https://kdm.wcss.pl/w/api.php?action=feedcontributions&user=F&feedformat=atomKdmWiki - Wkład użytkownika [pl]2024-03-28T14:34:35ZWkład użytkownikaMediaWiki 1.35.2https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Materials_Studio&diff=5665Materials Studio2016-11-03T09:45:28Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio</small><br />
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}<br />
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}<br />
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}<br />
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).<br />
<br />
== Licencja ==<br />
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Biovia]]).<br />
<br />
=== Informacja o wykorzystaniu ===<br />
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). <br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Uruchamianie aplikacji ==<br />
Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze. <br />
<br />
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.<br />
<br />
Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].<br />
<br />
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.<br />
<br />
Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.<br />
<br />
Po zainstalowaniu oprogramowania należy:<br />
* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],<br />
* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.<br />
<br />
=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===<br />
WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze [[Bem]]. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać '''Tools''', następnie '''Server console'''. W oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:<br />
<br />
adres: '''bem.wcss.pl'''<br />
port: '''18888'''<br />
połączenie: HTTPS<br />
<br />
Zobacz też szczegółowe instrukcje:<br />
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]<br />
* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]<br />
<br />
Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.<br />
<br />
Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z [kontakt|administratorami]] prosząc o założenie konta w Gatewayu.<br />
<br />
==== Status zadań ====<br />
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[https://bem.wcss.pl:18888|WWW]].<br />
<br />
==== Zmiana hasła w Gateway'u ====<br />
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:<br />
* wejść na stronę WWW: https://bem.wcss.pl:18888<br />
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,<br />
* podać w formularzu stare i nowe hasło.<br />
<br />
=== Obliczenia wsadowe ===<br />
Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS). <br />
<br />
;Gotowe skrypty<br />
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-castep-8.0<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-i "additional parameters ..."<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]<br />
'''AmorphousCell''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh<br />
'''CASTEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh<br />
'''DFTB+''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh<br />
'''DFTBpara''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh<br />
'''Dmol3''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh<br />
'''GULP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh <br />
'''Kinetix''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh <br />
'''MesoDyn''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh <br />
'''ONETEP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh <br />
'''QMERA''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <br />
'''VAMP''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh<br />
<br />
<br />
;Przykład <br />
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):<br />
<br />
> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input<br />
<br />
gdzie:<br />
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,<br />
* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)<br />
<br />
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]<br />
<br />
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===<br />
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Bem]] przez gateway bem.wcss.pl.<br />
<br />
Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.<br />
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]<br />
<br />
<br />
{{biovia}}<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Abaqus&diff=5647Abaqus2016-09-27T09:57:43Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABAQUS</small><br />
<br />
{{aplikacja|nazwa=Abaqus|logo=[[Plik:Ablogo.jpg|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=6.14-2|serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=Od lutego 2015 '''wyłącznie 6.14-AP'''|wersja22=6.12-3 |wersja23=6.13-3 |serwer3=Do pobrania|wersja31=Od stycznia 2015 '''wyłącznie 6.14-AP'''|wersja32=6.12-3 |wersja33=6.13-3 |kontakt=kdm@wcss.pl}}<br />
'''ABAQUS''' (Abaqus Unified FEA) - pakiet komercyjny dostarczany przez Dassault Systemes, służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.<br />
<br />
W styczniu 2015 zostanie zainstalowana wersja 6.14-AP. Od tego dnia można będzie wykorzystywać '''wyłącznie wersję 6.14-AP'''. Dotyczy to także dokumentacji.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
ABAQUS jest obecnie własnością firmy SIMULIA, należącej do Dassault Systèmes. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych.<br />
<br />
Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto możliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:<br />
<br />
*'''ABAQUS/Standard'''<br />
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.<br />
*'''ABAQUS/Explicit'''<br />
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.<br />
*'''ABAQUS/CAE'''<br />
:CAE (ang. ''Complete ABAQUS Environment'') dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.<br />
:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem <code>.inp</code>) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem <code>abaqus</code> do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem <code>.cae</code>) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>) w celu wizualizacji układu.<br />
[[Plik:Image001.gif|right|380px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]<br />
Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Licencje zakupione przez WCSS są dostępne '''wyłącznie do badań'''.<br />
*Do nauki można otrzymać wersję Abaqus Student Edition <br />
http://www.budsoft.com.pl/abaqusFEA/abaqus-dla-studentow<br />
*Do obliczeń komercyjnych należy zakupić odpowiednią licencję z własnych środków.<br />
<br />
WCSS posiada '''35''' tokenów licencyjnych współdzielonych przez pakiety Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSa w WCSS.<br />
<br />
Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:<br />
<br />
* 7 zadań jednoprocesorowych: 7*5 tokenów = 35 tokenów, 7 CPU<br />
* 3 zadania 7-procesorowe: 3*(5+6) = 33 tokeny, 21 CPU<br />
<br />
Innym ograniczeniem jest liczba licencji CAE, w 2015 roku jest to '''4'''.<br />
<br />
Liczbę dostępnych tokenów można sprawdzić wykonując polecenie na serwerze z zainstalowanym pakietem:<br />
<br />
> abaqus licensing -ru<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Umowa Użytkownika Akademickiego ===<br />
Użytkownik licencji Abaqus podpisuje Umowę Użytkownika Akademickiego (będącą załącznikiem A do Umowy Licencyjnej). Tekst oryginalny w języku angielskim, dostępne jest polskie tłumaczenie.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
W [[WCSS]] ABAQUS dostępny jest na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]]. Zaleca się, aby obliczenia długotrwałe uruchamiać na Bemie.<br />
<br />
<br />
Najlepszym sposobem na korzystanie z interfejsu graficznego programu ABAQUS jest zalogowanie się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego klient [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]].<br />
<br />
=== Bem ===<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja 6.14-2. Instalacja umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads) oraz uruchomienie interfejsu graficznego CAE.<br />
<br />
===== Środowisko i praca interaktywna =====<br />
Interfejs graficzny CAE można uruchomić w kolejce jako zadanie interaktywne:<br />
> qsub -X -I -l walltime=4:00:00<br />
> module load abaqus/6.14-2<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:<br />
> abaqus help<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać korzystając z dostępnego skryptu sub-abaqus-6.14 <br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
> sub-abaqus-6.14<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-abaqus-6.14 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-p cores (default - 1)<br />
-m memory (in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-j job_name<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-abaqus test.inp -q main -p 2 -m 4000 -w 2 -j job_name<br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach, wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
===== Środowisko i praca interaktywna =====<br />
Na klastrze Bem interfejs graficzny CAE można uruchomić w kolejce jako zadanie interaktywne.<br />
<br />
Do uruchomiania aplikacji w zadaniu interaktywnym służą następujące polecenia:<br />
> qsub -I -X -l walltime=06:00:00 -N Abaqus_6.14-2<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:<br />
> abaqus help<br />
<br />
<br />
Jak uzyskać informacje o kolejkach dostępnych na klastrze Bem opisano w artykule [[Konfiguracja kolejek PBS]].<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu].<br />
<br />
== Korzystanie na własnym komputerze ==<br />
Zarejestrowany użytkownik WCSS może zainstalować oprogramowanie Abaqus na własnym komputerze i zdalnie korzystać z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]]. Pliki instalacyjne można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]]<br />
<br />
=== Dostęp do serwera licencji ===<br />
Podczas instalacji jako adres serwera licencji należy podać:<br />
<br />
'''27000@menkar.wcss.pl'''<br />
<br />
Gdyby zachodziła konieczność zmiany tej informacji już po instalacji programu, to można to zrobić edytując plik '''abaqus_v6.env''', który należy wyszukać w katalogu instalacji (dokładna lokalizacja może być różna dla różnych wersji). Adres serwera licencji podany jest tam jako wartość parametru '''abaquslm_license_file''', np.<br />
<br />
'''abaquslm_license_file="27000@menkar.wcss.pl"'''<br />
<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.3ds.com Strona domowa Dassault Systemes]<br />
* [http://www.3ds.com/products/simulia/portfolio/abaqus/overview/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]<br />
<br />
=== Publikacje wprowadzające do MES ===<br />
* Wiesław Śródka, "[http://www.dbc.wroc.pl/Content/970/srodka.pdf Trzy lekcje metody elementów skończonych: materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004.<br />
* E. Rusiński, J. Czmochowski, T. Smolnicki, "[http://www.dbc.wroc.pl/dlibra/docmetadata?id=462 Zaawansowana metoda elementów skończonych w konstrukcjach nośnych]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2000.<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Accounting&diff=5544Accounting2016-04-01T11:34:13Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Accounting </small><br />
<br />
The accounting data for DECI users at WCSS are available via DART system:<br />
<br />
:'''https://prace-bem.wcss.pl/cgi-bin/accounting'''<br />
<br />
To get access to DART as a user you need your personal '''grid certificate''' to be installed in your browser (the same certificate which was registered for your PRACE account). If you are the Principal Investigator of the project, you will be able to check the whole project data (for all project participants).<br />
<br />
To check the CPU hours used by you and your project do the following:<br />
* on the left select the radio button "User" and select on the right list your username (if you are PI you may select "Project" and the project acronym on the list),<br />
* put the dates for the period of time for which you want to get accounting data (if different than default last month),<br />
* and click "Report".<br />
<br />
An example report for the user:<br />
<br />
PRACE Usage Report<br />
Site: WCSS<br />
Startdate : 2014-01-01, Enddate : 2014-01-31<br />
<br />
Machine Project User Nr Jobs JobTime[s] CpuDuration[s]<br />
---------------------------------------------------------------------<br />
Bem PRO1 user1 236 615176080 605852518<br />
<br />
DART database is updated every hour.<br />
<br />
Feel free to [[Helpdesk|contact us]] in case of any problems with accessing or using the tool.<br />
<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Accounting </small><br />
[[Category:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Accounting&diff=5543Accounting2016-04-01T11:33:36Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Accounting </small><br />
<br />
The accounting data for DECI users at WCSS are available via DART system:<br />
<br />
:'''https://prace-bem.wcss.pl/cgi-bin/accounting'''<br />
<br />
To get access to DART as a user you need your personal '''grid certificate''' to be installed in your browser (the same certificate which was registered for your PRACE account). If you are the Principal Investigator of the project, you will be able to check the whole project data (for all project participants).<br />
<br />
To check the CPU hours used by you and your project do the following:<br />
* on the left select the radio button "User" and select on the right list your username (if you are PI you may select "Project" and the project acronym on the list),<br />
* put the dates for the period of time for which you want to get accounting data (if different than default last month),<br />
* and click "Report".<br />
<br />
An example report for the user:<br />
<br />
PRACE Usage Report<br />
Site: WCSS<br />
Startdate : 2014-01-01, Enddate : 2014-01-31<br />
<br />
Machine Project User Nr Jobs JobTime[s] CpuDuration[s]<br />
---------------------------------------------------------------------<br />
Bem PRO1 user1 236 615176080 605852518<br />
<br />
DART database is updated every hour.<br />
<br />
Feel free to [[Helpdesk|contact us]] in case of any problems with accessing or using the tool.<br />
<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Accounting </small><br />
[[Category:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Jak_korzysta%C4%87_z_kolejek_PBS&diff=5542Jak korzystać z kolejek PBS2016-03-29T07:57:49Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z kolejek PBS</small><br />
== Kolejki ==<br />
<br />
Część [[maszyny obliczeniowe|serwerów obliczeniowych]] [[WCSS]] połączona jest w klaster za pomocą systemu kolejkowego [[PBSPro]].<br />
System PBSPro zarządza zadaniami na klastrze [[Bem]]. Kolejki skonfigurowane są wspólnie w obrębie danego klastra/serwera. <br />
<br />
Uruchamianie obliczeń na klastrze [[Bem]] odbywa się w ramach kolejek, które różnią się między sobą priorytetem, limitami czy prawami dostępu (a czasem również dostępnymi zasobami).<br />
<br />
Podstawowe kolejki dostępne na klastrze Bem dla wszystkich użytkowników KDM:<br />
* main, short, short48h, short168h, normal, infinity<br />
Kolejki dostępne na klastrze Bem dla użytkowników infrastruktury PL-Grid:<br />
* plgrid, plgrid-long, plgrid-testing<br />
W typowych przypadkach wyboru odpowiedniej kolejki dokonuje system kolejkowy na podstawie wymagań odnośnie czasu wykonania. Uruchamianie obliczeń na klastrze [[Bem]] zazwyczaj nie wymaga podawania kolejki. Co więcej, użytkownik nie ma możliwości bezpośredniego wstawiania zadań do kolejek short, short48h, short168h, normal oraz infinity. '''Zadania należy zatem zlecać do kolejki main podając limit czasu''' (przy użyciu konstrukcji opisanej w dalszej części artykułu: '''-l walltime=X'''), na podstawie którego zadanie zostanie przekierowane do odpowiedniej kolejki.<br />
<br />
== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==<br />
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie '''qstat'''. Można korzystać z następujących jego parametrów:<br />
* '''-r''' - pokazuje uruchomione zadania<br />
* '''-i''' - pokazuje zadania oczekujące<br />
* '''-u''' - pokazuje zadania wybranego użytkownika<br />
* '''-f''' - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)<br />
<br />
Konfigurację kolejek można przeglądać za pomocą komendy:<br />
> '''qstat -q'''<br />
<br />
Dokładniejsze informacje na temat kolejki wyświetla komenda:<br />
> '''qstat -Qf nazwa_kolejki'''<br />
<br />
<br />
== Zasoby ==<br />
Po wyborze odpowiedniej kolejki należy zadeklarować ilość wymaganych zasobów.<br />
<br />
Przydział zasobów może odbywać się w jednej, spójnej części (dla zadań szeregowych lub zrównoleglonych w obrębie jednego węzła) lub kilku (dla zadań zrównoleglonych przy użyciu bibliotek MPI). Deklarację buduje się używając wyrażenia<br />
'''select''' dla parametru '''-l''' polecenia '''qsub''' (opisanego w dalszej części). Jej format jest następujący:<br />
<br />
<pre><br />
select=X:zasób1=wartość1:zasób2=wartość2+Y:zasób3=wartość3:zasób4=wartość4<br />
</pre><br />
gdzie:<br />
* '''X''' - liczba części pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''zasób1=wartość1:zasób2=wartość2''' - opis pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''Y''' - liczba części drugiego zbioru zasobów<br />
* '''zasób3=wartość3:zasób4=wartość4''' - opis drugiego zbioru zasobów<br />
Liczba zbiorów zasobów może być różna (równa 1 lub większa). Alokowane części mogą (ale nie muszą) znaleźć się na różnych węzłach.<br />
<br />
Dostępne parametry:<br />
* '''ncpus''' - liczba rdzeni obliczeniowych<br />
** domyslnie: 1<br />
** maksymalnie 24 <br />
** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''mem''' - rozmiar pamięci<br />
** domyślnie: 2000 MB <br />
** maksymalnie:<br />
*** 60 000 MB na większości węzłów<br />
*** 125 000 MB na 32 węzłach<br />
** 16 384 MB jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''ngpus''' - liczba kart graficznych<br />
** domyślnie: 0 (zadanie trafi na węzeł z GPU dopiero jeżeli użytkownik tego zażąda)<br />
** maksymalnie: 2<br />
{{uwaga2| Zadanie wymagające GPU trafi na specyficzny węzeł roboczy. Więcej informacji o tym można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
<br />
Osobnym słowem kluczowym, którego używa się podczas żądania zasobów, jest liczba procesów MPI zadania:<br />
* '''mpiprocs''' - liczba procesów MPI<br />
** domyślnie: 1<br />
** maksymalnie 24 <br />
** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
<br />
Należy skorzystać z tego parametru, kiedy w jednej części alokacji chcemy uruchomić więcej niż jeden proces MPI.<br />
<br />
; Przykładowe definicje wymagań<br />
Zadanie uruchamia 4 procesy w obrębie jednego węzła i wymaga 4096 MB RAM (po 1024 MB na proces):<br />
<pre><br />
select=1:ncpus=4:mem=4096MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 8 procesów MPI, z których każdy wymaga 512 MB RAM<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=1:mem=512MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 32 procesy MPI, po 4 w każdej części alokacji (i domyślne 2000 MB na każde 4 procesy):<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=4:mpiprocs=4<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 16GB RAM (i jednego rdzenia)<br />
