ABINIT

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

ABINIT jest pakietem, którego główny program pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów (molekuł oraz periodyczności sieci) wraz z teorią funkcjonału gęstości (DFT), używając pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii wg sił i naprężeń DFT lub przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych używając tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo różne programy narzędziowe są dostarczone."

Licencja

Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL. Autorzy sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu ABINIT do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.

Korzystanie w WCSS

ABINIT dostępny jest na klastrze Nova w katalogu /usr/local/abinit w wersjach:

  • v 5.7 (wersja równoległa)
  • v 6.0.2 (wersja sekwencyjna i równoległa)
  • v 6.0.4 (wersja sekwencyjna i równoległa)
  • v 6.2.3 (wersja sekwencyjna i równoległa)


Polecenia do uruchamiania programu głównego i szeregu narzędzi do pre i postprocessingu znajdują się odpowiednio w katalogach wersji:

/usr/local/abinit/5.7/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4/bin/
/usr/local/abinit/6.0.4-seq/bin/
/usr/local/abinit/6.2.3/bin/
/usr/local/abinit/6.2.3-seq/bin/

Program w wersji 6.0.2 dostępny jest w wersji sekwencyjnej (ABINIT sequential) i równoległej (ABINIT parallel). Uruchamia się je odpowiednio poleceniami:

/usr/local/abinit/6.0.2-seq/bin/abinis
/usr/local/abinit/6.0.2-mpi/bin/abinip

Program główny wersji 6.0.4 uruchamia się poleceniem:

/usr/local/abinit/6.0.4/bin/abinit

Program główny najnowszej wersji 6.2.3 uruchamia się poleceniem:

/usr/local/abinit/6.2.3/bin/abinit

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-abinit.

sub-abinit plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

W przypadku zadań sekwencyjnych proszę korzystać ze skryptu sub-abinit-seq.

sub-abinit-seq plik.files wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Dokumentacja