NAMD

Z KdmWiki
Wersja z dnia 08:31, 18 sty 2010 autorstwa Ask (dyskusja | edycje) (1 wersja)
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics) -

Informacje ogólne

Korzystanie w WCSS

NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła, na klastrze Nova. w katalogu

/usr/local/namd2

Licencja

Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku license.txt (/usr/local/namd2/license.txt).

  • W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy umieścić:
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in
the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University
of Illinois at Urbana-Champaign.
  • oraz podać w bibliografii:
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart,
Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel,
Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD.
Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.


Zobacz też