<pre><br />
select=1:mem=16GB<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 1 karty GPU i 4 GB pamięci<br />
<pre><br />
select=1:ngpus=1:mem=4GB<br />
</pre><br />
<br />
== Wstawianie zadań ==<br />
Do wstawiania zadań do kolejki służy polecenie '''qsub'''. {{uwaga2|Należy je wykonywać na węźle dostępowym!}} Opis zadania powinien być zawarty w skrypcie powłoki. Natępnie taki skrypt przekazywany jest do kolejki jako parametr polecenia qsub (lub na standardowe wejście tej komendy). Najważniejsze parametry polecenia można znaleźć poniżej:<br />
* '''-q''' - wybór kolejki<br />
* '''-l''' specyfikacja wymagań - wartości parametru mogą być następujące<br />
** '''select=''' - opis wymagań<br />
** '''software=''' - informacja o używanym oprogramowaniu<br />
{{uwaga2| Proszę korzystać z powyższego parametru - pozwala to administratorom sporządzać statystyki wykorzystania}}<br />
* '''-N''' - nazwa zadania (jej długość nie może przekraczać 12 znaków)<br />
* '''-m''' - włączenie wysyłania powiadomień o zdarzeniach<br />
** '''b''' - o rozpoczęciu zadania<br />
** '''e''' - o zakończeniu zadania<br />
* '''-I''' - zadanie interaktywne (w tym przypadku nie należy przekazywać skryptu)<br />
* '''-X''' - przekierowanie wyświetlania (ma sens w przypadku zadań interaktywnych, wymaga logowania z przekierowaniem wyświetlania <br />
<br />
Cenną cechą programu '''qsub''' jest możliwość przekazywania parametrów w skrypcie podanym jako argument, poprzez linie zaczynające się od:<br />
<pre><br />
#PBS<br />
</pre><br />
<br />
== Usuwanie zadań ==<br />
Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.<br />
<br />
== Rezerwacje ==<br />
Może się zdarzyć, że dostęp do zasobów potrzebny jest w określonym czasie np. za 3 tygodnie w poniedziałek między godziną 8 a 16. W takich przypadkach należy skorzystać z rezerwacji - '''powoduje to powstanie nowej kolejki''', do której wstawione zadania nie będą konkurować o dostęp z innymi zadaniami. Należy jednak pamięć, że nie zawsze będzie to możliwe (będzie tylko wtedy kiedy system kolejkowy w żądanym czasie będzie w stanie zapewnić zasoby). Tworzenie rezerwacji odbywa się poleceniem '''pbs_rsub''', którego najważniejsze parametry to:<br />
* '''-R''' - czas rozpoczęcia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm (201302010456 oznacza w takim przypadku 4:56 01.02.2013)<br />
* '''-E''' - czas zakończenia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm<br />
* '''-l''' - specyfikacja zasobów rezerwacji (w formacie takim, jak w przypadku zadań)<br />
* '''-r''' - reguła rekurencji (jeżeli rezerwacja ma się powtarzać cyklicznie, więcej na ten temat w manualu polecenia pbs_rsub)<br />
* '''-U''' - lista użytkowników, którzy mogą korzystać z rezerwacji<br />
<br />
Do wyświetlenia informacji o rezerwacjach służy polecenie '''pbs_rstat'''. Bez parametrów listuje ono założone rezerwacje, a szczegóły o wybranej można zobaczyć dodając parametr '''-f''' i identyfikator. Aby usunąć rezerwację należy użyć polecenia '''pbs_rdel'''.<br />
<br />
== Przykłady ==<br />
=== Uruchomienie obliczeń na postawie skryptu ===<br />
* zawartość skryptu uruchom.sh<br />
<source lang=bash><br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q main<br />
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=2048MB<br />
#PBS -l software=test_qsub<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
cd $PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
</source><br />
* wstawienie skryptu<br />
<pre><br />
qsub uruchom.sh<br />
</pre><br />
<br />
=== Uruchomienie zadania interaktywnego ===<br />
<pre><br />
qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=CFX_14.5<br />
</pre><br />
<br />
=== Przekazanie skryptu przez standardowe wejście '''qsub''' ===<br />
* zawartość pliku skrypt.sh<br />
<source lang=bash><br />
#!/bin/bash<br />
cat << EOF | qsub<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q main<br />
#PBS -l select=1:mem=512MB<br />
#PBS -l software=qsub_stdin<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
# \ przez $ jest wymagany, aby powloka nie podmienila<br />
# $PBS_O_WORKDIR na wartosc podczas wstawiania - tylko<br />
# podczas dzialania zadania na wezle<br />
<br />
cd \$PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
EOF<br />
</source><br />
* wstawienie zadania:<br />
<pre><br />
chmod +x skrypt.sh<br />
./skrypt.sh<br />
</pre><br />
<br />
Więcej o poleceniu '''qsub''' można znaleźć w manualu - poprzez uruchomienie polecenia:<br />
<pre><br />
man qsub<br />
</pre><br />
<br />
=== Zlecenie rezerwacji ===<br />
Próba utworzenia rezerwacji w bieżącym dniu (dlatego pominięto rok, miesiąc i dzień w wymaganiach) od 12:00 do 14:00, powtarzającej się w poniedziałki, środy i piątki aż do 31.12.2013, na zasobach składających się z dwóch części po 1 rdzeniu i 2000 MB RAM, z której mogą korzystać użytkownicy user1 oraz user2<br />
<pre><br />
pbs_rsub -R 1200 -E 1400 -r "FREQ=WEEKLY;BYDAY=MO,WE,FR;UNTIL=20131231" -l select=2:ncpus=1:mem=2000MB -U user1,user2<br />
</pre><br />
Jeżeli utworzenie rezerwacji będzie możliwe - system kolejkowy wyśle wiadomość (na adres zarejestrowany w bazie) z potwierdzeniem.<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[PBSPro]]<br />
<br />
{{systemy kolejkowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Bem_User_Guide&diff=5325Bem User Guide2016-02-22T09:13:31Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{prace-user-guide}}<br />
<br />
'''Bem User Guide'''<br />
* [[Bem overview]]<br />
* [[Logging in]]<br />
* [[Modules]]<br />
* [[Running Jobs on Bem]]<br />
* [[Compilation]]<br />
* [[Accounting]]<br />
* [[Helpdesk]]<br />
<br />
[[Kategoria:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Running_Jobs_on_Bem&diff=5324Running Jobs on Bem2016-02-22T09:09:21Z<p>F: Utworzono nową stronę "{{Prace-user-guide}} <small>< Bem User Guide < Running Jobs on Supernova</small> The Bem Cluster uses PBS Pro to schedule jobs. Writing a submissio..."</p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Supernova</small><br />
<br />
The [[Bem overview|Bem Cluster]] uses PBS Pro to schedule jobs. Writing a submission script is typically the most convenient way to submit your job to the batch system. Example submission scripts (with explanations) are provided below for a few job types.<br />
<br />
== Qsub ==<br />
To run a simple '''interactive job''' with default resources (1CPU, 2000MB RAM) use the <code>-I</code> option and the <code>-l walltime=6:00:00</code> parameter (to set a walltme limit):<br />
qsub -I -l walltime=6:00:00<br />
<br />
Resources are requested by using <code>-l</code> option. The resources are assigned to chunks, and you may request different resources to every chunk. To request interactive job with 2 chunks with 2 CPUs and 300MB of memory plus 3 chunks with 1 CPU and 100MB of memory execute:<br />
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=2:ncpus=2:mem=300mb+3:ncpus=1:mem=100mb<br />
<br />
Qsub manual pages describes a lot of other interesting options (such as job dependencies, mail events etc). To see manual type:<br />
man qsub<br />
<br />
== Job submission scripts ==<br />
<br />
If you are using the same software many times you probably want to use some scripting.<br />
Qsub allows you to run your application from a script with all options defined inside. The example script "test.sh" defines PBS options, loads prace module and executes some commands:<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -l walltime=24:00:00<br />
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB<br />
#PBS -m be<br />
#PBS -N test-job<br />
<br />
module load prace<br />
cd $dir<br />
pwd<br />
date<br />
To submit a job you just type:<br />
qsub test.sh<br />
It submits your <code>test.sh</code> script as a 24 h job (<code>-l walltime=24:00:00</code> with <code>job-name test-job</code> (<code>-N</code> parameter) requesting 1CPU and 100MB RAM in one chunk (<code>-l</code> option). PBS server will notice you on job beginning (<code>-m b</code>) and end (<code>-m e</code>).<br />
<br />
After the end of the job it's output will be saved in a file "<code>test-job.o$JOBID</code>". <code>$JOBID</code> is the job number printed by qsub after successful job submission. File "<code>test-job.e$JOBID</code>" will contain <code>STDERR</code>. If your application's <code>STDOUT</code> will exceed 30MB please redirect it to a file in your home directory using standard bash redirection:<br />
app_exec_command > output_filename<br />
<br />
We usually write scripts that prepare some environment and then run qsub. The simple sub-test script to change job execution directory to the one the job was submitted from:<br />
#!/bin/bash<br />
<br />
C=$PWD<br />
<br />
cat << EOF | qsub<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -l walltime=24:00:00<br />
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=100MB<br />
#PBS -m be<br />
#PBS -N test-job<br />
<br />
module load prace<br />
cd $C<br />
pwd<br />
EOF<br />
<br />
== Checking status of jobs ==<br />
<br />
To see all your waiting and running jobs type:<br />
qstat -u $USER<br />
<br />
== Scratch directory ==<br />
<br />
If your application is <code>I/O</code> intensive use your scratch directory for storing and accessing the data during computation:<br />
/lustre/scratch/$USER<br />
This directory is available only on worker nodes, so if you want to access its contents, please do it in an interactive job.<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Running Jobs on Bem</small><br />
[[Kategoria:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Compilation&diff=5308Compilation2016-02-19T11:58:20Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Compilation </small><br />
<br />
== Where the compilation process should be run ==<br />
<br />
{{Uwaga|Users should not compile their programs on the access node (which is a virtual machine).}}<br />
<br />
To compile your software please run an interactive job with default resources (1 core, 2000 MB of RAM):<br />
qsub -I -l walltime=8:00:00<br />
<br />
or with specified resources (if the cluster is under heavy load it may be faster to get less resources then default):<br />
qsub -I -l walltime=8:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1GB<br />
<br />
If you want to learn more about "<code>qsub -I</code>" please check the [[Running_Jobs_on_Bem|article about running jobs]].<br />
<br />
== Available compilers ==<br />
<br />
Only compilers with own modules are supported. To list versions run:<br />
module avail gcc<br />
module avail intel<br />
module avail pgi<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Compilation </small><br />
<br />
[[Category:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Bem_overview&diff=5307Bem overview2016-02-19T11:37:03Z<p>F: Utworzono nową stronę "{{Prace-user-guide}} <small>< Bem User Guide < Bem overview</small> {{server |nazwa=Bem |zdjęcie=bem.jpg |admini=prace-support&nbsp;@&nbsp;wcss.pl }} '''Bem''' - co..."</p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Bem overview</small><br />
{{server<br />
|nazwa=Bem<br />
|zdjęcie=bem.jpg<br />
|admini=prace-support&nbsp;@&nbsp;wcss.pl<br />
}}<br />
'''Bem''' - computing cluster installed at [http://www.wcss.pl/english/ WCSS] (Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe, WCNS - Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing). The cluster is a part of PRACE Tier-1.<br />
<br />
Part of the cluster is accessible through PRACE as Tier-1 machine. The following description refers to this part.<br />
<br />
Cluster hardware components: <br />
* service nodes,<br />
* 720 computational nodes,<br />
* computational network - Infiniband FDR,<br />
* management network - gigabit ethernet.<br />
<br />
Computational resources:<br />
* 17280 CPU cores,<br />
* ~ 47 TB RAM (~2.6 and ~ 5.3 GB/core),<br />
* ~ 1.1 PB scratch storage ([[Lustre]]),<br />
<br />
===Summary===<br />
{|style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|cluster : ||'''Bem''' || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|access node for PRACE users: ||'''prace-bem.wcss.pl''' (from public Internet)<br/> '''prace-bem-int.wcss.pl''' (from PRACE internal network)|| || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|disk&nbsp;space&nbsp;home/ :||NFS ~12 TB || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|scratch/ :||Lustre ~1.1 PB|| || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|operating&nbsp;system :||ScientificLinux 6.7|| || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|peak&nbsp;performance :||'''640 TFLOPS''' || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|nodes :|| '''computing nodes'''<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|CPU : ||Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz <br/>("Haswell")<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|number&nbsp;of&nbsp;CPUs :<br />
|2x twelve-core<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|RAM :<br />
|64 GB (128 GB)<br />
|-<br />
|}<br />
<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Bem overview</small><br />
[[Category:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Modules&diff=5306Modules2016-02-19T11:24:59Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Modules </small><br />
<br />
Like all PRACE Tier-1 and Tier-0 sites we have implemented modules for applications and libraries frequently used by PRACE users. There is also a meta module "prace" which load compilers modules and sets '''PRACE_ARCH''' and '''PRACE_COMPILER''' environmental variables.<br />
<br />
To load a module use:<br />
<pre><br />
<br />
module load module_name<br />
<br />
</pre><br />
<br />
<br />
To list loaded modules run:<br />
module list <br />
<br />
Short and full module descriptions are available after executing commands:<br />
module whatis module_name<br />
module help module_name<br />
<br />
To see all modules installed:<br />
module avail<br />
<br />
A few examples of installed applications are listed in [[software]] article.<br />
<br />
Some paths and variables are set before loading any modules. Please check output of:<br />
env <br />
<br />
Additional documentation could be accesed by running:<br />
module -H<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Modules </small><br />
<br />
[[Category:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Logging_in&diff=5305Logging in2016-02-19T11:17:10Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{Prace-user-guide}}<br />
<small>< [[Supernova User Guide]] < Logging in</small><br />
<br />
If you don't have local WCSS account or grid certificate please contact your home site support. If you don't have home site contact [[Helpdesk|us directly]].<br />
<br />
You may choose the way you log in to the system from the possibilities described below.<br />
<br />
== From PRACE network ==<br />
If you log in through one of the PRACE Door Nodes or other PRACE partner system (connected to PRACE network) you may use the Bem internal address '''prace-bem-int.wcss.pl'''. This gives you a connection via 10 GB link.<br />
=== SSH ===<br />
; Prerequisites<br />
* local WCSS account<br />
; Commands to log in <br />
ssh username@prace-bem-int.wcss.pl<br />
<br />
=== GSI-SSH ===<br />
; Prerequisites <br />
* local WCSS account<br />
* grid certificate on PRACE Door Node<br />
* DN of the certificate registered on the machine (it is done by a site administrator)<br />
; Commands to log in <br />
grid-proxy-init<br />
gsissh username@prace-bem-int.wcss.pl -p2222<br />
<br />
== From public network ==<br />
If you log in through public internet you must use the Bem public address '''prace-bem.wcss.pl'''.<br />
=== SSH ===<br />
; Prerequisites<br />
* local WCSS account<br />
; Commands to log in <br />
ssh username@prace-bem.wcss.pl<br />
<br />
=== GSI-SSH ===<br />
; Prerequisites <br />
* local WCSS account<br />
* grid certificate on the machine<br />
* DN of the certificate registered on the machine (it is done by a site administrator)<br />
* globus-toolkit or at least gsissh client on the machine<br />
; Commands to log in <br />
grid-proxy-init<br />
gsissh username@prace-bem.wcss.pl -p2222<br />
<br />
<small>< [[Bem User Guide]] < Logging in</small><br />
[[Kategoria:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Prace-user-guide&diff=5304Szablon:Prace-user-guide2016-02-19T11:16:23Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{| style="margin-right:6px; margin-left:6px; margin-top:6px;" align="center" width="90%" cellspacing="0" cellpadding="1" class="plainlinks"<br />
|width="150px" style="background-color: #529bfd; border: 1px solid #529bfd; color:white; font-size: 90%; font-weight: bold; text-align: center;"|PRACE User Guide<br />
| style="font-size: 90%; color:black; height:10px; border-top: 1px solid #c2c2c2; border-bottom: 1px solid #c2c2c2; text-align: left; padding-left: 10px;" cellpadding="0"|''This page is a part of the PRACE User Guide dedicated for DECI Users with granted access to WCSS resources''<br />
|-<br />
|}</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Bem_User_Guide&diff=5303Bem User Guide2016-02-19T11:10:38Z<p>F: Pierwsza wersja</p>
<hr />
<div>{{prace-user-guide}}<br />
<br />
'''Bem User Guide'''<br />
* [[Bem overview]]<br />
* [[Logging in]]<br />
* [[Modules]]<br />
* [[Running Jobs on Bem]]<br />
* [[Compilation]]<br />
* [[Software]]<br />
* [[Accounting]]<br />
* [[Helpdesk]]<br />
<br />
[[Kategoria:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Supernova_User_Guide&diff=5302Supernova User Guide2016-02-19T11:08:47Z<p>F: </p>
<hr />
<div>{{prace-user-guide}}<br />
<br />
{{uwaga|This page is obsolete, please go to [[Bem User Guide]]}}<br />
[[Kategoria:User Guide]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_modu%C5%82%C3%B3w&diff=5247Korzystanie z modułów2015-10-12T08:29:19Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < Korzystanie z modułów</small><br />
<br />
=== Moduły ===<br />
'''Moduł''' - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie '''nazwa_aplikacji/wersja''', np.'''gaussian/g09.A.02'''. Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne '''PATH''' oraz '''LD_LIBRARY_PATH''', lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze. <br />
<br />
{{uwaga2|Z mechanizmu należy korzystać na węzłach roboczych - w zadaniach (czy to wsadowych czy interaktywnych).}}<br />
<br />
'''Polecenie''':<br />
*'''module avail''' - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania<br />
---------- /usr/local/Modules/versions ------<br />
3.2.7<br />
---------- /usr/local/Modules/3.2.7/modulefiles --------<br />
cpmd/3.13.2 gaussian/g09.A.02 module-cvs mvapich2/intel/1.0.3<br />
cpmd/current gaussian/g09.B.01 module-info mvapich2/intel/1.5<br />
dalton/2.0 gcc/4.5.1 modules mvapich2/intel/current<br />
dalton/current gromacs/4.0.7-d molpro/2006.1 namd/2.7b1<br />
dot gromacs/4.0.7-s molpro/2009.1 null<br />
fluent/12.1 gromacs/4.5.1-d molpro/current nwchem/5.1<br />
fluent/current gromacs/4.5.1-s mpich2 nwchem/current<br />
gamess/2007.R6 gromacs/current mvapich pgi/11.5<br />
gamess/2009.R1 intel/10.1 mvapich2/current/1.0.3 pgi/current<br />
gamess/2010.10.01-R1 intel/11.1 mvapich2/current/1.5 turbomole/6.0.2<br />
gamess/current intel/current mvapich2/current/current turbomole/6.0.3<br />
gaussian/current matlab/R2010b_pwr mvapich2/gcc/1.0.3 turbomole/current<br />
