Korzystanie z modułów

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Korzystanie z modułów

Moduły

Moduł - moduły pozwalają na łatwą i szybką konfigurację środowiska sesji użytkownika. Każda wersja zainstalowanych na klastrze programów lub bibliotek produkcyjnych posiada własny moduł w formacie nazwa_aplikacji/wersja, np.gaussian/g09.E.01 . Moduły dodają odpowiednie zmienne środowiskowe lub podmieniają ich wartości. Do zmiennych środowiskowych należą standardowe w Linux-ach zmienne PATH oraz LD_LIBRARY_PATH, lecz także te, które są wyjątkowe dla aplikacji działających na klastrze.

Polecenie:

  • module avail - listuje dostępne moduły, polecana metoda do sprawdzenia zasobów oprogramowania
---------- /usr/local/Modules ----------
abaqus/6.14-2(default)                          hdf5/1.8.11-intel13.1                              openfoam/2.1.1-gcc4.7.4
abinit/7.10.4-intel13.1(default)                hdf5/1.8.14                                        openmpi/1.10.0-gcc5.2.0
adf/2014.01                                     hdf5/1.8.14-gcc4.9.2                               openmpi/1.10.0-intel15.0
adf/2014.10(default)                            hdf5/1.8.14-intel13.1                              openmpi/1.10.1-intel15.0
amber/14-intel15.0(default)                     hdf5/1.8.14-intel15.0(default)                     openmpi/1.8.4-gcc4.7.4
argtable2/13-gcc4.9.2                           hdf5/1.8.14-intel15.0dbg                           openmpi/1.8.4-gcc4.9.2
atk/2.18.0-gcc4.9.2                             hdf5/1.8.16-intel15.0                              openmpi/1.8.4-gcc5.1.0
atk-spi2/2.19.2-gcc4.9.2                        hydra/3.1.4(default)                               openmpi/1.8.4-intel13.1
beagle/2.1.2-gcc5.1.0(default)                  impi/5.0.2.044(default)                            openmpi/1.8.4-intel15.0(default)
binutils/2.25(default)                          intel/12.1                                         orca/3.0.3-intel13.1(default)
blacs/1.1                                       intel/13.1                                         pango/1.39.0-gcc4.9.2
blacs/1.1-intel15.0                             intel/15.0(default)                                parmetis/4.0.3-intel15.0
blas/3.6.0                                      jags/3.4.0-intel15.0(default)                      pdb2pqr/2.0.0
blas/3.6.0-intel15.0                            jags/4.0.1-intel15.0                               petsc/3.6.3
boost/1.59.0-gcc4.9.2                           jasper/1.900.1-gcc4.9.2                            petsc/3.6.3-intel15.0
cairo/1.14.2                                    jasper/1.900.1-intel15.0(default)                  pgi/15.3
cairo/1.14.6-gcc4.9.2(default)                  jdk7/1.7.0_79(default)                             pixman/0.34.0-gcc4.9.2
cairomm/1.12.0-gcc4.9.2                         jdk8/1.8.0_65(default)                             plgrid/apps/abinit/7.10.4-    
cfour/1.0-gcc5.1.0(default)                     lammps/20141209-intel15.0(default)                 plgrid/apps/adf/2014.01(default)
cfx/16.0(default)                               lapack/3.6.0                                       plgrid/apps/amber/14-intel15.0
cfx/16.2                                        lapack/3.6.0-intel15.0                             plgrid/apps/cfour/1.0-gcc5.1.0
cgal/4.6.2-gcc4.9.2                             libepoxy/1.3.1-gcc4.9.2                            plgrid/apps/clustal-omega/1.2.1- 
clustal-omega/1.2.1-gcc4.9.2                    libint/1.1.4-gcc4.9.2                              plgrid/apps/clustalw/2.1-intel15.0
clustalw/2.1-intel15.0                          libint/1.1.4-intel15.0                             plgrid/apps/cpmd/3.15.3- 
cmake/3.2.1(default)                            libint/2.0.3-gcc4.9.2                              plgrid/apps/cpmd/4.1-gcc4.9.2
cp2k/2.6.1-gcc4.9.2                             libint/2.0.3-intel15.0                             plgrid/apps/dalton/2015-intel13.1
cpmd/3.15.3-intel15.0(default)                  libsigc++/2.6.2-gcc4.9.2                           plgrid/apps/fluent/16.0
cpmd/4.1-gcc4.9.2                               libxc/2.2.2-gcc4.9.2                               plgrid/apps/gamess/2014.12.05-
crystal09/2.0.1-intel13.1(default)              libxc/2.2.2-intel15.0(default)                     plgrid/apps/gaussian/g09.B.01
crystal09/2.0.1-intel15.0                       llvm/3.3.0-gcc4.9.2                                plgrid/apps/gaussian
dalton/2015-intel13.1                           llvm/3.6.1-gcc4.9.2(default)                       plgrid/apps/gromacs/4.6.7intel15.0
dbus/1.10.6-gcc4.9.2                            make/4.1                                           plgrid/apps/gromacs/5.0.4-intel15.0
elpa/2013.11.008-gcc4.9.2                       mathematica/10.0                                   plgrid/apps/matlab/R2015a
elpa/2015.02.002-gcc4.9.2                       mathematica/10.1(default)                          plgrid/apps/molpro/2012.1.12-intel13.1
elpa/2015.02.002-gcc5.1.0                       matlab/R2014b                                      plgrid/apps/mopac/2012
fds-smv/6.3.2                                   matlab/R2015a(default)                             plgrid/apps/nwchem/6.5-intel15.0
fftw/2.1.5-intel15.0                            mercurial/3.7.1                                    plgrid/apps/r/3.1.3-intel15.0
