Supernova overview

Z KdmWiki
Wersja z dnia 11:47, 20 kwi 2012 autorstwa Ask (dyskusja | edycje) (Utworzył nową stronę „{{serwer |nazwa=Supernova |zdjęcie=Nova 2011 01.jpg |admini=nova @ kdm.wcss.wroc.pl }} '''Supernova''' - computing cluster installed in WNCS, part of ...”)
(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Supernova
noframe
Kontakt
nova @ kdm.wcss.wroc.pl

Supernova - computing cluster installed in WNCS, part of EGI and PL-Grid infrastructure. All nodes based on x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).

Cluster hardware:

  • access node (supernova.wcss.pl),
  • archive node (archiwum.wcss.pl)
  • service node
  • 2 grid middleware services nodes (darkmass/SE and dwarf/CE),
  • 580 computational nodes (wn153 - wn732),
  • computational network - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
  • management network - gigabit ethernet.

Computational resources:

  • 6400 CPU cores,
  • >12,5 TB RAM (2GB/core)
  • ~247 TB disk space (40 TB NFS + 207 TB Lustre),
  • node to node communication: throughput 20Gbps, latency < 5 us.


Summary

cluster : supernova.wcss.wroc.pl
disk space home : NFS 10TB
przestrzeń scratch : Lustre
operating system : ScientificLinux
peak performance : 67,54 TFLOPS
nodes : access computational 2nd generation (136) computational 3rd generation (40) computational 4th generation (404)
CPU : Intel Xeon 5160 3GHz Intel Xeon E5345 2.33 GHz Intel Xeon L5420 2.5 GHz Intel Xeon X5650 2.67 GHz
number of CPUs : 2x dual-core 2x quad-core 2x quad-core 2x six-core
cache L2 : 4MB 8MB 12MB 12MB
RAM : 16GB 16GB 16GB 24GB

Software

Scientific applications

Abaqus, ABINIT, Accelryss, Amber, ANSYS, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, APBS, AutoDock, AutoDock Vina, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Mathematica, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, Orca, R, Siesta, TURBOMOLE, Xaim, custom software.

Compilers

GNU GCC, Intel, PGI

Libraries and tools
  • MVAPICH2,
  • MPIEXEC
  • MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
  • GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
  • ATLAS (/usr/local/atlas/)
  • HDF
  • Python + SciPy + NumPy
  • ...
Job scheduling system

PBSPro

RSA key fingerprint

d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9