Molpro: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 7 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molpro</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2012.1.12|wersja2=2012.1.5|wersja3=2010.1|wersja4=2009.1}}
+
{{aplikacja|nazwa=Molpro|logo=[[Plik:Molpro.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2012.1.12}}
 
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.  
 
'''MOLPRO''' jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ''ab initio'', ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.  
  
Linia 15: Linia 15:
 
== MOLPRO w WCSS ==
 
== MOLPRO w WCSS ==
  
−
=== Zalecenia ogólne ===
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
 +
 
 +
;Środowisko i praca interaktywna
  
 
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
 
Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako [[PBS#Zadania_interaktywne|zadanie interaktywne]]:
−
   qsub -I -l software=Molpro_WERSJA
+
   qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA
  
 
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:
 
Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego [[modules|modułu]]:
−
  module load molpro
+
  module load molpro (dla wersji domyślnej)
  
 
Program można wywoływać poleceniem:
 
Program można wywoływać poleceniem:
 
  molpro [opcje] plik.inp
 
  molpro [opcje] plik.inp
  
−
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
+
;Wstawianie zadań do kolejki
−
'''sub-molpro''' plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
 
  
−
Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.
+
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu)
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
−
Ważne:
+
  > sub-molpro
−
* karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
+
Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
−
* jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
+
Parameters:
−
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
+
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
  
−
=== Molpro 2009.1 ===
+
Na przykład
−
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
 
  
−
Wstawianie zadań skryptem '''sub-molpro-2009''' -- jako argument wymagany jest tylko plik danych oraz opcjonalnie [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB] [kolejka].
+
> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
  
−
=== Molpro 2010.1 ===
+
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.  
−
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
 
  
−
Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.
+
;Uwaga
  
−
Molpro2010.1 w wersji '''mppx''' uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów.
+
Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty '''memory'''. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu '''sub-molpro''', tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.
−
Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.
 
  
−
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
+
Ważne:
−
'''sub-molpro_mppx''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
+
* karta '''memory''' specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
−
 
+
* jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
−
Molpro2010.1 w wersji '''mpp''' uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.
+
* interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html
−
 
 
−
Zadania do kolejki wstawia się wywołując:
 
−
'''sub-molpro-2010.1''' plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka]
 
−
 
 
−
Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.
 
−
 
 
−
=== Molpro 2012.1 ===
 
−
* system obliczeniowy: [[Supernova]]
 
  
−
Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.
+
;Znane blędy:
 +
* nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.
  
−
Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:
+
== Informacje o wykorzystaniu ==
−
'''sub-molpro-2012.1.5'''  plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
+
{{Podziękowanie_WCSS}}
−
    plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 
−
 
−
Można korzystać także z polecenia '''sub-molpro''', które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.
 
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==

Aktualna wersja na dzień 12:01, 9 lip 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro

Molpro
Molpro.png
Serwer Wersja
Bem 2012.1.12
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

  • pełny zakres metod ab initio
  • moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
  • obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
  • możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
  • przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Środowisko i praca interaktywna

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne: 

 qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu: 

module load molpro (dla wersji domyślnej)

Program można wywoływać poleceniem: 

molpro [opcje] plik.inp
Wstawianie zadań do kolejki

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molpro (uruchamia domyślną wersję programu) Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

 > sub-molpro
Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład 

> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.

Ważne:

Znane blędy
  • nie należy używać polecenia "show" tuż przed "optg", gdyż powoduje to błąd i zakończenie działania aplikacji.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Molpro&oldid=5843”