Cfour

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

CFOUR (Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry) - pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.

Licencja

WCSS posiada licencję na pakiet w wersji Mainz-Austin-Budapest 2005.1.

Użytkownicy korzystający z programu zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:

"CFOUR, Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry, a quantum-chemical program package by J.F. Stanton, J. Gauss, M.E. Harding, P.G. Szalay with contributions from A.A. Auer, R.J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D.E. Bernholdt, Y.J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W.J. Lauderdale, D.A. Matthews, T. Metzroth, D.P. O'Neill, D.R. Price, E. Prochnow, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, J.D. Watts and the integral packages MOLECULE (J. Almlöf and P.R. Taylor), PROPS (P.R. Taylor), ABACUS (T. Helgaker, H.J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, and J. Olsen), and ECP routines by A. V. Mitin and C. van Wüllen. For the current version, see http://www.cfour.de."

Korzystanie w WCSS

Cfour jest zainstalowany na klastrze Nova, w katalogu:

/usr/local/aces2_mab_2005

Uruchamianie

• Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład:

mkdir /lustre/scratch/nazwa-użytkownika/katalog-zadania
cd /lustre/scratch/nazwa-użytkownika/katalog-zadania
export PATH=/usr/local/aces2_mab_2005.1:$PATH
cd $HOME/katalog-zadania/
cp $HOME/katalog-zadania/zmatH2O ZMAT
ln -s /usr/local/aces2_mab_2005.1/basis/GENBAS GENBAS
xaces2 >&wynik.out
rm /lustre/scratch/nazwa-użytkownika/katalog-zadania/*

• Nadać skryptowi prawa wykonywania:

> chmod +x woda.sh

• Wstawić skrypt do kolejki PBS:

qsub -N aces_woda -q short48h ./woda.sh

• Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:

qsub -N aces_woda -q short48h -l mem=2gb ./woda.sh

• Obliczenia równoległe:

qsub -N aces_woda -q short48h -l mem=2gb -l ncpus=2 ./woda.sh

Do wykonania obliczeń równoległych należy dodać do zmatu komendy ABCDTYPE=AOBASIS oraz CC_PROG=ECC lub CC_PROG=VCC.

Przykładowy plik zmatu:

Energia SO metoda CCSD
S
O 1 R

R=1.5*

*CFOUR(CALC=CCSD
BASIS=AUG-PV5Z
REF=UHF,MULT=3
CC_CONV=6
LINEQ_CONV=6
SCF_CONV=6
ABCDTYPE=AOBASIS,CC_PROG=ECC
MEMORY=200000000)

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM