Amber

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Amber Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.

W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęśćiej używane to: sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł antechamber - ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej