Gromacs: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 30: | Linia 30: | ||
nova> module load gromacs | nova> module load gromacs | ||
| − | Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code> | + | Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń <code>grompp</code> i <code>mdrun</code> aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision). |
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń: | Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń: | ||
| Linia 37: | Linia 37: | ||
nova> module load gromacs/4.0.7-s | nova> module load gromacs/4.0.7-s | ||
nova> module load gromacs/4.0.7-d | nova> module load gromacs/4.0.7-d | ||
| + | |||
| + | ;Przykładowy skrypt gmx.pbs | ||
| + | |||
| + | #!/bin/bash | ||
| + | #PBS -q normal | ||
| + | #PBS -l nodes=1:ppn=4 | ||
| + | #PBS -l mem=7200MB | ||
| + | #PBS -N gmx_test1 | ||
| + | |||
| + | # Zaladuj modul gromacs | ||
| + | source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash | ||
| + | module load gromacs/4.0.7-d | ||
| + | |||
| + | # Przejdz do katalogu domowego z plikami wejsciowymi zadania | ||
| + | cd /home/$USER/gmx_test1/ | ||
| + | export DIR=`pwd` | ||
| + | |||
| + | # Utworz katalog tymczasowy, przekopiuj pliki wejsciowe | ||
| + | export SCR=$SCRDIR/gmx-$PBS_JOBID | ||
| + | mkdir -p $SCR | ||
| + | cp gmx_test1/* $SCR | ||
| + | cd $SCR | ||
| + | |||
| + | # Uruchom przetwarzanie grompp | ||
| + | '''$GROMPP [opcje]''' | ||
| + | |||
| + | # Uruchom obliczenia mdrun | ||
| + | '''$MDRUN -v -s test1.tpr -o test1.trr > test1.log 2>&1''' | ||
| + | |||
| + | #przekopiuj wyniki do katalogu domowego | ||
| + | cd $DIR | ||
| + | cp -r $SCR . && rm -rf $SCR | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Uruchomienie skryptu w kolejce: | ||
| + | |||
| + | nova> qsub gmx.pbs | ||
| + | |||
;Gromacs w sieci | ;Gromacs w sieci | ||
Wersja z 12:29, 22 lut 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| ||
|
Gromacs - pakiet oprogramowania chemicznego przeznaczony do symulacji dynamiki molekularnej. Program zaprojektowany został z myślą o molekułach biochemicznych (np. proteiny, lipidy) ale z powodzeniem wykorzystywany jest także do badania systemów nie-biologicznych, np. polimerów.
Licencja
Pakiet jest darmowy, rozpowszechniany na licencji GNU GPL.
Gromacs w WCSS
Gromacs umożliwia obliczenia równoległe przy użyciu standardowych bibliotek MPI.
Na klastrze Nova dostępne są dwie wersje Gromacs-a 4.0.7 i 4.5.1. Każda wersja skompilowana jest kompilatorami Intela i udostępnia obliczenia sekwencyjne i równoległe z wykorzystaniem trybu float lub double. Wszystkie wersje równoległe korzystają z bibliotek MPI (MVAPICH) i sieci InfiniBand.
Programy znajdują się w katalogach:
/usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-seq/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-seq/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.0.7-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
/usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double/ - wersja sekwencyjna podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-double-mpi/ - wersja równoległa podwójnej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single/ - wersja sekwencyjna pojedynczej precyzji /usr/local/gromacs/gromacs-4.5.1-single-mpi/ - wersja równoległa pojedynczej precyzji
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.
Inicjalizacja środowiska w powłoce bash:
nova> source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash nova> module load gromacs
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do poleceń grompp i mdrun aktualnej domyślnej wersji pakietu Gromacs, czyli 4.5.1-s (single precision).
Aby załadować środowisko konkretnej wersji należy skorzystać z jednego z poleceń:
nova> module load gromacs/4.5.1-s nova> module load gromacs/4.5.1-d nova> module load gromacs/4.0.7-s nova> module load gromacs/4.0.7-d
- Przykładowy skrypt gmx.pbs
#!/bin/bash #PBS -q normal #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l mem=7200MB #PBS -N gmx_test1 # Zaladuj modul gromacs source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash module load gromacs/4.0.7-d # Przejdz do katalogu domowego z plikami wejsciowymi zadania cd /home/$USER/gmx_test1/ export DIR=`pwd` # Utworz katalog tymczasowy, przekopiuj pliki wejsciowe export SCR=$SCRDIR/gmx-$PBS_JOBID mkdir -p $SCR cp gmx_test1/* $SCR cd $SCR # Uruchom przetwarzanie grompp $GROMPP [opcje] # Uruchom obliczenia mdrun $MDRUN -v -s test1.tpr -o test1.trr > test1.log 2>&1 #przekopiuj wyniki do katalogu domowego cd $DIR cp -r $SCR . && rm -rf $SCR
Uruchomienie skryptu w kolejce:
nova> qsub gmx.pbs
- Gromacs w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|