gaussian/g03.D.01 mkl/10.0.1.014 mvapich2/gcc/1.5 use.own<br />
gaussian/g03.E.01 mkl/10.1.1.019 mvapich2/gcc/current<br />
* '''module load [nazwa_modułu]''' - ładuje moduł [nazwa_modułu]<br />
$ module load intel/11.1<br />
intel/11.1 load complete.<br />
* '''module list''' - wyświetla załadowane moduły<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) dot 2) intel/11.1 <br />
* '''module rm [nazwa_modułu]''' - usuwa załadowany moduł<br />
$ module rm dot<br />
$ module list<br />
Currently Loaded Modulefiles:<br />
1) intel/11.1 <br />
* '''module purge''' - usuwa wszystkie moduły<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Jak_korzysta%C4%87_z_kolejek_PBS&diff=5246Jak korzystać z kolejek PBS2015-10-12T08:26:25Z<p>F: Dodanie informacji o Bemie</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z kolejek PBS</small><br />
== Kolejki ==<br />
Uruchamianie obliczeń na klastrach odbywa się w ramach kolejek, które różnią się między sobą priorytetem, limitami czy prawami dostępu (a czasem również dostępnymi zasobami):<br />
<br />
=== Bem ===<br />
W typowych przypadkach wyboru odpowiedniej kolejki dokonuje system kolejkowy na podstawie wymagań odnośnie czasu wykonania. Zadania należy zlecać do kolejki '''main''' podając limit czasu (przy użyciu konstrukcji opisanej w dalszej części artykułu: '''-l walltime=X''').<br />
<br />
=== Supernova ===<br />
Wybór kolejki wykonywany jest przez użytkownika. Możliwe opcje są następujące:<br />
* '''short6h''' - kolejka o wysokim priorytecie na krótkie zadania<br />
** limit czasu procesora: 6 h<br />
* '''short48h''' - kolejka o wysokim priorytecie na krótkie zadania<br />
** limit czasu procesora: 48 h<br />
* '''short7d''' - kolejka o średnim priorytecie na średnie zadania<br />
** limit czasu procesora: 168 h<br />
* '''normal''' - kolejna na typowe zadania<br />
** limit czasu działania zadania (Walltime): 504 h<br />
* '''bigmem''' - kolejka na zadania wymagające powyżej 23 050 MB pamięci (ale nie więcej niż 242 053 MB) na węzeł<br />
** limit czasu działania zadania (Walltime): 504 h<br />
{{uwaga2| Dostęp do powyższej kolejki jest przydzielany przez administratorów na prośbę użytkownika. Więcej informacji można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
* '''infinity''' - kolejka na bardzo długie zadania o niskim priorytecie<br />
<br />
Uruchamianie obliczeń na klastrze [[Bem]] w typowych przypadkach nie wymaga podawania kolejki. Co więcej, użytkownik nie ma możliwości bezpośredniego wstawiania zadań do (znanych z klastra Supernova) kolejek normal oraz infinity. Zadania należy wysyłać do kolejki main, która przekieruje je do odpowiedniej kolejki na podstawie limitu czasu.<br />
<br />
== Zasoby ==<br />
Po wyborze odpowiedniej kolejki należy zadeklarować ilość wymaganych zasobów.<br />
<br />
Przydział zasobów może odbywać się w jednej, spójnej części (dla zadań szeregowych lub zrównoleglonych w obrębie jednego węzła) lub kilku (dla zadań zrównoleglonych przy użyciu bibliotek MPI). Deklarację buduje się używając wyrażenia<br />
'''select''' dla parametru '''-l''' polecenia '''qsub''' (opisanego w dalszej części). Jej format jest następujący:<br />
<br />
<pre><br />
select=X:zasób1=wartość1:zasób2=wartość2+Y:zasób3=wartość3:zasób4=wartość4<br />
</pre><br />
gdzie:<br />
* '''X''' - liczba części pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''zasób1=wartość1:zasób2=wartość2''' - opis pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''Y''' - liczba części drugiego zbioru zasobów<br />
* '''zasób3=wartość3:zasób4=wartość4''' - opis drugiego zbioru zasobów<br />
Liczba zbiorów zasobów może być różna (równa 1 lub większa). Alokowane części mogą (ale nie muszą) znaleźć się na różnych węzłach.<br />
<br />
Dostępne parametry:<br />
* '''ncpus''' - liczba rdzeni obliczeniowych<br />
** domyslnie: 1<br />
** maksymalnie:<br />
*** 8 na węzłach II i III generacji<br />
*** 12 na węzłach IV generacji<br />
*** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 60 w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''mem''' - rozmiar pamięci<br />
** domyślnie: 1700 MB<br />
** maksymalnie:<br />
*** 15 050 MB na węzłach II i III generacji<br />
*** 23 050 MB na węzłach IV generacji<br />
*** 16 384 MB jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 242 053 MB w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''ngpus''' - liczba kart graficznych<br />
** domyślnie: 0 (zadanie trafi na węzeł z GPU dopiero jeżeli użytkownik tego zażąda)<br />
** maksymalnie: 2<br />
{{uwaga2| Zadanie wymagające GPU trafi na specyficzny węzeł roboczy. Więcej informacji o tym można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
<br />
Osobnym słowem kluczowym, którego używa się podczas żądania zasobów, jest liczba procesów MPI zadania:<br />
* '''mpiprocs''' - liczba procesów MPI<br />
** domyślnie: 1<br />
** maksymalnie:<br />
*** 8 na węzłach II i III generacji<br />
*** 12 na węzłach IV generacji<br />
*** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 60 w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
<br />
Należy skorzystać z tego parametru, kiedy w jednej części alokacji chcemy uruchomić więcej niż jeden proces MPI.<br />
<br />
; Przykładowe definicje wymagań<br />
Zadanie uruchamia 4 procesy w obrębie jednego węzła i wymaga 4096 MB RAM (po 1024 MB na proces):<br />
<pre><br />
select=1:ncpus=4:mem=4096MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 8 procesów MPI, z których każdy wymaga 512 MB RAM<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=1:mem=512MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 32 procesy MPI, po 4 w każdej części alokacji (i domyślne 1700 MB na każde 4 procesy):<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=4:mpiprocs=4<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 16GB RAM (i jednego rdzenia)<br />
<pre><br />
select=1:mem=16GB<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 1 karty GPU i 4 GB pamięci<br />
<pre><br />
select=1:ngpus=1:mem=4GB<br />
</pre><br />
<br />
== Wstawianie zadań ==<br />
Do wstawiania zadań do kolejki służy polecenie '''qsub'''. {{uwaga2|Należy je wykonywać na węźle dostępowym!}} Opis zadania powinien być zawarty w skrypcie powłoki. Natępnie taki skrypt przekazywany jest do kolejki jako parametr polecenia qsub (lub na standardowe wejście tej komendy). Najważniejsze parametry polecenia można znaleźć poniżej:<br />
* '''-q''' - wybór kolejki<br />
* '''-l''' specyfikacja wymagań - wartości parametru mogą być następujące<br />
** '''select=''' - opis wymagań<br />
** '''software=''' - informacja o używanym oprogramowaniu<br />
{{uwaga2| Proszę korzystać z powyższego parametru - pozwala to administratorom sporządzać statystyki wykorzystania}}<br />
* '''-N''' - nazwa zadania (jej długość nie może przekraczać 12 znaków)<br />
* '''-m''' - włączenie wysyłania powiadomień o zdarzeniach<br />
** '''b''' - o rozpoczęciu zadania<br />
** '''e''' - o zakończeniu zadania<br />
* '''-I''' - zadanie interaktywne (w tym przypadku nie należy przekazywać skryptu)<br />
* '''-X''' - przekierowanie wyświetlania (ma sens w przypadku zadań interaktywnych, wymaga logowania z przekierowaniem wyświetlania <br />
<br />
Cenną cechą programu '''qsub''' jest możliwość przekazywania parametrów w skrypcie podanym jako argument, poprzez linie zaczynające się od:<br />
<pre><br />
#PBS<br />
</pre><br />
<br />
== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==<br />
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie '''qstat'''. Można korzystać z następujących jego parametrów:<br />
* '''-r''' - pokazuje uruchomione zadania<br />
* '''-i''' - pokazuje zadania oczekujące<br />
* '''-u''' - pokazuje zadania wybranego użytkownika<br />
* '''-f''' - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)<br />
<br />
== Usuwanie zadań ==<br />
Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.<br />
<br />
== Rezerwacje ==<br />
Może się zdarzyć, że dostęp do zasobów potrzebny jest w określonym czasie np. za 3 tygodnie w poniedziałek między godziną 8 a 16. W takich przypadkach należy skorzystać z rezerwacji - '''powoduje to powstanie nowej kolejki''', do której wstawione zadania nie będą konkurować o dostęp z innymi zadaniami. Należy jednak pamięć, że nie zawsze będzie to możliwe (będzie tylko wtedy kiedy system kolejkowy w żądanym czasie będzie w stanie zapewnić zasoby). Tworzenie rezerwacji odbywa się poleceniem '''pbs_rsub''', którego najważniejsze parametry to:<br />
* '''-R''' - czas rozpoczęcia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm (201302010456 oznacza w takim przypadku 4:56 01.02.2013)<br />
* '''-E''' - czas zakończenia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm<br />
* '''-l''' - specyfikacja zasobów rezerwacji (w formacie takim, jak w przypadku zadań)<br />
* '''-r''' - reguła rekurencji (jeżeli rezerwacja ma się powtarzać cyklicznie, więcej na ten temat w manualu polecenia pbs_rsub)<br />
* '''-U''' - lista użytkowników, którzy mogą korzystać z rezerwacji<br />
<br />
Do wyświetlenia informacji o rezerwacjach służy polecenie '''pbs_rstat'''. Bez parametrów listuje ono założone rezerwacje, a szczegóły o wybranej można zobaczyć dodając parametr '''-f''' i identyfikator. Aby usunąć rezerwację należy użyć polecenia '''pbs_rdel'''.<br />
<br />
== Przykłady ==<br />
=== Uruchomienie obliczeń na postawie skryptu ===<br />
* zawartość skryptu uruchom.sh<br />
<source lang=bash><br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q short6h<br />
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=2048MB<br />
#PBS -l software=test_qsub<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
cd $PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
</source><br />
* wstawienie skryptu<br />
<pre><br />
qsub uruchom.sh<br />
</pre><br />
<br />
=== Uruchomienie zadania interaktywnego ===<br />
<pre><br />
qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=CFX_14.5<br />
</pre><br />
<br />
=== Przekazanie skryptu przez standardowe wejście '''qsub''' ===<br />
* zawartość pliku skrypt.sh<br />
<source lang=bash><br />
#!/bin/bash<br />
cat << EOF | qsub<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q short48h<br />
#PBS -l select=1:mem=512MB<br />
#PBS -l software=qsub_stdin<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
# \ przez $ jest wymagany, aby powloka nie podmienila<br />
# $PBS_O_WORKDIR na wartosc podczas wstawiania - tylko<br />
# podczas dzialania zadania na wezle<br />
<br />
cd \$PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
EOF<br />
</source><br />
* wstawienie zadania:<br />
<pre><br />
chmod +x skrypt.sh<br />
./skrypt.sh<br />
</pre><br />
<br />
Więcej o poleceniu '''qsub''' można znaleźć w manualu - poprzez uruchomienie polecenia:<br />
<pre><br />
man qsub<br />
</pre><br />
<br />
=== Zlecenie rezerwacji ===<br />
Próba utworzenia rezerwacji w bieżącym dniu (dlatego pominięto rok, miesiąc i dzień w wymaganiach) od 12:00 do 14:00, powtarzającej się w poniedziałki, środy i piątki aż do 31.12.2013, na zasobach składających się z dwóch części po 1 rdzeniu i 2000 MB RAM, z której mogą korzystać użytkownicy user1 oraz user2<br />
<pre><br />
pbs_rsub -R 1200 -E 1400 -r "FREQ=WEEKLY;BYDAY=MO,WE,FR;UNTIL=20131231" -l select=2:ncpus=1:mem=2000MB -U user1,user2<br />
</pre><br />
Jeżeli utworzenie rezerwacji będzie możliwe - system kolejkowy wyśle wiadomość (na adres zarejestrowany w bazie) z potwierdzeniem.<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[PBSPro]], [[konfiguracja kolejek PBS]]<br />
<br />
{{systemy kolejkowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Jak_korzysta%C4%87_z_kolejek_PBS&diff=5009Jak korzystać z kolejek PBS2014-11-25T12:56:19Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z kolejek PBS</small><br />
== Kolejki ==<br />
Uruchamianie obliczeń na klastrze [[Supernova]] odbywa się w ramach kolejek, które różnią się między sobą priorytetem, limitami czy prawami dostępu (a czasem również dostępnymi zasobami):<br />
* '''short6h''' - kolejka o wysokim priorytecie na krótkie zadania<br />
** limit czasu procesora: 6 h<br />
* '''short48h''' - kolejka o wysokim priorytecie na krótkie zadania<br />
** limit czasu procesora: 48 h<br />
* '''short7d''' - kolejka o średnim priorytecie na średnie zadania<br />
** limit czasu procesora: 168 h<br />
* '''normal''' - kolejna na typowe zadania<br />
** limit czasu działania zadania (Walltime): 504 h<br />
* '''bigmem''' - kolejka na zadania wymagające powyżej 23 050 MB pamięci (ale nie więcej niż 242 053 MB) na węzeł<br />
** limit czasu działania zadania (Walltime): 504 h<br />
{{uwaga2| Dostęp do powyższej kolejki jest przydzielany przez administratorów na prośbę użytkownika. Więcej informacji można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
* '''infinity''' - kolejka na bardzo długie zadania o niskim priorytecie<br />
<br />
== Zasoby ==<br />
Po wyborze odpowiedniej kolejki należy zadeklarować ilość wymaganych zasobów.<br />
<br />
Przydział zasobów może odbywać się w jednej, spójnej części (dla zadań szeregowych lub zrównoleglonych w obrębie jednego węzła) lub kilku (dla zadań zrównoleglonych przy użyciu bibliotek MPI). Deklarację buduje się używając wyrażenia<br />
'''select''' dla parametru '''-l''' polecenia '''qsub''' (opisanego w dalszej części). Jej format jest następujący:<br />
<br />
<pre><br />
select=X:zasób1=wartość1:zasób2=wartość2+Y:zasób3=wartość3:zasób4=wartość4<br />
</pre><br />
gdzie:<br />
* '''X''' - liczba części pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''zasób1=wartość1:zasób2=wartość2''' - opis pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''Y''' - liczba części drugiego zbioru zasobów<br />
* '''zasób3=wartość3:zasób4=wartość4''' - opis drugiego zbioru zasobów<br />
Liczba zbiorów zasobów może być różna (równa 1 lub większa). Alokowane części mogą (ale nie muszą) znaleźć się na różnych węzłach.<br />
<br />
Dostępne parametry:<br />
* '''ncpus''' - liczba rdzeni obliczeniowych<br />
** domyslnie: 1<br />
** maksymalnie:<br />
*** 8 na węzłach II i III generacji<br />
*** 12 na węzłach IV generacji<br />
*** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 60 w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''mem''' - rozmiar pamięci<br />
** domyślnie: 1700 MB<br />
** maksymalnie:<br />
*** 15 050 MB na węzłach II i III generacji<br />
*** 23 050 MB na węzłach IV generacji<br />
*** 16 384 MB jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 242 053 MB w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''ngpus''' - liczba kart graficznych<br />
** domyślnie: 0 (zadanie trafi na węzeł z GPU dopiero jeżeli użytkownik tego zażąda)<br />
** maksymalnie: 2<br />
{{uwaga2| Zadanie wymagające GPU trafi na specyficzny węzeł roboczy. Więcej informacji o tym można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
<br />
Osobnym słowem kluczowym, którego używa się podczas żądania zasobów, jest liczba procesów MPI zadania:<br />
* '''mpiprocs''' - liczba procesów MPI<br />
** domyślnie: 1<br />
** maksymalnie:<br />
*** 8 na węzłach II i III generacji<br />
*** 12 na węzłach IV generacji<br />
*** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 60 w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
<br />
Należy skorzystać z tego parametru, kiedy w jednej części alokacji chcemy uruchomić więcej niż jeden proces MPI.<br />
<br />
; Przykładowe definicje wymagań<br />
Zadanie uruchamia 4 procesy w obrębie jednego węzła i wymaga 4096 MB RAM (po 1024 MB na proces):<br />
<pre><br />
select=1:ncpus=4:mem=4096MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 8 procesów MPI, z których każdy wymaga 512 MB RAM<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=1:mem=512MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 32 procesy MPI, po 4 w każdej części alokacji (i domyślne 1700 MB na każde 4 procesy):<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=4:mpiprocs=4<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 16GB RAM (i jednego rdzenia)<br />
<pre><br />
select=1:mem=16GB<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 1 karty GPU i 4 GB pamięci<br />
<pre><br />
select=1:ngpus=1:mem=4GB<br />
</pre><br />
<br />
== Wstawianie zadań ==<br />
Do wstawiania zadań do kolejki służy polecenie '''qsub'''. Opis zadania powinien być zawarty w skrypcie powłoki. Natępnie taki skrypt przekazywany jest do kolejki jako parametr polecenia qsub (lub na standardowe wejście tej komendy). Najważniejsze parametry polecenia można znaleźć poniżej:<br />
* '''-q''' - wybór kolejki<br />
* '''-l''' specyfikacja wymagań - wartości parametru mogą być następujące<br />
** '''select=''' - opis wymagań<br />
** '''software=''' - informacja o używanym oprogramowaniu<br />
{{uwaga2| Proszę korzystać z powyższego parametru - pozwala to administratorom sporządzać statystyki wykorzystania}}<br />
* '''-N''' - nazwa zadania (jej długość nie może przekraczać 12 znaków)<br />
* '''-m''' - włączenie wysyłania powiadomień o zdarzeniach<br />
** '''b''' - o rozpoczęciu zadania<br />
** '''e''' - o zakończeniu zadania<br />
* '''-I''' - zadanie interaktywne (w tym przypadku nie należy przekazywać skryptu)<br />
* '''-X''' - przekierowanie wyświetlania (ma sens w przypadku zadań interaktywnych, wymaga logowania z przekierowaniem wyświetlania <br />
<br />
Cenną cechą programu '''qsub''' jest możliwość przekazywania parametrów w skrypcie podanym jako argument, poprzez linie zaczynające się od:<br />
<pre><br />
#PBS<br />
</pre><br />
<br />
== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==<br />
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie '''qstat'''. Można korzystać z następujących jego parametrów:<br />
* '''-r''' - pokazuje uruchomione zadania<br />
* '''-i''' - pokazuje zadania oczekujące<br />
* '''-u''' - pokazuje zadania wybranego użytkownika<br />
* '''-f''' - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)<br />
<br />
== Usuwanie zadań ==<br />
Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.<br />
<br />
== Rezerwacje ==<br />
Może się zdarzyć, że dostęp do zasobów potrzebny jest w określonym czasie np. za 3 tygodnie w poniedziałek między godziną 8 a 16. W takich przypadkach należy skorzystać z rezerwacji - '''powoduje to powstanie nowej kolejki''', do której wstawione zadania nie będą konkurować o dostęp z innymi zadaniami. Należy jednak pamięć, że nie zawsze będzie to możliwe (będzie tylko wtedy kiedy system kolejkowy w żądanym czasie będzie w stanie zapewnić zasoby). Tworzenie rezerwacji odbywa się poleceniem '''pbs_rsub''', którego najważniejsze parametry to:<br />
* '''-R''' - czas rozpoczęcia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm (201302010456 oznacza w takim przypadku 4:56 01.02.2013)<br />
* '''-E''' - czas zakończenia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm<br />
* '''-l''' - specyfikacja zasobów rezerwacji (w formacie takim, jak w przypadku zadań)<br />
* '''-r''' - reguła rekurencji (jeżeli rezerwacja ma się powtarzać cyklicznie, więcej na ten temat w manualu polecenia pbs_rsub)<br />
* '''-U''' - lista użytkowników, którzy mogą korzystać z rezerwacji<br />
<br />
Do wyświetlenia informacji o rezerwacjach służy polecenie '''pbs_rstat'''. Bez parametrów listuje ono założone rezerwacje, a szczegóły o wybranej można zobaczyć dodając parametr '''-f''' i identyfikator. Aby usunąć rezerwację należy użyć polecenia '''pbs_rdel'''.<br />
<br />
