Amber

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Amber WERSJA ROBOCZA

Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.

W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęściej używane to:

  • sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
  • pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglna wersja programu "sander". W AMBER od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU
  • nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych
  • LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł
  • antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek (korzysta z GAFF).
  • ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników
  • mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej