Amber: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 6 wersji utworzonych przez jednego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Amber</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Amber</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=Amber 14}}
+
{{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=AmberTools18|wersja2='''Amber14'''}}
 
'''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
 
'''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.
  
Linia 6: Linia 6:
 
* Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
 
* Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
 
* AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
 
* AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
−
* Amber 11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement", przy czym biblioteka "rmsd" (amber11/src/sander/ncsu-rmsd.f) jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
+
* Amber 14 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 14 License Agreement", przy czym biblioteka "ncsu-rmsd.f" jest udostępniana na licencji GNU LGPL.
  
 
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 
=== Informacje o wykorzystaniu ===
Linia 12: Linia 12:
  
 
== Funkcjonalności ==
 
== Funkcjonalności ==
−
W skład '''Amber 11''' wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
+
W skład '''Amber 14''' wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
−
* sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
+
* sander - podstawowy program pakietu Amber14, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
 
* pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu <code>sander</code>. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU.
 
* pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu <code>sander</code>. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU.
 
* nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
 
* nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
Linia 32: Linia 32:
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
−
Amber 11 dostępny jest na klastrze [[Supernova]] w katalogu <code>/usr/local/AMBER/amber11/</code> w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
+
Amber 14 dostępny jest na klastrze [[bem]] w katalogu <code> /usr/local/amber/intel-15.0/14/</code> w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.
  
 
=== Praca w trybie interaktywnym ===
 
=== Praca w trybie interaktywnym ===
−
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np:
+
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np:
−
  > qsub -I -l software=Amber
+
  > qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Amber
  
 
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
 
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
 
  > module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
 
  > module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
−
  > module load amber/11.0
+
  > module load amber/14-intel15.0
−
 
 
−
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), m.in.:
 
−
> sander
 
−
 
 
−
=== Uruchamianie zadań w kolejce ===
 
−
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać w jednej z kolejek systemu [[PBS]].
 
−
Można w tym celu skorzystać ze skryptu dostępnego w systemie (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>). Można go również skopiowac do własnego katalogu i zmodyfikować:
 
−
 
 
−
> sub-amber nazwa [parametry]
 
−
 
 
−
Można użyć następujących parametrów (kolejność nie ma znaczenia)
 
−
* -q kolejka (domyślnie normal)
 
−
* -n liczba_rdzeni (domyślnie 1)
 
−
* -m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyślnie 1800)
 
−
* -r (wykonaj restart z pliku nazwa.rst)
 
  
 
=== Uruchamianie zadań w kolejce własnym skryptem ===
 
=== Uruchamianie zadań w kolejce własnym skryptem ===
Linia 62: Linia 47:
 
Można stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie <code>amber.sh</code>, przykład:  
 
Można stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie <code>amber.sh</code>, przykład:  
 
  #!/bin/bash
 
  #!/bin/bash
−
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
 
 
  module load amber
 
  module load amber
 
  CURDIR=`pwd`
 
  CURDIR=`pwd`
−
  mkdir $SCRDIR/katalog-zadania
+
  mkdir $TMPDIR/katalog-zadania
−
  cd $SCRDIR/katalog-zadania
+
  cd $TMPDIR/katalog-zadania
 
  cp $CURDIR/* .
 
  cp $CURDIR/* .
 
   
 
   
 
  # wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł
 
  # wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł
 
  $SANDER_RUN [opcje]   
 
  $SANDER_RUN [opcje]   
−
  cd $SCRDIR
+
  cd $TMPDIR
−
  tar cvf $SCRDIR/katalog-zadania.tar $SCRDIR/katalog-zadania
+
  tar cvf $TMPDIR/katalog-zadania.tar $TMPDIR/katalog-zadania
−
  cp $SCRDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR
+
  cp $TMPDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR
−
  rm -rf $SCRDIR/katalog-zadania
+
  rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania
  
 
Nadać skryptowi prawa wykonywania:  
 
Nadać skryptowi prawa wykonywania:  
Linia 80: Linia 64:
  
 
Wstawić skrypt do kolejki PBS:  
 
Wstawić skrypt do kolejki PBS:  
−
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh
+
  > qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh
  
 
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:  
 
Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:  
−
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh
+
  > qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh
  
 
Obliczenia równoległe:  
 
Obliczenia równoległe:  
−
  > qsub -N amber_01 -q short48h -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh
+
  > qsub -N amber_01 --q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==

Aktualna wersja na dzień 09:30, 5 wrz 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Amber

Amber
Serwer Wersja
Bem AmberTools18
Amber14
Kontakt
kdm@wcss.pl

Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowanych głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber 11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber 11 wymagana jest instalacja AmberTools.

Licencja

  • Pola siłowe Amber znajdują się w domenie publicznej.
  • AmberTools udostępniany jest jako open source. Większość kodu jest na wolnej licencji GNU GPL v.3, za wyjątkiem netcdf (własna wolna licencja), reduce (własna wolna licencja), lapak i blas (domena publiczna), arpack (BSD), ucpp (BSD-style).
  • Amber 14 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 14 License Agreement", przy czym biblioteka "ncsu-rmsd.f" jest udostępniana na licencji GNU LGPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Funkcjonalności

W skład Amber 14 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:

  • sander - podstawowy program pakietu Amber14, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
  • pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU.
  • nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
  • LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
  • antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
  • ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
  • mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.

Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:

  • NAB
  • antechamber i MCPB
  • tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
  • sqm
  • pbsa
  • 3D-RISM
  • ptraj i cpptraj
  • MMPBSA.py i amberlite

Korzystanie w WCSS

Amber 14 dostępny jest na klastrze bem w katalogu /usr/local/amber/intel-15.0/14/ w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zrównoleglone są narzędzia: pmemd.MPI, sander.MPI, sander.LES.MPI.

Praca w trybie interaktywnym

Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np: 

> qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Amber

Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: 

> module load amber (dla wersji domyślnej - najnowszej)
> module load amber/14-intel15.0

Uruchamianie zadań w kolejce własnym skryptem

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Można stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie amber.sh, przykład: 

#!/bin/bash
module load amber
CURDIR=`pwd`
mkdir $TMPDIR/katalog-zadania
cd $TMPDIR/katalog-zadania
cp $CURDIR/* .

# wywołanie aplikacji sander, zmienna ustawiana przez moduł
$SANDER_RUN [opcje]  
cd $TMPDIR
tar cvf $TMPDIR/katalog-zadania.tar $TMPDIR/katalog-zadania
cp $TMPDIR/katalog-zadania.tar $CURDIR
rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania

Nadać skryptowi prawa wykonywania: 

> chmod +x amber.sh

Wstawić skrypt do kolejki PBS: 

> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1 ./amber.sh

Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania: 

> qsub -N amber_01 -q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=1:mem=2gb ./amber.sh

Obliczenia równoległe: 

> qsub -N amber_01 --q main -l walltime=06:00:00 -l software=Amber -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./amber.sh

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Amber&oldid=5868”