Bem: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(→‎Zalecenia: zmiana polecenia quota aby wskazywała na ~)
 
(Nie pokazano 2 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 32: Linia 32:
 
=== Oprogramowanie ===
 
=== Oprogramowanie ===
 
;Aplikacje
 
;Aplikacje
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[ADF]], [[Amber]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[Cfour]], [[Comsol]], [[CP2K]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[LAMMPS]], [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Molcas]], [[Molpro]], [[NWChem]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]] i [[Oprogramowanie_naukowe|inne]] oraz aplikacje własne użytkowników.
+
[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[ADF]], [[Amber]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[Cfour]], [[Comsol]], [[CP2K]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[DIRAC]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[LAMMPS]], [[Lumerical]] [ [[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]] ], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Molcas]], [[Molpro]], [[NWChem]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TensorFlow]], [[TURBOMOLE]] i [[Oprogramowanie_naukowe|inne]] oraz aplikacje własne użytkowników.
  
 
;Kompilatory
 
;Kompilatory
Linia 50: Linia 50:
  
 
Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:
 
Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:
  quota -s -f /home
+
  quota -s -f ~
  
 
Podręcznik systemowy dla polecenia quota:
 
Podręcznik systemowy dla polecenia quota:

Aktualna wersja na dzień 11:20, 16 mar 2022

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Bem

Bem
noframe
Kontakt
kdm@wcss.pl

Bem - klaster zainstalowany w WCSS w marcu 2015 r. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 z procesorami Intel Xeon (mikroarchitektura Haswell).

Parametry klastra

  • węzeł dostępowy dla użytkowników lokalnych KDM WCSS: bem.wcss.pl,
  • węzeł dostępowy dla użytkowników PL-Grid: ui.wcss.pl,
  • 688 węzłów obliczeniowych 24-rdzeniowych z 64 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
  • 32 węzły obliczeniowe 24-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2670 v3 2.3 GHz, Haswell),
  • 182 węzły obliczeniowe 28-rdzeniowe ze 128 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
  • 10 węzłów obliczeniowych 28-rdzeniowych z 512 GB pamięci oper. (Intel Xeon E5-2697 v3 2.6 GHz, Haswell),
  • 22 656 rdzeni obliczeniowych,
  • 74,6 TB pamięci RAM,
  • przestrzeń na katalogi domowe użytkowników: 50 TB NFS,
  • przestrzeń tymczasowa: 1,1 PB Lustre,
  • sieć obliczeniowa: Infiniband FDR, przepływność 56 Gbps (topologia fat-tree, współczynnik blokowania 3:1),
  • sieć zarządzania: Ethernet 1G/10G,
  • system operacyjny: Linux CentOS 6,
  • moc obliczeniowa: 860 TFLOPS.

Pamięć operacyjna dostępna dla zadań obliczeniowych jest mniejsza niż pamięć zainstalowana fizycznie i wynosi:

  • dla węzłów z zainstalowanymi 64 GB pamięci fiz. - 60000 MB,
  • dla węzłów z zainstalowanymi 128 GB pamięci fiz. - 125000 MB,
  • dla węzłów z zainstalowanymi 512 GB pamięci fiz. - 500000 MB.

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ABINIT, ADF, Amber, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, Cfour, Comsol, CP2K, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, DIRAC, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, LAMMPS, LumericalFDTD, MODE ], Mathematica, Matlab, Molcas, Molpro, NWChem, Orca, R, Siesta, TensorFlow, TURBOMOLE i inne oraz aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI i inne.

Biblioteki i narzędzia
  • OpenMPI,
  • HDF, HDF5,
  • NetCDF,
  • Python + SciPy + NumPy,
  • pozostałe.
System kolejkowania

PBSPro.

Zalecenia

Na dysku /home wprowadzone są kwoty dyskowe: domyślny limit wynosi 50 GB. Sprawdzenie stanu:

quota -s -f ~

Podręcznik systemowy dla polecenia quota:

man quota

Zobacz też