NAMD: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 8 wersji utworzonych przez 4 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NAMD</small>
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=|serwer=[[Supernova]]|wersja=2.8|wersja2=2.7b1}}
+
{{aplikacja|nazwa=NAMD|logo=[[Plik:namd.gif|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''2.13'''|wersja2=2.11|wersja3=2.9|wersja4=2.7}}
 
   
 
   
 
== NAMD ==
 
== NAMD ==
Linia 8: Linia 8:
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
  
NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
+
NAMD w wersjach 2.13 (domyślna), 2.11, 2.9 oraz 2.7 zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w katalogu /usr/local/namd/
/usr/local/namd2
 
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
  
Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>).
+
Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ stronie domowej produktu], zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji ([http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Plik:screennmd.png Przykładowy zrzut]), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.
  
 
* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:
 
* W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:
Linia 27: Linia 26:
 
  Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
 
  Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
 
  Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
 
  Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
 
+
* Informacje o wykorzystaniu:
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
 
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu]
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika]
+
* [http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-unix-html/index.html Podręcznik użytkownika]
  
  

Aktualna wersja na dzień 08:58, 30 lis 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NAMD

NAMD
noframe
Serwer Wersja
Bem 2.13
2.11
2.9
2.7
Kontakt
kdm@wcss.pl


NAMD

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) - kod przeprowadzający wysoko-jakościową symulacje dużych, biologicznych systemów. Bazuje on na równolegle zorientowanym języku programowania Charm++. Program NAMD jest kompatybilny z programem VMD, w którym możemy zwizualizować oraz przeanalizować trajektorie symulowanego systemu.

Korzystanie w WCSS

NAMD w wersjach 2.13 (domyślna), 2.11, 2.9 oraz 2.7 zainstalowany jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/namd/

Licencja

Aby uzyskać dostęp do modułu VMD należy dokonać rejestracji na stronie domowej produktu, zrobić zrzut ekranu potwierdzający proces rejestracji (Przykładowy zrzut), a następnie wysłać na adres kdm@wcss.pl.

  • W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.
  • oraz podać w bibliografii:
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
  • Informacje o wykorzystaniu:

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja