ADF: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 07:32, 19 lut 2014

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ADF

ADF

Serwer	Wersja
Supernova	2013.01
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amsterdam Density Functional (ADF) jest oprogramowaniem służącym do obliczeń metodami wywodzącymi się z teorii funkcjonału gęstości (ang. Density Function Theory, DFT). ADF rozwijany jest przez firmę SCM (Scientific Computing & Modelling).

Licencja

Licencja WCSS (typu Academic computing center) obejmuje pakiet ADF i NBO (ang. Natural Bond Orbital):

ADF
ADF BAND
REAXFF
COSMO-RS
DFTB
GENNBO (ponadto WCSS posiada licencję NBO 6).

Informacja o wykorzystaniu

Użytkownicy ADF mają obowiązek zamieszczania w publikacjach cytowania zgodnie z wymaganiami SCM:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

ADF zainstalowany jest na klastrze Supernova. Wszystkie dostępne wersje zainstalowane są w drzewie /usr/local/.

Uruchamianie GUI ADF-a

!	Uruchamianie zadań obliczeniowych bezpośrednio z GUI jest zabronione.

Użytkownik po połączeniu się z klastrem pracuje na węźle dostępowym, który nie jest przeznaczony do obliczeń. Dlatego GUI (adfinput, adfview i in.) można używać wyłącznie do tworzenia prostych danych i analizy wyników, lepiej jednak wykorzystywać do takich prac zadania interaktywne. Natomiast obliczenia należy uruchamiać wyłącznie w kolejce.

> module load adf
> adfview

Uruchamianie zadań w kolejce na Supernova

na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,
liczba licencji: 64 rdzeni,
limit licencji per użytkownik: 20 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
możliwe są obliczenia równoległe,
aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. woda.adf i woda.run, następnie nadać skryptowi prawa wykonania:

> chmod +x woda.run

oraz wstawić zadanie do kolejki poleceniem sub-adf, przykładowo na 4 procesory i 500MB pamięci per procesor w kolejce short6h:

> sub-adf woda.run short6h 4 500

ogólną składnię wywołania skryptu sub-adf można poznać uruchamiająć skrypt bez żadnych argumentów:

> sub-adf
Sposob uzycia: sub-adf skrypt.run kolejka liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor

pliki *.run, wygenerowane w ADF 2006, mogą nie działać poprawnie w nowszych wersjach pakietu. Dlatego należy wczytać odpowiadające im pliki *.adf do nowego adfinput i ponownie zapisać na dysk;

wykorzystanie sub-adf spowoduje załadowanie najwyższej zainstalowanej wersji. Jeśli z jakegoś powodu wymagane jest użycie inne wersji, to neleży użyć skryptów sub-adf-WERSJA.

Dokumentacja

Zobacz też

Oprogramowanie KDM
system kolejkowania zadań PBS

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 31: / Linia 31: @@
 === Uruchamianie zadań w kolejce na [[Supernova]] ===
 * '''na Supernova obliczenia należy startować wyłącznie z dysku /home,'''
-* liczba licencji: 128 rdzeni,
+* liczba licencji: 64 rdzeni,
-* limit licencji per użytkownik: 8 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
+* limit licencji per użytkownik: 20 procesorów (limit dotyczy uruchomionych zadań, w przypadku wyczerpania limitu zadania będą czekać w kolejce, limit może być zmieniany przez administratorów w zależności od sytuacji w systemie kolejkowym),
 * możliwe są obliczenia równoległe,
 * aby rozpocząć obliczenia używając wcześniej przygotowanych plików danych, np. <code>woda.adf</code> i <code>woda.run</code>, następnie nadać skryptowi prawa wykonania: