Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| (Nie pokazano 25 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach | + | Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. ''"Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop"''. |
| − | |||
* '''Termin''': 23-27 czerwca 2014 | * '''Termin''': 23-27 czerwca 2014 | ||
* '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS]) | * '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS]) | ||
* '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej | * '''Rejestracja uczestników szkolenia''': 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej | ||
| − | * '''Prowadzący''': | + | * '''Prowadzący''': doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie |
| − | * '''Warunki uczestnictwa''': | + | * '''Warunki uczestnictwa''': wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl) |
| + | |||
| + | == Tematyka == | ||
| + | Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek. | ||
| + | Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM). | ||
| + | |||
| + | Szczegóły w załączonym [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:course.pdf programie] | ||
== Informacje techniczne == | == Informacje techniczne == | ||
| − | * | + | * '''Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).''' |
| − | * Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla | + | * Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. |
| − | * W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD. W celu uzyskania dostępu | + | * W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD. W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na [http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?UserID=&AccessCode=&ArchiveID=1190 stronie producenta], zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl . |
| − | * | + | * Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim. |
| − | * Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować | + | * Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych. |
| + | * Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43. | ||
| − | == Harmonogram | + | == Harmonogram == |
| − | Każdego dnia | + | Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach: |
{| class="wikitable" style="width: 80%" | {| class="wikitable" style="width: 80%" | ||
|- style="background-color:##EFEFEF;" | |- style="background-color:##EFEFEF;" | ||
|- align="center" | |- align="center" | ||
| − | | style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | | style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 9:30 - 11:00 |
| − | | style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | | style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 11:00 - 11:30 |
| − | | style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | | style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 11:30 - 13:30 |
| − | | style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | | style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 13:30 - 15:00 |
| − | | style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | | style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%; font-weight: bold" width="260px" | 15:00 - 17:00 |
|- align="center" | |- align="center" | ||
| − | |style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | |style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Wykład |
| − | |style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | |style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Przerwa kawowa |
| − | |style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | |style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px" | Zajęcia praktyczne |
| − | |style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | | style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120% " width="260px"| Przerwa obiadowa |
| − | |style="background-color:##EFEFEF" colspan=" | + | |style="background-color:##EFEFEF" colspan="5" style="font-size: 120%" width="260px" | Zajęcia z programowania |
|} | |} | ||
| − | '''Bloki tematyczne | + | '''Bloki tematyczne''' |
| − | * Poniedziałek (23.06.2014): | + | * '''Poniedziałek (23.06.2014):''' The fundamental theories behind the computational methods |
| − | * Wtorek (24.06.2014): | + | * '''Wtorek (24.06.2014):''' Computational approaches to understand atoms, molecules and materials |
| − | * Środa (25.06.2014): | + | * '''Środa (25.06.2014):''' Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems |
| − | * Czwartek (26.06.2014): | + | * '''Czwartek (26.06.2014):''' Let there be light: Modeling the light-matter interaction |
| − | * Piątek (27.06.2014): | + | * '''Piątek (27.06.2014):''' Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light |
| + | |||
| + | == Materiały == | ||
| + | * '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-1.pdf część I] | ||
| + | * '''Xin Li''' [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:XinLi-workshop-2.pdf część II] | ||
| − | [ | + | [[Kategoria:Szkolenia]] |
Aktualna wersja na dzień 10:38, 26 cze 2014
Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe oraz Zakład Chemii Teoretycznej Politechniki Wrocławskiej mają przyjemność zaprosić Państwa do udziału w warsztatach pt. "Computational Approaches for Bio-marker Design: A three-levels learning workshop".
- Termin: 23-27 czerwca 2014
- Miejsce: sala 201, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej, Wrocław (Położenie WCSS)
- Rejestracja uczestników szkolenia: 23 czerwca 2014 godz. 9:00-9:30, bud. D-21 Politechniki Wrocławskiej
- Prowadzący: doktorzy Arul Murugan oraz Xin Li z Królewskiego Instytutu Technologicznego w Sztokholmie
- Warunki uczestnictwa: wcześniejsza rejestracja (pod adresem justyna.kozlowska at pwr.edu.pl)
Tematyka
Warsztaty poświęcone będą zagadnieniom dotyczącym modelowania liniowych i nieliniowych właściwości optycznych cząsteczek. Zaprezentowane zostaną zarówno podstawowe, jak i zaawansowane narzędzia chemii obliczeniowej pozwalające na badania właściwości strukturalnych i spektroskopowych molekuł. Omówione będą między innymi metody dynamiki molekularnej (Born-Oppenheimer MD, Car-Parrinello MD), jak również metody hybrydowe (QM/MM oraz TD-DFT/MM).
Szczegóły w załączonym programie
Informacje techniczne
- Do pełnego uczestnictwa w szkoleniu niezbędne będą własne komputery pozwalające na dostęp do sieci bezprzewodowej (która będzie zapewniona przez WCSS).
- Należy samodzielnie zainstalować program do łączenia / transferu danych (dla Linuksa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - np. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova.
- W trakcie warsztatów wykorzystywany będzie program VMD. W celu uzyskania do niego dostępu należy zarejestrować się na stronie producenta, zalogować się i przesłać zrzutu ekranu na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl .
- Szkolenie prowadzone będzie w języku angielskim.
- Organizatorzy nie zapewniają posiłków w trakcie przerw obiadowych.
- Wszelkie pytania w sprawie szkolenia prosimy kierować na adres: justyna.kozlowska at pwr.edu.pl lub dzwonić pod nr telefonu: 71 320 20 43.
Harmonogram
Każdego dnia zajęcia odbywać się będą w następujących godzinach:
| 9:30 - 11:00 | 11:00 - 11:30 | 11:30 - 13:30 | 13:30 - 15:00 | 15:00 - 17:00 | ||||||||||||||||||||
| Wykład | Przerwa kawowa | Zajęcia praktyczne | Przerwa obiadowa | Zajęcia z programowania |
Bloki tematyczne
- Poniedziałek (23.06.2014): The fundamental theories behind the computational methods
- Wtorek (24.06.2014): Computational approaches to understand atoms, molecules and materials
- Środa (25.06.2014): Nothing is in vacuum: Modeling condensed phase systems
- Czwartek (26.06.2014): Let there be light: Modeling the light-matter interaction
- Piątek (27.06.2014): Facing the reality: Theory for extended systems interacting with light