Macierz zadań: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[System kolejkowy]] < Macierz zadań</small> |
| − | == Czym jest | + | == Czym jest macierz zadań == |
| − | + | Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie. | |
Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie. | Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie. | ||
| − | Każde zadanie w | + | Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX. |
| − | == Jak utworzyć | + | == Jak utworzyć macierz zadań? == |
| − | W celu utworzenia | + | W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy: |
#PBS -J i-f:s | #PBS -J i-f:s | ||
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1. | gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1. | ||
| − | W celu utworzenia | + | W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia: |
#PBS -J 1-10 | #PBS -J 1-10 | ||
| − | W celu utworzenia | + | W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń: |
qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh | qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh | ||
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX. | Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX. | ||
| − | == Jak sprawdzić status | + | == Jak sprawdzić status macierzy zadań == |
| − | + | Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem | |
jobID[] | jobID[] | ||
| − | zatem w celu sprawdzenia statusu | + | zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia: |
qstat jobID[] | qstat jobID[] | ||
| − | W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w | + | W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia: |
qstat –t jobID[] | qstat –t jobID[] | ||
| Linia 38: | Linia 38: | ||
1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort | 1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort | ||
| − | W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w | + | W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia: |
qstat jobID[indeks] | qstat jobID[indeks] | ||
| − | W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o | + | W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia: |
qstat –f jobID[] | qstat –f jobID[] | ||
| − | Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z | + | Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach: |
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count | [wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count | ||
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0 | array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0 | ||
Wersja z 15:57, 5 maj 2020
< Podręcznik użytkownika KDM < System kolejkowy < Macierz zadań
Czym jest macierz zadań
Macierz zadań (job array) stanowi zbiór zadań uruchomionych jednocześnie.
Mechanizm ten pozwala w łatwy i szybki sposób uruchomić kilka zadań jednocześnie.
Każde zadanie w macierzy posiada indeks, który jest przechowywany w zmiennej środowiskowej PBS_ARRAY_INDEX.
Jak utworzyć macierz zadań?
W celu utworzenia macierzy zadań należy użyć w skrypcie opcji –J i podać zakresów indeksów macierzy:
#PBS -J i-f:s
gdzie i to indeks początkowy, f – końcowy, a s definiuje krok. Parametr s jest opcjonalny, domyślnie przyjmuje wartość 1.
W celu utworzenia macierzy dziesięciu zadań indeksowanych od 1 do 10, należy użyć w skrypcie polecenia:
#PBS -J 1-10
W celu utworzenia macierzy zadań można również podać opcję –J przy zlecaniu obliczeń:
qsub -l walltime=1:00:00 -J 1-3 hello.sh
Powyższa komenda spowoduje uruchomienie trzech zadań zdefiniowanych w skrypcie hello.sh. Zadania te mają przypisane kolejno indeksy 1, 2 i 3, które są przechowywane w zmiennej PBS_ARRAY_INDEX.
Jak sprawdzić status macierzy zadań
Macierz zadań jest oznaczona w systemie kolejkowym numerem z kwadratowym nawiasem
jobID[]
zatem w celu sprawdzenia statusu macierzy zadań, należy użyć polecenia:
qstat jobID[]
W celu sprawdzenia statusu wszystkich zadań w macierzy należy użyć polecenia:
qstat –t jobID[]
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -t 1030789[] Job id Name User Time Use S Queue --------------------- ---------------- ---------------- -------- - ----- 1030789[].ossachilles hello.sh 3107mach 0 B vshort 1030789[1].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 E vshort 1030789[2].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort 1030789[3].ossachilles hello.sh 3107mach 00:00:00 R vshort
W celu sprawdzenia statusu pojedynczego zadania w macierzy należy użyć polecenia:
qstat jobID[indeks]
W celu sprawdzenia szczegółowych informacji o macierzy zadań należy użyć polecenia:
qstat –f jobID[]
Szczególnie przydatne mogą być informacje o ilości zadań z macierzy w poszczególnych statusach:
[wcss] 3107mach@bem ~/test_array_jobs > qstat -f 1031517[] | grep array_state_count
array_state_count = Queued:4 Running:16 Exiting:0 Expired:0
Działające macierze zadań są oznaczone w systemie kolejkowym literą B “batch”, a nie R „running”.