== Przykłady ==<br />
=== Uruchomienie obliczeń na postawie skryptu ===<br />
* zawartość skryptu uruchom.sh<br />
<source lang=bash><br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q short6h<br />
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=2048MB<br />
#PBS -l software=test_qsub<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
cd $PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
</source><br />
* wstawienie skryptu<br />
<pre><br />
qsub uruchom.sh<br />
</pre><br />
<br />
=== Uruchomienie zadania interaktywnego ===<br />
<pre><br />
qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=CFX_14.5<br />
</pre><br />
<br />
=== Przekazanie skryptu przez standardowe wejście '''qsub''' ===<br />
* zawartość pliku skrypt.sh<br />
<source lang=bash><br />
#!/bin/bash<br />
cat << EOF | qsub<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q short48h<br />
#PBS -l select=1:mem=512MB<br />
#PBS -l software=qsub_stdin<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
# \ przez $ jest wymagany, aby powloka nie podmienila<br />
# $PBS_O_WORKDIR na wartosc podczas wstawiania - tylko<br />
# podczas dzialania zadania na wezle<br />
<br />
cd \$PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
EOF<br />
</source><br />
* wstawienie zadania:<br />
<pre><br />
chmod +x skrypt.sh<br />
./skrypt.sh<br />
</pre><br />
<br />
Więcej o poleceniu '''qsub''' można znaleźć w manualu - poprzez uruchomienie polecenia:<br />
<pre><br />
man qsub<br />
</pre><br />
<br />
=== Zlecenie rezerwacji ===<br />
Próba utworzenia rezerwacji w bieżącym dniu (dlatego pominięto rok, miesiąc i dzień w wymaganiach) od 12:00 do 14:00, powtarzającej się w poniedziałki, środy i piątki aż do 31.12.2013, na zasobach składających się z dwóch części po 1 rdzeniu i 2000 MB RAM, z której mogą korzystać użytkownicy user1 oraz user2<br />
<pre><br />
pbs_rsub -R 1200 -E 1400 -r "FREQ=WEEKLY;BYDAY=MO,WE,FR;UNTIL=20131231" -l select=2:ncpus=1:mem=2000MB -U user1,user2<br />
</pre><br />
Jeżeli utworzenie rezerwacji będzie możliwe - system kolejkowy wyśle wiadomość (na adres zarejestrowany w bazie) z potwierdzeniem.<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[PBSPro]], [[konfiguracja kolejek PBS]]<br />
<br />
{{systemy kolejkowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Abaqus&diff=4993Abaqus2014-10-30T08:47:23Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABAQUS</small><br />
<br />
{{aplikacja|nazwa=Abaqus|logo=[[Plik:Ablogo.jpg|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.12-3|wersja2=6.13-3|serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=6.12-3 |serwer3=Do pobrania|wersja31=6.12-3 |wersja32=6.13-3|kontakt=kdm@wcss.pl}}<br />
'''ABAQUS''' (Abaqus Unified FEA) - pakiet komercyjny dostarczany przez Dassault Systemes, służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
ABAQUS jest obecnie własnością firmy SIMULIA, należącej do Dassault Systèmes. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych.<br />
<br />
Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto możliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:<br />
<br />
*'''ABAQUS/Standard'''<br />
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.<br />
*'''ABAQUS/Explicit'''<br />
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.<br />
*'''ABAQUS/CAE'''<br />
:CAE (ang. ''Complete ABAQUS Environment'') dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.<br />
:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem <code>.inp</code>) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem <code>abaqus</code> do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem <code>.cae</code>) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>) w celu wizualizacji układu.<br />
[[Plik:Image001.gif|right|380px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]<br />
Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Licencje zakupione przez WCSS są dostępne '''wyłącznie do badań'''.<br />
*Do nauki można otrzymać wersję Abaqus Student Edition <br />
http://www.budsoft.com.pl/abaqusFEA/abaqus-dla-studentow<br />
*Do obliczeń komercyjnych należy zakupić odpowiednią licencję z własnych środków.<br />
<br />
WCSS posiada '''35''' tokenów licencyjnych współdzielonych przez pakiety Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSa w WCSS.<br />
<br />
Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:<br />
<br />
* 7 zadań jednoprocesorowych: 7*5 tokenów = 35 tokenów, 7 CPU<br />
* 3 zadania 7-procesorowe: 3*(5+6) = 33 tokeny, 21 CPU<br />
<br />
Innym ograniczeniem jest liczba licencji CAE, w 2013 roku jest to '''4'''.<br />
<br />
Liczbę dostępnych tokenów można sprawdzić wykonując polecenie na serwerze z zainstalowanym pakietem:<br />
<br />
> abaqus licensing -ru<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Umowa Użytkownika Akademickiego ===<br />
Użytkownik licencji Abaqus podpisuje Umowę Użytkownika Akademickiego (będącą załącznikiem A do Umowy Licencyjnej). Tekst oryginalny w języku angielskim, dostępne jest polskie tłumaczenie.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
W [[WCSS]] ABAQUS dostępny jest na klastrze [[Supernova]] i [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]]. Zaleca się, aby obliczenia długotrwałe uruchamiać na Supernovej i wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowania [[PBS|PBS]].<br />
<br />
=== Supernova ===<br />
Na [[Supernova]] dostępna jest wersja: 6.12-3. Instalacja umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads) oraz uruchomienie interfejsu graficznego CAE. <br />
<br />
===== Środowisko i praca interaktywna =====<br />
Interfejs graficzny CAE można uruchomić z węzła dostępowego <code>supernova</code> lub w kolejce jako zadanie interaktywne.<br />
<br />
Do uruchomiania aplikacji na węźle dostępowym służą następujące polecenia:<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Do uruchomiania aplikacji w zadaniu interaktywnym służą następujące polecenia:<br />
> qsub -I -X -q short6h<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:<br />
> abaqus help<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać w kolejkach PBS w następujący sposób (lokalizacja: /usr/local/bin/):<br />
<br />
> '''sub-abaqus''' <nazwa.inp> <abqs-jobname> <kolejka> [liczba procesorow] [opcjonalne parametry do programu]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code>nazwa.inp</code> - plik z danymi do obliczeń dla ABAQUSa<br />
* <code>abqs-jobname</code> - nazwa zadania ABAQUSa <br />
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki, do której ma zostać wstawione zadanie, np. normal, temp, short6h<br />
* <code>liczba procesorow</code> - od 1 do 12 <br />
* opcjonalne parametry przeznaczone dla programu<br />
* wyniki w <code>nazwa.out</code><br />
<br />
Skrypt wstawia zadanie o nazwie abq_<abqs-jobname> do wskazanej kolejki systemu PBS.<br />
<br />
Jak uzyskać informacje o kolejkach dostępnych na Supernova opisano w artykule [[Konfiguracja kolejek PBS]].<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu].<br />
<br />
== Korzystanie na własnym komputerze ==<br />
Zarejestrowany użytkownik WCSS może zainstalować oprogramowanie Abaqus na własnym komputerze i zdalnie korzystać z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''156.17.0.0/16'''. Inne adresy lub klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS. W celu wypożyczenia płytek instalacyjnych i uzyskania szczegółowych informacji należy kontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].<br />
<br />
=== Dostęp do serwera licencji ===<br />
Podczas instalacji jako adres serwera licencji należy podać:<br />
<br />
'''27000@menkar.wcss.pl'''<br />
<br />
Gdyby zachodziła konieczność zmiany tej informacji już po instalacji programu, to można to zrobić edytując plik '''abaqus_v6.env''', który należy wyszukać w katalogu instalacji (dokładna lokalizacja może być różna dla różnych wersji). Adres serwera licencji podany jest tam jako wartość parametru '''abaquslm_license_file''', np.<br />
<br />
'''abaquslm_license_file="27000@menkar.wcss.pl"'''<br />
<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.3ds.com Strona domowa Dassault Systemes]<br />
* [http://www.3ds.com/products/simulia/portfolio/abaqus/overview/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]<br />
<br />
=== Publikacje wprowadzające do MES ===<br />
* Wiesław Śródka, "[http://www.dbc.wroc.pl/Content/970/srodka.pdf Trzy lekcje metody elementów skończonych: materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004.<br />
* E. Rusiński, J. Czmochowski, T. Smolnicki, "[http://www.dbc.wroc.pl/dlibra/docmetadata?id=462 Zaawansowana metoda elementów skończonych w konstrukcjach nośnych]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2000.<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Lumerical_FDTD&diff=4735Lumerical FDTD2014-07-04T12:05:04Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Lumerical]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Lumerical FDTD|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=8.9.163}}<br />
'''FDTD Solutions''' - oprogramowanie firmy [[Lumerical]].<br />
<br />
== FDTD w WCSS ==<br />
FDTD zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]] w wersji 8.9.163, w drzewie '''/usr/local/lumerical/fdtd'''. <br />
<br />
== Szybki start ==<br />
<br />
;Uruchamianie GUI<br />
<br />
Z graficznego interfesju aplikacji najlepiej korzystać poprzez usługę [https://wcss.cloud.pionier.net.pl Platon U3 w WCSS].<br />
<br />
;Uruchamianie obliczeń w kolejce:<br />
<br />
> module load fdtd<br />
> fdtd-run-pbs.sh [-n <procs>] fsp1 [fsp2 ... [fspN]]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni dla zadania (domyślnie 8)<br />
* fsp1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy<br />
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych, dla każdego wstawione zostanie nowe zadanie do kolejki PBS.<br />
<br />
<br />
;Uruchamianie obliczeń lokalnie:<br />
> module load fdtd<br />
> fdtd-run-local.sh [-n <procs>] fsp1 [fsp2 ... [fspN]]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* -n <procs> - parametr opcjonalny, ustawienie liczby rdzeni do obliczeń (domyślnie 8)<br />
* fsp1 - plik wejściowy, parametr obowiązkowy<br />
* [fsp2 ... [fspN]] - opcjonalnie można podać wiele plików wejściowych.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.lumerical.com/tcad-products/fdtd/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [https://www.lumerical.com/company/news/literature/citation_instructions.html Instrukcja cytowania]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
* system kolejkowania zadań [[PBS]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Gromacs&diff=4732Gromacs2014-06-30T06:36:19Z<p>F: Usunięcie przykładowego skryptu</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Gromacs|logo=[[Plik:Gromacs.jpg|120px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=4.5.3 (single, double, seq, MPI)|wersja2=4.5.5 (single, seq, MPI)}}<br />
'''Gromacs''' - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. <br />
<br />
<br />
== Gromacs w WCSS ==<br />
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek [[MPI]].<br />
<br />
Na klastrze [[Supernova]] dostępny jest <br />
* Gromacs '''4.5.3''' <br />
** skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float i double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand. <br />
** Programy znajdują się w katalogach (odpowiednio do wersji):<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji<br />
/usr/local/gromacs/4.5.3-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji<br />
* Gromacs '''4.5.5''' <br />
** skompilowany kompilatorami Intela w wersji sekwencyjnej i równoległej z wykorzystaniem trybu float. Wersja równoległa korzysta z bibliotek MPI (MVAPICH2) i sieci InfiniBand.<br />
** Programy znajdują się w katalogu:<br />
/usr/local/gromacs/4.5.5-single/<br />
<br />
==== Środowisko aplikacji ====<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
> module load gromacs<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>grompp</code> i <code>mdrun</code> domyślnej (najnowszej) wersji pakietu Gromacs.<br />
<br />
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:<br />
> module load gromacs/4.5.3-s<br />
> module load gromacs/4.5.3-d<br />
> module load gromacs/4.5.5-s<br />
<br />
==== Wstawianie zadań do kolejki ====<br />
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z [[jak korzystać z kolejek PBS|kolejek systemu PBS]]. Można w tym celu skorzystać z gotowego skryptu lub napisać własny. Aby skorzystać z gotowego skryptu wystarczy wywołać polecenie:<br />
<br />
> '''sub-gromacs''' plik.tpr [kolejka] [parametry]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję programu.<br />
* plik.tpr - plik z danymi wejściowymi <br />
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.<br />
** -q kolejka (domyślnie parallel)<br />
** -n liczba_rdzeni (domyślnie 4)<br />
** -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)<br />
** -i "plik1 plik2 ..." (lista plików potrzebnych do obliczeń - w cudzysłowach)<br />
** -c plik_checkpoint (dodaje do wywołania mdrun opcję <code>-cpi plik_checkpoint</code>, plik checkpointu nie powinien być podany za -i)<br />
<br />
Starsze wersje programu, jeśli są wspierane dostępne są przez przez skrypt z oznaczeniem wersji, np:<br />
> '''sub-gromacs4.5.3''' plik_wejsciowy.tpr [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* Polecenie uruchamia wersję 4.5.3 programu.<br />
* plik_wejsciowy.tpr - plik z danymi wejściowymi <br />
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.<br />
* Domyślne wartości:<br />
** kolejka = parallel<br />
** liczba_cpu = 4<br />
** pamiec_per_cpu_w_MB = 1800<br />
<br />
;Uwaga: Od wersji 4.5 Gromacs zrównolegla domyślnie obliczenia także na poziomie wątków. Liczbę wątków można ustalić opcją "<code>-nt <liczba wątków></code>". Aby wyłączyć wątkowanie należy w wywołaniu programu dodać opcję "<code>-nt 1</code>". Jeżeli wątkowanie jest włączone (domyślnie jest) program próbuje automatycznie podzielić domenę problemu na tyle porcji ile uruchamia wątków - jeżeli mu się to nie uda, program jest przerywany i zadanie kończy się komunikatem:<br />
<br />
: -------------------------------------------------------<br />
: Fatal error:<br />
: Domain decomposition does not support simple neighbor searching, use grid searching or use particle decomposition<br />
: For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br />
: website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br />
: -------------------------------------------------------<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.gromacs.org/ Strona domowa pakietu Gromacs]<br />
* [http://www.gromacs.org/content/view/13/27/ Dokumentacja on-line]<br />
* [http://www.staff.amu.edu.pl/~chemfiz/pliki/Gromacs.pdf Magda Flader: Wprowadzenie do GROMACS'a]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Supernova&diff=4722Supernova2014-06-16T13:10:41Z<p>F: Usunięcie odnośnika do nieaktualnej galerii.</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Supernova</small><br />
<!--{{note|Klaster jest chwilowo niedostępny - trwa przerwa serwisowa, podłączane są nowe zasoby. Przepraszamy za niedogodności.}} --><br />
{{serwer<br />
|nazwa=Supernova<br />
|zdjęcie=Nova 2011 01.jpg<br />
|admini=kdm@wcss.pl<br />
}}<br />
'''Supernova''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]], włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).<br />
<br />
Elementy klastra: <br />
* węzeł dostępowy (supernova.wcss.pl, sn.wcss.pl),<br />
* węzeł do archiwizacji (archiwum.wcss.pl)<br />
* 2 węzły serwisowe<br />
* 4 węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE, endor/QCG, lalande/UNICORE),<br />
* 423 węzły obliczeniowe,<br />
* sieć obliczeniowa - [[Infiniband]] DDR (II i III), [[Infiniband]] QDR (pomiędzy węzłami IV i Lustre)<br />
* sieć zarządzania - gigabit ethernet.<br />
Zasoby obliczeniowe klastra:<br />
* 5168 rdzeni obliczeniowych,<br />
* >10,4 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń, 4GB/rdzeń)<br />
* ~525 TB przestrzeni dyskowej (40 TB NFS + 485 TB [[Lustre]]),<br />
* komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20 lub 40 Gbps (w zależności od klasy węzła), opóźnienia < 5 us.<br />
<br />
<br />
===Zestawienie===<br />
{|style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|klaster : ||'''supernova.wcss.wroc.pl''' || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|przestrzeń&nbsp;home :||NFS 10TB || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|przestrzeń&nbsp;scratch :||[[Lustre]] || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|system&nbsp;operacyjny :||ScientificLinux || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|moc&nbsp;obliczeniowa :||'''67,54 TFLOPS''' || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|węzły :|| '''obliczeniowe generacji II (2)'''||'''obliczeniowe generacji III (14)''' ||'''obliczeniowe generacji IV (404)''' || '''GPU (3)'''<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|CPU :||Intel Xeon E5345 2.33 GHz <br/>(Core-based "Clovertown", 65 nm)|| Intel Xeon L5420 2.5 GHz <br/>(Core-based "Harpertown", 45 nm)||Intel Xeon X5650 2.67 GHz <br/>(Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm)||AMD Opteron 6274(6200 series, 32nm)<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|liczba&nbsp;CPU :<br />
|8(2x quad-core)<br />
|8(2x quad-core)<br />
|12(2x six-core)<br />
|64(4x sixteen-core)<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|cache&nbsp;L1/L2/L3 :<br />
|128KB/8MB/-<br />
|256KB/12MB/-<br />
|64KB/1536KB/12MB<br />
|48KB/1000KB/16MB<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|pamięć :<br />
|16GB<br />
|16GB<br />
|24GB<br />
|256GB<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|uwagi :<br />
|dyski lokalne + lustre<br />
|dyski lokalne + lustre<br />
|lustre<br />
|dyski lokalne + lustre + 2x Tesla M2075(448 rdzeni, 6GB pamięci)<br />
|}<br />
<br />
===Oprogramowanie===<br />
;Aplikacje<br />
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[Accelrys]], [[Amber]], [[ANSYS]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[APBS]], [[AutoDock]], [[AutoDock Vina]], [[Cfour]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[Hmmer]], [[LAMMPS]], [[Materials Studio]], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Meep]], [[MOLCAS]], [[Molden]], [[Molpro]], [[MOPAC]], [[NAMD]], [[NWChem]], [[OpenFOAM]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]], [[Xaim]], aplikacje własne użytkowników.<br />
<br />
;Kompilatory<br />
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]], nvcc<br />
<br />
;Biblioteki i narzędzia<br />
* [[MVAPICH2]],<br />
* [[MPIEXEC]],<br />
* OpenMPI<br />
* [[MKL]] (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),<br />
* GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),<br />
* ATLAS (/usr/local/atlas/)<br />
* HDF<br />
* Python + SciPy + NumPy<br />
* CUDA<br />
* ...<br />
<br />
;System kolejkowania <br />
[[PBSPro]]<br />
<br />
===RSA key fingerprint===<br />
d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9<br />
<br />
===Zalecenia===<br />
<br />
* na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 40GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:<br />
quota<br />
opis systemu kwot:<br />
man quota<br />
<br />
* zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka [[MKL]]; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;<br />
<br />
* oprogramowanie zrównoleglone w standardzie MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci [[Infiniband]]; domyślna implementacja MPI to [[MVAPICH2]];<br />
<br />
* zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie [[Infiniband]] będą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;<br />
<br />
* zadania MPI należy uruchamiać poprzez narzędzie [[MPIEXEC]] a nie mpirun;<br />
<br />
* oprogramowanie zrównoleglone w innym standardzie niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkowników takich aplikacji;<br />
<br />
* zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - [[Lustre]].<br />
<br />
===Zobacz też===<br />
*[[PBS|Jak korzystać z kolejek?]]<br />
*[[Maszyny obliczeniowe]]<br />
*[[Przekierowanie wyświetlania]]<br />
*[[Galeria zdjęć (Nova)]]<br />
<br />
{{maszyny obliczeniowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_VPN&diff=4674Korzystanie z VPN2014-06-05T06:02:19Z<p>F: Zmiana formatowania, które psuło wyrażenie grepa</p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Korzystanie z VPN</small> <br />
<br />
Dostęp do części usług WCSS możliwy jest dla użytkowników tylko przez usługę VPN (ang. Virtual Private Networks). Ma to na celu zapewnienie bezpieczeństwa (uniemożliwienie skorzystania niepowołanym osobom), wygodę użytkowania (usługi dostępne są niezależnie od adresu komputera klienckiego) oraz rozliczalność (wiadomo kto i kiedy używał danej usługi).<br />
<br />
Użytkownik musi zainstalować i skonfigurować na swoim komputerze program do obsługi VPN. Przed skorzystaniem z usług WCSS należy uruchomić połączenie VPN, następnie uruchomić właściwą usługę. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z usługi.<br />
__TOC__<br />
== Instalacja klienta ==<br />
Aby skorzystać z VPN należy najpierw zainstalować program:<br />
* wejść na stronę [https://vpn.kdm.wcss.pl vpn.kdm.wcss.pl] oraz zalogować się przy użyciu danych używanych na klastrze Supernova,<br /> [[Plik:vpn login screen.jpg|500px]]<br />
* pobrać klienta odpowiedniego dla wersji używanego systemu operacyjnego,<br /> [[Plik:vpn download screen.jpg|500px]]<br />
* uruchomić pobrany plik w celu rozpoczęcia instalacji,<br />
* podać niezbędne do uwierzytelnienia dane :<br />
** login i hasło - takie jak na Supernova,<br />
** adres usługi (Portal) - '''vpn.kdm.wcss.pl''',<br />
*:oraz kliknąć przycisk '''Apply'''.<br /> [[Plik:vpn configuration.jpg|500px]]<br />
<br />
Po instalacji połączenie zostanie automatycznie ustanowione - będzie można korzystać z usług WCSS. Jednak '''po restarcie systemu konieczne będzie ręczne uruchomienie połączenia'''. <br />
<br />
== Nawiązywanie połączenia ==<br />
W celu nawiązania połączenia z usługą VPN należy:<br />
* w zasobniku systemowym odnaleźć ikonę programu GlobalProtect (ciemny wizerunek kuli ziemskiej z białym krzyżykiem na czerwonym tle),<br /> [[Plik:vpn systray.jpg|255px]]<br />
* kliknąć na nią prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję '''Connect''',<br /> [[Plik:vpn connect.jpg|255px]]<br />
* z ikony powinien zniknąć krzyżyk na czerwonym tle - zastąpiony szaro-niebieską tarczą.<br /> [[Plik:vpn connected.jpg|255px]]<br />
<br />
== Zakończenie połączenia ==<br />
W celu zakończenia połączenia z usługa VPN należy:<br />
* w zasobniku systemowym odnaleźć ikonę programu GlobalProtect, <br />
* kliknąć na nią prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję '''Disconnect'''.<br />
<br />
== Linux == <br />
W celu używania VPN na systemie Linux należy zainstalować pakiet vpnc. <br><br />
Dokładna konfiguracja jest zależna od dystrybucji, niemniej jednak plik konfiguracyjny powinien zawierać:<br />
<br />
Interface name tun0<br />
IPSec gateway vpn.kdm.wcss.pl<br />
IPSec ID kdm<br />
IPSec secret kdm<br />
Xauth username username<br />
#Xauth password <password><br />
DPD idle timeout (our side) 0<br />
Local Port 0<br />
<br />
przeważnie jest to plik vpnc.conf lub default.conf w katalogu /etc/vpnc<br><br />
Program vpnc ustawia domyślną trasę poprzez tunel VPN. Jeśli użytkownik nie chce aby cały jego ruch przechodził przez tunel VPN należy trasy ustawić ręcznie lub poprzez skrypt do vpnc.<br><br />
Lista aktualnych tras znajduję się pod adresem: http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt<br><br />
Lokalizacja skryptu dla dystrybucji:<br />
* Debian - /etc/vpnc/vpnc-script-post-connect-action<br />
* Gentoo - /etc/vpnc/scripts.d/vpnc-postup.sh<br />
<br />
<pre><br />
#!/bin/sh<br />
ROUTES=$(curl -s http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/trasy_VPN.txt |egrep -o '([[:digit:]]{1,3}\.){3}[[:digit:]]{1,3}(/[[:digit:]]{1,2})?')<br />
if [ -n "$ROUTES" ]; then<br />
ip r del default dev tun0<br />
for net in $ROUTES; do<br />
ip r add $net dev tun0<br />
done<br />
fi<br />
</pre><br />
Skrypt musi być wykonywalny (chmod +x)<br><br />
Aby uruchomić/rozłączyć tunel VPN należy:<br><br />
* Debian - w konsoli wpisać polecenia '''vpnc-connect''' / '''vpnc-disconnect'''<br />
* Gentoo - dedykowany initscript vpnc<br />
<!-- Comment --><br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:trasy_VPN.txt&diff=4595Plik:trasy VPN.txt2014-05-30T06:46:33Z<p>F: F przesłano nową wersję pliku „Plik:trasy VPN.txt“</p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Matlab&diff=4593Matlab2014-05-29T06:12:09Z<p>F: Dodanie informacji o usłudze VPN.</p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Matlab</small><br />
{{uwaga|'''Licencja WCSS jest przeznaczona dla użytkowników WCSS, do celów badawczych.''' Pracownicy i doktoranci PWr mogą korzystać z licencji badawczej Politechniki. Studenci i prowadzący zajęcia dydaktyczne na PWr powinni korzystać z licencji dydaktycznej Politechniki. W celu uzyskania licencji i nośników instalacyjnych należy kontaktować się z administratorami '''wydziałowymi''' lub Działem Informatyzacji PWr. WCSS nie dysponuje informacjami o administratorach wydziałowych.}}<br />
{{aplikacja|nazwa=Matlab|logo=[[Grafika:Matlab1.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=R2013a|wersja2=R2012a|serwer2=[[Klaster kampusowy]]|wersja21=R2013a}}<br />
'''MATLAB''' jest środowiskiem obliczeniowym przeznaczonym dla inżynierów i naukowców, umożliwiającym przeprowadzanie obliczeń matematycznych, analizy numerycznej, wizualizacji otrzymanych wyników (2D, 3D), jak również tworzenie algorytmów i programów. Język MATLAB-a jest intuicyjny i wygodny w użyciu, co sprawia, że opracowanie algorytmów jest prostsze niż w przypadku takich języków programowania jak C czy Fortran.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
Główne funkcjonalności MATLAB-a:<br />
* obliczenia numeryczne do szybkiego generowania wyników<br />
* grafika do wizualizacji i analizy danych<br />
* interaktywny język i środowisko programistyczne<br />
* narzędzia do budowy własnego GUI<br />
* integracja z zewnętrznymi aplikacjami składającymi się z komponentów C, C++, Fortran, Java, COM, Excel.<br />
* import danych z plików i urządzeń zewnętrznych (dodatkowo dostęp do baz danych i kolejnych urządzeń)<br />
* konwersja aplikacji MATLAB-a na C i C++ przy użyciu kompilatora.<br />
<br />
== Licencja udostępniana przez WCSS ==<br />
Aktualnie dostępna wersja to '''R2013a''' dla systemów Linux (x86, x86_64), Mac (Intel) i Windows (Server 2008, Server 2008R2, XP SP3, Vista, 7). Prosimy o [[kontakt]] z administratorami w celu wypożyczenia płyt instalacyjnych (tylko DVD). Wymagania pakietu: http://www.mathworks.com/support/sysreq/<br />
<br />
W skład pakietu wchodzi szereg dodatkowych narzędzi rozszerzających jego możliwości, ukierunkowanych na rozwiązywanie zadań z danego obszaru. WCSS udostępnia licencję obejmującą szereg pakietów, są to:<br />
<br />
* '''Matlab''' (30) - pakiet główny<br />
* '''Bioinformatics Toolbox''' (1)<br />
* '''Communications System Toolbox''' (5) - rozszerza środowisko Matlab o funkcje, wykresy i graficzny interfejs użytkownika stosowane do badania, projektowania, analizy i symulacji algorytmów warstwy fizycznej systemów komunikacji (np. systemy wireless, wireline). Stosowany głównie do pre- i post-processingu.<br />
*'''Curve Fitting Toolbox''' (1) - poprzez interfejs graficzny i command-line udostępnia funkcje dla różnych aplikacji typu ''curve-fitting''.<br />
* '''Data Acquisition Toolbox''' (1) - zestaw funkcji M-file i dynamicznych bibliotek (DLL) MEX-file napisanych w oparciu o środowisko obliczeniowe MATLABa.<br />
* '''Spreadsheet Link EX''' (2) - pakiet pozwala na integrację Matlaba z programem Microsoft Excel.<br />
* '''Filter Design HDL Coder''' (1)<br />
* '''Fixed-Point Toolbox''' (1)<br />
* '''Fuzzy Logic Toolbox''' (1) - rozszerza środowisko MATLABa o narzędzia do projektowania systemów opartych o logikę rozmytą. <br />
* '''Global Optimization Toolbox''' (1)<br />
* '''Image Processing Toolbox''' (1) - przetwarzanie obrazów<br />
* '''Neural Network Toolbox''' (10) - projektowanie i symulacja sieci neuronowych<br />
* '''Optimization Toolbox''' (10) - rozszerza środowisko Matlaba o narzędzia i algorytmy do optymalizacji. <br />
* '''Signal Processing Toolbox''' (10) - przetwarzanie sygnałów<br />
* '''DSP System Toolbox''' (6)- symulacja procesów cyfrowej obróbki sygnałów<br />
* '''Simulink''' (30) - interaktywne środowisko przeznaczone do modelowania, symulacji i analizy dynamicznych systemów.<br />
** '''Simulink Design Optimization''' (1) - zawiera także Simulink Response Optimization, interfejs graficzny (GUI) do dostrajania i optymalizowania systemów sterowania i fizycznych.<br />
** '''Simulink Fixed-Point''' (1)<br />
* '''HDL Coder''', dawniej '''Simulink HDL Coder''' (1)<br />
* '''Matlab Coder''' (1) <br />
* '''Matlab Compiler''' (1)<br />
* '''Statistics Toolbox''' (1)<br />
* '''Wavelet Toolbox''' (1)<br />
* '''Parallel Computing Toolbox''' (5)<br />
* '''Distributed Computing Engine''' (32)<br />
<br />
Licencje zdezaktualizowane:<br />
* '''Communications Blockset''' (5) - rozszerza pakiet Simulink o bibliotekę elementów konstrukcyjnych służących do budowy i symulacji fizycznej warstwy systemów i komponentów komunikacji.<br />
* '''Filter Design Toolbox''' (1)<br />
<br />
== Uruchamianie na klastrze Supernova ==<br />
MATLAB dostępny jest na klastrze [[Supernova]] (katalog instalacji odpowiednio: /usr/local/matlab-WERSJA). <br />
<br />
=== Praca interaktywna na klastrze ===<br />
Przed zdalnym uruchomieniem aplikacji w trybie graficznym należy pamiętać o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]] z klastra na swój komputer. Następnie w celu pracy interaktywnej z aplikacją należy uruchomić zadanie interaktywne w kolejce, z opcją <code>-X</code>, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I -X -q short6h'''<br />
<br />
;Środowisko aplikacji<br />
<br />
MATLAB pobiera ustawienia środowiska z pliku <code>.matlab7rc.sh</code>. Przed uruchomieniem pobiera plik z pierwszej lokalizacji, kolejno przeszukuje: <code>./</code> (kat. bieżący), <code>$HOME</code> (kat. domowy użytkownika), <code>$MATLAB/bin</code> (kat. domyślny). Wzorcowy plik <code>.matlabXrc.sh</code> znajduje się w katalogu instalacji danej wersji MATLAB-a <code>$MATLAB/bin/</code>. Użytkownik może skopiować ten plik do swojego katalogu domowego i zmienić w razie potrzeby ustawione wartości zmiennych: <code>ARCH, LD_LIBRARY_PATH, LM_LICENCE_FILE, MATLAB</code> (wskazuje na katalog instalacji) i kilku innych.<br />
<br />
Przed użyciem MATLABa należy załadować odpowiedni moduł.<br />
<br />
> '''module load matlab'''<br />
<br />
Powyższe polecenie wczyta najnowszą wersję. Można też wybrać starszą wersję wydając polecenie:<br />
<br />
> '''module load matlab/R2012a'''<br />
<br />
Aby sprawdzić ustawienia przesyłane do MATLAB-a podczas uruchamiania wystarczy wydać polecenie:<br />
<br />
> '''matlab -n'''<br />
<br />
Aplikacja nie zostanie przy tym uruchomiona.<br />
<br />
;Uruchamianie aplikacji<br />
<br />
Do uruchamiania programu służy polecenie:<br />
<br />
> '''matlab'''<br />
<br />
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===<br />
<br />
Aby wstawić zadanie MATLAB-a do kolejki PBS na klastrze Supernova należy [[kopiowanie|przesłać na klaster]] pliki wejściowe zadania (lub przygotować je na klastrze pracując interaktywnie, jak opisane powyżej), [[logowanie|zalogować się na klaster]] i następnie posłużyć poleceniem '''<code>qsub</code>''' lub skorzystać z gotowego skryptu:<br />
<br />
> '''sub-matlab''' <plik_wej.inp><br />
<br />
Więcej o składni polecenia <code>qsub</code> w artykule: [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
== Uruchamianie na infrastrukturze PLATON-U3 ==<br />
Chcąc pracować interaktywnie z MATLAB-em można skorzystać z infrastruktury PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]). Należy w tym celu zarejestrować się w portalu usługi jako użytkownik w WCSS (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć w portalu odpowiednią rezerwację na maszynę wirtualną z zainstalowanym MATLAB-em (szczegółowe instrukcje na stronie usługi). <br />
<br />
Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].<br />
<br />
== Uruchamianie na własnych komputerach ==<br />
KDM WCSS umożliwia uruchamianie Matlaba na własnych komputerach. Wymaga to zainstalowania Matlaba w trybie [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/base/install/pc/ch2_con4.html network installation] z wykorzystaniem serwera licencji zainstalowanego w KDM WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]].<br />
<br />
W celu uzyskania płyt instalacyjnych należy zgłosić się do [[Administratorzy KDM|kierownika]] działu KDM.<br />
<br />
==== Instalacja na systemach z rodziny Windows ====<br />
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Następnie należy utworzyć i zapisać na dysku plik licencji o dowolnej nazwie i zawierający wiersze:<br />
<br />
'''SERVER menkar.wcss.pl 0007e905907d 27002'''<br />
'''USE_SERVER'''<br />
<br />
Następnie należy uruchomić instalację i podać kod PLP oraz ścieżkę do pliku licencji na kolejnych etapach instalacji.<br />
<br />
Jak użyć takiego MATLAB-a do zlecania zadań zdalnych na klaster Supernowa opisane jest poniżej: [[Matlab#Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova|Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova]].<br />
<br />
==== Instalacja na systemach z rodziny Linux/UNIX ====<br />
Przed instalacją należy zgłosić się do WCSS po pobranie kodu PLP wymaganego do instalacji. Przed uruchomieniem aplikacji należy ustawić zmienną środowiskową <code>LM_LICENSE_FILE</code> na wartość <code>"27002@menkar.wcss.pl"</code>:<br />
<br />
Shell typu csh (csh, tcsh):<br />
> '''setenv LM_LICENSE_FILE "27002@menkar.wcss.pl" '''<br />
<br />
Shell typu sh (sh, bsh, bash, ksh, ...):<br />
> '''export LM_LICENSE_FILE="27002@menkar.wcss.pl"'''<br />
<br />
Rodzaj shella sprawdzamy przez:<br />
> '''echo $SHELL'''<br />
<br />
Ewentualny test licencji:<br />
> '''scieżka/do/katalogu/instalacji/matlab/etc/lmstat -a -c 27002@menkar.wcss.pl'''<br />
<br />
== Uruchamianie zadań zdalnie na klastrze Supernova ==<br />
WCSS umożliwia zlecanie zdalnie zadań obliczeniowych na klaster Supernova. Jest to możliwe na dwa sposoby: <br />
# korzystając ze środowiska MATLAB-a dostępnego na infrastrukturze [[Klaster kampusowy|PLATON-U3]],<br />
# korzystając ze środowiska MATLAB-a zainstalowanego na własnym komputerze.<br />
<br />
W obydwu przypadkach, aby zlecić zadanie zdalne korzystając z interfejsu Matlaba należy wcześniej odpowiednio go skonfigurować:<br />
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/matlab_wcss.zip zip]] i rozpakować w lokalizacji przeszukiwanej przez Matlaba (listę tych miejsc można znaleźć klikając przycisk '''Set Path''' w polu '''Environment'''),<br />
* pobrać plik [[http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/Supernova.zip zip]] i rozpakować w dowolnej lokalizacji (plik '''Supernova.settings''', który jest w archiwum będzie potrzebny w następnym kroku),<br />
* w polu '''Environment''' kliknąć na przycisk '''Parallel''' i wybrać pozycję '''Manage Cluster Profiles''',<br />
* w oknie które się pojawi kliknąć na przycisk '''Add''' i wybrać pozycję '''Import''',<br />
* wskazać lokalizację pliku '''Supernova.settings''' wypakowanego z archiwum,<br />
* zaznaczyć pozycję '''Supernova''' na liście '''Cluster Profile''' i kliknąć przycisk '''Edit''',<br />
* w części SubmitFunctions należy zmienić 3. parametr funkcji ('''/home/tyciu'''), tak aby wskazywał lokalizację '''własnego katalogu domowego''' na klastrze,<br />
* po kliknięciu przycisku '''Done''' można już korzystać ze zdalnego zlecania zadań.<br />
<br />
=== Uruchamianie zdalne z infrastruktury PLATON-U3 ===<br />
Chcąc korzystać z MATLAB-a na Supernovej poprzez infrastrukturę PLATON-U3, należy zarejestrować się jako użytkownik PLATON-U3 w WCSS i założyć odpowiednią rezerwację. Po uzyskaniu dostępu do aplikacji należy ją skonfigurować (jak opisane powyżej) i zweryfikować, czy aplikacja działa poprawnie.<br />
<br />
==== Weryfikacja poprawności konfiguracji ====<br />
W celu przeprowadzenia weryfikacji trzeba wykonać kilka, wymienionych poniżej, kroków:<br />
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Set Path</code> sprawdzić listę ścieżek. Ścieżka rozpoczynająca się od <code>\\wcss-sts</code> znajduje się na dysku Z.<br />
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane ze zleceniami.<br />
# W zakładce <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code> wybrać profil <code>Supernova</code>.<br />
# W profilu <code>Supernova</code> wybrać zakładkę <code>Validation Results</code>, a następnie przeprowadzić weryfikację poprawności działania za pomocą przycisku <code>Validate</code>.<br />
<br />
==== Tworzenie nowego skryptu ====<br />
Nowy skrypt Matlaba tworzy się za pomocą przycisku <code>New Script</code>:<br />
# W pasku wyboru ścieżki wybrać katalog znajdujący się na dysku Z, w którym zapisywane będą pliki związane z obliczeniami.<br />
# W menu, w zakładce <code>HOME</code> użyć przycisku <code>New Script</code>.<br />
# Po podaniu programowi poleceń w postaci skryptu, należy ów skrypt zapisać w katalogu wybranym w podpunkcie 1.<br />
# W celu uruchomienia skryptu należy kliknąć na niego (powinien być widoczny w polu <code>Current Folder</code>) prawym przyciskiem myszy (PPM), a następnie użyć polecenia <code>Run</code>.<br />
<br />
==== Testowanie poprawności zlecania zadań ====<br />
W celu przetestowania poprawności działania własnych skryptów do zlecania zadań należy:<br />
# Otworzyć nowy skrypt przyciskiem <code>New Script</code>.<br />
# Wkleić poniższy kod (*).<br />
# Zapisać skrypt pod dowolną nazwą w wybranym katalogu znajdującym się w ścieżkach Matlaba.<br />
# Zlecić zadanie za pomocą <code>PPM > Run</code>.<br />
(*)<br />
'''c = parcluster('Supernova');'''<br />
'''job1 = createJob(c);'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''createTask(job1, @rand, 1, {3,3});'''<br />
'''submit(job1);'''<br />
'''wait(job1);'''<br />
'''results = fetchOutputs(job1);'''<br />
'''results{1:5};'''<br />
<br />
Kod zleca wygenerowanie 5 macierzy 3 na 3 zawierających losowe liczby zmiennoprzecinkowe o wartościach zawierających się między 0 a 1 - każda macierz generowana jest w osobnym tasku.<br />
Polecenie <code>'parcluster'</code> służy do wyboru profilu z listy znajdującej się w <code>ENVIRONMENT > Parallel > Manage Cluster Profiles > Cluster Profile</code>.<br />
Polecenie <code>'createJob'</code> tworzy zadanie, a polecenie <code>'createTask'</code> - podzadanie. Polecenie <code>'submit'</code> zleca zadanie do systemu kolejkowego (PBS) na klastrze zdefiniowanym w profilu,<br />
a polecenie <code>'wait'</code> wymusza oczekiwanie na zakończenie zadania przed kontynuowaniem postępowania zawartego w skrypcie.<br />
<br />
W celu sprawdzenia wyników należy w oknie <code>Command Window</code> wprowadzić kolejno następujące komendy:<br />
<br />
'''c = parcluster('Supernova')'''<br />
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished')'''<br />
<br />
Wyświetli się lista zakończonych zadań na profilu <code>Supernova</code>. Należy wybrać zadanie, którego wyniki chcemy przejrzeć (np. 5.) i postępować według poniższych kroków:<br />
<br />
'''finished_jobs = findJob(c,'State','finished', 'ID', 5)'''<br />
'''results = fetchOutputs(finished_jobs)'''<br />
'''results{1:numel(results)}'''<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* Dokumentacja ''on-line'' dostępna jest lokalnie po zalogowaniu się na klastrze i [[Nova]] i wydaniu polecenia '''doc''' z poziomu MATLAB-a.<br />
* ''"Komputerowa symulacja układów automatycznej regulacji w środowisku MATLAB/SIMULINK"'' s.132 rw.2005, Łysakowska B., Mzyk G., ISBN: 83-7085-854-6, [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 17,90)<br />
*:W książce rozważa się zagadnienie symulacji komputerowej liniowych systemów dynamicznych z czasem ciągłym i czasem dyskretnym. Analizuje się właściwości Układów Automatycznej Regulacji, podając jednocześnie przykłady praktycznych zastosowań. Badania prowadzone są z użyciem pakietu Control System Toolbox programu Matlab w środowisku graficznym Simulink. Prezentowane są również podstawy identyfikacji liniowych systemów dynamicznych w warunkach losowych. Podręcznik jest przeznaczony dla studentów uczelni technicznych na kierunkach automatyka i robotyka, elektronika i telekomunikacja oraz informatyka, a także dla wszystkich zainteresowanych zastosowaniami środowiska Matlab w obliczeniach inżynierskich w automatyce.<br />
*''"Programowanie w Matlabie dla elektryków"'' s.215,rw. 2005, Sobierajski M., Łabuzek M., [http://www.oficyna.pwr.wroc.pl/ Oficyna Wydawnicza PWr] (Cena: 22,00) <br />
*:Celem autorów jest nauczenie elektryków posługiwania się Matlabem do rozwiązywania praktycznych zadań inżynierskich. Główną uwagę skoncentrowano na skondensowanym wykorzystaniu Matlaba do rozwiązywania praktycznych zadań elektrotechnicznych i elektroenergetycznych.<br />
*:;Spis treści: <br />
*::Wstęp<br />
*:# Pierwsze kroki w Matlabie<br />
*:# Podstawowe operacje macierzowe i tablicowe<br />
*:# Tworzenie skryptów i współpraca z plikami danych<br />
*:# Tworzenie plików funkcyjnych<br />
*:# Wykresy w Matlabie<br />
*:# Interfejs graficzny użytkownika<br />
*:# Rozwiązywanie zadań opisanych równaniami różniczkowymi<br />
*:# Współpraca z plikami zewnętrznymi<br />
*:# Rozwiązywanie zadań optymalizacji<br />
*:# Analiza statystyczna pomiarów<br />
*:# Analiza harmonicznych<br />
*:# Równania różniczkowe<br />
*:# Analiza stabilności lokalnej i globalnej<br />
*:# Rozwiązywanie równań różniczkowych z elementami nieliniowymi<br />
*:# Wprowadzenie do Simulinka<br />
*:# Modelowanie równania różniczkowego<br />
*:# Modelowanie układu równań różniczkowych<br />
*:# Grupowanie i maskowanie bloków<br />
*::Literatura<br />
<br />
;MATLAB w sieci<br />
* [http://www.mathworks.com/products/matlab/ Strona domowa MATLABa]<br />
* [http://vistula.wis.pk.edu.pl/~sciezor/matlab.pdff Podstawy programowania w języku Matlab]<br />
* [http://www.mathworks.com/company/newsletters/articles/gpu-programming-in-matlab.html?s_v1=48010423_1-AUVSR GPU Programming in MATLAB]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Kopiowanie_danych&diff=4576Kopiowanie danych2014-05-23T07:50:12Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Kopiowanie danych</small><br />
<br />
Na [[Maszyny obliczeniowe|serwerach KDM]] udostępniane są dwa programy do bezpiecznego kopiowania: scp i sftp.<br />
<br />
Secure Copy (SCP) jest programem służącym do bezpiecznego kopiowania plików między hostami sieci. Do transferu używa SSH i wykorzystuje tę samą autoryzację oraz daje takie samo bezpieczeństwo. SCP pyta w razie potrzeby o hasła uwierzytelniające. Dozwolone jest także kopiowanie między dwoma zdalnymi hostami.<br />
<br />
Klientów SCP można używać w systemach Windows ([http://winscp.net/eng/download.php WinSCP], PuTTY) oraz w Unix'ach (klient SCP jest częścią pakietu SSH).<br />
<br />
SFTP jest bezpieczną wersją FTP.<br />
<br />
====Przykład: Kopiowanie====<br />
<br />
Z lokalnego komputera do katalogu domowego na zdalnej maszynie:<br />
> scp filename1 user1@tezro.wcss.wroc.pl:filename2<br />
<br />
Ze zdalnej maszyny na lokalny komputer:<br />
<br />
> scp user1@tezro.wcss.wroc.pl:/home/user1/docs/temp1 temp2<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4559R2014-05-14T05:30:32Z<p>F: Poprawka odnośnie parametrów polecenia sub-R</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.1.0|wersja2=3.0.2|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.1.0:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.r [kolejka] [liczba_rdzeni] [ilosc_pamieci_w_MB] [opcjonalne_parametry]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:<br />
<pre><br />
installed.packages()<br />
</pre><br />
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Tesla&diff=4557Tesla2014-05-12T05:34:30Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < [[Jak korzystać z kolejek PBS]] < Tesla</small><br />
<br />
Zadania z kolejki ''bigmem'' oraz takie, które wykorzystują karty graficzne (GPU) uruchamiane są na węzłach tesla (klastra Supernova). Dostępne są 3 takie maszyny i w każdej z nich można użyć nie więcej niż:<br />
* 60 rdzeni i ok. 242 053 MB RAM - w kolejce ''bigmem'',<br />
* 4 rdzenie i 16 384 MB RAM oraz 2 karty graficzne.<br />
Powyższe komputery działają pod kontrolą systemu operacyjnego Linux - dystrybucja Scientific Linux 6.2. Jest to nowsza wersja niż na pozostałych węzłach, co pociąga za sobą konieczność rekompilacji programów, dlatego przygotowany jest osobny katalog ''/usr/local''. Dostępność oprogramowania należy zatem sprawdzć w zadaniach interaktywnych (poleceniem '''module avail'''). Korzystanie z własnych aplikacji również wymaga ich przebudowania.<br />
<br />
Przykład wstawienia zadania potrzebującego karty GPU:<br />
<pre><br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q normal<br />
#PBS -l select=1:ngpus=1<br />
#PBS -l software=test_gpu<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
cd $PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test_gpu<br />
</pre><br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_VPN&diff=4549Korzystanie z VPN2014-04-30T10:12:14Z<p>F: </p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Korzystanie z VPN</small> <br />
<br />
Dostęp do części usług WCSS możliwy jest dla użytkowników tylko przez usługę VPN (ang. Virtual Private Networks). Ma to na celu zapewnienie bezpieczeństwa (uniemożliwienie skorzystania niepowołanym osobom), wygodę użytkowania (usługi dostępne są niezależnie od adresu komputera klienckiego) oraz rozliczalność (wiadomo kto i kiedy używał danej usługi).<br />
<br />
Użytkownik musi zainstalować i skonfigurować na swoim komputerze program do obsługi VPN. Przed skorzystaniem z usług WCSS należy uruchomić połączenie VPN, następnie uruchomić właściwą usługę. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z usługi.<br />
__TOC__<br />
== Instalacja klienta ==<br />
Aby skorzystać z VPN należy najpierw zainstalować program:<br />
* wejść na stronę [https://vpn.kdm.wcss.pl vpn.kdm.wcss.pl] oraz zalogować się przy użyciu danych używanych na klastrze Supernova,<br /> [[Plik:vpn login screen.jpg|500px]]<br />
* pobrać klienta odpowiedniego dla wersji używanego systemu operacyjnego,<br /> [[Plik:vpn download screen.jpg|500px]]<br />
* uruchomić pobrany plik w celu rozpoczęcia instalacji,<br />
* podać niezbędne do uwierzytelnienia dane :<br />
** login i hasło - takie jak na Supernova,<br />
** adres usługi (Portal) - '''vpn.kdm.wcss.pl''',<br />
*:oraz kliknąć przycisk '''Apply'''.<br /> [[Plik:vpn configuration.jpg|500px]]<br />
<br />
Po instalacji połączenie zostanie automatycznie ustanowione - będzie można korzystać z usług WCSS. Jednak '''po restarcie systemu konieczne będzie ręczne uruchomienie połączenia'''. <br />
<br />
== Nawiązywanie połączenia ==<br />
W celu nawiązania połączenia z usługą VPN należy:<br />
* w zasobniku systemowym odnaleźć ikonę programu GlobalProtect (ciemny wizerunek kuli ziemskiej z białym krzyżykiem na czerwonym tle),<br /> [[Plik:vpn systray.jpg|255px]]<br />
* kliknąć na nią prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję '''Connect''',<br /> [[Plik:vpn connect.jpg|255px]]<br />
* z ikony powinien zniknąć krzyżyk na czerwonym tle - zastąpiony szaro-niebieską tarczą.<br /> [[Plik:vpn connected.jpg|255px]]<br />
<br />
== Zakończenie połączenia ==<br />
W celu zakończenia połączenia z usługa VPN należy:<br />
* w zasobniku systemowym odnaleźć ikonę programu GlobalProtect, <br />
* kliknąć na nią prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję '''Disconnect'''.<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Korzystanie_z_VPN&diff=4545Korzystanie z VPN2014-04-30T07:40:18Z<p>F: </p>
<hr />
<div>[[Plik:en.jpg|right|link={{PAGENAME}}/en]]<br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Dostęp do KDM]] < Korzystanie z VPN</small><br />
<br />
Dostęp do części usług WCSS możliwy jest dla użytkowników tylko przez usługę VPN (ang. Virtual Private Networks). Ma to na celu zapewnienie bezpieczeństwa (uniemożliwienie skorzystania niepowołanym osobom), wygodę użytkownania (usługi dostępne są niezależnie od adresu komputera klienckiego) oraz rozliczalność (wiadomo kto i kiedy używał danego serwisu).<br />
<br />
Aby skorzystać z VPN należy<br />
* zainstalować usługę:<br />
** wejść na stronę [https://vpn.kdm.wcss.pl vpn.kdm.wcss.pl] oraz zalogować się przy użyciu danych używanych na klastrze Supernova<br /> [[Plik:vpn login screen.jpg]]<br />
** pobrać klienta odpowiedniego dla wersji używanego systemu operacyjnego<br /> [[Plik:vpn download screen.jpg]]<br />
** uruchomić pobrany plik w celu rozpoczęcia instalacji<br />
** podać niezbędne do uwierzytelnienia dane (login i hasło - takie jak na Supernova oraz adres usługi '''vpn.kdm.wcss.pl''') oraz kliknąć przycisk '''Apply'''<br /> [[Plik:vpn configuration.jpg]]<br />
<br />
Po instalacji połączenie zostanie automatycznie ustawnowione - będzie można korzystać z usług WCSS. Jednak '''po restarcie systemu konieczne będzie ręczne uruchomienie połącznia'''. W tym celu należy:<br />
* w zasobniku systemowym odnaleźć ikonę programu GlobalProtect (ciemny wizerunek kuli ziemskiej z białym krzyżykiem na czerwonym tle)<br /> [[Plik:vpn systray.jpg]]<br />
* kliknąć na nią prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję ''Connect'''<br /> [[Plik:vpn connect.jpg]]<br />
* z ikony powinien zniknąć krzyżyk na czerwonym tle - zastąpiony szaro-niebieską tarczą<br /> [[Plik:vpn connected.jpg]]<br />
<br />
Rozłączanie z usługą wykonywane jest analogicznie (z menu, które pojawi się po kliknięciu prawym przyciskiem na ikonę GlobalProtect należy wybrać '''Disconnect''').<br />
<br />
<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vpn_connected.jpg&diff=4544Plik:vpn connected.jpg2014-04-30T07:38:28Z<p>F: </p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vpn_connect.jpg&diff=4543Plik:vpn connect.jpg2014-04-30T07:37:07Z<p>F: </p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vpn_systray.jpg&diff=4542Plik:vpn systray.jpg2014-04-30T07:33:41Z<p>F: </p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vpn_configuration.jpg&diff=4541Plik:vpn configuration.jpg2014-04-30T07:30:30Z<p>F: </p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vpn_download_screen.jpg&diff=4540Plik:vpn download screen.jpg2014-04-30T07:27:24Z<p>F: </p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:vpn_login_screen.jpg&diff=4539Plik:vpn login screen.jpg2014-04-30T07:16:36Z<p>F: </p>
<hr />
<div></div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4524R2014-04-17T06:31:35Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.1.0|wersja2=3.0.2|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.1.0:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:<br />
<pre><br />
installed.packages()<br />
</pre><br />
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4508R2014-04-03T07:16:20Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.2|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.0.2:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety (w wersji 3.0.2) ====<br />
{|<br />
|<br />
abind<br />
acepack<br />
ade4<br />
ADGofTest<br />
akima<br />
ALL<br />
annotate<br />
AnnotationDbi<br />
AnnotationForge<br />
apcluster<br />
aplpack<br />
base<br />
Biobase<br />
BiocGenerics<br />
BiocInstaller<br />
biomaRt<br />
Biostrings<br />
biovizBase<br />
bitops<br />
blockmodeling<br />
blotter<br />
boot<br />
Boruta<br />
BSgenome<br />
car<br />
caret<br />
Category<br />
caTools<br />
cclust<br />
chron<br />
class<br />
cluster<br />
clusterSim<br />
clv<br />
clValid<br />
cobs<br />
coda<br />
codetools<br />
colorspace<br />
compHclust<br />
compiler<br />
copula<br />
cubature<br />
cummeRbund<br />
datasets<br />
DBI<br />
ddst<br />
Defaults<br />
DESeq<br />
DESeq2<br />
|<br />
dichromat<br />
digest<br />
DistributionUtils<br />
doMC<br />
doMPI<br />
dynamicTreeCut<br />
e1071<br />
EBSeq<br />
edgeR<br />
effects<br />
EMCluster<br />
etm<br />
evaluate<br />
evd<br />
expm<br />
fastcluster<br />
fBasics<br />
FEAR<br />
fGarch<br />
FinancialInstrument<br />
flashClust<br />
flexmix<br />
foreach<br />
foreign<br />
formatR<br />
Formula<br />
fpc<br />
gam<br />
gdata<br />
geepack<br />
genefilter<br />
geneplotter<br />
GeneralizedHyperbolic<br />
GenomicFeatures<br />
GenomicRanges<br />
GEOquery<br />
getopt<br />
ggplot2<br />
GO.db<br />
GOstats<br />
gplots<br />
graph<br />
graphics<br />
grDevices<br />
grid<br />
GSEABase<br />
gsl<br />
gss<br />
gstat<br />
gtable<br />
|<br />
gtools<br />
gumbel<br />
Gviz<br />
hgu95av2.db<br />
highr<br />
Hmisc<br />
hybridHclust<br />
igraph<br />
intervals<br />
IRanges<br />
isopam<br />
iterators<br />
kernlab<br />
KernSmooth<br />
kknn<br />
knitr<br />
ks<br />
labeling<br />
lattice<br />
latticeExtra<br />
leaps<br />
limma<br />
lmtest<br />
locfit<br />
markdown<br />
MASS<br />
Matrix<br />
matrixcalc<br />
mclust<br />
methods<br />
mgcv<br />
misc3d<br />
mixtools<br />
mnormt<br />
modeltools<br />
msm<br />
multcomp<br />
multcompView<br />
multicool<br />
multicore<br />
multtest<br />
munsell<br />
mvtnorm<br />
NbClust<br />
nlme<br />
nloptr<br />
nlts<br />
nnet<br />
np<br />
numDeriv<br />
|<br />
org.Hs.eg.db<br />
orthopolynom<br />
parallel<br />
PerformanceAnalytics<br />
permute<br />
plyr<br />
polynom<br />
proj4<br />
proto<br />
pscl<br />
pspline<br />
pvclust<br />
quadprog<br />
quantmod<br />
quantreg<br />
quantstrat<br />
R2HTML<br />
R2OpenBUGS<br />
randomForest<br />
RBGL<br />
Rcmdr<br />
RColorBrewer<br />
Rcpp<br />
RcppArmadillo<br />
RCurl<br />
relimp<br />
reshape<br />
reshape2<br />
rFerns<br />
rgdal<br />
rgeos<br />
rgl<br />
Rgraphviz<br />
rjags<br />
rjson<br />
Rmpi<br />
RMySQL<br />
RODBC<br />
rpart<br />
Rsamtools<br />
RSNNS<br />
Rsolnp<br />
RSQLite<br />
rtape<br />
rtracklayer<br />
rugarch<br />
RUnit<br />
sandwich<br />
scales<br />
scatterplot3d<br />
|valign=top|<br />
segmented<br />
sem<br />
sigclust<br />
SkewHyperbolic<br />
sn<br />
snow<br />
sp<br />
spacetime<br />
SparseM<br />
spatial<br />
spd<br />
splines<br />
stabledist<br />
stats<br />
stats4<br />
stringr<br />
survival<br />
tcltk<br />
tcltk2<br />
TH.data<br />
timeDate<br />
timeSeries<br />
tools<br />
trio<br />
truncnorm<br />
TSA<br />
tseries<br />
TTR<br />
utils<br />
vcd<br />
vegan<br />
XML<br />
xtable<br />
xts<br />
XVector<br />
zlibbioc<br />
zoo<br />
|}<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CP2K&diff=4506CP2K2014-03-25T11:11:51Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small><br />
{{aplikacja|nazwa=CP2K|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.5.1|wersja2=2.4|wersja3=2.3}}<br />
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===<br />
<br />
Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (dla wersji 2.4, dla wersji 2.5.1 jest to skrypt sub-cp2k_2.5, natomiast dla wersji 2.3 sub-cp2k_2.3)<br />
<br />
/usr/local/bin/sub-cp2k plik.inp [parametry]<br />
<br />
Skrypt przyjmuje następujące parametry (z których tylko pierwszy jest wymagany):<br />
* nazwę pliku wejściowego<br />
* '''-n''' N (gdzie N to liczba wnioskowanych węzłów)<br />
* '''-c''' C (gdzie C to liczba wnioskowanych rdzeni per węzeł)<br />
* '''-m''' M (gdzie M to ilość pamięci w MB)<br />
* '''-q''' Q (gdzie Q to nazwa kolejki)<br />
<br />
=== CP2K w sieci ===<br />
* [http://www.cp2k.org/ Strona domowa CP2K]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NWChem&diff=4465NWChem2014-03-19T06:46:30Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem</small><br />
{{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja='''6.3'''|wersja2=6.1.1}}<br />
'''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).<br />
<br />
== Korzystanie z pakietu w WCSS ==<br />
Obecnie zainstalowane są wersje '''6.1.1''' oraz '''6.3'''.<br />
<br />
Obliczenia uruchamia się poleceniem:<br />
<br />
> sub-nwchem plik_danych.nw pamięc-w-MB kolejka liczba_procesorow <br />
<br />
gdzie:<br />
* <code>pamiec-w-MB</code> - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.<br />
* <code>plik_danych.nw</code> - plik z danymi programu<br />
* <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)<br />
* <code>liczba_procesorow</code> - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4.<br />
<br />
Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe):<br />
<br />
> sub-nwchem test.nw 7000 parallel 4 <br />
<br />
;Plik wejściowy<br />
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).<br />
<pre><br />
start feco5<br />
# Fe(CO)5<br />
<br />
geometry units au<br />
symmetry group d3h<br />
<br />
fe 0.0 0.0 0.0<br />
<br />
c 0.0 0.0 3.414358<br />
o 0.0 0.0 5.591323<br />
<br />
c 2.4417087 2.4417087 0.0<br />
o 3.9810552 3.9810552 0.0<br />
end<br />
<br />
basis<br />
fe library 3-21g<br />
o library 3-21g<br />
c library 3-21g<br />
end<br />
<br />
basis "cd basis"<br />
o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"<br />
c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"<br />
fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"<br />
end<br />
<br />
dft<br />
xc becke88 lyp<br />
end<br />
<br />
task dft<br />
</pre><br />
Jeżeli plik wejściowy ma nazwę '''feco5.nw''', obliczenia zleci się poleceniem:<br />
> sub-nwchem feco5.nw 2000 parallel 4<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/capabilities/nwchem_capab.html Strona domowa pakietu NWChem]<br />
* [http://www.emsl.pnl.gov/capabilities/computing/nwchem/docs/usermanual.pdf Podręcznik użytkownika NWChem]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ADF&diff=4354ADF2014-02-19T07:32:27Z<p>F: Poprawka odnośnie liczby licencji oraz limitu ich użycia</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ADF</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ADF|logo= |serwer=[[Supernova]] |wersja=2013.01 }}<br />