fftw/3.3.4-gcc4.7.4                             mercurial/3.7.1-gcc4.9.2                           plgrid/apps/turbomole/6.6
fftw/3.3.4-gcc4.9.2(default)                    mkl/10.3                                           plgrid/tools/intel/15.0
fftw/3.3.4-intel15.0                            mkl/13.1                                           plgrid/tools/irods/4.0.3
fftw2/2.1.5                                     mkl/15.0(default)                                  plgrid/tools/java7/1.7.0_79
fftw3/3.3.4                                     mode/7.5.387                                       plgrid/tools/java8/1.8.0_65
fftw-mpi/3.3.4-intel15.0                        mode/7.7.758                                       povray/3.7.0-gcc4.9.2
flex/2.5.39(default)                            molcas/7.9-gcc4.7.4(default)                       prace/1.0
fluent/16.0(default)                            molcas/8.0-gcc4.7.4                                prcc/15.0
fluent/16.2                                     molden/5.2-gcc4.9.2(default)                       prcpp/15.0
fontconfig/2.11.94-gcc4.9.2                     molpro/2012.1.12-intel13.1(default)                prftn/15.0
freetype/2.6.2-gcc4.9.2                         mopac/2012                                         proj/4.9.1-gcc4.9.2
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0(default)        mpc/1.0.3-gcc4.9.2                                 proj/4.9.1-intel15.0(default)
gamess/2014.12.05-R01-intel15.0_camm            mpfr/3.1.3-gcc4.9.2                                psi4/0.3-intel15.0
gaussian/g03.E.01                               namd/2.11-intel15.0                                python/2.7.8-gcc4.9.2(default)
gaussian/g09.B.01                               namd/2.7-intel15.0                                 qd/2.3.17-gcc4.9.2
gaussian/g09.D.01                               namd/2.9-intel15.0(default)                        qd/2.3.17-intel15.0
gaussian/g09.D.01-justa                         nbo/6.0                                            r/3.1.3-gcc4.9.2
gaussian/g09.E.01(default)                      nbo/6.0-g09d01                                     r/3.1.3-intel15.0(default)
gcc/4.7.4                                       nbo/6.0-g09e01                                     r/3.2.3-intel15.0
gcc/4.9.2(default)                              nbo/current                                        rasdaman/9.0.5-intel15.0(default)
gcc/5.1.0                                       ncarg/6.3.0-intel15.0(default)                     scalapack/2.0.2
gcc/5.2.0                                       nco/4.4.8-intel15.0(default)                       scalapack/2.0.2-gcc4.9.2
gdal/1.11.2-gcc4.9.2                            nco/4.5.2-intel15.0                                scalapack/2.0.2-intel15.0
gdal/1.11.2-intel15.0(default)                  netcdf/4.3.2-intel13.1                             siesta/3.2-intel15.0
gdk-pixbuf/2.33.2-gcc4.9.2                      netcdf/4.3.3.1                                     spark/1.5.0
geos/3.4.2-gcc4.9.2                             netcdf/4.3.3.1-gcc4.9.2                            sparsehash/2.0.2-gcc4.9.2
geos/3.4.2-intel15.0(default)                   netcdf/4.3.3.1-intel13.1                           sqlite/3.7.17
gettext/0.19.7                                  netcdf/4.3.3.1-intel15.0(default)                  svn/1.9.3
git/2.7.1                                       netcdf/4.3.3.1-intel15.0dbg                        szip/2.1-gcc4.9.2
glib/2.46.2-gcc4.9.2                            netcdf/4.3.3.1-intel15.0-openmpi1.10.1             szip/2.1-intel13.1
gmp/6.0.0-gcc4.9.2                              netcdf-fortran/4.2-intel13.1                       szip/2.1-intel15.0(default)
grace/5.99                                      netcdf-fortran/4.4.2-gcc4.9.2                      topmod09-intel15.0
grass/6.4.5-intel15.0                           netcdf-fortran/4.4.2-intel13.1                     turbomole/5.10
gromacs/4.6.7-intel15.0                         netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0(default)            turbomole/6.3
gromacs/5.0.4-intel15.0(default)                netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0dbg                  turbomole/6.6(default)
gromacs/5.1.1-intel15.0                         netcdf-fortran/4.4.2-intel15.0-openmpi1.10.1       turbomole/7.0
gtk/3.18.7-gcc4.9.2                             netcdf-python/1.2.1-gcc4.9.2                       udunits/2.2.19-gcc4.9.2
harfbuzz/1.1.3-gcc4.9.2                         nwchem/6.5-intel15.0(default)                      udunits/2.2.19-intel13.1
hdf/4.2.11-gcc4.9.2                             openbabel/2.3.2-gcc4.9.2                           udunits/2.2.19-intel15.0(default)
hdf/4.2.11-intel13.1                            openblas/0.2.14-gcc4.9.2                           vasp/5.4.1-intel15.0(default)
hdf/4.2.11-intel15.0(default)                   openblas/0.2.14-gcc5.1.0(default)
  • module load [nazwa_modułu] - ładuje moduł [nazwa_modułu]
$ module load intel/11.1
 intel/11.1 load complete.
  • module list - wyświetla załadowane moduły
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) dot              2) intel/11.1       
  • module rm [nazwa_modułu] - usuwa załadowany moduł
$ module rm dot
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel/11.1       
  • module purge - usuwa wszystkie moduły