Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
(aktualna wersja) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
{{zasobytab|logo=[[Grafika:Gromacs.jpg|140px]]|serwery=[[Nova]]<br>}} | {{zasobytab|logo=[[Grafika:Gromacs.jpg|140px]]|serwery=[[Nova]]<br>}} | ||
| − | '''Gromacs''' - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. | + | '''Gromacs''' - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów. |
| − | == | + | == Licencja == |
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. | Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji [http://www.gnu.org/licenses/licenses.html#GPL GNU GPL]. | ||
| − | |||
| + | == Gromacs w WCSS == | ||
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek [[MPI]]. | Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek [[MPI]]. | ||
| − | + | Na klastrze [[Nova]] dostępne są dwie wersje Gromacs-a '''4.0.7''' i '''4.5.1'''. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH) i sieci InfiniBand. | |
| − | Na klastrze [[Nova]] dostępne są dwie wersje Gromacs-a '''4.0.7''' i '''4.5.1'''. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek | ||
Programy znajdują się w katalogach: | Programy znajdują się w katalogach: | ||
| Linia 20: | Linia 19: | ||
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji | /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji | ||
| − | /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double | + | /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji |
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji | /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji | ||
| − | /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single | + | /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji |
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji | /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji | ||
| + | Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów. | ||
| + | |||
| + | Inicjalizacja środowiska w powłoce bash: | ||
| + | nova> source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash | ||
| + | nova> module load gromacs | ||
| + | |||
| + | Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>gromacs, grompp</code> i <code>mdrun</code> aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision). | ||
| + | |||
| + | Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń: | ||
| + | nova> module load gromacs/4.5.1-s | ||
| + | nova> module load gromacs/4.5.1-d | ||
| + | nova> module load gromacs/4.0.7-s | ||
| + | nova> module load gromacs/4.0.7-d | ||
;Gromacs w sieci | ;Gromacs w sieci | ||
Wersja z 11:51, 1 paź 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ||
|
Gromacs - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Gromacs w WCSS
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.
Na klastrze Nova dostępne są dwie wersje Gromacs-a 4.0.7 i 4.5.1. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH) i sieci InfiniBand.
Programy znajdują się w katalogach:
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-seq/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-seq/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Inicjalizacja środowiska w powłoce bash:
nova> source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash nova> module load gromacs
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń gromacs, grompp i mdrun aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision).
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
nova> module load gromacs/4.5.1-s nova> module load gromacs/4.5.1-d nova> module load gromacs/4.0.7-s nova> module load gromacs/4.0.7-d
- Gromacs w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|