'''Amsterdam Density Functional''' ('''ADF''') jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. ''Density Function Theory'', DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Licencja WCSS (typu ''Academic computing center'') obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. ''Natural Bond Orbital''):<br />
*ADF<br />
*ADF BAND<br />
*REAXFF<br />
*COSMO-RS<br />
*DFTB<br />
*GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję [[NBO]] 6).<br />
<br />
=== Informacja o wykorzystaniu ===<br />
Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:<br />
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2013/Background/References/page1.html wersja 2013]<br />
* [http://www.scm.com/Doc/Doc2012/Background/References/page1.html wersja 2012]<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
ADF zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]]. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie <code>/usr/local/</code>.<br />
<br />
=== Uruchamianie GUI ADF-a ===<br />
{{uwaga2|Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest '''zabronione'''.}}<br />
Użytkownik po połączeniu się z klastrem pracuje na węźle dostępowym, który nie jest przeznaczony do obliczeń.<br />
Dlatego GUI (adfinput, adfview i in.) można używać wyłącznie do tworzenia prostych danych i analizy wyników, lepiej jednak wykorzystywać do takich prac [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywne]]. Natomiast obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.<br />
<br />
> module load adf<br />
> adfview<br />
<br />
=== Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===<br />
* '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''<br />
* liczba licencji: 64 rdzeni,<br />
* limit licencji per użytkownik: 20 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),<br />
* możliwe są obliczenia równoległe,<br />
* aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:<br />
> chmod +x woda.run<br />
oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem '''sub-adf''', przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:<br />
> sub-adf woda.run short6h 4 500<br />
<br />
* ogólną składnię wywołania skryptu '''sub-adf''' można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:<br />
> sub-adf<br />
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor<br />
<br />
* pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;<br />
<br />
* wykorzystanie '''sub-adf''' spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów '''sub-adf-WERSJA'''.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.scm.com/ Scientific Computing & Modelling]<br />
* [http://www.scm.com/Support/Faq/Welcome.html ADF FAQ]<br />
* [http://www.chemia.uj.edu.pl/~mazur/mm/prezentacje_studentow/adf.pdf Prezentacja UJ (w języku polskim)]<br />
* [[Szkolenie ADF]]<br />
* [[Szkolenie ADF 2]]<br />
* [http://www.scm.com/Doc/Teaching/BSc/page1.html Teaching in ADF - BSc exercises]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
* system kolejkowania zadań [[PBS]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4319R2014-02-06T10:44:17Z<p>F: Dodanie pakietów elliptic, contfrac i hypergeo</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.2|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.0.2:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Do wersji 3.0.2 zostały doinstalowane następujące pakiety:<br />
{|<br />
|<br />
polynom <br />
orthopolynom<br />
evd<br />
ddst<br />
RUnit<br />
iterators<br />
foreach<br />
multicore<br />
doMC<br />
Rmpi<br />
doMPI<br />
randomForest<br />
Boruta<br />
SparseM<br />
quantreg<br />
cobs<br />
snow<br />
kernlab<br />
rtape<br />
coda<br />
R2OpenBUGS<br />
mvtnorm<br />
|<br />
msm<br />
plyr<br />
reshape<br />
zoo<br />
xts<br />
quadprog<br />
tseries<br />
timeDate<br />
timeSeries<br />
car<br />
stabledist<br />
fBasics<br />
fGarch<br />
lmtest<br />
akima<br />
lattice<br />
locfit<br />
acepack<br />
nlts 3<br />
leaps<br />
TSA<br />
Rcpp<br />
|<br />
RSNNS<br />
TTR<br />
Defaults<br />
quantmod<br />
FinancialInstrument<br />
Hmisc<br />
rjags 1 4<br />
gumbel<br />
segmented<br />
mixtools<br />
etm<br />
geepack<br />
PerformanceAnalytics<br />
blotter 2<br />
quantstrat 2<br />
gsl<br />
ADGofTest<br />
pspline<br />
copula<br />
scatterplot3d<br />
mnormt<br />
sn<br />
|<br />
sp<br />
rgdal<br />
RMySQL<br />
igraph<br />
gam<br />
colorspace<br />
vcd<br />
pscl<br />
RcppArmadillo<br />
truncnorm<br />
Rsolnp<br />
nloptr<br />
rgl<br />
misc3d<br />
ks<br />
numDeriv<br />
spd<br />
chron<br />
rugarch<br />
ntervals<br />
spacetime<br />
gstat<br />
|valign=top|<br />
proj4<br />
rgeos<br />
e1071<br />
kknn<br />
rpart<br />
boot<br />
cubature<br />
np<br />
trio<br />
elliptic<br />
contfrac<br />
hypergeo<br />
|}<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Jak_korzysta%C4%87_z_kolejek_PBS&diff=4310Jak korzystać z kolejek PBS2014-02-05T07:06:21Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Jak korzystać z kolejek PBS</small><br />
== Kolejki ==<br />
Uruchamianie obliczeń na klastrze [[Supernova]] odbywa się w ramach kolejek, które różnią się między sobą priorytetem, limitami czy prawami dostępu (a czasem również dostępnymi zasobami):<br />
* '''short6h''' - kolejka o wysokim priorytecie na krótkie zadania<br />
** limit czasu procesora: 6 h<br />
* '''short48h''' - kolejka o wysokim priorytecie na krótkie zadania<br />
** limit czasu procesora: 48 h<br />
* '''short7d''' - kolejka o średnim priorytecie na średnie zadania<br />
** limit czasu procesora: 168 h<br />
* '''normal''' - kolejna na typowe zadania<br />
** limit czasu działania zadania (Walltime): 504 h<br />
* '''bigmem''' - kolejka na zadania wymagające powyżej 23 050 MB pamięci (ale nie więcej niż 242 053 MB) na węzeł<br />
** limit czasu działania zadania (Walltime): 504 h<br />
{{uwaga2| Dostęp do powyższej kolejki jest przydzielany przez administratorów na prośbę użytkownika. Więcej informacji można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
* '''infinity''' - kolejka na bardzo długie zadania o niskim priorytecie<br />
<br />
== Zasoby ==<br />
Po wyborze odpowiedniej kolejki należy zadeklarować ilość wymaganych zasobów.<br />
<br />
Przydział zasobów może odbywać się w jednej, spójnej części (dla zadań szeregowych lub zrównoleglonych w obrębie jednego komputera) lub kilku (dla zadań zrównoleglonych przy użyciu bibliotek MPI). Deklarację buduje się używając wyrażenia<br />
'''select''' dla parametru '''-l''' polecenia '''qsub''' (opisanego w dalszej części). Jej format jest następujący:<br />
<br />
<pre><br />
select=X:zasób1=wartość1:zasób2=wartość2+Y:zasób3=wartość3:zasób4=wartość4<br />
</pre><br />
gdzie:<br />
* '''X''' - liczba części pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''zasób1=wartość1:zasób2=wartość2''' - opis pierwszego zbioru zasobów<br />
* '''Y''' - liczba części drugiego zbioru zasobów<br />
* '''zasób3=wartość3:zasób4=wartość4''' - opis drugiego zbioru zasobów<br />
Liczba zbiorów zasobów może być różna (równa 1 lub większa).<br />
<br />
Dostępne parametry:<br />
* '''ncpus''' - liczba rdzeni obliczeniowych<br />
** domyslnie: 1<br />
** maksymalnie:<br />
*** 8 na węzłach II i III generacji<br />
*** 12 na węzłach IV generacji<br />
*** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 60 w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''mem''' - rozmiar pamięci<br />
** domyślnie: 1700 MB<br />
** maksymalnie:<br />
*** 15 050 MB na węzłach II i III generacji<br />
*** 23 050 MB na węzłach IV generacji<br />
*** 16 384 MB jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 242 053 MB w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
* '''ngpus''' - liczba kart graficznych<br />
** domyślnie: 0 (zadanie trafi na węzeł z GPU dopiero jeżeli użytkownik tego zażąda)<br />
** maksymalnie: 2<br />
{{uwaga2| Zadanie wymagające GPU trafi na specyficzny węzeł roboczy. Więcej informacji o tym można znaleźć w artykule [[Tesla]]}}<br />
<br />
Osobnym słowem kluczowym, którego używa się podczas żądania zasobów, jest liczba procesów MPI zadania:<br />
* '''mpiprocs''' - liczba procesów MPI<br />
** domyślnie: 1<br />
** maksymalnie:<br />
*** 8 na węzłach II i III generacji<br />
*** 12 na węzłach IV generacji<br />
*** 4 jeżeli korzystamy z kart graficznych na węzłach '''Tesla'''<br />
*** 60 w kolejce ''bigmem'' na węzłach '''Tesla'''<br />
<br />
Należy skorzystać z tego parametru, kiedy w jednej części alokacji chcemy uruchomić więcej niż jeden proces MPI.<br />
<br />
; Przykładowe definicje wymagań<br />
Zadanie uruchamia 4 procesy w obrębie jednego węzła i wymaga 4096 MB RAM (po 1024 MB na proces):<br />
<pre><br />
select=1:ncpus=4:mem=4096MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 8 procesów MPI, z których każdy wymaga 512 MB RAM<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=1:mem=512MB<br />
</pre><br />
Zadanie uruchamia 32 procesów MPI, po 4 na każdym węźle (i domyślne 1700 MB na każde 4 procesy):<br />
<pre><br />
select=8:ncpus=4:mpiprocs=4<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 16GB RAM (i jednego rdzenia)<br />
<pre><br />
select=1:mem=16GB<br />
</pre><br />
Zadanie wymaga 1 karty GPU i 4 GB pamięci<br />
<pre><br />
select=1:ngpus=1:mem=4GB<br />
</pre><br />
<br />
== Wstawianie zadań ==<br />
Do wstawiania zadań do kolejki służy polecenie '''qsub'''. Opis zadania powinien być zawarty w skrypcie powłoki. Natępnie taki skrypt przekazywany jest do kolejki jako parametr polecenia qsub (lub na standardowe wejście tej komendy). Najważniejsze parametry polecenia można znaleźć poniżej:<br />
* '''-q''' - wybór kolejki<br />
* '''-l''' specyfikacja wymagań - wartości parametru mogą być następujące<br />
** '''select=''' - opis wymagań<br />
** '''software=''' - informacja o używanym oprogramowaniu<br />
{{uwaga2| Proszę korzystać z powyższego parametru - pozwala to administratorom sporządzać statystyki wykorzystania}}<br />
* '''-N''' - nazwa zadania (jej długość nie może przekraczać 12 znaków)<br />
* '''-m''' - włączenie wysyłania powiadomień o zdarzeniach<br />
** '''b''' - o rozpoczęciu zadania<br />
** '''e''' - o zakończeniu zadania<br />
* '''-I''' - zadanie interaktywne (w tym przypadku nie należy przekazywać skryptu)<br />
* '''-X''' - przekierowanie wyświetlania (ma sens w przypadku zadań interaktywnych, wymaga logowania z przekierowaniem wyświetlania <br />
<br />
Cenną cechą programu '''qsub''' jest możliwość przekazywania parametrów w skrypcie podanym jako argument, poprzez linie zaczynające się od:<br />
<pre><br />
#PBS<br />
</pre><br />
<br />
== Sprawdzanie stanu systemu kolejkowego ==<br />
Do sprawdzenia stanu kolejki służy polecenie '''qstat'''. Można korzystać z następujących jego parametrów:<br />
* '''-r''' - pokazuje uruchomione zadania<br />
* '''-i''' - pokazuje zadania oczekujące<br />
* '''-u''' - pokazuje zadania wybranego użytkownika<br />
* '''-f''' - pokazuje szczegółowe informacje o zadaniach (lub zadaniu, jeżeli podamy jego identyfikator po parametrze)<br />
<br />
== Usuwanie zadań ==<br />
Jeżeli z jakiegoś powodu istnieje potrzeba usunięcia zadania - należy skorzystać z polecenia '''qdel''', które przyjmuje jako parametr identyfikator zadania. Można kasować zadania zarówno oczekujące w kolejce jak i uruchomione.<br />
<br />
== Rezerwacje ==<br />
Może się zdarzyć, że dostęp do zasobów potrzebny jest w określonym czasie np. za 3 tygodnie w poniedziałek między godziną 8 a 16. W takich przypadkach należy skorzystać z rezerwacji - '''powoduje to powstanie nowej kolejki''', do której wstawione zadania nie będą konkurować o dostęp z innymi zadaniami. Należy jednak pamięć, że nie zawsze będzie to możliwe (będzie tylko wtedy kiedy system kolejkowy w żądanym czasie będzie w stanie zapewnić zasoby). Tworzenie rezerwacji odbywa się poleceniem '''pbs_rsub''', którego najważniejsze parametry to:<br />
* '''-R''' - czas rozpoczęcia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm (201302010456 oznacza w takim przypadku 4:56 01.02.2013)<br />
* '''-E''' - czas zakończenia rezerwacji w formacie YYYYMMDDHHmm<br />
* '''-l''' - specyfikacja zasobów rezerwacji (w formacie takim, jak w przypadku zadań)<br />
* '''-r''' - reguła rekurencji (jeżeli rezerwacja ma się powtarzać cyklicznie, więcej na ten temat w manualu polecenia pbs_rsub)<br />
* '''-U''' - lista użytkowników, którzy mogą korzystać z rezerwacji<br />
<br />
Do wyświetlenia informacji o rezerwacjach służy polecenie '''pbs_rstat'''. Bez parametrów listuje ono założone rezerwacje, a szczegóły o wybranej można zobaczyć dodając parametr '''-f''' i identyfikator. Aby usunąć rezerwację należy użyć polecenia '''pbs_rdel'''.<br />
<br />
== Przykłady ==<br />
=== Uruchomienie obliczeń na postawie skryptu ===<br />
* zawartość skryptu uruchom.sh<br />
<pre><br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q short6h<br />
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=2048MB<br />
#PBS -l software=test_qsub<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
cd $PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
</pre><br />
* wstawienie skryptu<br />
<pre><br />
qsub uruchom.sh<br />
</pre><br />
=== Uruchomienie zadania interaktywnego ===<br />
<pre><br />
qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=CFX_14.5<br />
</pre><br />
<br />
=== Przekazanie skryptu przez standardowe wejście '''qsub''' ===<br />
* zawartość pliku skrypt.sh<br />
<pre><br />
#!/bin/bash<br />
cat << EOF | qsub<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q short48h<br />
#PBS -l select=1:mem=512MB<br />
#PBS -l software=qsub_stdin<br />
#PBS -m be<br />
<br />
# wejscie do katalogu, z ktorego zostalo wstawione zadania<br />
# \ przez $ jest wymagany, aby powloka nie podmienila<br />
# $PBS_O_WORKDIR na wartosc podczas wstawiania - tylko<br />
# podczas dzialania zadania na wezle<br />
<br />
cd \$PBS_O_WORKDIR<br />
<br />
# uruchom program<br />
./test1 > wynik.txt<br />
EOF<br />
</pre><br />
* wstawienie zadania:<br />
<pre><br />
chmod +x skrypt.sh<br />
./skrypt.sh<br />
</pre><br />
<br />
Więcej o poleceniu '''qsub''' można znaleźć w manualu - poprzez uruchomienie polecenia:<br />
<pre><br />
man qsub<br />
</pre><br />
<br />
=== Zlecenie rezerwacji ===<br />
Próba utworzenia rezerwacji w bieżącym dniu (dlatego pominięto rok, miesiąc i dzień w wymaganiach) od 12:00 do 14:00, powtarzającej się w poniedziałki, środy i piątki aż do 31.12.2013, na zasobach składających się z dwóch części po 1 rdzeniu i 2000 MB RAM, z której mogą korzystać użytkownicy user1 oraz user2<br />
<pre><br />
pbs_rsub -R 1200 -E 1400 -r "FREQ=WEEKLY;BYDAY=MO,WE,FR;UNTIL=20131231" -l select=2:ncpus=1:mem=2000MB -U user1,user2<br />
</pre><br />
Jeżeli utworzenie rezerwacji będzie możliwe - system kolejkowy wyśle wiadomość (na adres zarejestrowany w bazie) z potwierdzeniem.<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[PBSPro]], [[konfiguracja kolejek PBS]]<br />
<br />
{{systemy kolejkowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Systemy kolejkowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=MOPAC&diff=4257MOPAC2014-02-03T06:02:19Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < MOPAC</small> <br />
{{aplikacja|nazwa=MOPAC|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.1}}<br />
'''MOPAC2009''' - aplikacja, w której zaimplementowano półempiryczne metody chemii obliczeniowej, stosowane w przypadku układów, których liczenie tradycyjnymi metodami ''ab initio'' (HF, CCSD, CI itd.) byłoby zbyt kosztowne obliczeniowo. <br />
<br />
=== MOPAC w WCSS ===<br />
Pakiet zainstalowany jest na klastrze [[Supernova]].<br />
<br />
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:<br />
qsub -I -l software=Mopac<br />
<br />
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:<br />
module load mopac<br />
<br />
Program można wywoływać poleceniem:<br />
mopac plik.mop<br />
<br />
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:<br />
sub-mopac plik.mop [ pamiec ] [ kolejka ] <br />
<br />
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki <code>normal</code> z przydziałem 1 rdzenia i 1800MB pamięci.<br />
<br />
=== MOPAC w sieci ===<br />
* [http://openmopac.net/ Strona domowa pakietu]<br />
<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Abaqus&diff=4230Abaqus2014-01-07T13:56:30Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABAQUS</small><br />
<br />
{{aplikacja|nazwa=Abaqus|logo=[[Plik:Ablogo.jpg|center]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=6.12-3|serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=6.12-3 |serwer3=Do pobrania|wersja31=6.12-3 |wersja32=6.13-3|kontakt=kdm@wcss.pl}}<br />
'''ABAQUS''' (Abaqus Unified FEA) - pakiet komercyjny dostarczany przez Dassault Systemes, służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
ABAQUS jest obecnie własnością firmy SIMULIA, należącej do Dassault Systèmes. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych.<br />
<br />
Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto możliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:<br />
<br />
*'''ABAQUS/Standard'''<br />
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.<br />
*'''ABAQUS/Explicit'''<br />
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.<br />
*'''ABAQUS/CAE'''<br />
:CAE (ang. ''Complete ABAQUS Environment'') dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.<br />
:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem <code>.inp</code>) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem <code>abaqus</code> do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem <code>.cae</code>) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>) w celu wizualizacji układu.<br />
[[Plik:Image001.gif|right|380px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]<br />
Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Licencje zakupione przez WCSS są dostępne '''wyłącznie do badań'''.<br />
*Do nauki można otrzymać wersję Abaqus Student Edition <br />
http://www.budsoft.com.pl/abaqusFEA/abaqus-dla-studentow<br />
*Do obliczeń komercyjnych należy zakupić odpowiednią licencję z własnych środków.<br />
<br />
WCSS posiada '''35''' tokenów licencyjnych współdzielonych przez pakiety Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSa w WCSS.<br />
<br />
Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:<br />
<br />
* 7 zadań jednoprocesorowych: 7*5 tokenów = 35 tokenów, 7 CPU<br />
* 3 zadania 7-procesorowe: 3*(5+6) = 33 tokeny, 21 CPU<br />
<br />
Innym ograniczeniem jest liczba licencji CAE, w 2013 roku jest to '''4'''.<br />
<br />
Liczbę dostępnych tokenów można sprawdzić wykonując polecenie na serwerze z zainstalowanym pakietem:<br />
<br />
> abaqus licensing -ru<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
W [[WCSS]] ABAQUS dostępny jest na klastrze [[Supernova]] i [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]]. Zaleca się, aby obliczenia długotrwałe uruchamiać na Supernovej i wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowania [[PBS|PBS]].<br />
<br />
=== Supernova ===<br />
Na [[Supernova]] dostępna jest wersja: 6.12-3. Instalacja umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads) oraz uruchomienie interfejsu graficznego CAE. <br />
<br />
===== Środowisko i praca interaktywna =====<br />
