NWChem: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 7 wersji utworzonych przez 5 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem</small> |
| − | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=[[Plik:nwchem.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=6.8|wersja2='''6.5'''}} |
'''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). | '''NWCHEM''' jest pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). | ||
== Korzystanie z pakietu w WCSS == | == Korzystanie z pakietu w WCSS == | ||
| − | + | Na klastrze [[Bem]] zainstalowana jest wersja '''6.5''' (lokalizacja /usr/local/nwchem/) | |
| − | + | === Wstawianie zadań do kolejki === | |
| + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| − | + | Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-nwchem (uruchamia domyślną wersję programu) | |
| − | + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | + | > sub-nwchem | |
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-nwchem input_file [parameters] | ||
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -n nodes (default - 1) | ||
| + | -p cores (per node, default - 1) | ||
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504 | ||
| + | |||
| + | Na przykład | ||
| + | |||
| + | > sub-nwchem test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | ||
| + | |||
| + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | '''Uwaga''' | ||
| + | |||
| + | Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | ||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
| − | |||
;Plik wejściowy | ;Plik wejściowy | ||
| Linia 56: | Linia 72: | ||
task dft | task dft | ||
</pre> | </pre> | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Aktualna wersja na dzień 09:32, 5 wrz 2018
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NWChem
| NWChem | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 6.8 6.5 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
Korzystanie z pakietu w WCSS
Na klastrze Bem zainstalowana jest wersja 6.5 (lokalizacja /usr/local/nwchem/)
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-nwchem (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-nwchem Usage: /usr/local/bin/sub-nwchem input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504
Na przykład
> sub-nwchem test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
- Plik wejściowy
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).
start feco5 # Fe(CO)5 geometry units au symmetry group d3h fe 0.0 0.0 0.0 c 0.0 0.0 3.414358 o 0.0 0.0 5.591323 c 2.4417087 2.4417087 0.0 o 3.9810552 3.9810552 0.0 end basis fe library 3-21g o library 3-21g c library 3-21g end basis "cd basis" o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting" end dft xc becke88 lyp end task dft
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|