CPMD dla niewtajemniczonych: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 8 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
==Szkolenie==
+
WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. '''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych'''.
'''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych'''
+
* '''Termin''': 16 czerwca 2014 (poniedziałek), godz. 10:00-16:00
 +
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS])
 +
* '''Prowadzący''': Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek
  
==Termin i lokalizacja:==
+
== Opis ==
16 czerwca (poniedziałek), 10:00-16:00 sala 201 D-21
 
*[http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS]
 
 
 
==Prowadzący:==
 
Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek
 
 
 
==Opis:==
 
 
Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.
 
Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.
  
==Wymagania:==
+
== Wymagania ==
 
Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux.
 
Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux.
 +
Uczestnicy warsztatów powinni przynieść laptopy. Należy samodzielnie zainstalować VMD oraz program do łączenia / transferu danych (dla linuxa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - mp. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. Wykładowcy udostępnią archiwum przykładów, które trzeba będzie pobrać i rozpakować (na razie nie jest dostępne). W sali są sieci WiFi: EDUROAM, WCSS-GOSCIE i WCSS-GOSCIE-PSK.
  
==Ramowy program:==
+
Materiały dla słuchaczy są dostępne jako plik /tmp/CPMD.zip klastra Supernova.
 +
 
 +
== Program ramowy ==
 
W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.
 
W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.
===Część seminaryjna 1:===
 
* podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
 
* fale płaskie i pseudopotencjały
 
* jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
 
* kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
 
* czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)
 
  
===Część warsztatowa 1:===
+
=== Część seminaryjna 1 ===
* przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
+
* podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
* uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS
+
* fale płaskie i pseudopotencjały
 +
* jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
 +
* kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
 +
* czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)
 +
 
 +
=== Część warsztatowa 1 ===
 +
* przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
 +
* uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS
 +
 
 +
=== Część seminaryjna 2 ===
 +
* zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
 +
* analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
 +
* dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)
  
===Część seminaryjna 2:===
+
=== Część warsztatowa 2 ===
* zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
+
* analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)
* analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
 
* dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)
 
  
===Część warsztatowa 2:===
+
[[Kategoria:Szkolenia]]
• analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)
 

Aktualna wersja na dzień 11:46, 13 cze 2014

WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych.

  • Termin: 16 czerwca 2014 (poniedziałek), godz. 10:00-16:00
  • Miejsce: sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław (Położenie WCSS)
  • Prowadzący: Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek

Opis

Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.

Wymagania

Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux. Uczestnicy warsztatów powinni przynieść laptopy. Należy samodzielnie zainstalować VMD oraz program do łączenia / transferu danych (dla linuxa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - mp. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. Wykładowcy udostępnią archiwum przykładów, które trzeba będzie pobrać i rozpakować (na razie nie jest dostępne). W sali są sieci WiFi: EDUROAM, WCSS-GOSCIE i WCSS-GOSCIE-PSK.

Materiały dla słuchaczy są dostępne jako plik /tmp/CPMD.zip klastra Supernova.

Program ramowy

W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.

Część seminaryjna 1

  • podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
  • fale płaskie i pseudopotencjały
  • jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
  • kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
  • czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)

Część warsztatowa 1

  • przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
  • uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS

Część seminaryjna 2

  • zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
  • analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
  • dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)

Część warsztatowa 2

  • analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)