==
* Serwer [[Leo]] uległ awarii 14.01.2008, w wyniku czego przerwane zostały obliczenia. Problem został rozwiązany, maszyna dostępna jest do obliczeń. Przepraszamy za utrudnienia.

== 7 stycznia 2008 ==
* Rozbudowa klastra [[Nova]] planowana jest na okres 21 stycznia - 20 lutego. Prosimy użytkowników o zakończenie obliczeń i przeniesienie swoich plików z przestrzeni /home do /archiwum.

==18 maja 2007==
* Przerwa serwisowa klastra [[Nova]] - przebudowa podsytemu dyskowego węzła głównego. Przerwa nie wpłynie na zadania obliczeniowe.

==6 luty 2007==
*Z przyczyn od nas niezależnych (wymiana oprogramowania licencyjnego w ICM) mogą wystąpić przejściowe problemy w korzystaniu z pakietu [[Sybyl|Tripos Sybyl]].

==5 luty 2007==
*[[Leo]] uległ awarii w sobotę (3.02), dostępny jest do piątku (9.02) w ograniczonej konfiguracji bez 8 CPU i 16 GB RAM. Na piątek przewidziane są prace serwisowe, serwer zostanie oddany do użytku w piątek wieczorem.

==30 stycznia 2007==
* Na [[Tezro]] i [[Leo]] przeprowadzane są prace serwisowe. Tezro będzie niedostępny począwszy od godz. 15:00. Serwery zostaną oddane do użytku 31 stycznia 2007 (środa).

==15 stycznia 2007==
*W dniu '''23 stycznia 2007''' (wtorek) o godz. '''9:00''' rozpocznie się coroczne [[rozliczanie grantów|rozliczenie grantów]] (za rok 2006). Zebranie odbędzie się w salce [[WCSS]] (101/7) w budynku D-2 w gronie chemików i fizyków. Zebrania dla innych dziedzin odbędą się w miarę potrzeb 24 stycznia.

==21 listopada 2006==
* W środę i czwartek 22 i 23 bm. będą wykonywane prace przy sieci zasilającej. Nie przewidujemy przerwy w pracy KDM, ale mogą wystąpić przejściowe trudności.

==8 listopada 2006==
W ostatnich tygodniach:
* wyłączono z eksploatacji komputer [[Grom]];
* przekazano do eksploatacji bibliotekę taśmową ADIC;
* niektóre moduły oprogramowania [[Accelrys]] są dostępne na [[Leo]].

==28 września 2006==
*[[WCSS]] uczestniczyło w [http://www.festiwal.wroc.pl Dolnośląskim Festiwalu Nauki] 2006 organizując dwie imprezy. [ [[DFN 2006 w WCSS|więcej...]] ]

==4 sierpnia 2006==
*[[WCSS]] posiada licencję na kolejny pakiet do projektowania CAD/CAM/CAE - [[Pro/ENGINEER|PTC Pro/ENGINEER]] w wersji WS 3.0. Płytki instalacyjne pod linuksa znajdują się w WCSS, [[Kontakt]].

== 29 maja 2006 ==
*W związku z pracami modernizacyjnymi w serwerowni KDM serwer [[Grom]] pozostanie wyłączony do środy (31 maja 2006). Przepraszamy za związane z tym utrudnienia.

==24 maja 2006==
*Doroczne spotkanie polskiej grupy użytkowników oprogramowania [[Accelrys]] odbędzie się w ICM '''21-22 czerwca 2006''' r. Naukowców firmy Accelrys będą reprezentować Dr Hugh-Olivier Bertrand (nauki biomolekularne) oraz Dr Manisha Venkaria (nauka o materiałach). Więcej szczegółów ukaże się w najbliższym czasie na stronie ICM.
*Uczestnicy polskiego projektu gridowego [http://clusterix.pl CLUSTERIX] mają przyjemność zaprosić wszystkich chętnych na szkolenie dotyczące praktycznego wykorzystania infrastruktury gridowej CLUSTERIX. Szkolenie odbędzie się w PCSS w dniu '''13 czerwca 2006''' r. Szkolenie odbędzie się w siedzibie PCSS przy ul Wieniawskiego 17/19. Chętni proszeni są o potwierdzenie udziału w szkoleniu na stronie http://szkolenia.man.poznan.pl. [ [[Szkolenie użytkowników Clusterix|wiecej...]] ] 

==3 kwietnia 2006==
*[[WCSS]] otrzymało licencję na pakiet [[ADF]] ważną do 1 maja. Ponadto uczestnicy szkolenia mogą otrzymać indywidualną licencję po wypełnieniu formularza na stronie http://www.scm.com/.

==31 marca 2006==
*Od dłuższego czasu [[Grom]] działał z powodzeniem na 24 procesorach, a oddzielony moduł 8 procesorowy jest nadal testowany w celu wykrycia i naprawienia poprzedniej usterki. Niestety wczoraj Grom zrestartował się. Prawdopodobną przyczyną restartu jest nowy problem z pamięcią lub cache'm, na co wskazują logi maszyny. Serwis pomaga nam zlokalizować nowe uszkodzenie i kolejki nie zostaną jeszcze uruchomione przynajmniej do poniedzialku.
*Jednoczesnie pojawił się problem z systemem na [[Tezro]], na którym kilka procesów zawiesiło się przeciążając komputer. Dlatego kolejki na Tezro również zostały zamknięte i oba systemy będą restartowane w poniedziałek (3 kwietnia) lub wtorek (4 kwietnia). Termin restartu postaramy się w miarę możliwości dostosować do działających zadań.

==30 marca 2006==
*[[Grom]] zrestartował się, prawdopodobną przyczyną są błędy w adresowaniu pamięci cache. Obliczenia zostały przerwane. Przepraszamy za utrudnienia.

==6 marca 2006==
*[[Leo]] uległ awarii w nocy z soboty na niedzielę. Kolejki zostały już uruchomione. Na poniedziałek przewidziane są prace serwisowe. Przepraszamy za utrudnienia.

==17 lutego 2006==
Na [[Leo]] został zainstalowany pakiet [[ADF]] w wersji 2005.01. Oprogramowanie dostępne jest na licencji testowej (w pelni funkcjonalne) do 19 kwietnia 2006. Dokumentacja: http://www.scm.com/Doc/Doc2005.01/Welcome.html

==16 lutego 2006==
*Kolejki na [[Tezro]], [[Alpha|Alphie]] i [[Grom]]ie są już uruchomione. Serwer Grom jest dostępny z 24 procesorami, wydzielony został niestabilny moduł.

==15 lutego 2006==
*Zachęcamy użytkowników do zapoznania się z pakietem ADF (http://www.scm.com/). Zespoły zainteresowane pakietem prosimy o [[kontakt]] z kierownikiem zespołu KDM.
*Serwer [[Grom]] zawiesił się i nie będzie w najbliższych dniach dostępny do obliczeń. Trwają prace serwisowe i administracyjne. Przepraszamy za utrudnienia.
*W związku z awarią Groma kolejki na [[Tezro]] i [[Alpha|Alphie]] są chwilowo niedostępne, zadania nie zostały przerwane.

==14 lutego 2006==
*Kolejki na [[Leo]], [[Grom]]ie i [[Tezro]] zostały uruchomione. Zapraszamy do pracy.

==10 lutego 2006==
*W najbliższym czasie konieczny jest restart [[Tezro]] - wstępnie planowany na poniedziałek 13 lutego, około poludnia. Prosimy nie uruchamiać w związku z tym dłuższych zadań.

==2 lutego 2006==
*Od '''9 lutego''', [[Leo]] będzie nieczynny w związku z pracami serwisowymi. System plików /scratch zostanie całkowicie wyczyszczony. Prosimy o wcześniejsze zadbanie o swoje pliki.

==25 stycznia 2006==
* Wczoraj odbyło się w [[WCSS]] zebranie kierowników grantów. Bardzo dziękujemy wszystkim za przybycie i złożenie sprawozdań z wykorzystania [[KDM]] za ubiegły rok.

==24 stycznia 2006==
* W dniu '''27 stycznia''' (piątek) w godzinach 15:00-19:00 nie będą działać serwery licencji w ICM. Nie będzie można w tych godzinach korzystać interaktywnie z oprogramowania [[Accelrys]] i [[Tripos]]. Zadania liczące w kolejkach nie zostaną przerwane.

==23 stycznia 2006==
*Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania programu [[Insight II|InsightII 2005]] przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą tymczasowo korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>. Administratorzy pracują nad rozwiązaniem problemu.
*Z powodu awarii wspólnej pamięci dyskowej przerwana została większość procesów obliczeniowych. Przepraszamy za wynikłe z tego szkody.
*W połowie '''marca''' br. (prawdopodobnie 16-17.03) ICM UW zaprasza na dwudniowe warsztaty mające na celu zapoznanie uczestników z oprogramowaniem '''Discovery Studio 1.5''' (następca Cerius2, InsightII i pozostałych pakietów Accelrysa w modelowaniu biomolekularnym). W pierwszym dniu warsztatów uczestnicy zapoznają się z produktem, natomiast drugiego dnia zaprezentowane zostanie wykorzystanie Discovery Studio do projektowania leków. Ilość miejsc jest ograniczona. Wiecej informacji (wraz z rejestracją) można uzyskać u pani Magdy Gruziel (magd@icm.edu.pl).

==20 stycznia 2006==
*Na [[Tezro]] zainstalowane zostały pakiety [[Insight II|InsightII 2005]], [[Cerius2|Cerius2 4.10]] , [[Quanta|QUANTA 2005]] , [[Catalyst|Catalyst 4.10]] oraz [[Charmm|CHARMM31b1]].
*W wyniku awarii systemu [[SAN]] nastąpiło przerwanie obliczeń na serwerach [[grom]], [[tezro]], [[alpha]] i na klastrze [[gromada]]. Obliczenia już ruszyły, prosimy o ponowne wstawianie zadań do kolejek. Przepraszamy za utrudnienia.

==17 stycznia 2006==
*Pojawiły się nowe wersje (2005) oprogramowania firmy Accelrys. Przeprowadzona będzie aktualizacja pakietów [[Insight II]], [[Cerius2]], [[CHARMm]]. Użytkownicy zainteresowani pakietami [[Quanta]], [[Catalyst]], [[Felix]] i [[CNX]] proszeni są o [[kontakt]] z administratorami.
*W Tokyo, 15-16 Maja 2006 odbędzie się workshop poświęcony pakietowi [[Molpro]]. Szkolenie jest bezpłatne, wystarczy się zarejestrować. Przeznaczone jest dla użytkowników zaznajomionych z obliczeniami chemicznymi, ale nie jest wymagana znajomość oprogramowania Molpro.Ilość miejsc ograniczona. Więcej informacji na stronie: http://www.molpro.net/workshops/tokyo06.

==5 stycznia 2005==
[[Grom]] pracuje w tej chwili normalnie, ale dostępne są jedynie 24 procesory.

==27 grudnia 2005==
Uruchomienie groma nie powiodło się. Wymagana będzie interwencja serwisu, ale do tego czasu komputer zostanie uruchomiony z mniejszą liczbą procesorów.

==25 grudnia 2005==
*Awaria klimatyzacji doprowadziła do wyłączenia [[Grom]]a.

==19 grudnia 2005==
*Zainstalowana została nowa, poprawna licencja pakietu [[Tripos Sybyl]]. Problemy w użytkowaniu modułów '''FlexX''' i '''CScore''' powinny ustąpić.
==12 grudnia 2005==
*W nocy z 10 na 11 grudnia serwer [[Grom]] zrestartował się. System jest już dostępny, jednak działające w chwili restartu zadania obliczeniowe zostały przerwane. Przepraszamy za utrudnienia. [[Kontakt|Administratorzy]].
*Zakończone zostały prace serwisowe na [[Leo]], serwer jest już dostępny dla użytkowników.
==8 grudnia 2005==
*Na ogólnopolskiej konferencji [http://zstux.ita.pwr.wroc.pl/internet2005 Internet - Wrocław 2005] odbyły się prezentacje prowadzone przez członków Zespołu KDM. Przedstawione zostały prace z tematyki bezpieczeństwa sieciowego i gridowego. Marcin Wojtkiewicz omawiał architekturę Proaktywnego Monitora Bezpieczeństwa rozwijanego w ramach projektu [[Positif]] ([http://kdm.wcss.wroc.pl/docs/prezentacje/PSM-prezentacja-2.pdf prezentacja]). Bartłomiej Balcerek przedstawił system uwierzytelniania dla środowisk typu grid, opracowany w projekcie [[SGIGrid]] ([http://kdm.wcss.wroc.pl/docs/prezentacje/Internet2005_prezentacja-Balcerek.pdf prezentacja]).

==7 grudnia 2005==
*Prace serwisowe na [[Leo]] rozpoczną się dzisiaj i potrwają kilka dni. Katalogi /scratch/ zostaną całkowicie wyczyszczone - prosimy zadbać o swoje pliki. Katalogi domowe będą dostępne na [[Gromada|Gromadzie]] i [[Grom]]ie.

==5 grudnia 2005==
*Zgodnie z zapowiedzią z początku listopada, [[Leo]] zostanie wyłączony w przeciągu 2-3 dni w celu wykonania zaległych prac serwisowych.

==2 grudnia 2005==
*W wyniku błędu w oprogramowaniu awarii uległ system [[SAN]], co spowodowało przerwanie obliczeń na serwerach KDM. Przepraszamy za utrudnienia.

== 28 listopada 2005 ==
Kolejki na [[Tezro]] zostały otwarte. Zapraszamy do obliczeń.

== 23 listopada 2005 ==
*[[Tezro]] zostanie zamknięty w środę (23.11.2005) po godz. 12, w celu wymiany uszkodzonego dysku. Prace serwisowe i administracyjne potrwają do czwartku (24.11.2005). Przepraszamy za utrudnienia. [[Kontakt|Administratorzy KDM]].

==18 listopada 2005==
*Firma Chemical Computing Group (CCG) zaprasza na prezentację oprogramowania '''MOE''' (Molecular Operating Environment), która odbędzie się 16 grudnia 2005 w ICM w Warszawie. Prezentację poprowadzi dr Wolfram Altenhofen. Pakiet zawiera zbiór narzędzi przydatnych w dziedzinach takich jak: projektowanie leków, bioinformatyka, symulacje biomolekularne, analiza molekularnych baz danych. W trakcie spotkania przewidziane jest testowanie przez uczestników możliwości oprogramowania, będzie można także wyrazić chęć otrzymania wersji demonstracyjnej.

:Data i czas spotkania: '''16 grudnia 2005, godz. 11, siedziba ICM przy ul Żwirki i Wigury, sala 3099'''.

==14 listopada 2005==
*11 listopada dysk systemowy [[Tezro]] uległ awarii, przerwane zostały wszystkie obliczenia. Stacja działa, jednak należy spodziewać się prac serwisowych w nadchodzącym tygodniu. W najbliższym czasie poinformujemy Państwa o konkretnych terminach. Przepraszamy za utrudnienia. [[Kontakt|Administratorzy KDM]].
*Ze względu na awarię dysku [[LSF|kolejki]] na [[Tezro]] pozostaną zamknięte do odwołania.
==4 listopada 2005==
*Firma [[Accelrys]] zaprasza na konferencję [http://www.accelrys.com/accelrysworld/ AccelrysWorld], która odbędzie się 14 - 16 listopada 2005 roku w Londynie. Tematyka konferencji to: ''Exploratory Research Led by Predictive Methods''. Dostępna jest już pełna [http://www.accelrys.com/accelrysworld/agenda.html agenda] i lista [http://www.accelrys.com/accelrysworld/workshops.html workshopów].

