APBS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 11 wersji utworzonych przez 3 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
'''APBS''' - oprogramowanie
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < APBS</small>
 +
 
 +
''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.
 +
 
 +
Obszary zastosowań:
 +
* symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
 +
* symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
 +
* kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
 +
* miareczkowanie białek.
 +
 
 +
== Licencja ==
 +
Oprogramowanie udostępniane jest na otwartej licencji.
 +
 
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
Użytkownicy korzystający z pakietu powinni cytować go w swoich publikacjach zgodnie ze wskazówkami autorów na stronie [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/citing-your-use].
 +
 
 +
{{Podziękowanie WCSS}}
 +
 
 +
== Korzystanie w WCSS ==
 +
 
 +
=== Środowisko i praca interaktywna ===
 +
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
 +
> qsub -I
 +
 
 +
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
 +
> module load apbs (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 +
 
 +
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.:
 +
> apbs <plik_wejsciowy>
 +
 
 +
=== Uruchamianie zadań w kolejce ===
 +
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:
 +
 
 +
> sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka]
 +
 
 +
Gdzie:
 +
* <code>plik-wejsciowy</code> - plik z danymi programu
 +
* <code>liczba-procesorow</code> - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie
 +
* <code>pamiec </code>- zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/ Strona domowa pakietu]
 
* [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/ Strona domowa pakietu]
  
[[Kategoria:Oprogramowanie naukowe]]
+
 
 +
{{Oprogramowanie}}
 +
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
 +
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 13:11, 1 mar 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < APBS

APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.

Obszary zastosowań:

  • symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
  • symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
  • kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
  • miareczkowanie białek.

Licencja

Oprogramowanie udostępniane jest na otwartej licencji.

Informacje o wykorzystaniu

Użytkownicy korzystający z pakietu powinni cytować go w swoich publikacjach zgodnie ze wskazówkami autorów na stronie [1].

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Środowisko i praca interaktywna

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek PBS, np:

> qsub -I

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:

> module load apbs (dla wersji domyślnej - najnowszej)

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.:

> apbs <plik_wejsciowy>

Uruchamianie zadań w kolejce

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:

> sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka] 

Gdzie:

  • plik-wejsciowy - plik z danymi programu
  • liczba-procesorow - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie
  • pamiec - zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.

Dokumentacja