CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami
(Dodanie opisu o wersji CRYSTAL17) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL</small> |
| − | {{aplikacja|nazwa= | + | {{aplikacja|nazwa=Crystal|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=CRYSTAL09 2.0.1|wersja2=CRYSTAL17 1.0.2}} |
| − | '''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się | + | '''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]]. |
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT). | Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT). | ||
| Linia 15: | Linia 15: | ||
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| − | Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub- | + | Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2 |
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | ||
| − | + | sub-crystal17-1.0.2 | |
| − | Usage: /usr/local/bin/sub- | + | |
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters] | ||
Parameters: | Parameters: | ||
-q queue (default - main) | -q queue (default - main) | ||
| Linia 27: | Linia 28: | ||
-m memory (per node, in MB, default - 2000) | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
-w walltime (in hours, default - 504) | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | -s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS) | ||
Na przykład | Na przykład | ||
| − | + | sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | |
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | ||
| Linia 40: | Linia 42: | ||
; Zobacz też: | ; Zobacz też: | ||
* [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu] | * [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu] | ||
| + | * [http://tutorials.crystalsolutions.eu/ Tutorial CRYSTAL17] | ||
| + | * [https://www.crystal.unito.it/Manuals/crystal17.pdf Dokumentacja CRYSTAL17] | ||
| + | * [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wcms.1360 Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.] | ||
{{Oprogramowanie}} | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Wersja z 12:04, 10 gru 2021
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CRYSTAL
| Crystal | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | CRYSTAL09 2.0.1 CRYSTAL17 1.0.2 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CRYSTAL09 - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze Bem.
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:
- widma wibracyjne,
- strukturę elektronową,
- właściwości magnetyczne,
- właściwości dielektryczne.
Uruchamianie na klastrze Bem
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-crystal17-1.0.2 Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)
Na przykład
sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
- Zobacz też
- Strona domowa pakietu
- Tutorial CRYSTAL17
- Dokumentacja CRYSTAL17
- Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|