==2 listopada 2005==
*Grupa rozwijająca oprogramowanie [[MOLCAS]] zaprasza na '''Molcas workshop''', który odbędzie się w '''kwietniu 2006''' r. Celem szkolenia jest nauczenie użytkowników wykorzystywania programu do przeprowadzania obliczeń w możliwie efektywny sposób, zarówno z punktu widzenia człowieka jak i zasobów sprzętowych. Workshop przeznaczony jest dla użytkowników Molcas-a na każdym poziomie zaawansowania. Więcej informacji w [http://www.teokem.lu.se/molcas/wsh/ws060420_web.pdf dokumencie] i na [http://www.teokem.lu.se/molcas/wsh/ stronie].
*Serwer [[Grom]] zamknął się w wyniku podwyższonej temperatury w serwerowni. Serwer jest ponownie dostępny. Przedsięwzięte zostały kroki, które pozwolą zminimalizować możliwość wystąpienia takiej sytuacji w przyszłości. Przepraszamy za utrudnienia w obliczeniach. [[Kontakt|Administratorzy]].

==31 października 2005==
*Dzisiaj został oddany do testowania serwer [[Leo]].
*Serwer [[Grom]] już działa - zapraszamy do obliczeń

==21 października 2005==
*Wszystkich zainteresowanych użytkowników KDM zapraszamy do zapoznania się z inicjatywą [http://www.hpc-europa.org/index.php?section=Transnational HPC Europa].

==20 października 2005==
*Serwery [[Grom]] i [[Tezro]] są już dostępne dla zadań. Ponieważ aktualizowany był system i kompilatory prosimy zgłaszać ewentualne problemy w użytkowaniu serwerów i aplikacji. [[Kontakt|Administratorzy]]

==14 października 2005==
* Serwery [[Grom]], [[Tezro]] i [[Leo]] są konfigurowane do korzystania ze wspólnych przestrzeni [[SAN]]. Przeprowadzane są także testy po uaktualnieniu systemu operacyjnego i kompilatorów [[MIPSpro]]. Do momentu ukończenia prac serwery pozostaną zamknięte dla zadań [[LSF]]. Przepraszamy za utrudnienia.

==10 października 2005==
* Wykonywane są ostatnie prace nad konfiguracją nowego serwera [[Leo]], serwis SGI przeszkoli administratorów i system zostanie oddany użytkownikom do obliczeń.
* Oprogramowanie [[Accelrys]] jest już dostępne na nowej licencji krajowej. Zasady użytkowania i limity nie zmieniły się.
* Serwis SGI ponownie sprawdza serwer [[Grom]], badane są przyczyny niestabilnej pracy systemu.
* Stacja [[Tezro]] zrestartowała się 8 paździenika (sobota). Prosimy o ponowne wstawienie zadań do kolejek. Przepraszamy za utrudnienia. [[Administrator KDM|Administratorzy]].

==30 września 2005==
* Tymczasowo niedostępne jest oprogramowanie [[Accelrys]]. Przyczyną jest wygaśnięcie licencji krajowej udostępnianej przez ICM. ICM jest w trakcie przedłużania licencji na cały pakiet.
* Serwer [[Grom]] był serwisowany i jest w trakcie testów. Odłączony został jeden z modułów, maszyna będzie działać z 24 procesorami.

==22 września 2005==
*[[WCSS]] wziął udział w [http://www.festiwal.wroc.pl/2005/pl/index.php Dolnośląskim Festiwalu Nauki] organizując imprezę pt. [[DFN 2005 w WCSS|"Grid - technologie i zastosowania"]]. Wykład połączony z wycieczką po serwerowni WCSS cieszył się dużą popularnością. Odwiedziła nas młodzież ze szkół podstawowych, gimnazjów, liceów jak również ciekawi nowych technologii dorośli. Zespół prowadzących dziękuje organizatorom festiwalu za wsparcie i pomoc. Zapraszamy do obejrzenia [[DFN 2005|zdjęć]] z imprezy.

==8 września 2005==
* W przyszłym tygodniu (13-17 września 2005) w WCSS planowane są prace związane z rozbudową sieci SAN. W związku z tym w poniedziałek zostanie wyłączona [[Alpha]]. Ponieważ rekonfiguracja przestrzeni dyskowych może wymagać chwilowego odłączenia dysków lub restartu komputerów [[Grom]] i [[Tezro]], dlatego na razie kolejki na tych komputerach również zostaną wstrzymane.
* Przy okazji instalacji i konfiguracji nowego serwera obliczeniowego [[Leo]] specjaliści z firmy [http://www.sgi.com SGI] przeprowadzili testy i konserwację serwera [[Grom]]. Komputer będzie testowany do przyszłego tygodnia i liczymy na to, że będzie pracował równie niezawodnie jak przed wystąpieniem serii awarii.

==6 września 2005==
* Do [[WCSS]] dostarczono nowy serwer [[Leo]] ([[Altix]]), 64 CPU + 128 GB RAM. Serwer jest w trakcie instalacji i testów.

==3 sierpnia 2005==
* Na [[Grom]]ie została zainstalowana wersja 7.1 oprogramowania [[Sybyl]] firmy Tripos. Program uruchamia się komendą '''sybyl'''. Dokumentacja jest dostępna pod adresem http://sol.wcss.wroc.pl:5080/TriposBookshelf/
* Klaster [[Gromada]] współdzieli katalogi domowe z [[Grom]]em i [[Tezro]]. Użytkownicy gromady mają na koncie podkatalog GROMADA ze starymi plikami. Wkrótce także dojdzie [[Układ]] i [[Alpha]].
* Rekonfiguracja sieci infiniband [[Gromada|Gromady]]:
** to teraz jedna sieć, wcześniej były dwie podsieci, co powodowało dłuższe oczekiwanie zadań równoległych w kolejce.
** wymieniony został firmware interfejsow sieciowych, nowe oprogramowanie nie będzie już wymagało restartów węzłów.
** działa [[cpmd]] w wersji równoległej.

==25 lipca 2005==
WCSS zakupiło licencję na pakiet [http://www.teokem.lu.se/molcas/ MOLCAS] - wersja 6.2 patchlevel 098. Pakiet jest zainstalowany na [[Gromada|Gromadzie]] i [[Alpha|Alphie]], na razie jedynie w wersji sekwencyjnej. Wersja równoległa zostanie udostępniona w najbliższym czasie.

==15 lipca 2005==
*Serwer Grom zrestartował się i obliczenia zostały przerwane. W związku z planowanymi na 18-19 lipca pracami serwisowymi serwer pozostanie zamknięty dla zadań [[LSF]] do momentu zakończenia tych prac. Przez weekend można uruchamiać krótkie zadania poza kolejkami. Przepraszamy za utrudnienia. Liczymy na to, że planowane prace serwisowe pozwolą usunąć przyczyny niestabilnego zachowania Groma.

==7 lipca 2005==
*W związku z ostatnimi problemami ze stabilnością serwera [[Grom]] planowane są dłuższe prace systemowe i serwisowe na '''18-19 lipca 2005 '''(Pon, Wto). Serwer w tym czasie nie będzie dostępny do obliczeń. Prosimy uwzględnić to przy zlecaniu zadań.
*Problemy ze zlecaniem zadań na serwerze [[alpha]] do kolejek [[LSF]] (''User permission denied'') zostały rozwiązane. Zapraszamy do wstawiania nowych zadań.

==5 lipca 2005==
*Serwer [[Grom]] zrestartował się kilka razy w przeciągu trzech dni. Trwają prace serwisowe, mające na celu ustalenie przyczyn awarii. Ponieważ nie można zagwarantować stabilnej pracy systemu nie zalecamy wstawiania do kolejek długich zadań.
*Serwer [[Letycja]] uległ poważnej awarii i został wycofany z użytku. Użytkownicy zainteresowani odzyskaniem znajdujących się na tym serwerze danych zlokalizowanych poza /home proszeni są o kontakt z [[administratorzy KDM|administratorami]].

==16 czerwca 2005==
*Przedstawiciele [[WCSS]] uczestniczyli w negocjacjach z firmą Altair dotyczących potencjalnego zakupu systemu kolejkowego Altair® PBS Professional™. Spotkanie odbyło się w Monachium przy okazji konferencji [[SGIUG 2005|SGI User Group 2005]]. Doszło do wstępnych deklaracji ze strony przedstawicieli firmy i przedstawicieli centrów obliczeniowych w sprawie trybu zakupu i ilości licencji.

==13-16 czerwca 2005==
Przedstawiciele [[WCSS]] uczestniczyli w konferencji [[SGIUG 2005|SGI User Group 2005]] w Monachium. Firma SGI Inc., ogłosiła odejście od rozwijania systemu IRIX, produkcji chipów graficznych i linii mikroprocesorów MIPS. Strategię rozwoju wiąże z mikroprocesorami IA64, systemem Linux, chipami graficznymi firmy ATI i własną technologią NUMA.

==7 czerwca 2005==
*Serwer [[Grom]] zrestartował się w wyniku awarii serwera sieci [[SAN]] oraz błędów w oprogramowaniu. Przywrócony został do pracy, powinien działać stabilnie. Prosimy o zlecanie zadań.

==24 maja 2005 ==
*Serwery [[Grom]] i [[Tezro]] są czasowo niedostępne z powodu awarii serwerów sieci [[SAN]]. W wyniku awarii serwer Grom zrestartował się w piątek 20 maja w godzinach wieczornych, następnie 23 maja ponownie. Obliczenia zostały przerwane, będzie można je wznowić po usunięciu przyczyny awarii. Prace serwisowe są ukończone, można zlecać zadania.

==10 maja 2005 ==
*Dostępny jest już pakiet [[Accelrys|Insight.400]]. Po konsultacjach z support'em firmy Accelrys udało się rozwiązać problem z dostępem do licencji krajowej na to oprogramowanie.

==9 maja 2005 ==
*W wyniku awarii komputera serwującego przestrzeń dyskową z macierzy serwery [[Grom]] i [[Tezro]] były czasowo niedostępne (15:00 - 16:30). Pomimo szybkiego usunięcia usterki restart Groma spowodował przerwanie obliczeń.

==27 kwietnia 2005==
*W dniach 27-28 kwietnia przeprowadzane będą prace serwisowe na [[maszyny obliczeniowe|serwerach KDM]]. [[System kolejkowy|Systemy kolejkowe]] pozostaną w tym czasie zamknięte. Mogą wystąpić utrudnienia w użytkowaniu. Przepraszamy za utrudnienia. [[Administrator KDM|Administratorzy KDM]].

==20 kwietnia 2005==
*Projekt [[POSITIF]] został pozytywnie oceniony przez Komisję Europejską. Podczas dwudniowej sesji w Brukseli zaprezentowane zostały wyniki dotychczasowych prac, które spotkały się z zainteresowaniem i pochwałą członków Komisji.

==18 marca 2005==
*Pierwsze, testowe uruchomienie KDMWiki!

ABINIT

2010-09-28T10:35:11Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==

ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* v 5.7 (wersja równoległa)
* v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
* v 6.0.4 (wersja sekwencyjna i równoległa)
* v 6.2.3 (wersja sekwencyjna i równoległa)

Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:
/usr/local/abinit/5.7/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.2.3/bin/
/usr/local/abinit/6.2.3-seq/bin/

Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji '''sekwencyjnej''' (ABINIT sequential) i '''równoległej''' (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip

Program główny wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit

Program główny najnowszej wersji 6.2.3 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.2.3/bin/abinit

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.
sub-abinit plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]
W przypadku zadań sekwencyjnych proszę korzystać ze skryptu sub-abinit-seq.
sub-abinit-seq plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.2/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.2/tutorial/welcome.html Tutoriale dla wersji 6.2]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Biovia

2010-09-28T10:29:24Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]]}}
'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

== Pakiety ==
Niektóre z dostępnych pakietów:
*[[Catalyst]]
*[[Cerius2]]
*[[Charmm]] - w bieżacym roku akademickim jest dostępna licencja Charmm w ramach licencji Accelrys. Zespoły badawcze mogą zakupić własne licencje aktualnej wersji Charmm.
*[[Insight II]]
*[[Quanta]]
*[[Materials Studio]]
*[[Discovery Studio]]

== Licencja krajowa ==
=== Zasady korzystania ===
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2009/2010 są dostępne na stronie:
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0910

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie może udostępnić komputer Leo.

=== Obowiązkowa ankieta ===
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia '''[[Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys|ankiety]]''' i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

== Accelrys w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]], [[Leo]] i [[Nova]]. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

# Połączenie sieciowe między Tezro/Leo/Nova a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
# Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu.

;Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].

== Dokumentacja ==
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z [[kontakt|administratorami]].

Accelrys w sieci:
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
* [http://www.accelrys.com/insight/index.html Insight II]
* [http://www.accelrys.com/cerius2/index.html Cerius2]
* [http://www.accelrys.com/quanta/index.html Quanta]
* [http://www.accelrys.com/catalyst/index.html Catalyst]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0910 Informacje o licencji krajowej]
* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{accelrys}}
{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Biovia

2010-09-28T10:23:44Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]]}}
'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

== Pakiety ==
Niektóre z dostępnych pakietów:
*[[Catalyst]]
*[[Cerius2]]
*[[Charmm]] - w bieżacym roku akademickim jest dostępna licencja Charmm w ramach licencji Accelrys. Zespoły badawcze mogą zakupić własne licencje aktualnej wersji Charmm.
*[[Insight II]]
*[[Quanta]]
*[[Materials Studio]]
*[[Discovery Studio]]

== Licencja krajowa ==
=== Zasady korzystania ===
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2009/2010 są dostępne na stronie:
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0910

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie może udostępnić komputer Leo.

=== Obowiązkowa ankieta ===
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia '''[[Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys|ankiety]]''' i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

== Accelrys w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]], [[Leo]] i [[Nova]]. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

# Połączenie sieciowe między Tezro/Leo/Nova a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
# Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu.

;Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].

== Dokumentacja ==
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z [[kontakt|administratorami]].

Accelrys w sieci:
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
* [http://www.accelrys.com/insight/index.html Insight II]
* [http://www.accelrys.com/cerius2/index.html Cerius2]
* [http://www.accelrys.com/quanta/index.html Quanta]
* [http://www.accelrys.com/catalyst/index.html Catalyst]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0708 Informacje o licencji krajowej]
* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{accelrys}}
{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Biovia

2010-09-28T10:22:56Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]], [[Leo]]}}
'''Accelrys''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

== Pakiety ==
Niektóre z dostępnych pakietów:
*[[Catalyst]]
*[[Cerius2]]
*[[Charmm]] - w bieżacym roku akademickim jest dostępna licencja Charmm w ramach licencji Accelrys. Zespoły badawcze mogą zakupić własne licencje aktualnej wersji Charmm.
*[[Insight II]]
*[[Quanta]]
*[[Materials Studio]]
*[[Discovery Studio]]

== Licencja krajowa ==
=== Zasady korzystania ===
Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2009/2010 są dostępne na stronie:
*http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0910

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie może udostępnić komputer Leo.

=== Obowiązkowa ankieta ===
Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia '''[[Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys|ankiety]]''' i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl

=== Informacja o wykorzystaniu ===
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".''

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

== Accelrys w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach [[Tezro]], [[Leo]] i [[Nova]]. Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

# Połączenie sieciowe między Tezro/Leo/Nova a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
# Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. ''token'') do uruchomienia pakietu/modułu.

;Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem [[OpenPBS|PBS]] '''qsub''', bliżej omówionym w artykule [[System kolejkowy|System kolejkowania]].

== Dokumentacja ==
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w [[WCSS]], pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z [[kontakt|administratorami]].

Accelrys w sieci:
* [http://www.accelrys.com/ Strona główna firmy Accelrys]
* [http://www.accelrys.com/insight/index.html Insight II]
* [http://www.accelrys.com/cerius2/index.html Cerius2]
* [http://www.accelrys.com/quanta/index.html Quanta]
* [http://www.accelrys.com/catalyst/index.html Catalyst]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady0708 Informacje o licencji krajowej]
* [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{accelrys}}
{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2010-07-23T12:15:48Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==

ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* v 5.7 (wersja równoległa)
* v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
* v 6.0.4 (wersja sekwencyjna i równoległa)

Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:
/usr/local/abinit/5.7/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4-seq/bin/

Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji '''sekwencyjnej''' (ABINIT sequential) i '''równoległej''' (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip

Program główny najnowszej wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.
sub-abinit plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]
W przypadku zadań sekwencyjnych proszę korzystać ze skryptu sub-abinit-seq.
sub-abinit-seq plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/tutorial/welcome.html Tutoriale dla wersji 5.8]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2010-07-07T08:22:54Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==

ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* v 5.7 (wersja równoległa)
* v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
* v 6.0.4 (wersja sekwencyjna i równoległa)

Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:
/usr/local/abinit/5.7/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4-seq/bin/

Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji '''sekwencyjnej''' (ABINIT sequential) i '''równoległej''' (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip

Program główny najnowszej wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.
sub-abinit plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/tutorial/welcome.html Tutoriale dla wersji 5.8]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2010-07-07T08:21:55Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==

ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* v 5.7 (wersja równoległa)
* v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
* v 6.0.4 (wersja równoległa)

Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:
/usr/local/abinit/5.7/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/

Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji '''sekwencyjnej''' (ABINIT sequential) i '''równoległej''' (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip

Program główny najnowszej wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.
sub-abinit plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/tutorial/welcome.html Tutoriale dla wersji 5.8]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

ABINIT

2010-06-22T08:01:24Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''ABINIT''' jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."

== Licencja ==
Pakiet udostępniany jest na licencji [http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt GNU GPL]. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: [http://www.abinit.org/about/acknowledgments Acknowledgments].

== Korzystanie w WCSS ==

ABINIT dostępny jest na klastrze [[Nova]] w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:
* v 5.7 (wersja równoległa)
* v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
* v 6.0.4 (wersja równoległa)

Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:
/usr/local/abinit/5.7/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/

Program główny najnowszej wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit

Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji '''sekwencyjnej''' (ABINIT sequential) i '''równoległej''' (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. Wersje równoległe programów korzystają z polecenia mpiexec, który wymaga ustawionego środowiska PBS.

== Dokumentacja ==
* [http://www.abinit.org Strona domowa pakietu]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/users/new_user_guide.html Podręcznik użytkownika]
* [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v5.8/tutorial/welcome.html Tutoriale dla wersji 5.8]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Meep

2009-12-09T08:23:01Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=[[Grafika:Meep-logo.png|150px]]|serwery=[[Nova]]}}
'''Meep''' (''MIT Electromagnetic Equation Propagation'') -

== Informacje ogólne ==

== Korzystanie w WCSS ==

Meep w wersji 0.20.4 jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Nova]]. w katalogu
/usr/local/meep-0.20.4/

W dniu 8.12.2009 została zainstalowana nowa wersja 1.1.1 w wersji równoległej. Znajduje się w katalogu:
/usr/local/meep-1.1.1/

== Wstawianie zadań do systemu kolejkowego ==

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego został stworzony skrypt sub-meep, sposób użycia:
sub-meep "definicje" "plik(i)_ctl" wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

np:
sub-meep "compute-mode?=true" "holey-wvg-cavity.ctl" 4000 parallel 4

;Zobacz też
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep Strona domowa pakietu]
* [http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Meep_manual Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

FDS-SMV

2009-12-08T11:32:38Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''Fire Dynamics Simulator''' - to program do symulacji pożaru i rozprzestrzeniania się dymu. '''Smokeview''' jest aplikacją do wizualizacji wyników symulacji FDS.

''Przykładowa animacja obliczeń wykonanych przy pomocy SMV, wizualizowana przez program Smokeview ''

<embed style="width:400px; height:326px;" id="VideoPlayback" type="application/x-shockwave-flash" src="http://noparseurl.video.google.com/googleplayer.swf?docId=3733796896937046003"> </embed>

== FDS w WCSS ==
Pakiet FDS jest darmowy. Zainstalowany jest na Nova w wersji 5.2 (sekwencyjnej i równoległej).

;Uruchamianie
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu '''<code>sub-fds5</code>''':

> sub-fds5 <plik_danych.fds> [kolejka] [ilość procesorów]

Na klastrze [[nova]] dostępna jest już najnowsza wersja 5.4.2, wprowadzająca kilka poprawek i nowych funkcji. Wstawianie zadań:
> sub-fds-54 <plik_danych.fds> [kolejka] [ilość procesorów]

== Dokumentacja ==
;Strona oficjalna FDS w sieci
* http://www.fire.nist.gov/fds/

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Abaqus

2009-10-20T11:40:26Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=[[Grafika:Ablogo.jpg]]
|serwery=[[Nova]] [[Tezro]]}}
'''ABAQUS''' - pakiet służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.

==Informacje ogólne==
ABAQUS powstał i jest rozwijany przez amerykańską firmę Hibbit, Karlsson & Sorensen, Inc. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych, począwszy od komputerów klasy PC z Intel Pentium, przez stacje robocze HP, Compaq, IBM, SGI do superkomputerów Compaq AlphaServers, HP, IBM RS.6000, serie SGI Onyx, serie SGI Origin.

Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto mozliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:

*'''ABAQUS/Standard'''
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.
*'''ABAQUS/Explicit'''
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.
*'''ABAQUS/CAE'''
:CAE (ang. Complete ABAQUS Environment) dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.

:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem .inp) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem .odb). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem abaqus do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem .cae) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem .odb) w celu wizualizacji układu.

Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Poniższy schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.

[[Grafika:Image001.gif|center|628px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]

==Korzystanie z ABAQUSa w WCSS==
W [[WCSS]] na serwerze [[Tezro]] dostępny jest ABAQUS 6.4, a na klastrze Nova zainstalowany jest ABAQUS 6.7-5 w wersji równoległej. ABAQUS na klastrze Nova uruchamiany w trybie równoległym wykorzystuje tryb wątków. Pakiet udostępnia moduły obliczeniowe '''Standard''', '''Explicit''' oraz środowisko '''CAE'''. Zaleca się, aby obliczenia wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowania [[PBS|PBS]].

;Licencje

WCSS posiada 25 tokenów licencyjnych współdzielonch przez pakiety Standard, Explicit i Foundation, oraz po 25 tokenów dla pakietów Aqua i Design. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSA w WCSS.

Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:

* 5 zadań jednoprocesorowych: 5*5 tokenów = 25 tokenów, 5 CPU
* 3 zadania 4 procesorowe: 3*(5+3) = 24 tokeny, 12 CPU

Sprawdzenie ilości dostępnych licencji:

> abaqus licensing ru

;Środowisko aplikacji
Konfiguracja ABAQUSa i jego parametry domyślne zapisane są w pliku z rozszerzeniem .env, który znajduje się w katalogu site/ danej wersji pakietu, np. /usr/local/appl/abaqus_6.4/6.4-1/site/abaqus_v6.env. Użytkownik może zmienić parametry domyślne przez utworzenie własnego pliku abaqus.env w swoim katalogu domowym lub w katalogu bieżącym, z którego będzie uruchamiał ABAQUSa.

Aby uzyskać informacje na temat wersji, lokalizacji i parametrów zainstalowanego pakietu wystarczy posłużyć się opcją info, np.:
> abaqus info=env (informacje o ustawieniach środowiska)
> abaqus info=sys (informacje o systemie)

Zmienna TMPDIR określająca katalog roboczy ABAQUSa ustawiona jest domyślnie na /scratch/$USER. Tam ABAQUS zakłada katalog tymczasowy zawierający pliki tworzone podczas obliczeń. Po zakończeniu obliczeń pliki wynikowe kopiowane są do katalogu, z którego program został uruchomiony.