Interfejs graficzny CAE można uruchomić z węzła dostępowego <code>supernova</code> lub w kolejce jako zadanie interaktywne.<br />
<br />
Do uruchomiania aplikacji na węźle dostępowym służą następujące polecenia:<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Do uruchomiania aplikacji w zadaniu interaktywnym służą następujące polecenia:<br />
> qsub -I -X -q short6h<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:<br />
> abaqus help<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać w kolejkach PBS w następujący sposób (lokalizacja: /usr/local/bin/):<br />
<br />
> '''sub-abaqus''' <nazwa.inp> <abqs-jobname> <kolejka> [liczba procesorow] [opcjonalne parametry do programu]<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code>nazwa.inp</code> - plik z danymi do obliczeń dla ABAQUSa<br />
* <code>abqs-jobname</code> - nazwa zadania ABAQUSa <br />
* <code>kolejka</code> - nazwa kolejki, do której ma zostać wstawione zadanie, np. normal, temp, short6h<br />
* <code>liczba procesorow</code> - od 1 do 12 <br />
* opcjonalne parametry przeznaczone dla programu<br />
* wyniki w <code>nazwa.out</code><br />
<br />
Skrypt wstawia zadanie o nazwie abq_<abqs-jobname> do wskazanej kolejki systemu PBS.<br />
<br />
Jak uzyskać informacje o kolejkach dostępnych na Supernova opisano w artykule [[Konfiguracja kolejek PBS]].<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu].<br />
<br />
== Korzystanie na własnym komputerze ==<br />
Zarejestrowany użytkownik WCSS może zainstalować oprogramowanie Abaqus na własnym komputerze i zdalnie korzystać z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów klasy B '''156.17.0.0/16'''. Inne adresy lub klasy dodawane są po indywidualnych konsultacjach z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]] WCSS. W celu wypożyczenia płytek instalacyjnych i uzyskania szczegółowych informacji należy kontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].<br />
<br />
=== Dostęp do serwera licencji ===<br />
Podczas instalacji jako adres serwera licencji należy podać:<br />
<br />
'''27000@menkar.wcss.pl'''<br />
<br />
Gdyby zachodziła konieczność zmiany tej informacji już po instalacji programu, to można to zrobić edytując plik '''abaqus_v6.env''', który należy wyszukać w katalogu instalacji (dokładna lokalizacja może być różna dla różnych wersji). Adres serwera licencji podany jest tam jako wartość parametru '''abaquslm_license_file''', np.<br />
<br />
'''abaquslm_license_file="27000@menkar.wcss.pl"'''<br />
<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.3ds.com Strona domowa Dassault Systemes]<br />
* [http://www.3ds.com/products/simulia/portfolio/abaqus/overview/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]<br />
<br />
=== Publikacje wprowadzające do MES ===<br />
* Wiesław Śródka, "[http://www.dbc.wroc.pl/Content/970/srodka.pdf Trzy lekcje metody elementów skończonych: materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004.<br />
* E. Rusiński, J. Czmochowski, T. Smolnicki, "[http://www.dbc.wroc.pl/dlibra/docmetadata?id=462 Zaawansowana metoda elementów skończonych w konstrukcjach nośnych]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2000.<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Supernova&diff=4229Supernova2013-12-23T08:03:32Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Maszyny obliczeniowe]] < Supernova</small><br />
<!--{{note|Klaster jest chwilowo niedostępny - trwa przerwa serwisowa, podłączane są nowe zasoby. Przepraszamy za niedogodności.}} --><br />
{{serwer<br />
|nazwa=Supernova<br />
|zdjęcie=Nova 2011 01.jpg<br />
|admini=nova&nbsp;@&nbsp;kdm.wcss.wroc.pl<br />
}}<br />
'''Supernova''' - klaster zainstalowany w [[WCSS]], włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).<br />
<br />
Elementy klastra: <br />
* węzeł dostępowy (supernova.wcss.pl, sn.wcss.pl),<br />
* węzeł do archiwizacji (archiwum.wcss.pl)<br />
* 2 węzły serwisowe<br />
* 4 węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE, endor/QCG, lalande/UNICORE),<br />
* 423 węzły obliczeniowe,<br />
* sieć obliczeniowa - [[Infiniband]] DDR (II i III), [[Infiniband]] QDR (pomiędzy węzłami IV i Lustre)<br />
* sieć zarządzania - gigabit ethernet.<br />
Zasoby obliczeniowe klastra:<br />
* 5168 rdzeni obliczeniowych,<br />
* >10,4 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń, 4GB/rdzeń)<br />
* ~525 TB przestrzeni dyskowej (40 TB NFS + 485 TB [[Lustre]]),<br />
* komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20 lub 40 Gbps (w zależności od klasy węzła), opóźnienia < 5 us.<br />
<br />
<br />
===Zestawienie===<br />
{|style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|klaster : ||'''supernova.wcss.wroc.pl''' || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|przestrzeń&nbsp;home :||NFS 10TB || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|przestrzeń&nbsp;scratch :||[[Lustre]] || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|system&nbsp;operacyjny :||ScientificLinux || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|moc&nbsp;obliczeniowa :||'''67,54 TFLOPS''' || || || ||<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|węzły :|| '''obliczeniowe generacji II (2)'''||'''obliczeniowe generacji III (14)''' ||'''obliczeniowe generacji IV (404)''' || '''GPU (3)'''<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|CPU :||Intel Xeon E5345 2.33 GHz <br/>(Core-based "Clovertown", 65 nm)|| Intel Xeon L5420 2.5 GHz <br/>(Core-based "Harpertown", 45 nm)||Intel Xeon X5650 2.67 GHz <br/>(Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm)||AMD Opteron 6274(6200 series, 32nm)<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|liczba&nbsp;CPU :<br />
|8(2x quad-core)<br />
|8(2x quad-core)<br />
|12(2x six-core)<br />
|64(4x sixteen-core)<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|cache&nbsp;L1/L2/L3 :<br />
|128KB/8MB/-<br />
|256KB/12MB/-<br />
|64KB/1536KB/12MB<br />
|48KB/1000KB/16MB<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|pamięć :<br />
|16GB<br />
|16GB<br />
|24GB<br />
|256GB<br />
|-style="vertical-align: top;"<br />
|align="right"|uwagi :<br />
|dyski lokalne + lustre<br />
|dyski lokalne + lustre<br />
|lustre<br />
|dyski lokalne + lustre + 2x Tesla M2075(448 rdzeni, 6GB pamięci)<br />
|}<br />
<br />
===Oprogramowanie===<br />
;Aplikacje<br />
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[Accelrys]], [[Amber]], [[ANSYS]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[APBS]], [[AutoDock]], [[AutoDock Vina]], [[Cfour]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[Hmmer]], [[LAMMPS]], [[Materials Studio]], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Meep]], [[MOLCAS]], [[Molden]], [[Molpro]], [[MOPAC]], [[NAMD]], [[NWChem]], [[OpenFOAM]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]], [[Xaim]], aplikacje własne użytkowników.<br />
<br />
;Kompilatory<br />
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]], nvcc<br />
<br />
;Biblioteki i narzędzia<br />
* [[MVAPICH2]],<br />
* [[MPIEXEC]],<br />
* OpenMPI<br />
* [[MKL]] (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),<br />
* GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),<br />
* ATLAS (/usr/local/atlas/)<br />
* HDF<br />
* Python + SciPy + NumPy<br />
* CUDA<br />
* ...<br />
<br />
;System kolejkowania <br />
[[PBSPro]]<br />
<br />
===RSA key fingerprint===<br />
d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9<br />
<br />
===Zalecenia===<br />
<br />
* na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 40GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:<br />
quota<br />
opis systemu kwot:<br />
man quota<br />
<br />
* zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka [[MKL]]; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;<br />
<br />
* oprogramowanie zrównoleglone w standardzie MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci [[Infiniband]]; domyślna implementacja MPI to [[MVAPICH2]];<br />
<br />
* zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie [[Infiniband]] będą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;<br />
<br />
* zadania MPI należy uruchamiać poprzez narzędzie [[MPIEXEC]] a nie mpirun;<br />
<br />
* oprogramowanie zrównoleglone w innym standardzie niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkowników takich aplikacji;<br />
<br />
* zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - [[Lustre]].<br />
<br />
===Zobacz też===<br />
*[[PBS|Jak korzystać z kolejek?]]<br />
*[[Maszyny obliczeniowe]]<br />
*[[Przekierowanie wyświetlania]]<br />
*[[Galeria zdjęć (Nova)]]<br />
*[http://sun1000.pwr.wroc.pl/PrezentacjaKDM/index.html Galeria zdjęć z uruchomienia]<br />
<br />
{{maszyny obliczeniowe}}<br />
<br />
[[Kategoria:Maszyny obliczeniowe]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=SCIGRESS&diff=4205SCIGRESS2013-12-03T14:51:28Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < SCIGRESS</small><br />
{{aplikacja|nazwa=SCIGRESS|logo=[[Plik:Scigress_logo.jpg|200px]]|serwer=[[Supernova]]|wersja='''3.1.4''' |kontakt=}}<br />
'''SCIGRESS''' jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych:<br />
organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:<br />
{| class=wikitable<br />
|align="center"|'''moduł'''<br />
|align="center"| Local SCF<br />
|align="center"| ZINDO<br />
|align="center"| Fast Dock<br />
|align="center"| Mechanics<br />
|align="center"| CONFLEX<br />
|align="center"| MO-G<br />
|align="center"| Dynamics<br />
|align="center"| MD-ME<br />
|align="center"| DGauss<br />
|align="center"| EHT<br />
|align="center"| Phase<br />
|align="center"| MO-S<br />
|align="center"| Tabulator<br />
|---<br />
|align="center"|'''procesy '''<br />
|align="center"| 8<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|align="center"| 1<br />
|}<br />
<br />
Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze [[Supernova]]. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]]. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z [https://vpn.pwr.wroc.pl/ politechnicznego serwera VPN]. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM]]. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.<br />
<br />
==== Instalacja klienta dla systemu Linux ====<br />
<br />
1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator ''SCIGRESS_Linux64_version.bin'' lub ''SCIGRESS_Linux32_version.bin'' oraz instrukcję instalacji ''SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf''.<br />
<br />
2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora:<br><br />
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin<br />
i uruchomić instalator:<br><br />
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin<br />
<br />
Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.<br />
<br />
3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]) do katalogu ''/opt/SCIGRESS Suite/flexlm/''. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku ''/etc/hosts'' istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.<br />
<br />
4) Klienta uruchamia się poleceniem ''./Workspace.sh'' w katalogu głównym klienta (domyślnie: ''/opt/SCIGRESS Suite'').<br />
<br />
==== Instalacja klienta dla systemu Windows ====<br />
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.<br />
<br />
2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager) i wczytać do niego plik licencji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/w/images/license.lic license.lic]).<br />
<br />
[[Plik:licencemanager.png|300px]]<br />
<br />
Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.<br />
<br />
3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.<br />
<br />
==== Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie ==== <br />
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment. <br />
<br />
[[Plik:csf.png|500px]]<br />
<br />
W menu '''Experiment''' należy wybrać '''Run''' i w karcie, która się pojawi kliknąć '''Select Server'''.<br />
<br />
[[Plik:newsite.png|300px]]<br />
<br />
Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego '''scigress.wcss.pl'''. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze [[Supernova]] przekazane przez [[Administratorzy KDM|administratorów KDM WCSS]] (nie jest to to samo hasło co do '''Supernova''', należy o nie poprosić poprzez wiadomość na adres kdm@wcss.pl). W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć ''Make the server default'' i kliknąć OK. <br />
<br />
Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze [[Supernova]].<br />
<br />
[[Plik:licencje.png|200px]]<br />
<br />
W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.<br />
<br />
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z [[Administratorzy KDM|administratorami KDM]].<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.scigress.com Strona domowa pakietu]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CP2K&diff=4193CP2K2013-11-06T08:42:41Z<p>F: Opis sposobu wstawiania zadań i informacja o wersjach</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small><br />
{{aplikacja|nazwa=CP2K|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.4|wersja2=2.3}}<br />
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki ===<br />
<br />
Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''', który przyjmuje następujące parametry (z których tylko pierwszy jest wymagany):<br />
* nazwę pliku wejściowego<br />
* '''-n''' N (gdzie N to liczba wnioskowanych węzłów)<br />
* '''-c''' C (gdzie C to liczba wnioskowanych rdzeni per węzeł)<br />
* '''-m''' M (gdzie M to ilość pamięci w MB)<br />
* '''-q''' Q (gdzie Q to nazwa kolejki)<br />
<br />
<br />
=== CP2K w sieci ===<br />
* [http://www.cp2k.org/ Strona domowa CP2K]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4189R2013-11-04T11:59:15Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.2|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.0.2:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Do wersji 3.0.2 zostały doinstalowane następujące pakiety:<br />
{|<br />
|<br />
polynom <br />
orthopolynom<br />
evd<br />
ddst<br />
RUnit<br />
iterators<br />
foreach<br />
multicore<br />
doMC<br />
Rmpi<br />
doMPI<br />
randomForest<br />
Boruta<br />
SparseM<br />
quantreg<br />
cobs<br />
snow<br />
kernlab<br />
rtape<br />
coda<br />
R2OpenBUGS<br />
mvtnorm<br />
|<br />
msm<br />
plyr<br />
reshape<br />
zoo<br />
xts<br />
quadprog<br />
tseries<br />
timeDate<br />
timeSeries<br />
car<br />
stabledist<br />
fBasics<br />
fGarch<br />
lmtest<br />
akima<br />
lattice<br />
locfit<br />
acepack<br />
nlts 3<br />
leaps<br />
TSA<br />
Rcpp<br />
|<br />
RSNNS<br />
TTR<br />
Defaults<br />
quantmod<br />
FinancialInstrument<br />
Hmisc<br />
rjags 1 4<br />
gumbel<br />
segmented<br />
mixtools<br />
etm<br />
geepack<br />
PerformanceAnalytics<br />
blotter 2<br />
quantstrat 2<br />
gsl<br />
ADGofTest<br />
pspline<br />
copula<br />
scatterplot3d<br />
mnormt<br />
sn<br />
|<br />
sp<br />
rgdal<br />
RMySQL<br />
igraph<br />
gam<br />
colorspace<br />
vcd<br />
pscl<br />
RcppArmadillo<br />
truncnorm<br />
Rsolnp<br />
nloptr<br />
rgl<br />
misc3d<br />
ks<br />
numDeriv<br />
spd<br />
chron<br />
rugarch<br />
ntervals<br />
spacetime<br />
gstat<br />
|valign=top|<br />
proj4<br />
rgeos<br />
e1071<br />
kknn<br />
rpart<br />
boot<br />
cubature<br />
np<br />
trio<br />
|}<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4186R2013-10-31T13:04:45Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.0|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.0.0:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Do wersji 3.0.0 zostały doinstalowane następujące pakiety:<br />
{|<br />
|<br />
polynom <br />
orthopolynom<br />
evd<br />
ddst<br />
RUnit<br />
iterators<br />
foreach<br />
multicore<br />
doMC<br />
Rmpi<br />
doMPI<br />
randomForest<br />
Boruta<br />
SparseM<br />
quantreg<br />
cobs<br />
snow<br />
kernlab<br />
rtape<br />
coda<br />
R2OpenBUGS<br />
mvtnorm<br />
|<br />
msm<br />
plyr<br />
reshape<br />
zoo<br />
xts<br />
quadprog<br />
tseries<br />
timeDate<br />
timeSeries<br />
car<br />
stabledist<br />
fBasics<br />
fGarch<br />
lmtest<br />
akima<br />
lattice<br />
locfit<br />
acepack<br />
nlts 3<br />
leaps<br />
TSA<br />
Rcpp<br />
|<br />
RSNNS<br />
TTR<br />
Defaults<br />
quantmod<br />
FinancialInstrument<br />
Hmisc<br />
rjags 1 4<br />
gumbel<br />
segmented<br />
mixtools<br />
etm<br />
geepack<br />
PerformanceAnalytics<br />
blotter 2<br />
quantstrat 2<br />
gsl<br />
ADGofTest<br />
pspline<br />
copula<br />
scatterplot3d<br />
mnormt<br />
sn<br />
|<br />
sp<br />
rgdal<br />
RMySQL<br />
igraph<br />
gam<br />
colorspace<br />
vcd<br />
pscl<br />
RcppArmadillo<br />
truncnorm<br />
Rsolnp<br />
nloptr<br />
rgl<br />
misc3d<br />
ks<br />
numDeriv<br />
spd<br />
chron<br />
rugarch<br />
ntervals<br />
spacetime<br />
gstat<br />
|valign=top|<br />
proj4<br />
rgeos<br />
e1071<br />
kknn<br />
rpart<br />
boot<br />
cubature<br />
np<br />
trio<br />
|}<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Fhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=R&diff=4155R2013-10-09T12:44:16Z<p>F: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small><br />
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.0|wersja3=2.14}}<br />
<br />
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.<br />
<br />
=== R w WCSS ===<br />
;Wstawianie zadań do kolejki:<br />
dla R 3.0.0:<br />
<br />
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]<br />
<br />
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.<br />
<br />
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.<br />
<br />
==== Zainstalowane pakiety ====<br />
Do wersji 3.0.0 zostały doinstalowane następujące pakiety:<br />
{|<br />
|<br />
polynom <br />
orthopolynom<br />
evd<br />
ddst<br />
RUnit<br />
iterators<br />
foreach<br />
multicore<br />
doMC<br />
Rmpi<br />
doMPI<br />
randomForest<br />
Boruta<br />
SparseM<br />
quantreg<br />
cobs<br />
snow<br />
kernlab<br />
rtape<br />
coda<br />
R2OpenBUGS<br />
mvtnorm<br />
|<br />
msm<br />
plyr<br />
reshape<br />
zoo<br />
xts<br />
quadprog<br />
tseries<br />
timeDate<br />
timeSeries<br />
car<br />
stabledist<br />
fBasics<br />
fGarch<br />
lmtest<br />
akima<br />
lattice<br />
locfit<br />
acepack<br />
nlts 3<br />
leaps<br />
TSA<br />
Rcpp<br />
|<br />
RSNNS<br />
TTR<br />
Defaults<br />
quantmod<br />
FinancialInstrument<br />
Hmisc<br />
rjags 1 4<br />
gumbel<br />
segmented<br />
mixtools<br />
etm<br />
geepack<br />
PerformanceAnalytics<br />
blotter 2<br />
quantstrat 2<br />
gsl<br />
ADGofTest<br />
pspline<br />
copula<br />
scatterplot3d<br />
mnormt<br />
sn<br />
|<br />
sp<br />
rgdal<br />
RMySQL<br />
igraph<br />
gam<br />
colorspace<br />
vcd<br />
pscl<br />
RcppArmadillo<br />
truncnorm<br />
Rsolnp<br />
nloptr<br />
rgl<br />
misc3d<br />
ks<br />
numDeriv<br />
spd<br />
chron<br />
rugarch<br />
ntervals<br />
spacetime<br />
gstat<br />
|valign=top|<br />
proj4<br />
rgeos<br />
e1071<br />
kknn<br />
rpart<br />
boot<br />
cubature<br />
np<br />
|}<br />
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.<br />
<br />
=== R w sieci ===<br />
* [http://www.r-project.org/ Strona główna projektu R]<br />
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]<br />
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]<br />
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>F