Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
−
{{zasobytab|logo=[[Grafika:molpro.png]]|serwery=[[Leo]]<br>[[Nova]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:molpro.png]]|serwer2=[[Leo]]|wersja21=2006.1|serwer=[[Supernova]]|wersja=2010.1|wersja2=2009.1}}
 
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.  
 
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.  
  
Linia 15: Linia 15:
 
== MOLPRO w WCSS ==
 
== MOLPRO w WCSS ==
 
=== Molpro 2006.1 ===
 
=== Molpro 2006.1 ===
−
* systemy obliczeniowe [[Leo]], [[Nova]]
+
* system obliczeniowy [[Leo]]
−
 
 
  
 
;Uruchamianie aplikacji
 
;Uruchamianie aplikacji
Linia 23: Linia 22:
 
  molpro [opcje] plik.inp
 
  molpro [opcje] plik.inp
  
−
Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji <code>-o</code>. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia a rezultaty generuje na standardowe wyjście.
+
Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji <code>-o</code>. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia, a rezultaty generuje na standardowe wyjście.
  
 
Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach <code>./molpro.rc/<code> i <code>$HOME/.molprorc</code>. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.
 
Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach <code>./molpro.rc/<code> i <code>$HOME/.molprorc</code>. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.
Linia 34: Linia 33:
 
  sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]
 
  sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]
  
−
Możliwe są obliczenia równoległe (na [[Nova]] na maksymalnie 8 procesorach). Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.
+
Możliwe są obliczenia równoległe. Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.
  
 
Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze [[Leo]] przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: <code>memory,200,m</code>). Wersja dostępna na [[Leo]] umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.
 
Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze [[Leo]] przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: <code>memory,200,m</code>). Wersja dostępna na [[Leo]] umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.
−
 
−
Na klastrze [[Nova]] najlepiej jest używać 4 lub 8 procesorów węzła obliczeniowego i odpowiednio 7500 lub 15000 MB pamięci.
 
  
 
=== Molpro 2009.1 ===
 
=== Molpro 2009.1 ===
−
* systemy obliczeniowe [[Nova]]
+
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
  
−
Program można uruchomić bezpośrednio po zainicjowaniu aplikacji Modules i wgraniu odpowiedniego modułu. Dla domyślnej powłoki systemowej na Nova wygląda wystarczy
+
Program można uruchomić bezpośrednio po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:
−
użyć poleceń(spacja po kropce w pierwszym wierszu jest ważna):
 
−
. /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
 
 
  module load molpro/2009.1
 
  module load molpro/2009.1
  
−
Następnie można wywoływać molpro 2009.1 w taki sam sposób jak molpro 2006.1:
+
Następnie można wywoływać Molpro 2009.1 w taki sam sposób jak Molpro 2006.1:
 
  molpro [opcje] plik.inp
 
  molpro [opcje] plik.inp
−
 
−
Aby przywrócić poprzedni stan systemu z działającą wersją molpro 2006 należy usunąć moduł:
 
−
module unload molpro/2009.1
 
  
 
Zadania do kolejki wstawia się wywołując
 
Zadania do kolejki wstawia się wywołując
−
  sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]  
+
  sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]  
  
−
Domyślnie zadanie zostanie dodane do klejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
+
Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
  
 
=== Molpro 2010.1 ===
 
=== Molpro 2010.1 ===
−
* systemy obliczeniowe [[Supernova]] (12 CPU i 24 GB per węzeł)
+
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
  
 
Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.
 
Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.
  
−
Molpro2010.1 w wersji mppx odpala n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
+
Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
 
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
 
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
  
−
Zadania do kolejki wstawia się wywołując
+
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
 
  sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
 
  sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
  
−
Molpro2010.1 w wersji mpp odpala n-procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane sa w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
+
Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
  
−
Zadania do kolejki wstawia się wywołując
+
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
 
  sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
 
  sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]  
  
−
Domyślnie zadanie zostanie dodane do klejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
+
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
−
Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są w katalogu <code>/usr/local/doc/molpro/</code> po zalogowaniu się.
+
Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są na Leo w katalogu <code>/usr/local/doc/molpro/</code> po zalogowaniu się.
  
 
;MOLPRO w sieci:
 
;MOLPRO w sieci:

Wersja z 11:44, 4 maj 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Molpro
Plik:molpro.png
Serwer Wersja
Supernova 2010.1
2009.1
Leo 2006.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

  • pełny zakres metod ab initio
  • moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
  • obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
  • możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
  • przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Molpro 2006.1

  • system obliczeniowy Leo
Uruchamianie aplikacji

Do bezpośredniego uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: /usr/local/bin): 

molpro [opcje] plik.inp

Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji -o. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia, a rezultaty generuje na standardowe wyjście.

Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach ./molpro.rc/ i $HOME/.molprorc. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.

Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na Leo w katalogu /usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/.


Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin): 

sub-molpro-2006 plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]

Możliwe są obliczenia równoległe. Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.

Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze Leo przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: memory,200,m). Wersja dostępna na Leo umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.

Molpro 2009.1

Program można uruchomić bezpośrednio po wgraniu odpowiedniego modułu: 

module load molpro/2009.1

Następnie można wywoływać Molpro 2009.1 w taki sam sposób jak Molpro 2006.1: 

molpro [opcje] plik.inp

Zadania do kolejki wstawia się wywołując 

sub-molpro-2009 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie dodane do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2010.1

Zostały zainstalowanie dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując: 

sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując: 

sub-molpro plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Dokumentacja

Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są na Leo w katalogu /usr/local/doc/molpro/ po zalogowaniu się.

MOLPRO w sieci

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Molpro&oldid=3068”