===[[Tezro]]===
wersja: 6.4

'''Dokumentacja''' jest dostępna pod adresem http://sol.wcss.wroc.pl:2080/v6.4/ (wyłącznie z komputerów sieci [[WASK]])

;Uruchamianie aplikacji

Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Do uruchamiania aplikacji służy następujące polecenie (lokalizacja: /usr/local/bin):

> '''abaqus''' (uruchomi domyślną najnowszą wersję)

Krótki opis opcji i poleceń ABAQUS'a dostępny jest po wydaniu komendy:

> '''abaqus help'''

Pierwszym krokiem w pracy z ABAQUS'em jest wygenerowanie pliku z danymi dla modułu ABAQUS/Standard lub ABAQUS/Explicit. Można wykorzystać do tego preprocesor środowiska CAE uruchamianego poleceniem:

> '''abaqus cae'''

Aby utworzyć w CAE plik z danymi dla obliczeń wsadowych wystarczy wykonać następujące kroki:

# załadować/utworzyć model układu (zapisywany w bazie modeli *.cae)
# włączyć Modul->Job z menu wyboru CAE
# uruchomić managera zadań (ikonką w lewym menu modułu lub z poziomu głównego menu Job->Manager)
# utworzyć zadanie z poziomu Managera przyciskiem Create
# z poziomu Managera zapisać plik wejściowy przyciskiem Write Input.

Po utworzeniu pliku z danymi (plik_wej.inp) można uruchomić symulację z poziomu interfejsu CAE (przycisk Submit Managera) lub używając polecenia:

> '''abaqus job='''nazwa '''input='''plik_wej.inp

Parametr job=nazwa ustala nazwę główną dla plików generowanych podczas obliczeń. O zawartości danego pliku świadczy nadane mu rozszerzenie, np.:

.dat - wyniki analizy sformatowane do wydruku,

.msg - informacje o przebiegu zadania,

.sta - informacje o zakończonych krokach,

.odb - wyniki obliczeń z przeznaczeniem do wizualizacji przez CAE,

.fin - wyniki w formacie ASCII.

===[[Nova]]===
wersja: 6.7-5

Abaqus na Nova umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads).

;Uruchamianie aplikacji

Do uruchamiania aplikacji służą następujące polecenia:

> /usr/local/abaqus/Commands/abaqus

Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUS'a dostępny jest po wydaniu komendy:

> /usr/local/abaqus/Commands/abaqus help

Pierwszym krokiem w pracy z ABAQUS'em jest wygenerowanie pliku z danymi dla modułu ABAQUS/Standard lub ABAQUS/Explicit. Można wykorzystać do tego preprocesor środowiska CAE. Na klastrze Nova CAE nie jest dostępne, aby mieć możliwość zdalnego korzystania z tego środowiska należy zgłosić się do administratorów.

;Wstawianie zadań do kolejki

Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać w kolejkach PBS w następujący sposób (lokalizacja: /usr/local/bin/):

> '''sub-abaqus''' <plik_wej.inp> <abaqus-jobname> <ilosc procesorow> [opcjonalne parametry do programu]

Parametr plik_wej.inp oznacza plik z danymi do obliczeń dla Abaqusa. Następnie należy podać nazwę zadania Abaqusa i parametry przeznaczone dla programu. Skrypt wstawia zadanie o nazwie abq_<abaqus-jobname> do kolejek '''normal''' lub '''parallel''' systemu PBS.

Kolejki dostępne na Nova opisane są w artykule [[PBS]].

==Korzystanie z ABAQUSa na własnym komputerze==
Możliwe jest także zainstalowanie oprogramowania na własnym komputerze i zdalne korzystanie z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''156.17.0.0/16'''. Inne adresy lub klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS. W celu wypożyczenia płytek instalacyjnych i uzyskania szczegółowych informacji należy kontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].

====Instalacja na systemach z rodziny Windows====
Przed instalacją należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:

'''SERVER sol.wcss.wroc.pl 0007e905907d 27000'''
'''USE_SERVER'''

Następnie należy uruchomić instalację i wskazać ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.

====Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX====
Na etapie instalacji nie trzeba konfigurować dostępu do serwera licencji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową LM_LICENSE_FILE na wartość "27000@sol.wcss.wroc.pl":

Shell typu csh (csh, tcsh):
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27000@sol.wcss.wroc.pl" '''

Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):
> '''export LM_LICENSE_FILE="27000@sol.wcss.wroc.pl"'''

Rodzaj shella sprawdzamy przez:
> '''echo $SHELL'''

Ewentualny test licencji:
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/xxx/yyy/lmstat -a -c 27000@sol.wcss.wroc.pl'''

==Dokumentacja==
Dokumentacja ABAQUSa dostępna jest on-line po zalogowaniu się na serwerze Tezro i wydaniu polecenia:

> '''abaqus doc'''

Dokumentacja ta obejmuje między innymi następujące pozycje:

# ABAQUS/Standard User's Manual
# ABAQUS/Explicit User's Manual
# ABAQUS/CAE User's Manual
# ABAQUS Example Problems Manual
# ABAQUS Input Files
# Getting started with ABAQUS

Najczęściej zadawane pytania odnośnie pakietu ABAQUS zawiera [[FAQ]].

;ABAQUS w sieci:

* [http://www.simulia.com Strona domowa SIMULIA]
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]
* [http://www.cyf-kr.edu.pl/uslugi_obliczeniowe/?a=abaqus Strona ABAQUSa w CYFRONET AGH]
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Abaqus:_Wskaz%C3%B3wki_dla_pocz%C4%85tkuj%C4%85cych ABAQUS w ICM] - wskazówki dla początkujących

;Wprowadzenie do MES
Śródka, Wiesław, "Trzy lekcje metody elementów skończonych : materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów, Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004

książka dostępna w DBC [http://www.dbc.wroc.pl]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Gaussian

2009-10-19T11:35:35Z

Morganek: /* Nova */

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=[[Grafika:gausslogo.jpg]]|serwery=[[Leo]] [[Nova]] [[Tezro]]}}
'''Gaussian''' jest jednym z najpopularniejszych programów do modelowania układów cząsteczkowych z wykorzystaniem mechaniki kwantowej. Stosowany jest przez chemików, fizyków i inżynierów w dziedzinie chemii teoretycznej i eksperymentalnej. Program jest szczególnie przydatny w obszarach, w których szybko zachodzące zmiany i krótko trwające stany pośrednie układów uniemożliwiają obserwację eksperymentalną zachodzących w nich procesów. Gaussian umożliwia badanie układów na poziomie ab initio oraz na poziomie bardziej uproszczonym (np. półempirycznym).

== Informacje ogólne ==
Pakiet Gaussian został pierwotnie opracowany przez zespół J.A. Pople'a. Pierwsza wersja pakietu udostępniona została w 1976 roku pod nazwą Gaussian-76. Kolejne wersje nazywano odpowiednio do roku, w którym były wydawane, Gaussian-80, -82, -86, -88, -90, -92, -94, -98 i wersja -03.

Gaussian 98/03 posiada zdolność prognozowania wielu własności cząsteczek i reakcji, włączając:
* energie i struktury molekularne,
* energie i struktury stanów przejściowych,
* częstości drgań,
* widma IR i Raman'owskie,
* własności termochemiczne,
* energie wiązań i ścieżki reakcji,
* orbitale molekularne,
* ładunki atomowe,
* momenty multipolowe,
* stałe ekranowania i podatności magnetyczne NMR,
* powinowactwo elektronowe i potencjały jonizacyjne,
* polaryzowalności i hiperpolaryzowalności,
* potencjały elektrostatyczne i gęstości elektronowe,
* i wiele innych.

Obliczenia dla danego układu cząsteczek mogą być wykonywane w fazie gazowej lub roztworze, w stanie podstawowym oraz w stanie wzbudzonym.

Nowości Gaussiana 03 to m.in. poszerzona funkcjonalność metody ONIOM czy metody rozwiązywania PCM (ang.''Polarizable Continuum Model'').

Program Gaussian można uruchamiać na większości z dostępnych platform sprzętowych i systemowych, począwszy od komputerów klasy PC/Macintosh z Windows, Linux lub MacOS, poprzez praktycznie wszystkie uniksowe stacje robocze, po superkomputery wszystkich producentów. Gaussian może być wykonywany równolegle w środowiskach SMP (oraz rozproszonych, po zakupieniu dodatkowego pakietu Linda).

== GAUSSIAN w WCSS ==
W [[WCSS]] pakiet GAUSSIAN jest dostępny na serwerach [[Leo]], [[Nova]], [[Tezro]].

'''Zalecania ogólne:'''
* Podstawowowe aspekty wydajności obliczeń Gaussianem zostały omówione częściowo na stronie producenta: http://www.gaussian.com/g_ur/m_eff.htm Sugerujemy, aby zadania o dużych wymaganiach pamięciowych (>15GB RAM) i dyskowych (kilkadziesiat GB) liczyć na Leo, zadania średnie (do 15 GB RAM i kilkadziesiat GB dysków) na klastrze Nova.

* Najwięcej problemów sprawiają zadania wymagające dużo dysku. Jeśli zadanie generuje kilkadziesiąt (lub więcej) GB danych, to wyszukanie wartości całki w takim pliku zajmuje więcej czasu niż jej doliczenie na szybkiej maszynie. Wtedy należy używać trybu ''direct:''
SCF=DIRECT
:Dodatkowo, silne obciążenie podsystemu dyskowego komputera stopuje całą maszynę. Oczywiście, zadania, których nie można uruchomić w trybie bezpośrednim, ciągle można liczyć w WCSS. Prosimy jednak pamiętać, że jeśli zagrozi to przepełnieniem dysków <code>/scratch</code> i przerwaniem innych zadań, to zadanie takie zostanie zabite. Użytkownicy wymagający więcej przestrzeni dyskowej proszeni są o [[kontakt]] przed rozpoczęciem obliczeń.

* Gaussian zainstalowany jest na poszczególnych maszynach w podkatalogach <code>/usr/local/gWERSJA/</code> lub <code>/usr/local/gaussian-WERSJA/</code>.

* Jeśli istnieje potrzeba użycia poleceń takich jak ''formchk'', to najpierw należy skonfigurować środowisko poleceniami:
export g03root="/usr/local/gaussian-WERSJA"
source $g03root/g03/bsd/g03.profile

* Gaussian nie akceptuje DOS-owego znaku powrotu karetki (znak <code>^M</code>) w plikach danych. Sprawdzenie można wykonać poleceniem:
vim -b plik-danych

* Sposób cytowania zalecany przez producenta znajduje się na stronie:
http://gaussian.icm.edu.pl/citation_g03.htm

* Informacje o wykonywaniu zadań równoległych: http://www.gaussian.com/parallel.htm

=== [[Leo]] ===
wersje: 2003 C02 i D01

* Leo jest komputerem dedykowanym do obliczeń pakietami [[ADF]], [[Molcas]], [[Accelrys]], [[CPMD]] PI. Uruchamianie Gaussiana nie jest zalecane.

* Wstawianie zadań dla wersji D01:

sub-gaussian <plik_wej.inp>

* dla wersji C02:

sub-gaussian-C02 <plik_wej.inp>

* Domyślna kolajka: parallel, domyślna konfiguracja zadań w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g03/Default.Route

* Wersja D01 generuje czasem częstości niezgodne w wynikami otrzymywanymi przy pomocy innych wersji programu. Dotyczy to zwłaszcza najniższych częstości i metod DFT. W takich przypadkach należy najpierw sprawdzić czy wyniki otrzymane przed wyliczeniem częstości są stabilne (<code>STABLE=Opt</code>) i dopiero wtedy wyznaczać częstości. Firma Gaussian nie uważa tego za błąd programu.

=== [[Nova]] ===
wersje: 2003-D.01 i E.01

* Zadania powinny być uruchamiane z katalogu /lustre/scratch/$USER. Przed wywołaniem skryptu sub-gaussian wystarczy wykonać:
cd /lustre/scratch/$USER

* Wstawianie zadań Gaussiana do systemu kolejkowania [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (zalecane):
/usr/local/bin/sub-gaussian <plik_wej.inp>
* Zadania są automatycznie konfigurowane do wykorzystania 8 procesorów, 15 GB pamięci i kolejki normal. Jeśli zachodzi potrzeba zmiany tych ustawień, to należy skopiować ww. skrypt do własnego katalogu i zmodyfikować go według wskazówek zawartych w treści skryptu. Następnie należy wstawić zadanie do kolejki przy pomocy tak zmienionego skryptu:
/home/USERNAME/moj-katalog/sub-gaussian <plik_wej.inp>
* Pozostałe parametry konfiguracyjne znajdują sie w pliku /usr/local/gaussian-WERSJA/g03/Default.Route

=== [[Tezro]] ===
wersje: 2003 C02

* Tezro jest komputerem dedykowanym do obliczeń pakietami [[Tripos Sybyl]] i [[Accelrys]]. Uruchamianie Gaussiana nie jest zalecane.

* Wstawianie zadań Gaussiana do systemu kolejkowania [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (zalecane):
/usr/local/bin/sub-gaussian <plik_wej.inp> [kolejka]

* Zadanie jednoprocesorowe zostanie domyślnie wstawione do kolejki normal, zadanie wieloprocesorowe do kolejki parallel.

== Dokumentacja ==

Dokumentacja Gaussiana 94 i 98 dostępna jest w formie drukowanej:
* E. Frisch, Michael J. Frisch, James B. Foresman, "Gaussian 94 User's Reference", Manual Version: 5.1, February, 1996
* E. Frisch, Michael J. Frisch, "Gaussian 98 User's Reference", Manual Version: 6.1, January, 1999
* E. Frisch, Michael J. Frisch, Alice B. Nielsen, "Gaussian 98 Programmer's Reference", Manual Version: 6.0, August, 1998

=== Gaussian w sieci ===
* [http://www.gaussian.com Strona domowa Gaussiana]
* [http://server.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/gaussian.html Krótki przewodnik dla początkujących]
* [http://www.spectroscopynow.com/Spy/basehtml/SpyH/1,2466,5-0-0-0-0-home-0-0,00.html Baza wiedzy o NMR, IR, RAMAN *]
* [http://arrhenius.rider.edu:16080/nmr/NMR_tutor/dictionary/dict_intro.html słownik on-line pojęć NMR *]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Obliczenia wibracyjnie rozdzielczych widm elektronowych w Gaussianie 09]]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

NAMD

2009-04-10T10:17:36Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''NAMD''' (''NAnoscale Molecular Dynamics'') -

== Informacje ogólne ==

== Korzystanie w WCSS ==

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła, na klastrze [[Nova]]. w katalogu
/usr/local/namd2

== Licencja ==

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku license.txt (/usr/local/namd2/license.txt).

* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy umieścić:

NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.

* oraz podać w bibliografii:

James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.

;Zobacz też
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

R

2009-04-10T09:32:25Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=[[Grafika:rlogo.jpg]]|serwery=[[Nova]]}}

'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

== R w WCSS ==
;Dostępność
* wersja: 2.8.0 (2008-10-20)
* systemy obliczeniowe [[Nova]]

;Wstawianie zadań do kolejki

sub-R nazwa_pliku.R

Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: nazwa_pliku.oXXXXX i nazwa_pliku.eXXXXX, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.

Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.

=== R w sieci ===
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]

'''Zobacz też:'''
*[[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]]
*[[http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]]
*[[https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]]

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Lammps

2009-04-10T09:18:29Z

Morganek: Lammps zostanie przeniesiony do LAMMPS

#REDIRECT [[LAMMPS]]

LAMMPS

2009-04-08T11:47:42Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
'''LAMMPS''' (''LAMMPS Molecular Dynamics Simulator'') -

== Informacje ogólne ==

== Korzystanie w WCSS ==

LAMMPS w wersji z 9 stycznia 2009 jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Nova]]. w katalogu
/usr/local/lammps

;Zobacz też
* [http://lammps.sandia.gov/index.html Strona domowa pakietu]
* [http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html Podręcznik użytkownika]

{{oprogramowanie}}

[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Gromacs

2009-04-03T09:19:58Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo=[[Grafika:Gromacs.jpg|140px]]|serwery=[[Nova]] }}
'''Gromacs''' - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej.

== Informacje ogólne ==
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL].

Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.

Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek [[MPI]].

== Dokumentacja ==
Na klastrze [[Nova]] dostępne są dwie wersje Gromacs-a 4.0.4. Jedna skompilowana z wykorzystaniem trybu float druga - double, obie korzystają z bibliotek mpi i sieci InfiniBand.

Programy znajdują się w katalogach:

/usr/local/gromacs-4.0.4/
/usr/local/gromacs-4.0.4-double/

;Gromacs w sieci
*[http://www.gromacs.org/ Strona domowa pakietu Gromacs]
*[http://www.gromacs.org/content/view/13/27/ Dokumentacja on-line]

'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

CPMD

2008-11-20T09:54:35Z

Morganek:

< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]
{{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]] [[Nova]]}}
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

''Przykładowa animacja dynamiki ruchu protonu w dimerze kwasu monochlorooactowego w temperaturze 450K, obliczona metodą CPMD (z pracy doktorskiej Piotra Durlaka pt. "Teoretyczne badanie właściwości i dynamiki ruchu protonu w prostych kwasach karboksylowych", promotor: prof. dr hab. Zdzisław Latajka, Wydział Chemii Uniwersytetu Wrocławskiego, 2007 r.)''

<embed style="width:400px; height:326px;" id="VideoPlayback" type="application/x-shockwave-flash" src="http://noparseurl.video.google.com/googleplayer.swf?docId=2202744854524015506&hl=pl"> </embed>

== Informacje ogólne ==
CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu [[MPI]] i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:
* Praca z pseudopotencjałami ''norm-conserving'' oraz ''ultrasoft''.
* przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna
* układy periodyczne i aperiodyczne, ''k-points''
* symetria punktowa i przestrzenna
* optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...)
* dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT)
* dynamika molekularna typu ''path intagral''
* ''response functions''
* stany wzbudzone
* własności elektronowe.

== CPMD w WCSS ==
CPMD dostępny jest na [[Leo]] i [[Nova|Novej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zainstalowany został pakiet w wersjach 3.7, 3.9, 3.11, 3.13

;Zalecenia ogólne
* Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych <code>/home</code>. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach '''<code>/scratch</code>'''.
* Prosimy o nie używanie polecenia '''<code>qdel</code>''' do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie '''EXIT''' i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
touch EXIT
* Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach '''/usr/local/CPMD/PPLIBNEW/'''. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu <code>sub-cpmd</code> (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog/
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Uniemożliwia to wprowadzanie zmian systemowych.

;Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):

sub-cpmd plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]

Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku o tej samej nazwie z rozszerzeniem .out.

=== [[Leo]] ===
wersja: 3.9.2, 3.11.1, 3.13.2

Na Leo CPMD działa sekwencyjnie i równolegle. Zadania typu Path Integrals prosimy wstawiać do kolejki skryptem <code>sub-cpmd-PI</code>.

=== [[Nova]] ===
wersja: 3.11.1, 3.13.2

Na Nova dostępna jest wersja równoległa. Standardowo zadanie startuje z dysku <code>/scratch/</code> na węźle obliczeniowym podanym jako 1-szy przez polecenie '''<code>qstat -n NUMER_ZADANIA</code>''' (lub w pliku wyników w wierszu: "THIS JOB RUNS ON: wn001.egee"). Tam pozostają pliki RESTART itd. Plik wyników tworzony jest na dysku <code>/home/</code>. Tworzenie plików RESTART itd na dysku <code>/home/</code> jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

== Uwagi ==
CPMD był testowany na wielu maszynach obliczeniowych ([[Grom]], [[Układ]], [[Gromada]]). Testy wykazały nie do końca przewidywalne zachowanie pakietu podczas uruchomień równoległych i jego wrażliwość na zmiany parametrów wejściowych.

Testy przedstawione poniżej odbywały się na nieobciążonych węzłach klastra [[Gromada]]. Wyników testów nie można traktować jako podstawy do ścisłego określenia wydajności obliczeniowej klastra, celem testowych uruchomień nie było benchmarkowanie. Wyniki wskazują natomiast na problemy pojawiające się podczas równoległego uruchamiania programu.

[[Grafika:Cpmd-si63-70ryd-infini.gif|thumb|400px|right|Wykres piłowy dla przyspieszenia obliczeń równoległych CPMD na [[Gromada|Gromadzie]]]]

Konfiguracja testów:
*[[plik wejściowy CPMD]] (pobrany ze strony autora pakietu)
* CPMD VER 3.9.1
* klaster [[Gromada]] (nieobciążony, sieć Infiniband, węzły dwuprocesorowe)
* MPICH z dev VMI (do obsługi sieci Infiniband), konfiguracja w obrębie węzła shared, między węzłami distributed.

Uzyskane wyniki ilustruje wykres przyspieszenia. Jak widać, jest to wykres piłowy, wykresy o podobnej charakterystyce (chociaż bardziej wyrównane) były uzyskiwane podczas testów na innych serwerach. Program zrównolegla się bardzo dobrze dla pewnych ilości procesorów, podczas gdy dla innych osiąga wyniki bliskie sekwencyjnemu. Średnia tendencja przyspieszenia jest wzrostowa, jednak złe rezultaty uzyskiwane dla niektórych konfiguracji wymagają uważnego doboru parametrów.

Wyniki trudno jednoznacznie zinterpretować, ponieważ nie wykazują bezpośredniej zależności od żadnego z parametrów środowiska i parametrów wejściowych programu. Program liczy FFT i możliwe, że dłuższe czasy dla większej liczby procesorów wynikają z nieoptymalnego podziału danego problemu pomiędzy procesory, jednak nie udało się ustalić tego jednoznacznie.
Z informacji autora pakietu wynika, że program może wykazywać tego typu nieregularności, jednak ustalenie przyczyny nie jest proste, ze względu na skomplikowane i trudne do identyfikacji zależności między dziedziną i parametrami programu a czasem wykonania.

Zwiększanie parametru CUTOFF powoduje szybki wzrost czasu obliczeń, jak również większe zużycie pamięci.

Nie jest zalecane uruchamianie wersji równoległej programu CPMD jednoprocesowo. Jest to związane z wielokrotnie wyższym zużyciem pamięci niż w wersji sekwencyjnej, dokumentacja podaje, że nawet 10-krotnie wyższym. Prowadzi to do niepotrzebnych strat zasobów.

== Dokumentacja ==
Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji, np. na Leo: /usr/local/CPMD/manual/manual.pdf .

=== CPMD w sieci ===
* [http://www.cpmd.org Strona główna konsorcjum CPMD]
* [http://pages.nyu.edu/~mt33/abstracts/manual/manual.html Manual do CPMD 3.0d]
* [http://www.cpmd.org/manual/manual.html Manual do CPMD 3.7.0]
* [http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/go/cpmd-tutor.html Tutorial]

=== Bibliografia ===
* Jorge Kohanoff: ''Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods''. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

'''Zobacz też:'''
*[[Teoretyczne podstawy CPMD - wykład]]
*[[Oprogramowanie KDM]]

{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]